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OPENSEQ.org
k-n
Genes: A B A+B
Length: 380 282 640
Sequences: 57 59 52
Seq/Len: 0.15 0.21 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.06
2 0.00 0.00 0.07
5 0.00 0.00 0.07
10 0.00 0.00 0.08
20 0.00 0.00 0.08
100 0.00 0.00 0.08
∞ 0.02 0.03 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
331_A 134_T 1.83 0.29 0.00
216_S 119_V 1.74 0.25 0.00
187_P 255_D 1.56 0.19 0.00
274_A 155_I 1.54 0.19 0.00
273_L 60_F 1.53 0.18 0.00
14_P 142_V 1.53 0.18 0.00
4_K 119_V 1.50 0.18 0.00
156_E 112_S 1.47 0.17 0.00
139_R 44_Y 1.41 0.15 0.00
349_E 37_N 1.41 0.15 0.00
116_I 57_L 1.41 0.15 0.00
134_E 110_V 1.38 0.15 0.00
356_E 274_K 1.38 0.14 0.00
350_Y 163_W 1.36 0.14 0.00
349_E 273_A 1.36 0.14 0.00
86_I 217_I 1.35 0.14 0.00
320_E 235_K 1.34 0.14 0.00
76_C 175_F 1.34 0.14 0.00
252_F 12_Y 1.34 0.14 0.00
304_P 212_W 1.33 0.14 0.00
314_T 119_V 1.31 0.13 0.00
76_C 265_I 1.31 0.13 0.00
76_C 163_W 1.30 0.13 0.00
347_T 63_Y 1.30 0.13 0.00
4_K 51_L 1.30 0.13 0.00
149_L 259_T 1.29 0.13 0.00
226_R 204_P 1.29 0.13 0.00
165_H 119_V 1.29 0.13 0.00
228_N 268_R 1.29 0.13 0.00
345_L 189_K 1.28 0.12 0.00
304_P 120_F 1.27 0.12 0.00
243_M 110_V 1.27 0.12 0.00
13_M 182_V 1.26 0.12 0.00
132_N 155_I 1.26 0.12 0.00
48_P 267_S 1.25 0.12 0.00
293_Q 160_Y 1.25 0.12 0.00
358_I 212_W 1.25 0.12 0.00
240_C 242_Y 1.25 0.12 0.00
79_V 83_Y 1.25 0.12 0.00
351_I 156_P 1.24 0.12 0.00
79_V 111_V 1.24 0.12 0.00
236_I 80_L 1.23 0.12 0.00
331_A 50_T 1.23 0.11 0.00
232_L 142_V 1.23 0.11 0.00
139_R 70_Y 1.22 0.11 0.00
334_F 216_M 1.21 0.11 0.00
359_V 273_A 1.20 0.11 0.00
307_F 196_P 1.19 0.11 0.00
252_F 276_V 1.19 0.11 0.00
167_L 141_I 1.19 0.11 0.00
61_I 54_L 1.17 0.10 0.00
80_T 263_N 1.17 0.10 0.00
205_F 132_A 1.17 0.10 0.00
16_S 52_L 1.16 0.10 0.00
360_V 212_W 1.16 0.10 0.00
281_F 242_Y 1.16 0.10 0.00
358_I 39_K 1.15 0.10 0.00
24_D 70_Y 1.15 0.10 0.00
252_F 212_W 1.15 0.10 0.00
135_E 44_Y 1.15 0.10 0.00
14_P 163_W 1.14 0.10 0.00
15_L 201_V 1.14 0.10 0.00
78_A 263_N 1.13 0.10 0.00
267_L 262_D 1.13 0.10 0.00
123_F 161_E 1.12 0.10 0.00
71_V 107_F 1.12 0.10 0.00
170_G 263_N 1.12 0.09 0.00
120_V 144_V 1.11 0.09 0.00
139_R 182_V 1.11 0.09 0.00
248_A 233_A 1.11 0.09 0.00
78_A 142_V 1.11 0.09 0.00
292_T 54_L 1.10 0.09 0.00
71_V 1_M 1.10 0.09 0.00
294_K 273_A 1.09 0.09 0.00
61_I 150_R 1.09 0.09 0.00
304_P 176_D 1.09 0.09 0.00
355_K 54_L 1.09 0.09 0.00
40_N 143_S 1.08 0.09 0.00
137_P 189_K 1.08 0.09 0.00
31_I 106_G 1.08 0.09 0.00
61_I 266_R 1.08 0.09 0.00
230_G 216_M 1.08 0.09 0.00
358_I 274_K 1.08 0.09 0.00
320_E 228_R 1.08 0.09 0.00
79_V 47_G 1.08 0.09 0.00
311_L 70_Y 1.07 0.09 0.00
172_I 83_Y 1.07 0.09 0.00
129_G 163_W 1.07 0.09 0.00
141_P 163_W 1.07 0.09 0.00
248_A 31_K 1.07 0.09 0.00
142_N 129_G 1.07 0.09 0.00
306_S 53_T 1.07 0.09 0.00
261_N 17_I 1.07 0.09 0.00
360_V 185_I 1.07 0.09 0.00
131_P 137_L 1.07 0.09 0.00
189_C 209_F 1.07 0.09 0.00
324_I 271_I 1.06 0.09 0.00
82_S 112_S 1.06 0.09 0.00
59_I 264_R 1.06 0.09 0.00
356_E 115_F 1.06 0.09 0.00
19_I 221_N 1.06 0.09 0.00
88_F 166_T 1.06 0.09 0.00
182_D 274_K 1.06 0.09 0.00
232_L 163_W 1.06 0.09 0.00
21_N 223_K 1.06 0.09 0.00
221_A 273_A 1.06 0.09 0.00
338_L 93_K 1.05 0.09 0.00
78_A 163_W 1.05 0.08 0.00
139_R 220_Y 1.05 0.08 0.00
16_S 223_K 1.05 0.08 0.00
294_K 66_M 1.05 0.08 0.00
117_I 94_D 1.04 0.08 0.00
256_N 212_W 1.04 0.08 0.00
209_F 74_T 1.04 0.08 0.00
13_M 220_Y 1.04 0.08 0.00
132_N 39_K 1.04 0.08 0.00
307_F 61_L 1.04 0.08 0.00
7_V 164_R 1.04 0.08 0.00
13_M 165_Y 1.04 0.08 0.00
117_I 21_L 1.03 0.08 0.00
45_G 81_G 1.03 0.08 0.00
45_G 239_W 1.03 0.08 0.00
45_G 241_F 1.03 0.08 0.00
45_G 275_R 1.03 0.08 0.00
83_G 81_G 1.03 0.08 0.00
83_G 239_W 1.03 0.08 0.00
83_G 241_F 1.03 0.08 0.00
83_G 275_R 1.03 0.08 0.00
263_P 81_G 1.03 0.08 0.00
263_P 239_W 1.03 0.08 0.00
263_P 241_F 1.03 0.08 0.00
263_P 275_R 1.03 0.08 0.00
295_Y 81_G 1.03 0.08 0.00
295_Y 239_W 1.03 0.08 0.00
295_Y 241_F 1.03 0.08 0.00
295_Y 275_R 1.03 0.08 0.00
299_W 81_G 1.03 0.08 0.00
299_W 239_W 1.03 0.08 0.00
299_W 241_F 1.03 0.08 0.00
299_W 275_R 1.03 0.08 0.00
319_Y 81_G 1.03 0.08 0.00
319_Y 239_W 1.03 0.08 0.00
319_Y 241_F 1.03 0.08 0.00
319_Y 275_R 1.03 0.08 0.00
321_H 81_G 1.03 0.08 0.00
321_H 239_W 1.03 0.08 0.00
321_H 241_F 1.03 0.08 0.00
321_H 275_R 1.03 0.08 0.00
352_G 81_G 1.03 0.08 0.00
352_G 239_W 1.03 0.08 0.00
352_G 241_F 1.03 0.08 0.00
352_G 275_R 1.03 0.08 0.00
320_E 21_L 1.03 0.08 0.00
139_R 156_P 1.03 0.08 0.00
345_L 213_F 1.03 0.08 0.00
316_E 149_Y 1.03 0.08 0.00
283_Y 30_A 1.03 0.08 0.00
246_Y 209_F 1.03 0.08 0.00
348_L 271_I 1.03 0.08 0.00
162_L 259_T 1.03 0.08 0.00
48_P 182_V 1.03 0.08 0.00
187_P 263_N 1.03 0.08 0.00
117_I 190_Q 1.02 0.08 0.00
80_T 210_G 1.02 0.08 0.00
355_K 40_R 1.02 0.08 0.00
328_M 244_K 1.02 0.08 0.00
338_L 128_Y 1.02 0.08 0.00
283_Y 98_Y 1.02 0.08 0.00
356_E 212_W 1.02 0.08 0.00
116_I 42_V 1.02 0.08 0.00
47_L 182_V 1.02 0.08 0.00
78_A 259_T 1.02 0.08 0.00
207_N 79_L 1.02 0.08 0.00
188_P 193_D 1.01 0.08 0.00
304_P 242_Y 1.01 0.08 0.00
47_L 263_N 1.01 0.08 0.00
256_N 65_F 1.01 0.08 0.00
41_S 118_L 1.01 0.08 0.00
238_L 32_K 1.01 0.08 0.00
145_P 229_I 1.01 0.08 0.00
189_C 105_T 1.00 0.08 0.00
262_A 47_G 1.00 0.08 0.00
44_Y 271_I 1.00 0.08 0.00
82_S 29_I 1.00 0.08 0.00
139_R 116_F 1.00 0.08 0.00
219_I 156_P 1.00 0.08 0.00
265_D 141_I 0.99 0.08 0.00
117_I 217_I 0.99 0.08 0.00
160_S 104_L 0.99 0.08 0.00
323_D 111_V 0.99 0.08 0.00
20_F 238_G 0.99 0.08 0.00
353_Q 70_Y 0.99 0.07 0.00
221_A 44_Y 0.99 0.07 0.00
157_I 94_D 0.99 0.07 0.00
136_V 122_L 0.98 0.07 0.00
131_P 271_I 0.98 0.07 0.00
6_L 69_G 0.98 0.07 0.00
171_R 119_V 0.98 0.07 0.00
195_H 87_M 0.98 0.07 0.00
252_F 274_K 0.98 0.07 0.00
127_G 256_F 0.98 0.07 0.00
262_A 190_Q 0.98 0.07 0.00
120_V 153_I 0.98 0.07 0.00
88_F 220_Y 0.98 0.07 0.00
256_N 246_T 0.98 0.07 0.00
304_P 70_Y 0.98 0.07 0.00
172_I 101_E 0.97 0.07 0.00
43_N 225_P 0.97 0.07 0.00
307_F 141_I 0.97 0.07 0.00
353_Q 67_P 0.97 0.07 0.00
137_P 220_Y 0.97 0.07 0.00
342_W 273_A 0.97 0.07 0.00
253_T 110_V 0.97 0.07 0.00
40_N 202_K 0.97 0.07 0.00
13_M 267_S 0.97 0.07 0.00
34_S 57_L 0.97 0.07 0.00
359_V 37_N 0.97 0.07 0.00
291_E 267_S 0.97 0.07 0.00
306_S 223_K 0.97 0.07 0.00
324_I 13_L 0.97 0.07 0.00
127_G 144_V 0.96 0.07 0.00
241_R 60_F 0.96 0.07 0.00
355_K 107_F 0.96 0.07 0.00
201_Y 274_K 0.96 0.07 0.00
354_H 145_F 0.96 0.07 0.00
339_T 252_H 0.96 0.07 0.00
164_S 71_I 0.96 0.07 0.00
143_A 159_V 0.96 0.07 0.00
120_V 139_F 0.96 0.07 0.00
48_P 220_Y 0.96 0.07 0.00
181_V 195_E 0.96 0.07 0.00
39_T 37_N 0.96 0.07 0.00
320_E 80_L 0.96 0.07 0.00
288_Q 247_L 0.95 0.07 0.00
13_M 202_K 0.95 0.07 0.00
71_V 122_L 0.95 0.07 0.00
119_S 104_L 0.95 0.07 0.00
358_I 55_P 0.95 0.07 0.00
280_S 151_I 0.95 0.07 0.00
273_L 219_D 0.95 0.07 0.00
177_E 144_V 0.95 0.07 0.00
118_L 132_A 0.95 0.07 0.00
320_E 79_L 0.95 0.07 0.00
311_L 67_P 0.95 0.07 0.00
324_I 1_M 0.95 0.07 0.00
257_K 164_R 0.95 0.07 0.00
195_H 54_L 0.95 0.07 0.00
155_G 26_G 0.95 0.07 0.00
127_G 271_I 0.95 0.07 0.00
342_W 223_K 0.95 0.07 0.00
24_D 265_I 0.95 0.07 0.00
139_R 165_Y 0.94 0.07 0.00
120_V 54_L 0.94 0.07 0.00
267_L 84_N 0.94 0.07 0.00
232_L 225_P 0.94 0.07 0.00
236_I 37_N 0.94 0.07 0.00
223_I 220_Y 0.94 0.07 0.00
358_I 77_Y 0.94 0.07 0.00
298_E 39_K 0.94 0.07 0.00
335_M 159_V 0.94 0.07 0.00
44_Y 160_Y 0.94 0.07 0.00
344_R 176_D 0.94 0.07 0.00
228_N 189_K 0.94 0.07 0.00
233_G 229_I 0.94 0.07 0.00
60_R 49_I 0.94 0.07 0.00
189_C 96_Y 0.94 0.07 0.00
291_E 220_Y 0.93 0.07 0.00
301_D 145_F 0.93 0.07 0.00
123_F 92_Y 0.93 0.07 0.00
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86_I 78_L 0.86 0.06 0.00
109_K 110_V 0.86 0.06 0.00
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334_F 166_T 0.86 0.06 0.00
359_V 217_I 0.86 0.06 0.00
201_Y 254_I 0.86 0.06 0.00
169_I 45_T 0.86 0.06 0.00
302_V 274_K 0.86 0.06 0.00
8_N 81_G 0.86 0.06 0.00
8_N 239_W 0.86 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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