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OPENSEQ.org
shmt
Genes: A B A+B
Length: 417 234 638
Sequences: 3133 3557 59
Seq/Len: 7.51 15.2 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.59
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.00 0.02
2 0.08 0.00 0.03
5 0.08 0.00 0.04
10 0.09 0.00 0.05
20 0.09 0.00 0.09
100 0.09 0.00 0.27
∞ 0.12 0.01 2.07
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
298_M 221_I 1.81 0.30 0.00
302_F 221_I 1.68 0.25 0.00
134_N 107_R 1.56 0.21 0.00
366_T 105_R 1.53 0.20 0.00
340_A 35_S 1.47 0.18 0.00
220_A 11_V 1.43 0.17 0.00
38_Y 32_L 1.35 0.15 0.00
280_M 29_I 1.31 0.14 0.00
307_Y 38_K 1.30 0.14 0.00
219_H 67_R 1.28 0.13 0.00
351_N 32_L 1.27 0.13 0.00
240_L 186_A 1.26 0.13 0.00
169_M 29_I 1.26 0.13 0.00
249_Y 103_I 1.25 0.13 0.00
253_N 160_L 1.25 0.12 0.00
187_R 35_S 1.24 0.12 0.00
213_Y 168_A 1.23 0.12 0.00
282_P 85_L 1.22 0.12 0.00
119_M 125_V 1.21 0.12 0.00
323_L 8_L 1.21 0.12 0.00
342_I 87_S 1.20 0.12 0.00
201_M 94_A 1.20 0.12 0.00
251_K 109_A 1.20 0.12 0.00
91_A 11_V 1.18 0.11 0.00
320_L 80_H 1.17 0.11 0.00
44_M 147_E 1.16 0.11 0.00
276_L 172_E 1.15 0.11 0.00
183_W 101_H 1.14 0.10 0.00
115_T 158_L 1.14 0.10 0.00
336_A 58_Y 1.14 0.10 0.00
364_V 178_E 1.14 0.10 0.00
166_K 105_R 1.13 0.10 0.00
99_S 102_T 1.13 0.10 0.00
238_L 87_S 1.13 0.10 0.00
311_S 43_I 1.12 0.10 0.00
47_Q 224_A 1.11 0.10 0.00
153_I 127_I 1.10 0.10 0.00
306_G 227_G 1.10 0.10 0.00
277_K 152_V 1.10 0.10 0.00
364_V 136_S 1.10 0.10 0.00
377_A 77_L 1.10 0.10 0.00
62_K 45_E 1.10 0.10 0.00
256_V 105_R 1.10 0.10 0.00
376_E 59_V 1.10 0.10 0.00
154_D 85_L 1.09 0.10 0.00
302_F 38_K 1.09 0.10 0.00
162_A 82_I 1.09 0.10 0.00
147_I 91_R 1.09 0.10 0.00
266_M 18_A 1.08 0.09 0.00
120_N 114_D 1.08 0.09 0.00
166_K 231_Y 1.08 0.09 0.00
300_E 146_D 1.06 0.09 0.00
38_Y 224_A 1.06 0.09 0.00
152_H 154_E 1.06 0.09 0.00
289_Q 41_S 1.06 0.09 0.00
374_F 219_V 1.06 0.09 0.00
349_V 37_T 1.06 0.09 0.00
117_L 30_T 1.06 0.09 0.00
217_V 145_L 1.06 0.09 0.00
349_V 130_N 1.05 0.09 0.00
77_L 58_Y 1.05 0.09 0.00
334_D 99_W 1.05 0.09 0.00
150_T 103_I 1.05 0.09 0.00
99_S 7_N 1.05 0.09 0.00
385_W 77_L 1.04 0.09 0.00
215_N 102_T 1.04 0.09 0.00
109_L 109_A 1.04 0.09 0.00
268_V 223_T 1.04 0.09 0.00
152_H 142_L 1.04 0.09 0.00
256_V 79_W 1.03 0.09 0.00
378_E 208_M 1.03 0.09 0.00
90_Y 102_T 1.03 0.09 0.00
390_L 186_A 1.03 0.09 0.00
80_D 113_N 1.02 0.09 0.00
191_D 35_S 1.02 0.08 0.00
352_D 54_F 1.02 0.08 0.00
336_A 117_P 1.01 0.08 0.00
324_V 54_F 1.01 0.08 0.00
213_Y 115_Q 1.01 0.08 0.00
62_K 221_I 1.01 0.08 0.00
184_A 158_L 1.01 0.08 0.00
178_S 221_I 1.01 0.08 0.00
30_I 163_L 1.00 0.08 0.00
349_V 47_I 1.00 0.08 0.00
297_A 221_I 1.00 0.08 0.00
354_K 37_T 0.99 0.08 0.00
306_G 61_E 0.99 0.08 0.00
351_N 132_S 0.99 0.08 0.00
374_F 40_A 0.99 0.08 0.00
352_D 37_T 0.99 0.08 0.00
184_A 186_A 0.99 0.08 0.00
166_K 230_D 0.99 0.08 0.00
368_A 21_R 0.99 0.08 0.00
42_R 165_A 0.98 0.08 0.00
232_A 180_A 0.98 0.08 0.00
151_G 78_E 0.98 0.08 0.00
338_G 15_I 0.98 0.08 0.00
390_L 129_I 0.98 0.08 0.00
123_H 126_L 0.98 0.08 0.00
202_A 93_V 0.98 0.08 0.00
201_M 11_V 0.97 0.08 0.00
375_K 173_Y 0.97 0.08 0.00
191_D 226_F 0.97 0.08 0.00
371_R 132_S 0.97 0.08 0.00
168_K 163_L 0.97 0.08 0.00
183_W 108_I 0.97 0.08 0.00
252_L 221_I 0.97 0.08 0.00
334_D 54_F 0.97 0.08 0.00
197_L 87_S 0.96 0.08 0.00
62_K 43_I 0.96 0.08 0.00
106_Y 198_D 0.96 0.08 0.00
134_N 135_N 0.96 0.07 0.00
351_N 7_N 0.96 0.07 0.00
90_Y 225_I 0.95 0.07 0.00
169_M 150_A 0.95 0.07 0.00
375_K 126_L 0.95 0.07 0.00
174_F 99_W 0.95 0.07 0.00
187_R 43_I 0.94 0.07 0.00
185_K 154_E 0.94 0.07 0.00
340_A 38_K 0.94 0.07 0.00
197_L 54_F 0.94 0.07 0.00
388_D 112_L 0.94 0.07 0.00
148_D 107_R 0.94 0.07 0.00
107_T 52_R 0.94 0.07 0.00
271_G 13_D 0.94 0.07 0.00
186_M 145_L 0.94 0.07 0.00
88_A 126_L 0.94 0.07 0.00
40_S 137_K 0.93 0.07 0.00
202_A 85_L 0.93 0.07 0.00
132_P 136_S 0.93 0.07 0.00
266_M 127_I 0.93 0.07 0.00
332_E 217_T 0.93 0.07 0.00
91_A 78_E 0.92 0.07 0.00
168_K 136_S 0.92 0.07 0.00
59_Y 34_V 0.92 0.07 0.00
82_A 4_I 0.92 0.07 0.00
343_T 33_A 0.92 0.07 0.00
202_A 62_G 0.92 0.07 0.00
171_I 143_A 0.92 0.07 0.00
166_K 78_E 0.92 0.07 0.00
186_M 125_V 0.92 0.07 0.00
268_V 146_D 0.92 0.07 0.00
238_L 172_E 0.92 0.07 0.00
108_A 137_K 0.92 0.07 0.00
332_E 81_F 0.92 0.07 0.00
252_L 199_T 0.92 0.07 0.00
208_V 138_S 0.91 0.07 0.00
170_I 155_L 0.91 0.07 0.00
225_T 30_T 0.91 0.07 0.00
240_L 219_V 0.91 0.07 0.00
197_L 93_V 0.91 0.07 0.00
221_H 138_S 0.91 0.07 0.00
174_F 125_V 0.91 0.07 0.00
47_Q 123_L 0.91 0.07 0.00
298_M 150_A 0.91 0.07 0.00
74_V 45_E 0.91 0.07 0.00
383_A 15_I 0.91 0.07 0.00
117_L 213_A 0.90 0.07 0.00
276_L 15_I 0.90 0.07 0.00
70_Y 166_I 0.90 0.07 0.00
106_Y 94_A 0.90 0.07 0.00
368_A 82_I 0.90 0.07 0.00
134_N 124_N 0.90 0.07 0.00
166_K 59_V 0.90 0.07 0.00
302_F 216_S 0.90 0.07 0.00
189_I 89_K 0.90 0.07 0.00
351_N 161_R 0.90 0.07 0.00
281_E 85_L 0.90 0.07 0.00
119_M 168_A 0.89 0.07 0.00
183_W 168_A 0.89 0.07 0.00
366_T 183_M 0.89 0.07 0.00
171_I 84_P 0.89 0.07 0.00
38_Y 47_I 0.89 0.07 0.00
349_V 129_I 0.89 0.07 0.00
240_L 190_L 0.89 0.07 0.00
369_I 221_I 0.88 0.07 0.00
275_A 205_S 0.88 0.07 0.00
104_A 136_S 0.88 0.07 0.00
160_K 77_L 0.88 0.07 0.00
24_V 9_A 0.88 0.07 0.00
321_V 125_V 0.88 0.07 0.00
351_N 156_P 0.88 0.07 0.00
282_P 11_V 0.88 0.07 0.00
322_D 84_P 0.87 0.07 0.00
138_K 87_S 0.87 0.07 0.00
306_G 106_L 0.87 0.06 0.00
134_N 21_R 0.87 0.06 0.00
298_M 15_I 0.87 0.06 0.00
343_T 82_I 0.87 0.06 0.00
252_L 150_A 0.87 0.06 0.00
293_K 134_E 0.87 0.06 0.00
219_H 66_I 0.87 0.06 0.00
158_L 105_R 0.86 0.06 0.00
266_M 23_G 0.86 0.06 0.00
49_S 19_A 0.86 0.06 0.00
51_L 11_V 0.86 0.06 0.00
232_A 202_L 0.86 0.06 0.00
222_V 187_F 0.86 0.06 0.00
188_E 59_V 0.86 0.06 0.00
187_R 226_F 0.86 0.06 0.00
147_I 129_I 0.86 0.06 0.00
238_L 4_I 0.86 0.06 0.00
140_Y 135_N 0.86 0.06 0.00
208_V 168_A 0.86 0.06 0.00
281_E 11_V 0.86 0.06 0.00
324_V 206_D 0.86 0.06 0.00
220_A 123_L 0.86 0.06 0.00
165_H 230_D 0.86 0.06 0.00
106_Y 127_I 0.85 0.06 0.00
355_S 147_E 0.85 0.06 0.00
353_P 150_A 0.85 0.06 0.00
276_L 140_I 0.85 0.06 0.00
375_K 171_S 0.85 0.06 0.00
254_S 216_S 0.85 0.06 0.00
241_A 123_L 0.85 0.06 0.00
352_D 183_M 0.85 0.06 0.00
19_M 137_K 0.85 0.06 0.00
329_T 46_A 0.85 0.06 0.00
366_T 228_A 0.85 0.06 0.00
151_G 38_K 0.85 0.06 0.00
183_W 62_G 0.85 0.06 0.00
254_S 224_A 0.84 0.06 0.00
309_V 29_I 0.84 0.06 0.00
182_D 219_V 0.84 0.06 0.00
378_E 63_V 0.84 0.06 0.00
151_G 135_N 0.84 0.06 0.00
338_G 77_L 0.84 0.06 0.00
172_G 183_M 0.84 0.06 0.00
364_V 212_I 0.84 0.06 0.00
50_Q 5_A 0.84 0.06 0.00
169_M 208_M 0.84 0.06 0.00
16_W 132_S 0.83 0.06 0.00
311_S 7_N 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13355 0.09 shmt Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 2) B:(1E-20, 2) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
12415 0.1 shmt Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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