May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
IslAIslB
Genes: A B A+B
Length: 830 312 1045
Sequences: 662 891 526
Seq/Len: 0.8 2.86 0.5
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.65
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.39
2 0.01 0.01 0.44
5 0.01 0.01 0.45
10 0.01 0.02 0.46
20 0.01 0.02 0.46
100 0.03 0.05 0.46
∞ 0.10 0.09 0.47
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
725_L 131_F 2.22 0.92 0.64
767_T 130_L 1.65 0.67 0.23
327_Y 178_D 1.34 0.44 0.09
556_A 263_A 1.25 0.37 0.06
57_Q 136_G 1.20 0.34 0.06
611_R 291_G 1.20 0.34 0.05
725_L 127_K 1.18 0.32 0.05
611_R 91_K 1.17 0.32 0.05
254_D 120_Q 1.16 0.31 0.05
392_D 201_K 1.12 0.28 0.04
625_N 50_A 1.09 0.27 0.04
609_E 215_S 1.07 0.25 0.03
432_K 109_M 1.06 0.25 0.03
519_F 146_P 1.05 0.24 0.03
444_E 141_L 1.03 0.23 0.03
332_E 229_V 1.03 0.23 0.03
277_E 102_H 1.03 0.23 0.03
276_A 224_F 1.02 0.23 0.03
535_L 158_R 1.02 0.23 0.03
800_I 191_L 1.02 0.23 0.03
197_D 157_L 1.01 0.22 0.03
722_A 118_V 1.00 0.22 0.03
133_S 55_V 1.00 0.21 0.02
807_S 113_G 1.00 0.21 0.02
248_W 296_I 1.00 0.21 0.02
711_P 242_N 0.99 0.21 0.02
718_N 124_E 0.99 0.21 0.02
533_H 235_I 0.98 0.21 0.02
151_R 226_N 0.98 0.20 0.02
379_I 75_D 0.98 0.20 0.02
246_V 141_L 0.97 0.20 0.02
622_L 212_L 0.97 0.20 0.02
634_Q 106_A 0.97 0.20 0.02
451_V 54_Q 0.96 0.20 0.02
290_F 149_H 0.96 0.20 0.02
405_P 127_K 0.95 0.19 0.02
323_F 211_E 0.95 0.19 0.02
238_T 44_S 0.94 0.19 0.02
242_C 266_Y 0.94 0.19 0.02
54_F 259_V 0.94 0.19 0.02
651_E 183_A 0.94 0.18 0.02
42_G 246_A 0.94 0.18 0.02
89_D 119_D 0.93 0.18 0.02
134_P 263_A 0.93 0.18 0.02
608_F 50_A 0.93 0.18 0.02
792_D 70_K 0.93 0.18 0.02
523_D 117_T 0.93 0.18 0.02
763_Q 135_S 0.92 0.18 0.02
617_Q 215_S 0.92 0.18 0.02
696_P 48_S 0.92 0.18 0.02
631_D 67_R 0.92 0.17 0.02
146_P 131_F 0.91 0.17 0.02
260_A 117_T 0.91 0.17 0.02
655_E 229_V 0.91 0.17 0.02
617_Q 70_K 0.90 0.17 0.02
795_K 201_K 0.90 0.17 0.02
780_V 259_V 0.90 0.17 0.02
34_F 215_S 0.90 0.17 0.01
138_K 161_R 0.90 0.17 0.01
522_W 248_A 0.89 0.16 0.01
787_K 93_D 0.88 0.16 0.01
328_K 298_R 0.88 0.16 0.01
326_F 297_Q 0.88 0.16 0.01
521_S 52_H 0.88 0.16 0.01
553_K 185_P 0.88 0.16 0.01
333_A 218_K 0.87 0.16 0.01
700_V 141_L 0.87 0.15 0.01
622_L 121_I 0.87 0.15 0.01
520_K 200_E 0.87 0.15 0.01
219_A 120_Q 0.86 0.15 0.01
522_W 119_D 0.86 0.15 0.01
721_T 128_D 0.86 0.15 0.01
215_E 165_I 0.86 0.15 0.01
772_K 207_G 0.86 0.15 0.01
509_L 174_C 0.86 0.15 0.01
252_H 184_A 0.86 0.15 0.01
211_Q 244_E 0.86 0.15 0.01
326_F 252_F 0.86 0.15 0.01
285_N 114_E 0.86 0.15 0.01
403_E 127_K 0.85 0.15 0.01
476_R 256_Y 0.85 0.15 0.01
523_D 183_A 0.85 0.15 0.01
614_T 270_G 0.85 0.15 0.01
242_C 289_P 0.85 0.15 0.01
792_D 295_R 0.85 0.15 0.01
701_A 212_L 0.85 0.15 0.01
313_T 271_T 0.85 0.15 0.01
608_F 247_Y 0.85 0.15 0.01
588_F 170_E 0.85 0.15 0.01
270_A 114_E 0.84 0.15 0.01
255_A 132_Y 0.84 0.14 0.01
376_A 56_A 0.84 0.14 0.01
645_D 127_K 0.84 0.14 0.01
627_E 90_G 0.84 0.14 0.01
608_F 175_I 0.84 0.14 0.01
80_K 203_R 0.84 0.14 0.01
47_I 168_A 0.84 0.14 0.01
772_K 49_Q 0.84 0.14 0.01
337_T 250_G 0.83 0.14 0.01
134_P 172_C 0.83 0.14 0.01
609_E 192_F 0.83 0.14 0.01
611_R 141_L 0.83 0.14 0.01
257_R 136_G 0.83 0.14 0.01
507_V 56_A 0.83 0.14 0.01
815_P 187_L 0.83 0.14 0.01
328_K 163_R 0.83 0.14 0.01
683_T 192_F 0.83 0.14 0.01
603_I 116_K 0.83 0.14 0.01
345_L 132_Y 0.83 0.14 0.01
747_F 121_I 0.82 0.14 0.01
426_D 241_D 0.81 0.14 0.01
625_N 283_M 0.81 0.13 0.01
616_D 169_I 0.81 0.13 0.01
289_D 215_S 0.81 0.13 0.01
444_E 217_L 0.81 0.13 0.01
796_Y 272_Q 0.81 0.13 0.01
289_D 219_K 0.81 0.13 0.01
704_P 149_H 0.81 0.13 0.01
225_P 55_V 0.81 0.13 0.01
92_L 155_P 0.81 0.13 0.01
292_E 152_I 0.81 0.13 0.01
781_I 115_N 0.80 0.13 0.01
289_D 284_G 0.80 0.13 0.01
721_T 131_F 0.80 0.13 0.01
327_Y 238_G 0.80 0.13 0.01
706_A 300_V 0.80 0.13 0.01
328_K 120_Q 0.80 0.13 0.01
780_V 76_A 0.80 0.13 0.01
798_N 261_Y 0.79 0.13 0.01
218_A 298_R 0.79 0.13 0.01
339_E 118_V 0.79 0.13 0.01
612_K 154_L 0.79 0.13 0.01
608_F 87_L 0.79 0.13 0.01
755_D 187_L 0.79 0.13 0.01
564_H 168_A 0.79 0.12 0.01
210_K 61_R 0.79 0.12 0.01
269_K 231_V 0.79 0.12 0.01
209_L 100_C 0.79 0.12 0.01
612_K 71_A 0.79 0.12 0.01
811_V 235_I 0.78 0.12 0.01
625_N 156_L 0.78 0.12 0.01
273_I 229_V 0.78 0.12 0.01
609_E 290_D 0.78 0.12 0.01
644_N 267_H 0.78 0.12 0.01
656_L 214_L 0.78 0.12 0.01
624_A 90_G 0.78 0.12 0.01
333_A 59_K 0.78 0.12 0.01
290_F 206_V 0.78 0.12 0.01
230_D 152_I 0.78 0.12 0.01
535_L 170_E 0.78 0.12 0.01
260_A 89_R 0.77 0.12 0.01
270_A 116_K 0.77 0.12 0.01
677_A 187_L 0.77 0.12 0.01
521_S 111_I 0.77 0.12 0.01
236_E 57_Y 0.77 0.12 0.01
392_D 150_A 0.77 0.12 0.01
421_E 294_Q 0.77 0.12 0.01
730_T 173_G 0.77 0.12 0.01
252_H 180_L 0.77 0.12 0.01
204_R 139_M 0.77 0.12 0.01
211_Q 155_P 0.77 0.12 0.01
787_K 127_K 0.76 0.12 0.01
350_V 89_R 0.76 0.12 0.01
803_I 155_P 0.76 0.12 0.01
529_Y 160_A 0.76 0.12 0.01
794_Q 220_L 0.76 0.12 0.01
717_H 280_E 0.76 0.12 0.01
70_R 170_E 0.76 0.12 0.01
332_E 176_P 0.76 0.12 0.01
131_S 158_R 0.76 0.12 0.01
638_T 102_H 0.76 0.12 0.01
341_T 108_G 0.76 0.12 0.01
54_F 132_Y 0.76 0.12 0.01
266_P 201_K 0.76 0.12 0.01
627_E 119_D 0.76 0.12 0.01
620_D 50_A 0.76 0.12 0.01
65_Q 61_R 0.76 0.12 0.01
750_K 172_C 0.76 0.12 0.01
80_K 184_A 0.76 0.12 0.01
778_F 274_Y 0.75 0.11 0.01
635_L 85_L 0.75 0.11 0.01
596_V 293_A 0.75 0.11 0.01
424_L 113_G 0.75 0.11 0.01
389_A 109_M 0.75 0.11 0.01
392_D 148_M 0.75 0.11 0.01
286_P 196_Q 0.75 0.11 0.01
431_I 60_G 0.75 0.11 0.01
102_R 170_E 0.75 0.11 0.01
246_V 116_K 0.75 0.11 0.01
442_N 146_P 0.75 0.11 0.01
819_N 296_I 0.75 0.11 0.01
33_V 235_I 0.75 0.11 0.01
241_V 272_Q 0.74 0.11 0.01
73_K 178_D 0.74 0.11 0.01
327_Y 155_P 0.74 0.11 0.01
603_I 260_G 0.74 0.11 0.01
269_K 250_G 0.74 0.11 0.01
797_R 181_K 0.74 0.11 0.01
92_L 119_D 0.74 0.11 0.01
385_D 263_A 0.74 0.11 0.01
37_L 180_L 0.74 0.11 0.01
613_L 117_T 0.74 0.11 0.01
500_K 39_S 0.74 0.11 0.01
665_A 175_I 0.74 0.11 0.01
486_T 240_N 0.74 0.11 0.01
524_E 218_K 0.74 0.11 0.01
700_V 38_L 0.74 0.11 0.01
625_N 141_L 0.74 0.11 0.01
535_L 217_L 0.74 0.11 0.01
753_E 57_Y 0.74 0.11 0.01
292_E 251_E 0.73 0.11 0.01
603_I 114_E 0.73 0.11 0.01
776_I 235_I 0.73 0.11 0.01
464_A 175_I 0.73 0.11 0.01
211_Q 242_N 0.73 0.11 0.01
771_L 131_F 0.73 0.11 0.01
611_R 209_G 0.73 0.11 0.01
246_V 238_G 0.73 0.11 0.01
515_D 181_K 0.73 0.11 0.01
71_W 235_I 0.73 0.11 0.01
525_F 277_L 0.73 0.11 0.01
698_G 195_K 0.73 0.11 0.01
788_K 212_L 0.72 0.10 0.01
340_K 127_K 0.72 0.10 0.01
232_R 247_Y 0.72 0.10 0.01
300_T 168_A 0.72 0.10 0.01
84_V 296_I 0.72 0.10 0.01
644_N 240_N 0.72 0.10 0.01
559_M 141_L 0.72 0.10 0.01
83_T 118_V 0.72 0.10 0.01
703_F 87_L 0.72 0.10 0.01
260_A 136_G 0.72 0.10 0.01
417_S 139_M 0.72 0.10 0.01
496_L 220_L 0.72 0.10 0.01
792_D 229_V 0.72 0.10 0.01
642_Y 70_K 0.72 0.10 0.01
608_F 249_L 0.72 0.10 0.01
443_D 170_E 0.72 0.10 0.01
520_K 151_D 0.72 0.10 0.01
616_D 52_H 0.72 0.10 0.01
523_D 82_D 0.72 0.10 0.01
378_T 277_L 0.72 0.10 0.01
290_F 253_L 0.72 0.10 0.01
520_K 224_F 0.72 0.10 0.01
767_T 200_E 0.72 0.10 0.01
149_K 211_E 0.72 0.10 0.01
213_M 148_M 0.72 0.10 0.01
601_A 198_D 0.71 0.10 0.01
385_D 214_L 0.71 0.10 0.01
340_K 119_D 0.71 0.10 0.01
655_E 212_L 0.71 0.10 0.01
530_V 63_I 0.71 0.10 0.01
285_N 150_A 0.71 0.10 0.01
203_K 181_K 0.71 0.10 0.01
261_E 199_S 0.71 0.10 0.01
83_T 194_V 0.71 0.10 0.01
599_S 166_K 0.71 0.10 0.01
394_T 158_R 0.71 0.10 0.01
767_T 127_K 0.71 0.10 0.01
256_A 214_L 0.71 0.10 0.01
259_A 102_H 0.71 0.10 0.01
496_L 247_Y 0.71 0.10 0.01
332_E 69_I 0.71 0.10 0.01
611_R 203_R 0.71 0.10 0.01
215_E 119_D 0.71 0.10 0.01
617_Q 117_T 0.71 0.10 0.01
647_E 169_I 0.71 0.10 0.01
605_K 176_P 0.71 0.10 0.01
488_F 139_M 0.71 0.10 0.01
263_C 275_D 0.71 0.10 0.01
683_T 170_E 0.71 0.10 0.01
288_R 229_V 0.71 0.10 0.01
535_L 186_Y 0.71 0.10 0.01
653_G 145_E 0.70 0.10 0.01
277_E 53_P 0.70 0.10 0.01
599_S 108_G 0.70 0.10 0.01
763_Q 209_G 0.70 0.10 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0445 seconds.