May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
CpoB YfgM
Genes: A B A+B
Length: 263 206 436
Sequences: 689 1037 293
Seq/Len: 2.62 5.03 0.67
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.00
20 0.00 0.00 0.00
100 0.00 0.00 0.03
∞ 0.00 0.00 0.62
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
200_A 60_A 1.38 0.56 0.00
220_M 102_N 1.34 0.52 0.00
138_K 73_P 1.33 0.52 0.00
195_K 92_L 1.33 0.52 0.00
213_S 172_G 1.31 0.50 0.00
68_S 114_G 1.29 0.48 0.00
170_I 116_A 1.28 0.47 0.00
38_V 143_A 1.26 0.46 0.00
166_F 194_S 1.26 0.46 0.00
104_G 55_L 1.25 0.45 0.00
251_D 35_A 1.25 0.45 0.00
142_A 34_G 1.23 0.43 0.00
260_L 200_K 1.22 0.43 0.00
111_T 48_D 1.19 0.40 0.00
152_L 172_G 1.19 0.40 0.00
62_Q 134_V 1.17 0.38 0.00
185_W 132_A 1.16 0.38 0.00
84_L 64_V 1.16 0.38 0.00
84_L 46_Q 1.16 0.37 0.00
146_Y 42_W 1.15 0.37 0.00
220_M 20_E 1.13 0.35 0.00
212_K 30_I 1.13 0.35 0.00
200_A 7_E 1.13 0.35 0.00
67_Q 196_M 1.12 0.35 0.00
79_E 97_Q 1.11 0.34 0.00
235_K 155_G 1.11 0.34 0.00
168_N 7_E 1.10 0.33 0.00
205_S 19_A 1.08 0.32 0.00
165_A 45_H 1.08 0.31 0.00
199_A 167_A 1.07 0.31 0.00
221_F 158_A 1.07 0.31 0.00
78_Q 162_D 1.06 0.30 0.00
156_K 162_D 1.06 0.30 0.00
240_Y 170_S 1.05 0.29 0.00
110_S 80_A 1.04 0.29 0.00
203_F 94_L 1.04 0.29 0.00
248_P 78_F 1.04 0.29 0.00
199_A 175_Q 1.04 0.29 0.00
232_D 114_G 1.04 0.29 0.00
92_K 42_W 1.04 0.29 0.00
211_P 137_Q 1.03 0.28 0.00
218_D 117_D 1.02 0.28 0.00
75_G 103_E 1.02 0.28 0.00
257_Q 149_D 1.01 0.27 0.00
131_A 14_V 1.01 0.27 0.00
250_T 146_K 1.01 0.27 0.00
136_P 57_Y 1.01 0.27 0.00
86_Q 139_K 1.00 0.26 0.00
69_D 50_A 1.00 0.26 0.00
203_F 45_H 0.99 0.26 0.00
260_L 144_A 0.99 0.25 0.00
64_S 51_R 0.98 0.25 0.00
240_Y 188_D 0.98 0.25 0.00
122_T 103_E 0.98 0.25 0.00
239_V 41_Y 0.98 0.25 0.00
142_A 57_Y 0.98 0.25 0.00
249_G 34_G 0.98 0.25 0.00
80_N 64_V 0.98 0.25 0.00
158_R 20_E 0.97 0.24 0.00
148_A 80_A 0.97 0.24 0.00
220_M 96_Q 0.96 0.24 0.00
193_K 168_L 0.96 0.23 0.00
255_Q 137_Q 0.95 0.23 0.00
58_Q 71_S 0.95 0.23 0.00
261_N 12_E 0.94 0.23 0.00
219_A 170_S 0.94 0.23 0.00
250_T 144_A 0.93 0.22 0.00
182_A 172_G 0.93 0.22 0.00
184_Y 57_Y 0.93 0.22 0.00
214_P 114_G 0.93 0.22 0.00
222_K 6_N 0.93 0.22 0.00
189_L 36_L 0.93 0.22 0.00
242_Q 143_A 0.93 0.22 0.00
177_T 146_K 0.93 0.22 0.00
219_A 160_V 0.92 0.21 0.00
202_Y 148_L 0.92 0.21 0.00
223_V 162_D 0.92 0.21 0.00
88_V 34_G 0.92 0.21 0.00
237_K 52_S 0.92 0.21 0.00
247_Y 140_Q 0.92 0.21 0.00
251_D 143_A 0.92 0.21 0.00
170_I 189_V 0.91 0.21 0.00
189_L 10_Q 0.91 0.21 0.00
130_T 139_K 0.91 0.21 0.00
199_A 192_A 0.91 0.20 0.00
158_R 160_V 0.90 0.20 0.00
233_T 112_Q 0.90 0.20 0.00
170_I 106_K 0.90 0.20 0.00
216_A 9_D 0.90 0.20 0.00
172_N 20_E 0.90 0.20 0.00
224_G 20_E 0.90 0.20 0.00
233_T 74_A 0.90 0.20 0.00
36_G 127_I 0.90 0.20 0.00
42_V 120_D 0.90 0.20 0.00
198_D 92_L 0.90 0.20 0.00
159_Q 57_Y 0.89 0.20 0.00
70_I 59_N 0.89 0.20 0.00
46_E 28_G 0.89 0.20 0.00
70_I 73_P 0.89 0.20 0.00
257_Q 141_A 0.89 0.20 0.00
254_K 2_E 0.89 0.20 0.00
71_D 73_P 0.89 0.19 0.00
210_Y 105_E 0.89 0.19 0.00
249_G 126_V 0.88 0.19 0.00
194_G 142_D 0.88 0.19 0.00
209_N 30_I 0.88 0.19 0.00
88_V 155_G 0.88 0.19 0.00
160_D 134_V 0.88 0.19 0.00
191_Y 42_W 0.88 0.19 0.00
247_Y 128_N 0.87 0.19 0.00
79_E 132_A 0.87 0.19 0.00
74_R 166_E 0.87 0.19 0.00
107_A 84_N 0.87 0.19 0.00
80_N 6_N 0.87 0.19 0.00
55_L 156_W 0.87 0.19 0.00
206_V 200_K 0.87 0.19 0.00
68_S 72_I 0.87 0.19 0.00
86_Q 56_A 0.87 0.19 0.00
256_A 144_A 0.87 0.18 0.00
169_F 73_P 0.86 0.18 0.00
130_T 106_K 0.86 0.18 0.00
132_N 173_D 0.86 0.18 0.00
59_L 53_A 0.86 0.18 0.00
180_P 32_G 0.86 0.18 0.00
227_M 8_N 0.86 0.18 0.00
172_N 109_A 0.86 0.18 0.00
203_F 12_E 0.86 0.18 0.00
195_K 126_V 0.86 0.18 0.00
169_F 145_L 0.86 0.18 0.00
253_A 22_G 0.85 0.18 0.00
226_I 173_D 0.85 0.18 0.00
146_Y 38_G 0.85 0.18 0.00
153_V 129_L 0.85 0.18 0.00
74_R 196_M 0.85 0.18 0.00
64_S 60_A 0.85 0.18 0.00
104_G 175_Q 0.85 0.18 0.00
84_L 97_Q 0.85 0.18 0.00
258_K 168_L 0.85 0.18 0.00
170_I 33_V 0.85 0.18 0.00
240_Y 159_I 0.85 0.18 0.00
63_L 54_S 0.85 0.18 0.00
153_V 102_N 0.85 0.17 0.00
142_A 6_N 0.85 0.17 0.00
128_A 118_T 0.85 0.17 0.00
58_Q 121_E 0.84 0.17 0.00
231_G 88_A 0.84 0.17 0.00
148_A 48_D 0.84 0.17 0.00
73_L 184_G 0.84 0.17 0.00
221_F 129_L 0.84 0.17 0.00
115_Q 41_Y 0.84 0.17 0.00
50_N 7_E 0.84 0.17 0.00
80_N 17_F 0.84 0.17 0.00
210_Y 116_A 0.84 0.17 0.00
134_G 57_Y 0.84 0.17 0.00
228_Q 176_G 0.84 0.17 0.00
101_L 87_G 0.84 0.17 0.00
142_A 14_V 0.83 0.17 0.00
197_D 54_S 0.83 0.17 0.00
113_G 121_E 0.83 0.17 0.00
189_L 78_F 0.83 0.17 0.00
257_Q 194_S 0.83 0.17 0.00
147_N 19_A 0.83 0.17 0.00
98_I 170_S 0.83 0.17 0.00
187_G 134_V 0.83 0.17 0.00
247_Y 123_L 0.83 0.17 0.00
217_A 204_L 0.82 0.17 0.00
54_Q 32_G 0.82 0.17 0.00
57_T 113_Q 0.82 0.16 0.00
138_K 167_A 0.82 0.16 0.00
258_K 106_K 0.82 0.16 0.00
219_A 129_L 0.82 0.16 0.00
202_Y 12_E 0.82 0.16 0.00
253_A 145_L 0.82 0.16 0.00
209_N 80_A 0.82 0.16 0.00
166_F 120_D 0.82 0.16 0.00
252_G 96_Q 0.82 0.16 0.00
227_M 134_V 0.82 0.16 0.00
89_E 154_E 0.82 0.16 0.00
164_V 47_V 0.82 0.16 0.00
184_Y 28_G 0.82 0.16 0.00
73_L 92_L 0.81 0.16 0.00
161_D 124_K 0.81 0.16 0.00
237_K 102_N 0.81 0.16 0.00
200_A 160_V 0.81 0.16 0.00
213_S 25_L 0.81 0.16 0.00
92_K 130_R 0.81 0.16 0.00
65_D 142_D 0.81 0.16 0.00
224_G 127_I 0.81 0.16 0.00
176_S 156_W 0.81 0.16 0.00
218_D 18_F 0.81 0.16 0.00
158_R 51_R 0.81 0.16 0.00
75_G 181_W 0.81 0.16 0.00
207_V 156_W 0.81 0.16 0.00
213_S 21_N 0.81 0.16 0.00
74_R 11_V 0.80 0.15 0.00
86_Q 63_A 0.80 0.15 0.00
130_T 92_L 0.80 0.15 0.00
74_R 39_W 0.80 0.15 0.00
134_G 49_S 0.80 0.15 0.00
83_Q 189_V 0.80 0.15 0.00
181_N 38_G 0.80 0.15 0.00
203_F 13_A 0.80 0.15 0.00
77_I 156_W 0.80 0.15 0.00
189_L 54_S 0.80 0.15 0.00
63_L 50_A 0.80 0.15 0.00
228_Q 7_E 0.80 0.15 0.00
258_K 127_I 0.80 0.15 0.00
39_E 126_V 0.80 0.15 0.00
172_N 90_A 0.79 0.15 0.00
70_I 175_Q 0.79 0.15 0.00
126_A 199_M 0.79 0.15 0.00
93_Q 163_L 0.79 0.15 0.00
51_A 112_Q 0.79 0.15 0.00
124_P 108_A 0.79 0.15 0.00
64_S 195_E 0.79 0.15 0.00
257_Q 168_L 0.79 0.15 0.00
214_P 35_A 0.79 0.15 0.00
66_N 27_V 0.79 0.15 0.00
72_S 12_E 0.79 0.15 0.00
168_N 155_G 0.79 0.15 0.00
85_N 6_N 0.79 0.15 0.00
167_Q 101_K 0.79 0.15 0.00
185_W 18_F 0.78 0.15 0.00
50_N 102_N 0.78 0.15 0.00
69_D 14_V 0.78 0.15 0.00
96_L 185_V 0.78 0.15 0.00
135_A 62_T 0.78 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0643 seconds.