May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PDPD-AE
Genes: A B A+B
Length: 843 264 998
Sequences: 648 3311 645
Seq/Len: 0.77 12.54 0.65
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.65
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.49
2 0.01 0.01 0.54
5 0.01 0.01 0.57
10 0.01 0.01 0.57
20 0.01 0.02 0.58
100 0.02 0.07 0.58
∞ 0.10 0.16 0.59
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
739_N 82_Y 2.30 0.96 0.85
779_G 81_P 1.60 0.72 0.37
576_K 243_E 1.21 0.41 0.12
739_N 78_R 1.18 0.39 0.10
184_E 194_Q 1.17 0.38 0.10
232_A 68_T 1.12 0.34 0.08
417_I 102_E 1.11 0.33 0.08
523_P 214_I 1.11 0.33 0.08
574_E 166_E 1.09 0.32 0.07
39_E 87_G 1.07 0.30 0.07
500_M 185_V 1.04 0.28 0.06
732_S 75_T 1.03 0.28 0.06
414_E 92_L 1.02 0.27 0.06
476_A 125_Y 1.01 0.27 0.05
62_K 154_K 1.00 0.26 0.05
115_E 214_I 0.99 0.25 0.05
775_S 86_S 0.98 0.24 0.05
226_K 71_E 0.98 0.24 0.05
812_I 142_L 0.98 0.24 0.04
725_P 192_T 0.96 0.23 0.04
304_E 169_L 0.95 0.22 0.04
668_R 76_V 0.94 0.22 0.04
590_N 107_L 0.92 0.21 0.04
131_K 102_E 0.92 0.21 0.04
261_S 181_I 0.92 0.21 0.03
799_L 78_R 0.92 0.21 0.03
819_S 64_G 0.91 0.21 0.03
241_R 170_R 0.91 0.20 0.03
714_L 92_L 0.89 0.19 0.03
184_E 106_G 0.89 0.19 0.03
735_T 79_D 0.89 0.19 0.03
783_Q 82_Y 0.88 0.19 0.03
539_M 197_L 0.88 0.19 0.03
130_G 97_C 0.88 0.19 0.03
759_M 72_V 0.88 0.19 0.03
496_Y 189_F 0.87 0.18 0.03
262_F 157_T 0.87 0.18 0.03
220_Y 248_F 0.86 0.18 0.03
319_I 165_L 0.85 0.17 0.03
153_F 125_Y 0.85 0.17 0.03
262_F 100_Q 0.85 0.17 0.03
170_Q 108_L 0.84 0.17 0.02
16_K 166_E 0.84 0.17 0.02
759_M 185_V 0.84 0.17 0.02
284_S 222_Q 0.84 0.17 0.02
576_K 154_K 0.84 0.17 0.02
465_V 129_E 0.84 0.17 0.02
315_L 149_N 0.84 0.17 0.02
715_A 163_R 0.84 0.17 0.02
587_L 72_V 0.83 0.17 0.02
576_K 92_L 0.83 0.16 0.02
697_S 121_E 0.83 0.16 0.02
232_A 87_G 0.83 0.16 0.02
214_C 217_Y 0.82 0.16 0.02
311_Y 138_L 0.82 0.16 0.02
782_D 85_Q 0.82 0.16 0.02
229_E 87_G 0.82 0.16 0.02
369_T 211_Q 0.82 0.16 0.02
375_F 78_R 0.82 0.16 0.02
486_F 97_C 0.81 0.15 0.02
710_P 46_S 0.81 0.15 0.02
129_K 152_K 0.81 0.15 0.02
576_K 152_K 0.80 0.15 0.02
736_A 69_V 0.80 0.15 0.02
779_G 159_H 0.80 0.15 0.02
417_I 160_D 0.80 0.15 0.02
735_T 82_Y 0.80 0.15 0.02
306_S 198_D 0.80 0.15 0.02
456_F 190_N 0.80 0.15 0.02
561_V 245_M 0.79 0.15 0.02
245_L 179_L 0.79 0.15 0.02
520_K 136_P 0.79 0.15 0.02
492_F 228_L 0.79 0.14 0.02
488_S 115_G 0.79 0.14 0.02
355_Q 165_L 0.78 0.14 0.02
487_Q 151_E 0.78 0.14 0.02
488_S 50_E 0.78 0.14 0.02
492_F 135_L 0.78 0.14 0.02
421_V 191_A 0.78 0.14 0.02
123_A 120_I 0.78 0.14 0.02
389_S 164_M 0.77 0.14 0.02
582_E 73_M 0.77 0.14 0.02
264_E 92_L 0.77 0.14 0.02
535_I 145_I 0.77 0.14 0.02
803_A 109_R 0.77 0.14 0.02
242_Q 188_G 0.77 0.14 0.02
402_R 60_P 0.76 0.14 0.02
241_R 181_I 0.76 0.14 0.02
776_L 216_P 0.76 0.14 0.02
119_K 112_K 0.76 0.14 0.02
299_E 114_L 0.76 0.14 0.02
590_N 92_L 0.76 0.14 0.02
248_A 173_H 0.76 0.14 0.02
261_S 192_T 0.76 0.14 0.02
574_E 247_A 0.76 0.13 0.02
191_E 250_E 0.76 0.13 0.02
364_S 168_A 0.76 0.13 0.02
587_L 163_R 0.75 0.13 0.01
760_H 203_A 0.75 0.13 0.01
297_Y 116_I 0.75 0.13 0.01
260_E 166_E 0.75 0.13 0.01
51_M 68_T 0.75 0.13 0.01
730_D 103_F 0.75 0.13 0.01
490_D 223_G 0.74 0.13 0.01
736_A 101_P 0.74 0.13 0.01
460_R 97_C 0.74 0.13 0.01
373_H 78_R 0.74 0.13 0.01
351_G 184_P 0.74 0.13 0.01
261_S 166_E 0.74 0.13 0.01
71_E 70_A 0.74 0.13 0.01
748_I 76_V 0.74 0.13 0.01
83_R 121_E 0.74 0.13 0.01
241_R 133_T 0.74 0.13 0.01
184_E 192_T 0.74 0.13 0.01
346_N 54_M 0.74 0.13 0.01
17_R 173_H 0.74 0.13 0.01
263_Q 181_I 0.74 0.13 0.01
589_M 134_L 0.74 0.13 0.01
189_E 138_L 0.74 0.13 0.01
744_L 124_A 0.73 0.12 0.01
55_R 110_A 0.73 0.12 0.01
301_D 164_M 0.73 0.12 0.01
112_Y 109_R 0.73 0.12 0.01
565_L 185_V 0.73 0.12 0.01
231_M 230_R 0.73 0.12 0.01
393_L 124_A 0.73 0.12 0.01
460_R 75_T 0.73 0.12 0.01
36_L 209_V 0.73 0.12 0.01
502_Y 121_E 0.73 0.12 0.01
157_G 142_L 0.72 0.12 0.01
261_S 170_R 0.72 0.12 0.01
446_K 206_L 0.72 0.12 0.01
301_D 125_Y 0.72 0.12 0.01
658_N 218_H 0.72 0.12 0.01
364_S 137_Y 0.72 0.12 0.01
129_K 160_D 0.72 0.12 0.01
661_D 125_Y 0.72 0.12 0.01
659_D 78_R 0.71 0.12 0.01
113_I 42_C 0.71 0.12 0.01
321_V 192_T 0.71 0.12 0.01
799_L 75_T 0.71 0.12 0.01
536_K 196_L 0.71 0.12 0.01
238_A 152_K 0.71 0.12 0.01
579_T 196_L 0.71 0.12 0.01
502_Y 109_R 0.71 0.12 0.01
485_S 200_A 0.71 0.12 0.01
167_V 185_V 0.71 0.12 0.01
766_G 213_H 0.71 0.12 0.01
777_I 209_V 0.70 0.11 0.01
784_Q 47_Q 0.70 0.11 0.01
467_S 169_L 0.70 0.11 0.01
577_R 141_Y 0.70 0.11 0.01
765_A 55_T 0.70 0.11 0.01
672_Y 76_V 0.70 0.11 0.01
461_P 252_I 0.70 0.11 0.01
581_G 50_E 0.70 0.11 0.01
778_R 97_C 0.70 0.11 0.01
667_A 96_E 0.70 0.11 0.01
48_P 108_L 0.70 0.11 0.01
491_E 50_E 0.70 0.11 0.01
466_F 127_K 0.70 0.11 0.01
712_G 144_D 0.69 0.11 0.01
712_G 146_K 0.69 0.11 0.01
406_G 225_Y 0.69 0.11 0.01
43_A 229_N 0.69 0.11 0.01
414_E 104_S 0.69 0.11 0.01
392_A 65_K 0.69 0.11 0.01
590_N 48_S 0.69 0.11 0.01
658_N 190_N 0.69 0.11 0.01
331_D 121_E 0.69 0.11 0.01
260_E 258_L 0.69 0.11 0.01
208_E 55_T 0.69 0.11 0.01
457_N 93_S 0.69 0.11 0.01
827_K 138_L 0.69 0.11 0.01
585_K 48_S 0.69 0.11 0.01
779_G 67_V 0.69 0.11 0.01
264_E 201_K 0.69 0.11 0.01
800_D 155_E 0.69 0.11 0.01
227_M 83_Y 0.69 0.11 0.01
579_T 221_G 0.69 0.11 0.01
647_H 157_T 0.69 0.11 0.01
382_S 60_P 0.69 0.11 0.01
592_G 70_A 0.69 0.11 0.01
307_L 210_R 0.69 0.11 0.01
595_L 134_L 0.69 0.11 0.01
233_E 150_P 0.69 0.11 0.01
762_T 123_M 0.68 0.11 0.01
783_Q 81_P 0.68 0.11 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0849 seconds.