May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
GDGD-AE
Genes: A B A+B
Length: 787 304 1071
Sequences: 1114 1241 839
Seq/Len: 1.42 4.08 0.78
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.68
2 0.01 0.01 0.73
5 0.01 0.01 0.75
10 0.01 0.01 0.76
20 0.01 0.01 0.77
100 0.06 0.04 0.77
∞ 0.12 0.09 0.79
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
685_N 123_Q 3.11 1.00 0.99
721_S 127_S 1.59 0.76 0.60
605_D 119_K 1.52 0.71 0.54
678_S 116_E 1.51 0.70 0.53
725_S 122_V 1.46 0.66 0.48
230_A 109_S 1.33 0.56 0.35
685_N 119_K 1.26 0.50 0.29
409_E 133_L 1.23 0.47 0.26
605_D 123_Q 1.18 0.43 0.22
571_N 283_D 1.16 0.41 0.20
729_Q 123_Q 1.13 0.39 0.18
598_N 109_S 1.12 0.39 0.18
296_Y 170_E 1.08 0.35 0.15
731_G 265_Y 1.05 0.33 0.14
594_A 98_S 1.05 0.32 0.13
609_V 268_I 1.02 0.30 0.12
497_Y 150_K 1.02 0.30 0.12
224_K 112_D 0.99 0.28 0.10
750_N 287_R 0.98 0.28 0.10
577_E 207_Q 0.98 0.28 0.10
429_G 252_I 0.97 0.27 0.10
259_S 232_D 0.96 0.26 0.09
750_N 66_S 0.96 0.26 0.09
605_D 25_T 0.95 0.26 0.09
680_P 16_S 0.95 0.26 0.09
681_T 120_D 0.95 0.25 0.09
518_P 254_L 0.95 0.25 0.09
758_I 183_M 0.93 0.24 0.08
684_C 30_K 0.93 0.24 0.08
240_A 108_Y 0.92 0.24 0.08
212_C 257_Y 0.92 0.23 0.07
684_C 257_Y 0.91 0.23 0.07
569_D 184_I 0.91 0.23 0.07
239_K 221_I 0.90 0.22 0.07
684_C 188_S 0.90 0.22 0.07
72_I 147_E 0.90 0.22 0.07
482_K 192_E 0.89 0.22 0.07
218_Y 288_L 0.89 0.22 0.07
769_I 225_V 0.89 0.22 0.07
37_E 128_N 0.89 0.22 0.07
765_S 105_G 0.89 0.22 0.07
556_I 285_M 0.89 0.21 0.07
302_I 201_S 0.89 0.21 0.06
350_E 206_L 0.89 0.21 0.06
416_V 50_Q 0.88 0.21 0.06
643_S 162_E 0.88 0.21 0.06
344_V 71_A 0.88 0.21 0.06
305_K 293_E 0.88 0.21 0.06
681_T 38_W 0.88 0.21 0.06
680_P 17_L 0.88 0.21 0.06
615_E 219_I 0.88 0.21 0.06
569_D 207_Q 0.88 0.21 0.06
112_S 51_V 0.88 0.21 0.06
69_Q 111_E 0.87 0.21 0.06
604_N 258_H 0.86 0.20 0.06
703_Q 16_S 0.86 0.20 0.06
397_R 101_L 0.86 0.20 0.06
146_A 33_S 0.85 0.20 0.05
292_M 203_E 0.85 0.19 0.05
632_G 123_Q 0.85 0.19 0.05
345_G 131_I 0.84 0.19 0.05
585_D 274_L 0.84 0.19 0.05
671_P 232_D 0.84 0.19 0.05
684_C 123_Q 0.84 0.19 0.05
717_M 118_K 0.84 0.19 0.05
225_K 124_Y 0.84 0.19 0.05
182_N 234_Q 0.84 0.19 0.05
660_K 34_M 0.84 0.19 0.05
756_D 17_L 0.84 0.19 0.05
230_A 128_N 0.84 0.19 0.05
453_L 138_V 0.84 0.19 0.05
571_N 133_L 0.84 0.19 0.05
491_Y 112_D 0.84 0.19 0.05
117_E 153_K 0.84 0.19 0.05
60_E 176_I 0.83 0.18 0.05
113_E 254_L 0.83 0.18 0.05
208_V 40_S 0.83 0.18 0.05
571_N 85_K 0.82 0.18 0.05
34_L 249_L 0.82 0.18 0.05
149_C 208_N 0.82 0.18 0.05
701_F 17_L 0.82 0.18 0.05
701_F 23_I 0.82 0.18 0.05
577_E 66_S 0.81 0.18 0.04
441_K 246_L 0.81 0.18 0.04
428_Y 16_S 0.81 0.18 0.04
705_F 228_G 0.81 0.17 0.04
231_D 191_D 0.81 0.17 0.04
777_N 288_L 0.81 0.17 0.04
485_D 9_L 0.81 0.17 0.04
481_M 138_V 0.81 0.17 0.04
591_E 63_R 0.81 0.17 0.04
705_F 113_V 0.80 0.17 0.04
563_V 277_L 0.80 0.17 0.04
660_K 133_L 0.80 0.17 0.04
571_N 238_A 0.80 0.17 0.04
613_A 137_E 0.80 0.17 0.04
723_I 249_L 0.80 0.17 0.04
664_P 164_A 0.80 0.17 0.04
654_A 208_N 0.80 0.17 0.04
341_N 52_M 0.79 0.17 0.04
756_D 160_A 0.79 0.17 0.04
508_C 157_W 0.79 0.16 0.04
677_V 271_E 0.79 0.16 0.04
50_R 162_E 0.79 0.16 0.04
701_F 123_Q 0.79 0.16 0.04
260_F 243_S 0.79 0.16 0.04
181_I 57_L 0.79 0.16 0.04
485_D 113_V 0.79 0.16 0.04
45_Q 57_L 0.79 0.16 0.04
294_P 14_K 0.78 0.16 0.04
497_Y 162_E 0.78 0.16 0.04
607_D 166_Y 0.78 0.16 0.04
656_P 44_S 0.78 0.16 0.04
222_Y 176_I 0.78 0.16 0.04
394_E 173_K 0.78 0.16 0.04
302_I 207_Q 0.77 0.16 0.04
684_C 211_L 0.77 0.16 0.04
33_I 95_N 0.77 0.15 0.04
701_F 16_S 0.77 0.15 0.04
259_S 207_Q 0.77 0.15 0.04
243_N 219_I 0.77 0.15 0.04
623_E 212_S 0.77 0.15 0.04
377_S 101_L 0.77 0.15 0.04
678_S 216_A 0.77 0.15 0.04
490_A 23_I 0.77 0.15 0.04
401_G 38_W 0.77 0.15 0.04
60_E 195_R 0.77 0.15 0.04
301_N 238_A 0.77 0.15 0.04
182_N 232_D 0.77 0.15 0.04
186_E 37_L 0.76 0.15 0.04
624_V 249_L 0.76 0.15 0.04
568_F 239_I 0.76 0.15 0.03
41_Q 301_I 0.76 0.15 0.03
258_K 219_I 0.76 0.15 0.03
227_K 266_Q 0.76 0.15 0.03
282_S 262_E 0.76 0.15 0.03
594_A 283_D 0.76 0.15 0.03
14_N 207_Q 0.76 0.15 0.03
262_E 241_Q 0.76 0.15 0.03
750_N 191_D 0.76 0.15 0.03
661_S 204_I 0.75 0.15 0.03
609_V 212_S 0.75 0.15 0.03
247_K 94_D 0.75 0.15 0.03
654_A 194_H 0.75 0.15 0.03
558_D 137_E 0.75 0.15 0.03
585_D 46_D 0.75 0.14 0.03
297_E 112_D 0.75 0.14 0.03
305_K 202_N 0.75 0.14 0.03
468_N 292_V 0.75 0.14 0.03
680_P 30_K 0.75 0.14 0.03
168_D 149_L 0.75 0.14 0.03
756_D 265_Y 0.75 0.14 0.03
486_E 186_I 0.75 0.14 0.03
206_N 53_F 0.74 0.14 0.03
643_S 184_I 0.74 0.14 0.03
189_E 238_A 0.74 0.14 0.03
563_V 108_Y 0.74 0.14 0.03
582_L 214_E 0.74 0.14 0.03
681_T 205_I 0.74 0.14 0.03
188_L 23_I 0.74 0.14 0.03
588_N 23_I 0.74 0.14 0.03
691_D 280_P 0.74 0.14 0.03
189_E 233_L 0.74 0.14 0.03
229_I 111_E 0.74 0.14 0.03
599_A 160_A 0.74 0.14 0.03
585_D 148_L 0.74 0.14 0.03
262_E 144_F 0.73 0.14 0.03
124_E 123_Q 0.73 0.14 0.03
730_K 45_Q 0.73 0.14 0.03
738_V 249_L 0.73 0.14 0.03
295_Y 242_F 0.73 0.14 0.03
722_L 17_L 0.73 0.14 0.03
708_S 219_I 0.73 0.14 0.03
495_M 203_E 0.73 0.14 0.03
680_P 15_F 0.73 0.14 0.03
705_F 225_V 0.73 0.14 0.03
594_A 59_T 0.73 0.14 0.03
262_E 113_V 0.73 0.14 0.03
111_I 40_S 0.73 0.14 0.03
334_G 124_Y 0.73 0.14 0.03
746_A 266_Q 0.72 0.14 0.03
601_K 15_F 0.72 0.14 0.03
409_E 145_A 0.72 0.14 0.03
246_A 214_E 0.72 0.13 0.03
752_E 145_A 0.72 0.13 0.03
530_I 276_E 0.72 0.13 0.03
738_V 72_A 0.72 0.13 0.03
295_Y 111_E 0.72 0.13 0.03
515_E 177_P 0.72 0.13 0.03
602_F 172_V 0.72 0.13 0.03
226_A 230_N 0.71 0.13 0.03
572_K 67_Q 0.71 0.13 0.03
701_F 15_F 0.71 0.13 0.03
180_I 92_C 0.71 0.13 0.03
731_G 119_K 0.71 0.13 0.03
734_V 171_S 0.71 0.13 0.03
728_D 126_R 0.71 0.13 0.03
278_S 17_L 0.71 0.13 0.03
680_P 23_I 0.71 0.13 0.03
711_K 53_F 0.71 0.13 0.03
484_F 238_A 0.71 0.13 0.03
618_L 225_V 0.71 0.13 0.03
412_I 201_S 0.71 0.13 0.03
229_I 270_R 0.71 0.13 0.03
568_F 81_I 0.71 0.13 0.03
561_V 190_N 0.71 0.13 0.03
654_A 33_S 0.71 0.13 0.03
169_Y 268_I 0.71 0.13 0.03
602_F 268_I 0.70 0.13 0.03
129_K 216_A 0.70 0.13 0.03
348_N 225_V 0.70 0.13 0.03
721_S 150_K 0.70 0.13 0.03
489_K 163_T 0.70 0.13 0.03
202_E 237_G 0.70 0.13 0.02
568_F 46_D 0.70 0.13 0.02
738_V 66_S 0.70 0.12 0.02
460_T 156_G 0.70 0.12 0.02
454_A 113_V 0.70 0.12 0.02
574_T 59_T 0.70 0.12 0.02
234_S 91_K 0.70 0.12 0.02
423_E 248_N 0.70 0.12 0.02
759_V 30_K 0.70 0.12 0.02
605_D 116_E 0.70 0.12 0.02
586_F 257_Y 0.70 0.12 0.02
602_F 133_L 0.70 0.12 0.02
237_K 254_L 0.70 0.12 0.02
407_N 173_K 0.69 0.12 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.073 seconds.