May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3TUI-2
Genes: A B A+B
Length: 203 343 539
Sequences: 12865 2063 1826
Seq/Len: 63.37 6.01 3.39
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.12 0.03 3.29
2 0.21 0.03 3.33
5 0.22 0.03 3.34
10 0.23 0.03 3.34
20 0.24 0.04 3.34
100 0.28 0.06 3.39
∞ 0.33 0.12 3.52
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
131_K 108_E 3.44 1.00 1.00
123_A 105_L 2.57 1.00 1.00
120_A 85_G 1.64 0.98 0.94
123_A 94_L 1.57 0.98 0.93
123_A 109_L 1.42 0.95 0.88
119_R 74_E 1.41 0.95 0.87
127_Q 109_L 1.40 0.94 0.87
114_L 105_L 1.29 0.91 0.81
131_K 97_R 1.27 0.90 0.79
113_G 92_N 1.20 0.86 0.74
121_M 109_L 1.18 0.84 0.72
120_A 52_N 1.14 0.82 0.69
125_P 78_T 1.09 0.78 0.63
124_T 75_S 1.03 0.72 0.56
132_V 105_L 1.00 0.69 0.53
114_L 95_S 1.00 0.68 0.52
54_I 216_N 0.96 0.64 0.48
162_V 133_K 0.96 0.64 0.47
44_N 179_I 0.94 0.61 0.44
135_P 97_R 0.93 0.61 0.44
143_N 150_A 0.93 0.60 0.44
94_G 196_L 0.92 0.59 0.42
146_T 217_G 0.90 0.56 0.40
177_I 281_P 0.88 0.54 0.38
153_V 130_L 0.87 0.53 0.37
67_L 214_I 0.87 0.52 0.36
20_F 18_I 0.84 0.49 0.33
20_F 214_I 0.83 0.47 0.31
111_P 299_A 0.82 0.46 0.31
162_V 202_D 0.81 0.45 0.29
194_L 4_L 0.80 0.44 0.28
191_L 187_N 0.80 0.43 0.28
124_T 82_R 0.79 0.43 0.27
116_E 52_N 0.79 0.42 0.27
28_P 197_I 0.79 0.42 0.27
152_L 283_L 0.78 0.41 0.26
149_L 219_L 0.78 0.41 0.26
27_L 122_T 0.78 0.41 0.26
58_F 103_V 0.78 0.40 0.26
77_I 231_H 0.77 0.40 0.25
181_A 164_C 0.77 0.40 0.25
151_T 301_M 0.77 0.39 0.25
10_E 204_V 0.77 0.39 0.25
170_I 195_L 0.76 0.39 0.24
179_Y 24_V 0.76 0.39 0.24
121_M 106_P 0.76 0.38 0.24
99_I 200_E 0.75 0.37 0.23
71_I 150_A 0.73 0.36 0.21
88_I 25_S 0.73 0.35 0.21
169_Q 37_I 0.72 0.34 0.20
52_S 161_V 0.72 0.34 0.20
164_A 94_L 0.72 0.34 0.20
129_V 189_R 0.72 0.34 0.20
116_E 86_M 0.72 0.34 0.20
135_P 109_L 0.71 0.33 0.20
111_P 95_S 0.71 0.33 0.20
90_P 134_H 0.71 0.33 0.19
12_L 1_M 0.71 0.33 0.19
4_L 285_E 0.71 0.33 0.19
57_I 246_H 0.71 0.32 0.19
162_V 7_I 0.70 0.32 0.19
102_M 109_L 0.70 0.32 0.18
111_P 228_V 0.70 0.32 0.18
99_I 339_V 0.70 0.32 0.18
21_F 53_L 0.70 0.32 0.18
119_R 241_I 0.70 0.31 0.18
153_V 96_S 0.70 0.31 0.18
84_L 37_I 0.69 0.31 0.18
121_M 20_A 0.69 0.30 0.17
30_G 26_L 0.69 0.30 0.17
132_V 21_L 0.69 0.30 0.17
98_F 90_H 0.68 0.30 0.17
142_V 14_G 0.68 0.30 0.17
102_M 303_Y 0.68 0.30 0.17
50_T 73_S 0.68 0.30 0.17
95_A 105_L 0.68 0.29 0.16
108_L 150_A 0.68 0.29 0.16
159_G 183_L 0.67 0.29 0.16
96_A 302_D 0.67 0.28 0.16
135_P 96_S 0.67 0.28 0.16
151_T 278_V 0.67 0.28 0.16
120_A 91_F 0.67 0.28 0.16
31_V 51_V 0.67 0.28 0.15
8_V 269_L 0.67 0.28 0.15
194_L 13_Q 0.67 0.28 0.15
147_I 50_C 0.67 0.28 0.15
7_G 204_V 0.66 0.28 0.15
146_T 241_I 0.66 0.27 0.15
125_P 74_E 0.66 0.27 0.15
4_L 189_R 0.66 0.27 0.15
146_T 200_E 0.66 0.27 0.15
40_Q 83_Q 0.66 0.27 0.15
13_A 209_D 0.66 0.27 0.15
167_L 97_R 0.66 0.27 0.15
54_I 325_A 0.65 0.27 0.14
102_M 163_L 0.65 0.27 0.14
25_I 319_T 0.65 0.26 0.14
92_T 160_K 0.65 0.26 0.14
154_G 127_L 0.65 0.26 0.14
151_T 226_S 0.65 0.26 0.14
70_M 123_E 0.65 0.26 0.14
120_A 167_A 0.65 0.26 0.14
58_F 204_V 0.65 0.26 0.14
95_A 192_L 0.65 0.26 0.14
193_I 23_N 0.65 0.26 0.14
36_T 32_Q 0.64 0.26 0.14
98_F 208_C 0.64 0.26 0.14
55_V 129_G 0.64 0.26 0.14
45_A 29_P 0.64 0.25 0.14
22_G 50_C 0.64 0.25 0.14
68_V 303_Y 0.64 0.25 0.14
71_I 21_L 0.64 0.25 0.13
73_F 177_R 0.63 0.25 0.13
114_L 39_A 0.63 0.25 0.13
139_P 161_V 0.63 0.24 0.13
86_A 305_G 0.63 0.24 0.13
40_Q 308_K 0.63 0.24 0.13
70_M 24_V 0.63 0.24 0.13
179_Y 25_S 0.63 0.24 0.13
102_M 297_I 0.62 0.24 0.12
167_L 37_I 0.62 0.23 0.12
27_L 68_E 0.62 0.23 0.12
30_G 58_T 0.62 0.23 0.12
115_I 33_I 0.62 0.23 0.12
172_Y 202_D 0.62 0.23 0.12
45_A 289_R 0.62 0.23 0.12
114_L 211_V 0.62 0.23 0.12
173_Q 37_I 0.62 0.23 0.12
104_E 55_E 0.61 0.23 0.12
98_F 310_G 0.61 0.23 0.12
203_D 90_H 0.61 0.23 0.12
43_A 270_R 0.61 0.23 0.12
24_V 29_P 0.61 0.23 0.12
162_V 150_A 0.61 0.23 0.12
22_G 208_C 0.61 0.23 0.12
143_N 9_K 0.61 0.22 0.11
93_V 64_V 0.61 0.22 0.11
128_I 3_K 0.61 0.22 0.11
69_W 150_A 0.61 0.22 0.11
19_G 127_L 0.60 0.22 0.11
164_A 64_V 0.60 0.22 0.11
107_L 337_V 0.60 0.22 0.11
132_V 284_S 0.60 0.22 0.11
132_V 81_R 0.60 0.22 0.11
159_G 194_I 0.60 0.22 0.11
28_P 214_I 0.60 0.22 0.11
189_V 225_V 0.60 0.21 0.11
146_T 84_I 0.60 0.21 0.11
197_L 33_I 0.60 0.21 0.11
9_W 339_V 0.60 0.21 0.11
121_M 96_S 0.59 0.21 0.11
74_T 187_N 0.59 0.21 0.11
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0261 seconds.