May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ftszftsw Ecoli
Genes: A B A+B
Length: 383 414 683
Sequences: 2098 2986 824
Seq/Len: 5.48 7.21 1.21
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.00 0.00
2 0.02 0.00 0.05
5 0.02 0.00 0.70
10 0.02 0.01 1.01
20 0.02 0.01 1.03
100 0.03 0.04 1.22
∞ 0.05 0.14 1.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
308_V 365_G 1.82 0.94 0.63
125_I 199_G 1.35 0.71 0.25
125_I 197_D 1.35 0.71 0.25
224_M 199_G 1.33 0.69 0.24
104_M 325_R 1.24 0.61 0.18
216_V 98_I 1.24 0.61 0.18
115_V 295_H 1.22 0.60 0.17
206_M 161_A 1.20 0.58 0.16
148_Q 302_I 1.17 0.55 0.14
198_E 349_G 1.16 0.54 0.14
162_T 198_L 1.15 0.53 0.13
214_R 259_G 1.14 0.52 0.13
76_V 322_V 1.13 0.51 0.13
100_I 307_L 1.12 0.50 0.12
16_I 389_T 1.10 0.48 0.11
187_D 137_R 1.08 0.46 0.10
59_Q 325_R 1.08 0.46 0.10
282_I 77_D 1.07 0.46 0.10
84_D 370_K 1.06 0.44 0.10
115_V 87_V 1.06 0.44 0.10
26_V 294_A 1.05 0.44 0.10
214_R 68_M 1.04 0.42 0.09
218_S 373_T 1.04 0.42 0.09
206_M 206_V 1.03 0.41 0.09
313_T 218_K 1.02 0.41 0.09
289_N 360_V 1.02 0.41 0.08
116_V 57_A 1.02 0.40 0.08
323_I 123_M 1.01 0.40 0.08
255_S 320_F 1.01 0.39 0.08
235_R 197_D 1.00 0.39 0.08
161_I 199_G 0.99 0.38 0.07
308_V 236_L 0.99 0.38 0.07
277_T 217_A 0.99 0.38 0.07
18_V 209_L 0.98 0.37 0.07
128_V 290_Y 0.98 0.37 0.07
88_L 354_F 0.98 0.37 0.07
40_F 161_A 0.98 0.36 0.07
78_R 294_A 0.97 0.36 0.07
224_M 197_D 0.97 0.36 0.07
35_E 57_A 0.97 0.36 0.07
37_V 282_G 0.96 0.35 0.07
306_L 84_R 0.96 0.35 0.07
231_S 340_F 0.95 0.34 0.06
193_V 340_F 0.95 0.34 0.06
60_I 330_G 0.95 0.34 0.06
176_I 376_L 0.95 0.34 0.06
58_I 90_I 0.95 0.34 0.06
60_I 289_E 0.94 0.33 0.06
76_V 161_A 0.94 0.33 0.06
28_H 269_M 0.94 0.33 0.06
279_G 64_T 0.94 0.33 0.06
302_M 340_F 0.94 0.33 0.06
230_A 53_F 0.94 0.33 0.06
177_S 356_A 0.94 0.33 0.06
306_L 309_Y 0.94 0.33 0.06
58_I 53_F 0.93 0.32 0.06
214_R 382_S 0.93 0.32 0.06
224_M 192_L 0.92 0.32 0.06
255_S 299_I 0.92 0.32 0.06
95_A 215_A 0.92 0.31 0.06
133_K 218_K 0.92 0.31 0.06
265_T 152_T 0.91 0.31 0.05
224_M 200_T 0.91 0.31 0.05
76_V 220_W 0.91 0.31 0.05
251_D 370_K 0.91 0.30 0.05
33_R 315_A 0.91 0.30 0.05
261_L 160_I 0.91 0.30 0.05
128_V 146_I 0.90 0.30 0.05
76_V 358_V 0.90 0.29 0.05
85_R 370_K 0.90 0.29 0.05
155_K 97_I 0.89 0.29 0.05
282_I 322_V 0.89 0.29 0.05
35_E 223_I 0.89 0.29 0.05
215_T 139_I 0.89 0.29 0.05
242_M 303_I 0.88 0.28 0.05
282_I 86_G 0.88 0.28 0.05
231_S 382_S 0.88 0.28 0.05
254_L 84_R 0.88 0.28 0.05
298_L 281_L 0.88 0.28 0.05
73_N 50_W 0.88 0.28 0.05
26_V 362_A 0.88 0.28 0.04
42_V 289_E 0.87 0.28 0.04
26_V 95_L 0.87 0.28 0.04
63_G 301_A 0.87 0.27 0.04
93_E 357_L 0.87 0.27 0.04
64_I 58_I 0.87 0.27 0.04
122_D 299_I 0.87 0.27 0.04
308_V 361_G 0.87 0.27 0.04
177_S 300_F 0.86 0.27 0.04
289_N 95_L 0.86 0.27 0.04
60_I 321_F 0.86 0.27 0.04
186_N 303_I 0.86 0.27 0.04
116_V 349_G 0.86 0.27 0.04
178_L 266_Q 0.86 0.27 0.04
60_I 268_L 0.86 0.27 0.04
285_F 377_I 0.86 0.26 0.04
300_P 105_E 0.86 0.26 0.04
76_V 225_I 0.85 0.26 0.04
116_V 226_I 0.85 0.26 0.04
118_E 189_A 0.85 0.26 0.04
257_A 359_N 0.85 0.26 0.04
92_L 194_A 0.85 0.26 0.04
83_E 325_R 0.84 0.25 0.04
118_E 336_I 0.84 0.25 0.04
162_T 171_V 0.84 0.25 0.04
72_A 261_G 0.84 0.25 0.04
219_E 296_T 0.84 0.25 0.04
121_K 283_N 0.84 0.25 0.04
104_M 288_L 0.84 0.25 0.04
233_E 299_I 0.83 0.25 0.04
308_V 367_L 0.83 0.25 0.04
137_F 359_N 0.83 0.24 0.04
266_A 338_H 0.83 0.24 0.04
161_I 197_D 0.83 0.24 0.04
73_N 379_Y 0.83 0.24 0.04
253_D 198_L 0.83 0.24 0.04
235_R 373_T 0.82 0.24 0.04
215_T 276_L 0.82 0.24 0.04
214_R 369_T 0.82 0.24 0.04
129_A 190_V 0.82 0.24 0.04
316_G 387_M 0.82 0.24 0.04
250_E 203_V 0.82 0.24 0.04
86_D 323_A 0.82 0.24 0.04
58_I 133_K 0.82 0.24 0.04
80_A 93_F 0.82 0.24 0.04
187_D 373_T 0.82 0.24 0.04
166_D 299_I 0.82 0.23 0.04
265_T 122_L 0.82 0.23 0.04
28_H 135_A 0.82 0.23 0.04
82_D 399_Y 0.81 0.23 0.04
281_T 303_I 0.81 0.23 0.04
171_V 92_A 0.81 0.23 0.03
320_R 314_L 0.81 0.23 0.03
123_L 117_G 0.81 0.23 0.03
170_K 189_A 0.81 0.23 0.03
263_N 159_Y 0.81 0.23 0.03
119_V 164_L 0.81 0.23 0.03
206_M 353_S 0.81 0.23 0.03
233_E 48_L 0.81 0.23 0.03
123_L 332_K 0.81 0.23 0.03
228_G 150_E 0.81 0.23 0.03
86_D 93_F 0.81 0.23 0.03
315_I 370_K 0.81 0.23 0.03
160_L 361_G 0.81 0.23 0.03
92_L 337_D 0.81 0.23 0.03
163_I 302_I 0.81 0.23 0.03
184_A 137_R 0.80 0.23 0.03
235_R 243_R 0.80 0.23 0.03
260_V 260_S 0.80 0.22 0.03
296_T 134_G 0.80 0.22 0.03
235_R 250_F 0.80 0.22 0.03
218_S 211_M 0.79 0.22 0.03
86_D 192_L 0.79 0.22 0.03
277_T 202_V 0.79 0.22 0.03
260_V 385_L 0.79 0.22 0.03
140_K 262_Y 0.79 0.22 0.03
302_M 344_L 0.79 0.21 0.03
199_L 203_V 0.79 0.21 0.03
159_S 64_T 0.79 0.21 0.03
321_P 206_V 0.79 0.21 0.03
296_T 209_L 0.79 0.21 0.03
300_P 111_S 0.79 0.21 0.03
224_M 369_T 0.79 0.21 0.03
60_I 61_I 0.79 0.21 0.03
216_V 125_V 0.78 0.21 0.03
115_V 230_I 0.78 0.21 0.03
52_T 304_G 0.78 0.21 0.03
311_V 336_I 0.78 0.21 0.03
306_L 107_W 0.78 0.21 0.03
129_A 271_F 0.78 0.21 0.03
151_T 357_L 0.78 0.21 0.03
116_V 277_W 0.78 0.21 0.03
282_I 269_M 0.78 0.21 0.03
18_V 309_Y 0.78 0.21 0.03
16_I 238_L 0.78 0.21 0.03
245_S 362_A 0.78 0.21 0.03
289_N 120_I 0.78 0.21 0.03
235_R 390_A 0.78 0.21 0.03
75_E 126_L 0.78 0.21 0.03
16_I 102_L 0.78 0.21 0.03
18_V 123_M 0.78 0.21 0.03
180_D 183_G 0.78 0.21 0.03
166_D 102_L 0.77 0.21 0.03
104_M 398_D 0.77 0.20 0.03
163_I 205_F 0.77 0.20 0.03
157_V 326_A 0.77 0.20 0.03
140_K 91_L 0.77 0.20 0.03
315_I 369_T 0.77 0.20 0.03
206_M 205_F 0.77 0.20 0.03
305_E 60_F 0.77 0.20 0.03
307_R 346_C 0.77 0.20 0.03
46_A 199_G 0.77 0.20 0.03
129_A 396_R 0.77 0.20 0.03
302_M 323_A 0.77 0.20 0.03
214_R 79_F 0.77 0.20 0.03
151_T 93_F 0.77 0.20 0.03
290_A 304_G 0.77 0.20 0.03
10_D 259_G 0.77 0.20 0.03
194_Q 272_G 0.76 0.20 0.03
163_I 53_F 0.76 0.20 0.03
294_I 163_Y 0.76 0.20 0.03
148_Q 233_V 0.76 0.20 0.03
141_K 92_A 0.76 0.20 0.03
116_V 136_S 0.76 0.20 0.03
192_A 269_M 0.76 0.20 0.03
294_I 343_F 0.76 0.20 0.03
260_V 216_G 0.76 0.19 0.03
152_E 58_I 0.75 0.19 0.03
64_I 180_K 0.75 0.19 0.03
286_A 302_I 0.75 0.19 0.03
80_A 83_K 0.75 0.19 0.03
121_K 54_G 0.75 0.19 0.03
194_Q 348_I 0.75 0.19 0.03
140_K 310_V 0.75 0.19 0.03
66_K 123_M 0.75 0.19 0.03
115_V 227_G 0.75 0.19 0.03
194_Q 154_L 0.75 0.19 0.03
170_K 394_L 0.75 0.19 0.03
86_D 99_T 0.75 0.19 0.03
92_L 366_M 0.75 0.19 0.03
40_F 344_L 0.75 0.19 0.03
121_K 293_E 0.75 0.19 0.03
16_I 239_A 0.75 0.19 0.03
298_L 215_A 0.75 0.19 0.03
317_M 94_I 0.74 0.19 0.03
125_I 85_D 0.74 0.19 0.03
88_L 86_G 0.74 0.19 0.02
72_A 58_I 0.74 0.18 0.02
162_T 366_M 0.74 0.18 0.02
305_E 118_S 0.74 0.18 0.02
28_H 370_K 0.74 0.18 0.02
254_L 341_S 0.74 0.18 0.02
250_E 261_G 0.74 0.18 0.02
216_V 186_L 0.74 0.18 0.02
87_A 277_W 0.74 0.18 0.02
298_L 194_A 0.74 0.18 0.02
101_A 356_A 0.74 0.18 0.02
60_I 89_L 0.74 0.18 0.02
252_I 168_G 0.74 0.18 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.3538 seconds.