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OPENSEQ.org
Bacterial
Genes: A B A+B
Length: 461 507 887
Sequences: 3194 760 191
Seq/Len: 6.93 1.5 0.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.47
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.00 0.13
2 0.02 0.00 0.16
5 0.02 0.00 0.18
10 0.02 0.00 0.19
20 0.03 0.00 0.20
100 0.04 0.00 0.22
∞ 0.08 0.00 0.50
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
411_G 178_F 1.56 0.37 0.00
415_A 336_S 1.34 0.26 0.00
92_R 317_I 1.21 0.20 0.00
215_S 233_D 1.19 0.20 0.00
55_G 317_I 1.19 0.19 0.00
92_R 386_A 1.18 0.19 0.00
87_P 82_S 1.17 0.18 0.00
34_C 354_V 1.16 0.18 0.00
385_L 341_Y 1.15 0.18 0.00
40_S 420_G 1.15 0.18 0.00
122_Q 31_L 1.15 0.18 0.00
351_L 403_E 1.14 0.18 0.00
75_T 280_L 1.14 0.18 0.00
203_E 290_Y 1.13 0.17 0.00
66_L 15_S 1.13 0.17 0.00
348_A 269_S 1.12 0.17 0.00
192_T 403_E 1.10 0.16 0.00
281_Y 344_G 1.10 0.16 0.00
332_Q 42_G 1.09 0.16 0.00
115_Q 308_I 1.08 0.15 0.00
147_L 74_I 1.07 0.15 0.00
127_V 109_V 1.07 0.15 0.00
323_F 387_V 1.07 0.15 0.00
21_L 343_T 1.06 0.15 0.00
326_V 153_Y 1.05 0.15 0.00
66_L 444_D 1.05 0.15 0.00
60_R 433_R 1.05 0.14 0.00
7_L 72_T 1.03 0.14 0.00
368_T 211_V 1.03 0.14 0.00
7_L 307_I 1.02 0.14 0.00
248_S 106_E 1.02 0.14 0.00
35_L 469_E 1.02 0.14 0.00
326_V 269_S 1.01 0.13 0.00
338_Y 419_L 1.01 0.13 0.00
352_V 172_V 1.01 0.13 0.00
315_Q 234_A 1.01 0.13 0.00
212_N 469_E 1.00 0.13 0.00
352_V 411_S 1.00 0.13 0.00
35_L 308_I 1.00 0.13 0.00
33_I 450_G 1.00 0.13 0.00
103_I 204_T 1.00 0.13 0.00
214_F 161_K 0.99 0.13 0.00
161_V 341_Y 0.99 0.13 0.00
415_A 98_R 0.99 0.13 0.00
136_S 381_G 0.99 0.13 0.00
323_F 468_R 0.99 0.13 0.00
285_Y 19_L 0.99 0.13 0.00
40_S 412_Q 0.99 0.13 0.00
37_C 433_R 0.99 0.13 0.00
354_E 407_V 0.98 0.13 0.00
212_N 175_R 0.98 0.12 0.00
206_G 448_R 0.98 0.12 0.00
49_A 372_I 0.98 0.12 0.00
215_S 229_V 0.97 0.12 0.00
206_G 314_M 0.97 0.12 0.00
324_P 75_D 0.97 0.12 0.00
360_R 277_L 0.97 0.12 0.00
94_L 340_F 0.97 0.12 0.00
74_S 290_Y 0.97 0.12 0.00
412_E 24_K 0.97 0.12 0.00
215_S 341_Y 0.96 0.12 0.00
65_T 420_G 0.96 0.12 0.00
167_S 74_I 0.96 0.12 0.00
36_Y 427_S 0.96 0.12 0.00
127_V 436_D 0.96 0.12 0.00
138_L 256_M 0.96 0.12 0.00
20_P 372_I 0.95 0.12 0.00
318_H 304_I 0.95 0.12 0.00
242_L 272_I 0.95 0.12 0.00
149_A 87_V 0.95 0.12 0.00
405_H 297_L 0.94 0.12 0.00
70_D 407_V 0.94 0.12 0.00
406_T 175_R 0.94 0.12 0.00
401_E 419_L 0.94 0.11 0.00
198_A 420_G 0.94 0.11 0.00
297_S 286_A 0.94 0.11 0.00
415_A 458_A 0.93 0.11 0.00
413_F 91_I 0.93 0.11 0.00
26_S 467_N 0.93 0.11 0.00
103_I 361_N 0.93 0.11 0.00
224_E 175_R 0.93 0.11 0.00
326_V 447_E 0.92 0.11 0.00
324_P 174_G 0.92 0.11 0.00
441_W 407_V 0.92 0.11 0.00
333_L 256_M 0.92 0.11 0.00
238_F 372_I 0.92 0.11 0.00
206_G 271_Y 0.92 0.11 0.00
246_A 420_G 0.92 0.11 0.00
400_L 133_L 0.91 0.11 0.00
28_Q 276_L 0.91 0.11 0.00
252_I 71_Y 0.91 0.11 0.00
152_S 344_G 0.91 0.11 0.00
338_Y 362_A 0.91 0.11 0.00
383_Q 184_Q 0.91 0.11 0.00
37_C 413_F 0.91 0.11 0.00
404_A 377_A 0.90 0.10 0.00
156_Q 351_M 0.90 0.10 0.00
127_V 385_K 0.89 0.10 0.00
376_G 335_R 0.89 0.10 0.00
117_I 396_A 0.89 0.10 0.00
192_T 165_L 0.89 0.10 0.00
311_Q 439_D 0.89 0.10 0.00
371_V 458_A 0.89 0.10 0.00
66_L 31_L 0.89 0.10 0.00
281_Y 419_L 0.89 0.10 0.00
89_Q 232_T 0.89 0.10 0.00
97_Q 178_F 0.89 0.10 0.00
134_L 286_A 0.89 0.10 0.00
173_P 450_G 0.89 0.10 0.00
351_L 201_D 0.89 0.10 0.00
129_I 433_R 0.88 0.10 0.00
296_F 30_V 0.88 0.10 0.00
150_L 446_K 0.88 0.10 0.00
320_E 230_T 0.88 0.10 0.00
140_E 314_M 0.88 0.10 0.00
438_M 467_N 0.88 0.10 0.00
313_F 450_G 0.88 0.10 0.00
127_V 178_F 0.88 0.10 0.00
339_M 418_F 0.88 0.10 0.00
134_L 304_I 0.88 0.10 0.00
155_T 89_R 0.88 0.10 0.00
409_P 341_Y 0.88 0.10 0.00
249_P 286_A 0.88 0.10 0.00
264_G 449_L 0.88 0.10 0.00
90_A 330_F 0.88 0.10 0.00
76_L 467_N 0.87 0.10 0.00
250_K 326_V 0.87 0.10 0.00
430_N 121_G 0.87 0.10 0.00
295_R 313_Y 0.87 0.10 0.00
323_F 77_A 0.87 0.10 0.00
415_A 76_D 0.87 0.10 0.00
4_K 264_N 0.87 0.10 0.00
255_M 164_L 0.87 0.10 0.00
153_T 56_R 0.87 0.10 0.00
81_W 194_K 0.87 0.10 0.00
10_F 29_I 0.87 0.10 0.00
240_P 72_T 0.87 0.10 0.00
128_H 187_R 0.86 0.10 0.00
140_E 420_G 0.86 0.10 0.00
237_K 44_H 0.86 0.10 0.00
326_V 330_F 0.86 0.10 0.00
213_Y 238_L 0.86 0.10 0.00
82_V 184_Q 0.86 0.10 0.00
210_C 355_I 0.85 0.10 0.00
236_T 87_V 0.85 0.09 0.00
84_P 372_I 0.85 0.09 0.00
206_G 440_T 0.85 0.09 0.00
326_V 418_F 0.85 0.09 0.00
192_T 405_P 0.85 0.09 0.00
208_T 161_K 0.85 0.09 0.00
157_F 355_I 0.84 0.09 0.00
5_I 49_A 0.84 0.09 0.00
40_S 271_Y 0.84 0.09 0.00
94_L 382_I 0.84 0.09 0.00
404_A 314_M 0.84 0.09 0.00
105_V 163_G 0.84 0.09 0.00
192_T 277_L 0.84 0.09 0.00
21_L 192_R 0.84 0.09 0.00
416_K 28_T 0.84 0.09 0.00
284_W 83_F 0.84 0.09 0.00
351_L 237_A 0.84 0.09 0.00
101_T 386_A 0.84 0.09 0.00
189_D 31_L 0.84 0.09 0.00
171_G 373_T 0.84 0.09 0.00
346_L 146_R 0.84 0.09 0.00
123_D 168_G 0.83 0.09 0.00
192_T 237_A 0.83 0.09 0.00
38_Y 386_A 0.83 0.09 0.00
388_V 433_R 0.83 0.09 0.00
10_F 343_T 0.83 0.09 0.00
33_I 372_I 0.83 0.09 0.00
17_N 386_A 0.83 0.09 0.00
386_A 149_L 0.83 0.09 0.00
273_F 114_D 0.83 0.09 0.00
326_V 298_N 0.83 0.09 0.00
35_L 294_G 0.83 0.09 0.00
409_P 63_R 0.83 0.09 0.00
35_L 421_T 0.83 0.09 0.00
281_Y 317_I 0.83 0.09 0.00
22_L 432_N 0.83 0.09 0.00
224_E 361_N 0.82 0.09 0.00
409_P 167_N 0.82 0.09 0.00
76_L 151_M 0.82 0.09 0.00
210_C 381_G 0.82 0.09 0.00
357_L 229_V 0.82 0.09 0.00
322_P 53_S 0.82 0.09 0.00
386_A 446_K 0.82 0.09 0.00
405_H 377_A 0.82 0.09 0.00
100_I 242_I 0.82 0.09 0.00
354_E 283_C 0.82 0.09 0.00
100_I 111_S 0.82 0.09 0.00
252_I 268_L 0.82 0.09 0.00
409_P 324_D 0.82 0.09 0.00
207_L 137_G 0.81 0.09 0.00
274_F 40_Y 0.81 0.09 0.00
36_Y 203_I 0.81 0.09 0.00
397_Q 313_Y 0.81 0.09 0.00
104_Y 96_P 0.81 0.09 0.00
70_D 419_L 0.81 0.09 0.00
112_D 30_V 0.81 0.09 0.00
325_I 138_E 0.81 0.09 0.00
154_F 313_Y 0.81 0.09 0.00
400_L 418_F 0.81 0.09 0.00
399_N 71_Y 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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