May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
E coli RodAFtsI
Genes: A B A+B
Length: 331 588 871
Sequences: 4977 5960 2747
Seq/Len: 15.04 10.14 3.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.06 1.20
2 0.01 0.06 1.25
5 0.01 0.06 2.81
10 0.02 0.07 2.95
20 0.02 0.07 2.99
100 0.05 0.10 3.26
∞ 0.18 0.23 3.72
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
278_L 39_L 2.52 1.00 1.00
277_I 42_V 2.17 1.00 0.99
319_F 34_A 2.00 1.00 0.98
240_L 47_V 1.65 0.98 0.94
274_L 43_A 1.55 0.97 0.92
322_I 38_L 1.54 0.97 0.91
285_I 35_L 1.47 0.95 0.89
274_L 47_V 1.26 0.88 0.77
328_I 37_F 1.21 0.85 0.72
281_L 39_L 1.17 0.82 0.68
239_G 50_P 1.15 0.81 0.67
319_F 38_L 1.09 0.75 0.60
265_F 42_V 1.08 0.75 0.60
326_S 42_V 1.03 0.69 0.54
326_S 38_L 1.03 0.69 0.54
30_Y 139_L 1.02 0.69 0.53
71_Y 523_Q 0.98 0.64 0.48
235_I 45_L 0.96 0.62 0.46
115_I 544_A 0.95 0.61 0.44
328_I 38_L 0.93 0.58 0.41
327_G 399_G 0.91 0.55 0.39
113_S 516_A 0.89 0.53 0.37
125_A 81_P 0.86 0.49 0.33
103_L 556_G 0.84 0.47 0.31
315_F 31_I 0.84 0.46 0.31
282_A 32_L 0.83 0.46 0.30
74_W 272_V 0.82 0.44 0.29
67_P 321_G 0.79 0.41 0.26
313_I 283_P 0.79 0.41 0.26
323_G 38_L 0.79 0.40 0.25
274_L 498_A 0.78 0.40 0.25
82_C 475_A 0.78 0.39 0.24
274_L 46_Q 0.78 0.39 0.24
314_L 438_Y 0.78 0.39 0.24
164_I 409_D 0.78 0.39 0.24
25_L 33_L 0.77 0.38 0.23
28_L 545_V 0.77 0.38 0.23
66_I 465_R 0.76 0.37 0.23
230_Q 60_R 0.76 0.37 0.23
283_L 236_I 0.76 0.37 0.22
184_I 272_V 0.75 0.36 0.21
326_S 41_R 0.75 0.35 0.21
125_A 45_L 0.74 0.35 0.21
31_S 477_P 0.74 0.34 0.20
305_V 61_S 0.74 0.34 0.20
331_V 240_L 0.73 0.34 0.20
233_I 53_L 0.73 0.33 0.20
230_Q 399_G 0.73 0.33 0.20
282_A 39_L 0.73 0.33 0.19
281_L 38_L 0.72 0.33 0.19
272_L 34_A 0.72 0.33 0.19
255_F 236_I 0.72 0.33 0.19
122_L 268_N 0.72 0.32 0.19
274_L 39_L 0.72 0.32 0.18
149_M 461_E 0.71 0.32 0.18
217_P 279_P 0.71 0.31 0.18
284_Y 162_R 0.70 0.30 0.17
167_A 435_I 0.70 0.30 0.17
55_M 203_Q 0.70 0.30 0.17
24_L 67_V 0.70 0.30 0.17
282_A 299_I 0.70 0.30 0.17
72_E 414_T 0.69 0.29 0.17
211_V 194_K 0.69 0.29 0.16
26_A 178_L 0.69 0.29 0.16
55_M 272_V 0.69 0.29 0.16
240_L 139_L 0.69 0.29 0.16
213_M 328_V 0.69 0.29 0.16
215_L 393_L 0.69 0.29 0.16
318_V 35_L 0.69 0.29 0.16
20_M 540_Y 0.69 0.29 0.16
87_V 20_I 0.68 0.28 0.15
266_A 298_T 0.68 0.28 0.15
226_Y 423_V 0.68 0.28 0.15
57_L 465_R 0.68 0.28 0.15
253_L 45_L 0.68 0.28 0.15
283_L 45_L 0.67 0.27 0.15
264_I 435_I 0.67 0.27 0.15
96_S 282_N 0.67 0.27 0.15
283_L 527_A 0.67 0.27 0.14
146_L 471_M 0.67 0.27 0.14
320_V 61_S 0.67 0.27 0.14
68_P 558_L 0.67 0.27 0.14
157_Q 342_K 0.67 0.27 0.14
80_I 203_Q 0.66 0.26 0.14
113_S 348_S 0.66 0.26 0.14
112_P 498_A 0.66 0.26 0.14
231_S 553_I 0.66 0.26 0.14
105_L 263_V 0.66 0.26 0.14
68_P 312_M 0.66 0.26 0.14
319_F 233_A 0.65 0.25 0.13
110_F 139_L 0.65 0.25 0.13
47_E 265_V 0.65 0.25 0.13
231_S 86_V 0.65 0.25 0.13
148_F 203_Q 0.65 0.25 0.13
269_A 82_L 0.64 0.24 0.13
234_A 252_V 0.64 0.24 0.13
33_L 462_S 0.64 0.24 0.13
237_S 419_Y 0.64 0.24 0.13
154_V 45_L 0.64 0.24 0.13
209_Q 262_A 0.64 0.24 0.12
272_L 460_P 0.64 0.24 0.12
312_L 235_S 0.64 0.24 0.12
205_D 502_G 0.64 0.24 0.12
103_L 227_Q 0.64 0.24 0.12
61_V 179_I 0.64 0.24 0.12
282_A 521_A 0.64 0.24 0.12
306_M 527_A 0.63 0.23 0.12
272_L 492_A 0.63 0.23 0.12
277_I 317_A 0.63 0.23 0.12
108_V 299_I 0.63 0.23 0.12
57_L 531_V 0.63 0.23 0.12
38_A 148_A 0.63 0.23 0.12
287_L 552_A 0.63 0.23 0.12
216_D 159_I 0.63 0.23 0.12
186_V 383_F 0.63 0.23 0.12
176_L 27_L 0.63 0.23 0.12
170_G 471_M 0.63 0.23 0.12
307_A 262_A 0.62 0.23 0.11
80_I 113_L 0.62 0.23 0.11
112_P 281_Y 0.62 0.22 0.11
235_I 303_F 0.62 0.22 0.11
66_I 199_W 0.62 0.22 0.11
160_L 23_R 0.62 0.22 0.11
284_Y 235_S 0.62 0.22 0.11
286_L 281_Y 0.62 0.22 0.11
99_A 59_M 0.62 0.22 0.11
178_G 471_M 0.62 0.22 0.11
266_A 182_T 0.61 0.22 0.11
185_G 27_L 0.61 0.22 0.11
113_S 228_A 0.61 0.22 0.11
268_L 361_N 0.61 0.22 0.11
234_A 528_L 0.61 0.22 0.11
307_A 41_R 0.61 0.22 0.11
246_L 361_N 0.61 0.21 0.11
38_A 185_D 0.61 0.21 0.11
269_A 46_Q 0.61 0.21 0.11
257_P 237_D 0.61 0.21 0.10
236_G 53_L 0.61 0.21 0.10
161_G 399_G 0.61 0.21 0.10
184_I 383_F 0.61 0.21 0.10
156_A 495_T 0.60 0.21 0.10
128_I 63_R 0.60 0.21 0.10
231_S 462_S 0.60 0.21 0.10
187_A 115_N 0.60 0.21 0.10
152_L 36_A 0.60 0.21 0.10
311_M 424_T 0.60 0.21 0.10
168_L 490_R 0.60 0.21 0.10
103_L 302_V 0.60 0.21 0.10
30_Y 423_V 0.60 0.21 0.10
117_K 74_I 0.60 0.21 0.10
266_A 135_R 0.60 0.21 0.10
55_M 235_S 0.60 0.21 0.10
255_F 245_Y 0.60 0.21 0.10
98_G 215_G 0.60 0.21 0.10
310_L 246_R 0.60 0.21 0.10
66_I 319_Q 0.60 0.20 0.10
248_G 325_E 0.60 0.20 0.10
52_Q 417_F 0.60 0.20 0.10
182_R 143_V 0.60 0.20 0.10
149_M 469_H 0.60 0.20 0.10
331_V 527_A 0.60 0.20 0.10
331_V 219_E 0.60 0.20 0.10
266_A 530_V 0.59 0.20 0.10
306_M 394_V 0.59 0.20 0.10
266_A 547_A 0.59 0.20 0.10
51_G 465_R 0.59 0.20 0.10
232_K 41_R 0.59 0.20 0.10
57_L 272_V 0.59 0.20 0.10
266_A 154_L 0.59 0.20 0.10
127_F 192_V 0.59 0.20 0.10
277_I 46_Q 0.59 0.20 0.10
164_I 143_V 0.59 0.20 0.09
179_L 236_I 0.59 0.20 0.09
48_R 523_Q 0.59 0.20 0.09
148_F 436_G 0.58 0.19 0.09
265_F 156_L 0.58 0.19 0.09
16_L 30_C 0.58 0.19 0.09
155_A 308_T 0.58 0.19 0.09
175_F 26_L 0.58 0.19 0.09
286_L 424_T 0.58 0.19 0.09
28_L 401_Y 0.58 0.19 0.09
289_M 446_I 0.58 0.19 0.09
269_A 45_L 0.58 0.19 0.09
172_F 522_S 0.58 0.19 0.09
171_L 47_V 0.58 0.19 0.09
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1356 seconds.