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OPENSEQ.org
1oph_A_B
Genes: A B A+B
Length: 372 223 591
Sequences: 3519 13968 60
Seq/Len: 9.46 62.64 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.36
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.20 0.19 0.03
2 0.21 0.20 0.04
5 0.22 0.22 0.05
10 0.23 0.22 0.07
20 0.24 0.23 0.10
100 0.25 0.26 0.25
∞ 0.28 0.29 0.40
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
222_Y 29_L 1.68 0.27 0.00
172_W 83_N 1.61 0.24 0.00
284_L 88_I 1.45 0.19 0.00
281_L 29_L 1.42 0.18 0.00
349_V 206_Y 1.37 0.17 0.00
295_D 187_L 1.35 0.16 0.00
285_G 27_G 1.34 0.16 0.00
267_P 41_C 1.31 0.15 0.00
267_P 178_G 1.31 0.15 0.00
223_L 36_V 1.30 0.15 0.00
296_L 76_Y 1.29 0.14 0.00
27_N 164_G 1.29 0.14 0.00
342_V 161_F 1.27 0.14 0.00
172_W 90_L 1.24 0.13 0.00
269_L 94_A 1.22 0.13 0.00
267_P 25_C 1.20 0.12 0.00
58_L 121_W 1.19 0.12 0.00
108_F 171_D 1.15 0.11 0.00
348_F 41_C 1.15 0.11 0.00
348_F 178_G 1.15 0.11 0.00
364_G 41_C 1.15 0.11 0.00
364_G 178_G 1.15 0.11 0.00
186_F 216_I 1.15 0.11 0.00
203_G 100_V 1.14 0.11 0.00
54_I 100_V 1.14 0.11 0.00
286_I 209_V 1.14 0.11 0.00
165_Y 27_G 1.14 0.11 0.00
228_A 133_D 1.14 0.11 0.00
168_F 84_D 1.13 0.11 0.00
330_F 31_N 1.13 0.11 0.00
181_T 35_V 1.13 0.11 0.00
136_N 27_G 1.13 0.11 0.00
312_H 106_P 1.13 0.11 0.00
228_A 35_V 1.12 0.11 0.00
165_Y 84_D 1.11 0.10 0.00
344_F 42_Y 1.11 0.10 0.00
136_N 176_D 1.11 0.10 0.00
228_A 132_P 1.10 0.10 0.00
186_F 179_G 1.10 0.10 0.00
35_I 21_G 1.09 0.10 0.00
136_N 84_D 1.08 0.10 0.00
290_F 51_G 1.08 0.10 0.00
81_L 179_G 1.08 0.10 0.00
267_P 120_G 1.06 0.10 0.00
267_P 189_G 1.06 0.10 0.00
284_L 80_T 1.06 0.10 0.00
348_F 27_G 1.06 0.10 0.00
364_G 27_G 1.06 0.10 0.00
352_M 103_I 1.06 0.10 0.00
221_K 105_L 1.05 0.10 0.00
320_E 173_C 1.05 0.09 0.00
186_F 122_G 1.04 0.09 0.00
268_K 30_I 1.04 0.09 0.00
345_N 88_I 1.04 0.09 0.00
197_P 85_I 1.04 0.09 0.00
322_G 27_G 1.04 0.09 0.00
58_L 215_W 1.04 0.09 0.00
285_G 41_C 1.03 0.09 0.00
285_G 178_G 1.03 0.09 0.00
97_F 190_I 1.03 0.09 0.00
194_V 48_V 1.03 0.09 0.00
348_F 25_C 1.03 0.09 0.00
364_G 25_C 1.03 0.09 0.00
27_N 3_G 1.03 0.09 0.00
245_L 92_S 1.03 0.09 0.00
50_T 29_L 1.03 0.09 0.00
305_L 157_T 1.02 0.09 0.00
267_P 27_G 1.02 0.09 0.00
162_L 113_G 1.01 0.09 0.00
90_L 113_G 1.01 0.09 0.00
163_V 190_I 1.01 0.09 0.00
361_L 216_I 1.01 0.09 0.00
181_T 105_L 1.01 0.09 0.00
361_L 27_G 1.01 0.09 0.00
277_L 204_G 1.00 0.09 0.00
81_L 74_P 1.00 0.09 0.00
125_F 121_W 1.00 0.09 0.00
233_P 103_I 1.00 0.09 0.00
361_L 36_V 1.00 0.09 0.00
342_V 101_A 1.00 0.09 0.00
199_M 83_N 1.00 0.09 0.00
158_T 72_V 1.00 0.09 0.00
164_N 161_F 0.99 0.08 0.00
347_P 120_G 0.99 0.08 0.00
222_Y 50_L 0.99 0.08 0.00
318_I 108_S 0.98 0.08 0.00
27_N 2_V 0.98 0.08 0.00
31_S 41_C 0.98 0.08 0.00
31_S 178_G 0.98 0.08 0.00
45_G 84_D 0.97 0.08 0.00
323_T 29_L 0.97 0.08 0.00
58_L 198_A 0.97 0.08 0.00
32_P 41_C 0.97 0.08 0.00
32_P 178_G 0.97 0.08 0.00
124_N 37_S 0.96 0.08 0.00
53_E 88_I 0.96 0.08 0.00
131_A 190_I 0.96 0.08 0.00
211_K 3_G 0.96 0.08 0.00
267_P 37_S 0.96 0.08 0.00
328_A 187_L 0.96 0.08 0.00
352_M 140_A 0.96 0.08 0.00
267_P 176_D 0.96 0.08 0.00
185_D 205_V 0.96 0.08 0.00
319_D 35_V 0.95 0.08 0.00
176_F 105_L 0.95 0.08 0.00
282_G 100_V 0.95 0.08 0.00
186_F 178_G 0.95 0.08 0.00
186_F 41_C 0.95 0.08 0.00
281_L 104_S 0.95 0.08 0.00
139_V 130_S 0.95 0.08 0.00
208_Q 181_V 0.95 0.08 0.00
233_P 41_C 0.95 0.08 0.00
233_P 178_G 0.95 0.08 0.00
186_F 173_C 0.95 0.08 0.00
305_L 18_L 0.94 0.08 0.00
350_F 92_S 0.94 0.08 0.00
151_V 30_I 0.94 0.08 0.00
322_G 73_H 0.94 0.08 0.00
116_Y 51_G 0.94 0.08 0.00
295_D 183_C 0.93 0.08 0.00
215_S 90_L 0.93 0.08 0.00
265_H 76_Y 0.93 0.07 0.00
345_N 10_N 0.93 0.07 0.00
285_G 216_I 0.93 0.07 0.00
366_V 83_N 0.93 0.07 0.00
151_V 190_I 0.93 0.07 0.00
46_T 134_V 0.92 0.07 0.00
48_A 142_I 0.92 0.07 0.00
16_Y 94_A 0.92 0.07 0.00
30_F 103_I 0.92 0.07 0.00
267_P 162_C 0.92 0.07 0.00
347_P 38_A 0.92 0.07 0.00
29_F 102_S 0.92 0.07 0.00
160_F 88_I 0.92 0.07 0.00
369_P 194_G 0.91 0.07 0.00
136_N 120_G 0.91 0.07 0.00
7_N 187_L 0.91 0.07 0.00
299_V 140_A 0.91 0.07 0.00
165_Y 90_L 0.91 0.07 0.00
285_G 25_C 0.91 0.07 0.00
347_P 25_C 0.91 0.07 0.00
52_D 207_T 0.90 0.07 0.00
311_V 85_I 0.90 0.07 0.00
344_F 152_Y 0.90 0.07 0.00
241_L 13_P 0.90 0.07 0.00
146_K 42_Y 0.90 0.07 0.00
151_V 70_S 0.90 0.07 0.00
143_T 84_D 0.90 0.07 0.00
233_P 105_L 0.90 0.07 0.00
291_S 136_K 0.90 0.07 0.00
45_G 122_G 0.90 0.07 0.00
221_K 37_S 0.90 0.07 0.00
284_L 14_Y 0.90 0.07 0.00
289_V 93_A 0.89 0.07 0.00
267_P 122_G 0.89 0.07 0.00
274_T 207_T 0.89 0.07 0.00
317_T 18_L 0.89 0.07 0.00
352_M 146_S 0.89 0.07 0.00
186_F 84_D 0.89 0.07 0.00
138_Y 31_N 0.88 0.07 0.00
94_N 27_G 0.88 0.07 0.00
161_A 214_S 0.88 0.07 0.00
348_F 120_G 0.88 0.07 0.00
364_G 120_G 0.88 0.07 0.00
53_E 80_T 0.88 0.07 0.00
277_L 206_Y 0.88 0.07 0.00
176_F 120_G 0.88 0.07 0.00
267_P 84_D 0.88 0.07 0.00
362_F 84_D 0.88 0.07 0.00
214_S 207_T 0.87 0.07 0.00
348_F 189_G 0.87 0.07 0.00
364_G 189_G 0.87 0.07 0.00
283_Q 74_P 0.87 0.07 0.00
358_K 100_V 0.87 0.07 0.00
290_F 27_G 0.87 0.07 0.00
196_V 180_P 0.87 0.07 0.00
360_P 30_I 0.87 0.07 0.00
348_F 36_V 0.87 0.07 0.00
364_G 36_V 0.87 0.07 0.00
34_S 44_S 0.86 0.07 0.00
349_V 84_D 0.86 0.07 0.00
267_P 216_I 0.86 0.07 0.00
39_F 118_I 0.86 0.07 0.00
150_L 20_S 0.86 0.07 0.00
42_L 189_G 0.86 0.07 0.00
98_L 12_V 0.86 0.07 0.00
31_S 173_C 0.86 0.07 0.00
230_F 106_P 0.86 0.07 0.00
27_N 163_A 0.86 0.07 0.00
44_L 209_V 0.86 0.07 0.00
161_A 23_H 0.86 0.07 0.00
208_Q 124_T 0.86 0.07 0.00
136_N 35_V 0.86 0.07 0.00
231_F 38_A 0.86 0.07 0.00
32_P 173_C 0.86 0.07 0.00
145_G 63_Q 0.86 0.07 0.00
75_Q 86_M 0.86 0.07 0.00
12_A 87_L 0.86 0.07 0.00
307_L 77_N 0.86 0.07 0.00
296_L 215_W 0.86 0.07 0.00
143_T 176_D 0.86 0.07 0.00
31_S 25_C 0.86 0.07 0.00
11_F 14_Y 0.86 0.07 0.00
241_L 119_S 0.86 0.07 0.00
81_L 142_I 0.86 0.07 0.00
267_P 148_C 0.85 0.07 0.00
130_E 87_L 0.85 0.07 0.00
196_V 40_H 0.85 0.07 0.00
331_L 138_L 0.85 0.07 0.00
229_I 169_G 0.85 0.07 0.00
198_M 111_S 0.85 0.07 0.00
250_I 136_K 0.85 0.07 0.00
178_V 70_S 0.85 0.07 0.00
31_S 163_A 0.85 0.07 0.00
104_L 87_L 0.85 0.07 0.00
172_W 27_G 0.85 0.07 0.00
286_I 144_S 0.85 0.07 0.00
330_F 102_S 0.85 0.07 0.00
16_Y 190_I 0.85 0.07 0.00
15_L 42_Y 0.85 0.07 0.00
347_P 176_D 0.85 0.07 0.00
181_T 197_C 0.84 0.06 0.00
322_G 181_V 0.84 0.06 0.00
17_R 136_K 0.84 0.06 0.00
31_S 192_S 0.84 0.06 0.00
124_N 50_L 0.84 0.06 0.00
196_V 86_M 0.84 0.06 0.00
27_N 215_W 0.84 0.06 0.00
32_P 25_C 0.84 0.06 0.00
12_A 140_A 0.84 0.06 0.00
54_I 162_C 0.84 0.06 0.00
354_E 124_T 0.84 0.06 0.00
271_I 12_V 0.84 0.06 0.00
11_F 28_S 0.83 0.06 0.00
226_A 147_S 0.83 0.06 0.00
208_Q 212_Y 0.83 0.06 0.00
369_P 204_G 0.83 0.06 0.00
136_N 26_G 0.83 0.06 0.00
231_F 40_H 0.83 0.06 0.00
38_A 207_T 0.83 0.06 0.00
186_F 25_C 0.83 0.06 0.00
267_P 173_C 0.83 0.06 0.00
267_P 121_W 0.83 0.06 0.00
186_F 175_G 0.83 0.06 0.00
265_H 35_V 0.83 0.06 0.00
304_P 191_V 0.83 0.06 0.00
90_L 2_V 0.83 0.06 0.00
158_T 159_N 0.83 0.06 0.00
169_K 27_G 0.83 0.06 0.00
176_F 173_C 0.82 0.06 0.00
54_I 137_C 0.82 0.06 0.00
207_I 102_S 0.82 0.06 0.00
45_G 39_A 0.82 0.06 0.00
138_Y 55_I 0.82 0.06 0.00
233_P 51_G 0.82 0.06 0.00
220_M 36_V 0.82 0.06 0.00
31_S 85_I 0.82 0.06 0.00
161_A 190_I 0.82 0.06 0.00
136_N 122_G 0.82 0.06 0.00
213_L 13_P 0.82 0.06 0.00
233_P 25_C 0.82 0.06 0.00
29_F 72_V 0.82 0.06 0.00
369_P 206_Y 0.81 0.06 0.00
39_F 87_L 0.81 0.06 0.00
281_L 90_L 0.81 0.06 0.00
128_T 136_K 0.81 0.06 0.00
271_I 92_S 0.81 0.06 0.00
307_L 26_G 0.81 0.06 0.00
163_V 70_S 0.81 0.06 0.00
309_K 18_L 0.81 0.06 0.00
45_G 176_D 0.81 0.06 0.00
247_H 85_I 0.81 0.06 0.00
26_T 8_G 0.81 0.06 0.00
89_Q 196_G 0.81 0.06 0.00
352_M 180_P 0.81 0.06 0.00
62_L 44_S 0.81 0.06 0.00
296_L 187_L 0.81 0.06 0.00
139_V 190_I 0.81 0.06 0.00
290_F 207_T 0.81 0.06 0.00
116_Y 100_V 0.81 0.06 0.00
29_F 140_A 0.81 0.06 0.00
35_I 190_I 0.81 0.06 0.00
257_E 99_R 0.81 0.06 0.00
322_G 180_P 0.81 0.06 0.00
43_S 12_V 0.80 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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