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OPENSEQ.org
JK
Genes: A B A+B
Length: 178 448 611
Sequences: 458 808 316
Seq/Len: 2.57 1.8 0.52
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.35
2 0.00 0.00 0.36
5 0.00 0.00 0.36
10 0.01 0.00 0.39
20 0.01 0.00 0.50
100 0.02 0.02 0.51
∞ 0.11 0.11 0.53
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
147_R 386_V 1.93 0.84 0.12
74_I 148_V 1.66 0.69 0.06
147_R 148_V 1.42 0.51 0.03
70_V 207_S 1.36 0.47 0.03
104_I 90_P 1.35 0.46 0.02
53_I 55_L 1.32 0.44 0.02
69_S 298_L 1.30 0.42 0.02
105_A 323_Q 1.29 0.41 0.02
151_S 382_V 1.28 0.41 0.02
105_A 441_L 1.28 0.40 0.02
21_L 189_T 1.21 0.35 0.02
152_R 221_L 1.21 0.35 0.02
65_G 325_L 1.20 0.35 0.01
147_R 323_Q 1.19 0.34 0.01
98_I 389_I 1.19 0.34 0.01
69_S 381_V 1.17 0.32 0.01
25_G 236_V 1.14 0.31 0.01
140_D 46_F 1.14 0.30 0.01
76_Q 154_I 1.14 0.30 0.01
136_F 338_I 1.14 0.30 0.01
63_A 393_T 1.13 0.30 0.01
108_D 323_Q 1.13 0.30 0.01
51_L 245_L 1.12 0.29 0.01
23_G 372_V 1.12 0.29 0.01
129_F 325_L 1.11 0.29 0.01
88_Y 391_L 1.10 0.28 0.01
113_P 280_F 1.10 0.28 0.01
85_S 135_V 1.10 0.28 0.01
85_S 438_D 1.09 0.27 0.01
119_V 316_T 1.08 0.27 0.01
73_R 401_L 1.08 0.27 0.01
20_S 69_C 1.08 0.27 0.01
78_K 105_L 1.08 0.27 0.01
51_L 438_D 1.07 0.26 0.01
69_S 88_F 1.07 0.26 0.01
68_L 147_P 1.07 0.26 0.01
94_G 283_G 1.05 0.25 0.01
65_G 71_P 1.05 0.25 0.01
25_G 416_T 1.05 0.25 0.01
152_R 238_E 1.04 0.24 0.01
164_E 19_Q 1.04 0.24 0.01
146_W 293_Y 1.04 0.24 0.01
104_I 441_L 1.04 0.24 0.01
22_S 160_G 1.03 0.24 0.01
55_A 372_V 1.02 0.23 0.01
146_W 295_H 1.02 0.23 0.01
108_D 41_D 1.02 0.23 0.01
137_L 221_L 1.01 0.23 0.01
104_I 125_T 1.01 0.23 0.01
17_F 105_L 1.01 0.23 0.01
111_M 240_M 1.01 0.23 0.01
147_R 106_P 1.00 0.22 0.01
98_I 188_N 1.00 0.22 0.01
37_A 434_G 1.00 0.22 0.01
16_L 210_V 1.00 0.22 0.01
130_T 102_Y 1.00 0.22 0.01
51_L 194_I 1.00 0.22 0.01
104_I 294_N 1.00 0.22 0.01
136_F 385_Q 0.99 0.22 0.01
163_I 352_A 0.99 0.22 0.01
51_L 354_R 0.99 0.22 0.01
110_W 115_I 0.99 0.22 0.01
107_K 360_D 0.99 0.21 0.01
116_S 7_K 0.99 0.21 0.01
67_P 133_T 0.99 0.21 0.01
115_G 55_L 0.98 0.21 0.01
163_I 83_L 0.98 0.21 0.01
102_D 333_T 0.98 0.21 0.01
152_R 42_F 0.98 0.21 0.01
137_L 193_T 0.97 0.21 0.01
25_G 325_L 0.97 0.21 0.01
136_F 46_F 0.97 0.21 0.01
104_I 115_I 0.97 0.21 0.01
97_E 59_G 0.97 0.21 0.01
69_S 431_H 0.97 0.21 0.01
108_D 25_Q 0.97 0.20 0.01
146_W 239_F 0.97 0.20 0.01
26_L 184_L 0.97 0.20 0.01
177_D 186_L 0.96 0.20 0.01
165_V 69_C 0.96 0.20 0.01
165_V 338_I 0.96 0.20 0.01
172_L 245_L 0.96 0.20 0.01
102_D 274_L 0.95 0.20 0.01
107_K 330_S 0.95 0.20 0.01
136_F 75_V 0.94 0.19 0.01
147_R 190_F 0.94 0.19 0.01
137_L 170_L 0.94 0.19 0.01
101_G 415_G 0.94 0.19 0.01
163_I 381_V 0.94 0.19 0.01
131_G 223_G 0.94 0.19 0.01
75_Y 373_A 0.94 0.19 0.01
76_Q 307_I 0.94 0.19 0.01
114_G 369_Q 0.94 0.19 0.01
172_L 7_K 0.94 0.19 0.01
132_V 129_R 0.93 0.19 0.01
76_Q 424_K 0.93 0.19 0.01
136_F 364_R 0.93 0.19 0.01
119_V 95_S 0.93 0.18 0.01
129_F 170_L 0.93 0.18 0.01
22_S 49_L 0.93 0.18 0.01
57_E 101_I 0.92 0.18 0.01
25_G 221_L 0.92 0.18 0.01
51_L 226_G 0.92 0.18 0.01
161_R 267_Y 0.92 0.18 0.01
42_F 238_E 0.92 0.18 0.01
75_Y 404_H 0.91 0.18 0.01
111_M 357_M 0.91 0.18 0.01
111_M 205_A 0.91 0.18 0.01
175_V 76_F 0.91 0.18 0.01
132_V 292_P 0.91 0.18 0.01
136_F 275_G 0.91 0.18 0.01
153_D 438_D 0.91 0.18 0.01
126_A 323_Q 0.91 0.18 0.01
99_L 311_R 0.91 0.18 0.01
139_P 235_D 0.91 0.17 0.01
62_S 130_L 0.90 0.17 0.01
136_F 437_P 0.90 0.17 0.01
62_S 376_D 0.90 0.17 0.01
53_I 185_V 0.90 0.17 0.01
114_G 310_L 0.90 0.17 0.01
130_T 46_F 0.90 0.17 0.01
106_Q 271_V 0.90 0.17 0.01
112_Q 312_R 0.90 0.17 0.01
73_R 86_E 0.90 0.17 0.01
176_K 186_L 0.90 0.17 0.01
136_F 393_T 0.90 0.17 0.01
132_V 323_Q 0.89 0.17 0.01
37_A 92_T 0.89 0.17 0.01
66_I 37_D 0.89 0.17 0.01
171_T 273_L 0.89 0.17 0.01
79_D 366_F 0.89 0.17 0.01
163_I 337_T 0.89 0.17 0.01
127_A 427_A 0.89 0.17 0.01
62_S 373_A 0.89 0.17 0.01
66_I 374_A 0.89 0.17 0.01
108_D 79_P 0.89 0.17 0.01
59_I 318_L 0.89 0.17 0.01
87_D 298_L 0.89 0.17 0.01
54_R 432_I 0.88 0.17 0.01
53_I 19_Q 0.88 0.17 0.01
37_A 130_L 0.88 0.17 0.01
33_G 366_F 0.88 0.16 0.01
97_E 50_S 0.88 0.16 0.01
152_R 428_L 0.88 0.16 0.01
22_S 32_L 0.88 0.16 0.01
114_G 441_L 0.88 0.16 0.01
51_L 69_C 0.88 0.16 0.01
16_L 104_A 0.88 0.16 0.01
83_F 362_V 0.88 0.16 0.01
44_R 446_I 0.88 0.16 0.01
136_F 384_V 0.87 0.16 0.01
70_V 340_D 0.87 0.16 0.01
131_G 144_D 0.87 0.16 0.00
67_P 186_L 0.87 0.16 0.00
133_A 374_A 0.87 0.16 0.00
53_I 301_T 0.87 0.16 0.00
130_T 370_S 0.86 0.16 0.00
80_N 223_G 0.86 0.16 0.00
144_N 224_R 0.86 0.16 0.00
125_D 54_E 0.86 0.16 0.00
21_L 128_Y 0.86 0.16 0.00
152_R 228_P 0.86 0.16 0.00
62_S 442_Q 0.86 0.16 0.00
87_D 15_F 0.86 0.16 0.00
134_A 241_M 0.86 0.16 0.00
17_F 101_I 0.86 0.16 0.00
62_S 236_V 0.86 0.15 0.00
74_I 170_L 0.86 0.15 0.00
167_G 389_I 0.86 0.15 0.00
105_A 273_L 0.86 0.15 0.00
114_G 203_L 0.86 0.15 0.00
65_G 217_R 0.85 0.15 0.00
61_T 396_A 0.85 0.15 0.00
22_S 101_I 0.85 0.15 0.00
126_A 89_Q 0.85 0.15 0.00
138_E 64_D 0.85 0.15 0.00
45_Q 438_D 0.85 0.15 0.00
86_A 137_D 0.85 0.15 0.00
14_I 272_G 0.85 0.15 0.00
59_I 377_K 0.85 0.15 0.00
87_D 438_D 0.85 0.15 0.00
53_I 210_V 0.85 0.15 0.00
146_W 327_L 0.85 0.15 0.00
128_K 308_P 0.85 0.15 0.00
151_S 349_L 0.85 0.15 0.00
170_L 233_I 0.85 0.15 0.00
22_S 341_P 0.84 0.15 0.00
100_A 60_K 0.84 0.15 0.00
130_T 159_S 0.84 0.15 0.00
51_L 201_G 0.84 0.15 0.00
154_E 136_R 0.84 0.15 0.00
123_L 338_I 0.84 0.15 0.00
135_M 350_V 0.84 0.15 0.00
86_A 247_R 0.84 0.15 0.00
152_R 363_Q 0.84 0.15 0.00
67_P 173_C 0.84 0.15 0.00
110_W 276_E 0.84 0.15 0.00
21_L 168_V 0.84 0.15 0.00
51_L 51_I 0.84 0.15 0.00
47_K 428_L 0.84 0.15 0.00
68_L 389_I 0.84 0.15 0.00
162_L 190_F 0.84 0.15 0.00
161_R 171_P 0.84 0.15 0.00
22_S 364_R 0.84 0.15 0.00
56_R 43_F 0.83 0.14 0.00
75_Y 252_F 0.83 0.14 0.00
135_M 36_L 0.83 0.14 0.00
51_L 275_G 0.83 0.14 0.00
46_I 270_L 0.83 0.14 0.00
68_L 241_M 0.83 0.14 0.00
118_T 390_P 0.83 0.14 0.00
134_A 219_A 0.83 0.14 0.00
74_I 195_Q 0.83 0.14 0.00
95_D 439_L 0.83 0.14 0.00
70_V 254_H 0.83 0.14 0.00
73_R 383_S 0.83 0.14 0.00
130_T 131_T 0.83 0.14 0.00
109_V 166_A 0.83 0.14 0.00
88_Y 198_R 0.83 0.14 0.00
136_F 330_S 0.83 0.14 0.00
71_V 427_A 0.83 0.14 0.00
44_R 397_A 0.83 0.14 0.00
165_V 86_E 0.83 0.14 0.00
161_R 182_G 0.83 0.14 0.00
147_R 171_P 0.82 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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