May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MreC-MreD (A, 1-250)
Genes: A B A+B
Length: 250 162 405
Sequences: 1892 577 511
Seq/Len: 7.57 3.56 1.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.24
2 0.00 0.00 1.24
5 0.00 0.00 1.24
10 0.00 0.00 1.24
20 0.00 0.00 1.24
100 0.00 0.00 1.24
∞ 0.00 0.00 1.23
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
22_A 60_F 2.08 0.98 0.92
236_A 82_S 1.83 0.95 0.82
53_S 21_L 1.70 0.91 0.74
27_I 86_Y 1.70 0.91 0.74
238_V 79_L 1.63 0.89 0.70
150_P 86_Y 1.56 0.86 0.64
53_S 16_F 1.45 0.79 0.54
75_L 15_S 1.39 0.76 0.49
36_S 107_V 1.39 0.75 0.48
138_D 54_V 1.35 0.72 0.45
19_V 79_L 1.35 0.72 0.44
193_I 56_V 1.32 0.70 0.42
226_G 96_R 1.31 0.69 0.40
227_G 78_V 1.29 0.67 0.39
174_I 30_N 1.29 0.67 0.38
26_I 86_Y 1.24 0.63 0.34
229_F 93_Q 1.22 0.61 0.32
105_R 55_N 1.22 0.61 0.32
135_V 85_A 1.19 0.58 0.29
169_S 65_I 1.19 0.58 0.29
64_S 18_I 1.18 0.57 0.28
250_T 60_F 1.17 0.56 0.27
165_A 90_L 1.17 0.56 0.27
81_R 151_L 1.17 0.56 0.27
128_N 135_F 1.16 0.56 0.27
138_D 29_D 1.15 0.54 0.26
241_V 79_L 1.14 0.53 0.25
238_V 112_L 1.12 0.51 0.23
69_S 48_L 1.12 0.51 0.23
241_V 16_F 1.11 0.50 0.22
39_R 98_L 1.11 0.50 0.22
84_L 60_F 1.10 0.50 0.22
135_V 142_G 1.10 0.49 0.22
129_D 126_I 1.10 0.49 0.21
50_Y 93_Q 1.09 0.48 0.21
168_T 56_V 1.08 0.48 0.20
169_S 158_Q 1.08 0.47 0.20
122_Q 26_P 1.08 0.47 0.20
174_I 74_L 1.07 0.46 0.19
22_A 82_S 1.05 0.44 0.18
139_K 143_V 1.05 0.44 0.18
179_H 45_Y 1.05 0.44 0.18
139_K 68_L 1.04 0.43 0.17
181_L 108_M 1.03 0.43 0.17
194_A 27_W 1.02 0.42 0.16
27_I 61_V 1.02 0.41 0.16
215_R 141_N 1.02 0.41 0.16
174_I 107_V 1.02 0.41 0.16
18_A 82_S 1.02 0.41 0.16
153_S 115_D 1.02 0.41 0.16
226_G 45_Y 1.01 0.41 0.16
88_N 149_F 1.01 0.41 0.16
192_V 65_I 1.01 0.40 0.15
111_P 65_I 1.00 0.40 0.15
190_I 16_F 1.00 0.40 0.15
151_V 112_L 1.00 0.39 0.15
188_N 124_L 1.00 0.39 0.15
152_I 69_I 1.00 0.39 0.15
110_S 49_A 0.99 0.39 0.15
229_F 45_Y 0.99 0.39 0.14
35_F 128_V 0.99 0.39 0.14
157_V 155_V 0.98 0.38 0.14
83_E 132_P 0.98 0.38 0.14
193_I 139_V 0.98 0.38 0.14
191_R 148_I 0.98 0.37 0.14
8_G 56_V 0.97 0.37 0.13
123_V 124_L 0.97 0.37 0.13
203_L 100_L 0.97 0.37 0.13
26_I 59_G 0.97 0.37 0.13
70_R 79_L 0.97 0.36 0.13
130_P 102_Q 0.96 0.36 0.13
123_V 53_R 0.96 0.36 0.13
238_V 61_V 0.96 0.36 0.13
236_A 6_S 0.96 0.36 0.13
94_L 39_V 0.95 0.35 0.12
225_L 65_I 0.95 0.35 0.12
91_L 69_I 0.95 0.35 0.12
214_I 16_F 0.95 0.35 0.12
158_V 27_W 0.94 0.34 0.12
38_I 74_L 0.94 0.34 0.12
238_V 34_F 0.94 0.34 0.12
39_R 68_L 0.93 0.34 0.11
197_N 15_S 0.93 0.33 0.11
228_R 81_M 0.93 0.33 0.11
52_V 44_L 0.93 0.33 0.11
57_R 27_W 0.93 0.33 0.11
241_V 101_W 0.93 0.33 0.11
174_I 14_L 0.93 0.33 0.11
49_F 133_E 0.93 0.33 0.11
131_Y 15_S 0.92 0.32 0.11
85_L 100_L 0.92 0.32 0.11
165_A 45_Y 0.92 0.32 0.11
158_V 123_F 0.92 0.32 0.10
46_V 89_A 0.92 0.32 0.10
194_A 59_G 0.91 0.32 0.10
164_V 31_L 0.91 0.32 0.10
203_L 22_L 0.91 0.32 0.10
133_D 40_L 0.91 0.32 0.10
143_N 95_F 0.91 0.31 0.10
67_L 109_L 0.91 0.31 0.10
82_Q 58_T 0.91 0.31 0.10
142_V 58_T 0.90 0.31 0.10
87_K 150_L 0.90 0.31 0.10
157_V 106_V 0.90 0.31 0.10
59_L 15_S 0.90 0.31 0.10
52_V 73_T 0.90 0.31 0.10
229_F 156_R 0.90 0.30 0.10
250_T 72_S 0.90 0.30 0.10
143_N 14_L 0.90 0.30 0.10
201_D 148_I 0.90 0.30 0.10
225_L 102_Q 0.89 0.30 0.10
216_V 17_L 0.89 0.30 0.10
25_I 17_L 0.89 0.30 0.10
123_V 54_V 0.89 0.30 0.09
80_L 111_S 0.89 0.30 0.09
158_V 130_F 0.89 0.29 0.09
233_Y 38_W 0.89 0.29 0.09
77_N 120_W 0.88 0.29 0.09
69_S 25_M 0.88 0.29 0.09
241_V 125_V 0.88 0.29 0.09
221_V 132_P 0.88 0.29 0.09
101_N 152_M 0.88 0.29 0.09
194_A 110_L 0.88 0.29 0.09
174_I 32_I 0.88 0.29 0.09
193_I 69_I 0.88 0.28 0.09
13_I 34_F 0.88 0.28 0.09
43_D 68_L 0.87 0.28 0.09
16_I 117_I 0.87 0.28 0.09
221_V 95_F 0.87 0.28 0.09
152_I 105_L 0.87 0.28 0.09
219_V 79_L 0.86 0.28 0.08
249_Y 144_L 0.86 0.28 0.08
168_T 18_I 0.86 0.28 0.08
75_L 48_L 0.86 0.27 0.08
174_I 64_A 0.86 0.27 0.08
65_Q 58_T 0.86 0.27 0.08
123_V 98_L 0.86 0.27 0.08
188_N 82_S 0.86 0.27 0.08
154_D 12_I 0.86 0.27 0.08
137_I 72_S 0.86 0.27 0.08
94_L 34_F 0.85 0.27 0.08
198_G 134_V 0.85 0.27 0.08
26_I 72_S 0.85 0.27 0.08
229_F 78_V 0.85 0.26 0.08
70_R 60_F 0.85 0.26 0.08
114_Q 147_W 0.85 0.26 0.08
20_L 18_I 0.84 0.26 0.08
161_V 88_V 0.84 0.26 0.08
162_V 24_I 0.84 0.26 0.07
96_Q 27_W 0.84 0.26 0.07
157_V 23_Q 0.84 0.26 0.07
161_V 86_Y 0.84 0.26 0.07
185_V 85_A 0.84 0.26 0.07
236_A 58_T 0.84 0.26 0.07
118_K 89_A 0.84 0.26 0.07
149_Q 141_N 0.83 0.25 0.07
192_V 111_S 0.83 0.25 0.07
72_Q 135_F 0.83 0.25 0.07
99_Q 64_A 0.83 0.25 0.07
174_I 117_I 0.83 0.25 0.07
98_K 77_R 0.83 0.25 0.07
47_S 135_F 0.82 0.25 0.07
51_F 42_I 0.82 0.24 0.07
52_V 17_L 0.82 0.24 0.07
198_G 55_N 0.82 0.24 0.07
96_Q 123_F 0.82 0.24 0.07
60_L 25_M 0.82 0.24 0.07
237_V 33_V 0.82 0.24 0.07
114_Q 140_V 0.82 0.24 0.07
67_L 22_L 0.82 0.24 0.07
69_S 90_L 0.82 0.24 0.07
247_R 16_F 0.82 0.24 0.07
14_R 56_V 0.82 0.24 0.07
236_A 72_S 0.81 0.24 0.07
209_P 134_V 0.81 0.24 0.07
226_G 21_L 0.81 0.24 0.07
163_A 98_L 0.81 0.24 0.07
62_G 27_W 0.81 0.24 0.07
152_I 74_L 0.81 0.24 0.07
93_M 60_F 0.81 0.24 0.07
49_F 14_L 0.81 0.24 0.07
162_V 7_Q 0.81 0.24 0.07
202_D 40_L 0.81 0.23 0.06
201_D 155_V 0.81 0.23 0.06
16_I 100_L 0.81 0.23 0.06
42_M 65_I 0.81 0.23 0.06
109_G 148_I 0.81 0.23 0.06
188_N 32_I 0.81 0.23 0.06
170_R 93_Q 0.80 0.23 0.06
82_Q 25_M 0.80 0.23 0.06
123_V 16_F 0.80 0.23 0.06
244_D 87_L 0.80 0.23 0.06
16_I 44_L 0.80 0.23 0.06
38_I 47_I 0.80 0.23 0.06
161_V 18_I 0.80 0.23 0.06
114_Q 73_T 0.80 0.23 0.06
139_K 124_L 0.80 0.23 0.06
207_H 77_R 0.80 0.23 0.06
81_R 33_V 0.80 0.23 0.06
17_L 139_V 0.80 0.23 0.06
178_T 107_V 0.80 0.23 0.06
106_E 29_D 0.80 0.23 0.06
131_Y 72_S 0.80 0.23 0.06
70_R 161_V 0.79 0.22 0.06
167_L 134_V 0.79 0.22 0.06
76_E 14_L 0.79 0.22 0.06
35_F 34_F 0.79 0.22 0.06
59_L 85_A 0.79 0.22 0.06
111_P 64_A 0.79 0.22 0.06
56_P 59_G 0.79 0.22 0.06
118_K 55_N 0.79 0.22 0.06
134_Q 56_V 0.79 0.22 0.06
207_H 15_S 0.79 0.22 0.06
94_L 147_W 0.79 0.22 0.06
246_Q 27_W 0.79 0.22 0.06
85_L 147_W 0.79 0.22 0.06
118_K 37_N 0.79 0.22 0.06
174_I 151_L 0.79 0.22 0.06
44_T 39_V 0.79 0.22 0.06
188_N 154_K 0.79 0.22 0.06
142_V 107_V 0.79 0.22 0.06
44_T 43_L 0.79 0.22 0.06
167_L 83_I 0.79 0.22 0.06
167_L 161_V 0.79 0.22 0.06
168_T 22_L 0.78 0.22 0.06
172_L 38_W 0.78 0.22 0.06
120_V 149_F 0.78 0.22 0.06
122_Q 93_Q 0.78 0.22 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.157 seconds.