May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
vulCvulB
Genes: A B A+B
Length: 613 85 620
Sequences: 362 301 102
Seq/Len: 0.59 3.54 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.10
2 0.00 0.00 0.13
5 0.01 0.00 0.14
10 0.01 0.01 0.14
20 0.02 0.01 0.15
100 0.02 0.02 0.15
∞ 0.10 0.04 0.16
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
305_D 16_T 1.64 0.35 0.00
241_F 24_R 1.54 0.29 0.00
373_S 70_V 1.50 0.28 0.00
539_R 58_R 1.39 0.23 0.00
183_D 55_L 1.38 0.23 0.00
234_K 25_T 1.37 0.22 0.00
96_V 15_D 1.32 0.20 0.00
160_L 45_G 1.31 0.20 0.00
524_Q 83_V 1.31 0.20 0.00
336_G 69_D 1.30 0.20 0.00
219_R 82_M 1.30 0.20 0.00
93_F 52_A 1.29 0.19 0.00
166_W 77_L 1.28 0.19 0.00
354_S 35_G 1.28 0.19 0.00
198_E 38_V 1.27 0.18 0.00
192_W 77_L 1.24 0.17 0.00
264_D 39_L 1.23 0.17 0.00
514_G 83_V 1.23 0.17 0.00
567_V 60_S 1.23 0.17 0.00
250_L 34_T 1.23 0.17 0.00
424_A 17_G 1.22 0.17 0.00
166_W 66_A 1.21 0.17 0.00
482_I 19_V 1.20 0.16 0.00
513_R 15_D 1.20 0.16 0.00
452_M 16_T 1.19 0.16 0.00
187_R 78_R 1.19 0.16 0.00
107_G 34_T 1.18 0.15 0.00
85_L 59_F 1.17 0.15 0.00
360_I 8_H 1.17 0.15 0.00
348_L 39_L 1.16 0.15 0.00
211_A 42_L 1.16 0.15 0.00
537_L 70_V 1.15 0.15 0.00
332_L 77_L 1.15 0.15 0.00
523_R 21_L 1.14 0.14 0.00
175_G 39_L 1.14 0.14 0.00
420_A 72_K 1.14 0.14 0.00
491_M 42_L 1.14 0.14 0.00
210_E 38_V 1.13 0.14 0.00
169_V 70_V 1.13 0.14 0.00
501_P 66_A 1.12 0.14 0.00
508_L 24_R 1.11 0.14 0.00
191_Y 17_G 1.11 0.14 0.00
319_L 12_T 1.11 0.14 0.00
532_E 49_A 1.11 0.14 0.00
489_A 17_G 1.11 0.14 0.00
126_A 17_G 1.11 0.14 0.00
515_I 75_D 1.10 0.13 0.00
293_A 35_G 1.10 0.13 0.00
75_T 83_V 1.10 0.13 0.00
254_H 61_G 1.09 0.13 0.00
593_A 74_V 1.09 0.13 0.00
273_D 40_R 1.08 0.13 0.00
93_F 55_L 1.08 0.13 0.00
532_E 20_L 1.08 0.13 0.00
498_R 73_L 1.07 0.13 0.00
485_R 70_V 1.07 0.12 0.00
330_I 13_E 1.06 0.12 0.00
438_Q 50_S 1.06 0.12 0.00
116_F 73_L 1.06 0.12 0.00
323_V 72_K 1.06 0.12 0.00
295_V 22_D 1.05 0.12 0.00
276_P 19_V 1.05 0.12 0.00
572_H 59_F 1.05 0.12 0.00
79_V 23_E 1.05 0.12 0.00
233_G 28_Y 1.05 0.12 0.00
236_S 28_Y 1.05 0.12 0.00
334_G 28_Y 1.05 0.12 0.00
150_L 82_M 1.05 0.12 0.00
502_G 41_C 1.04 0.12 0.00
213_E 71_E 1.04 0.12 0.00
572_H 61_G 1.04 0.12 0.00
63_T 15_D 1.03 0.12 0.00
432_I 34_T 1.03 0.12 0.00
168_G 32_N 1.03 0.12 0.00
338_D 21_L 1.03 0.12 0.00
70_A 35_G 1.03 0.12 0.00
590_W 21_L 1.03 0.12 0.00
505_K 42_L 1.03 0.12 0.00
238_S 19_V 1.02 0.11 0.00
511_A 69_D 1.02 0.11 0.00
290_G 33_D 1.02 0.11 0.00
492_S 18_M 1.02 0.11 0.00
231_S 28_Y 1.01 0.11 0.00
110_S 81_K 1.01 0.11 0.00
590_W 5_L 1.01 0.11 0.00
65_T 2_T 1.01 0.11 0.00
347_S 6_A 1.01 0.11 0.00
172_L 1_M 1.00 0.11 0.00
457_Q 47_T 1.00 0.11 0.00
331_H 29_W 1.00 0.11 0.00
381_L 45_G 0.99 0.11 0.00
254_H 16_T 0.99 0.11 0.00
148_L 29_W 0.99 0.11 0.00
410_W 42_L 0.99 0.11 0.00
166_W 17_G 0.99 0.11 0.00
486_V 29_W 0.98 0.11 0.00
188_T 83_V 0.98 0.10 0.00
174_P 68_A 0.98 0.10 0.00
574_D 16_T 0.98 0.10 0.00
116_F 22_D 0.98 0.10 0.00
338_D 69_D 0.98 0.10 0.00
242_L 24_R 0.98 0.10 0.00
174_P 15_D 0.98 0.10 0.00
189_T 57_E 0.97 0.10 0.00
322_L 52_A 0.97 0.10 0.00
421_T 42_L 0.97 0.10 0.00
87_R 12_T 0.97 0.10 0.00
277_H 38_V 0.97 0.10 0.00
339_E 17_G 0.97 0.10 0.00
487_L 9_V 0.96 0.10 0.00
410_W 70_V 0.96 0.10 0.00
167_R 81_K 0.96 0.10 0.00
268_A 17_G 0.96 0.10 0.00
406_T 56_R 0.96 0.10 0.00
591_L 21_L 0.96 0.10 0.00
89_L 35_G 0.96 0.10 0.00
228_A 5_L 0.96 0.10 0.00
391_M 22_D 0.95 0.10 0.00
351_L 32_N 0.95 0.10 0.00
460_G 76_A 0.95 0.10 0.00
260_P 82_M 0.95 0.10 0.00
410_W 14_T 0.95 0.10 0.00
164_S 38_V 0.95 0.10 0.00
252_T 54_A 0.95 0.10 0.00
234_K 44_A 0.95 0.10 0.00
80_H 13_E 0.95 0.10 0.00
178_L 42_L 0.95 0.10 0.00
107_G 82_M 0.95 0.10 0.00
400_A 83_V 0.94 0.10 0.00
328_S 78_R 0.94 0.10 0.00
446_L 61_G 0.94 0.10 0.00
142_D 69_D 0.94 0.10 0.00
228_A 55_L 0.94 0.10 0.00
89_L 15_D 0.94 0.10 0.00
537_L 35_G 0.94 0.10 0.00
506_P 45_G 0.94 0.10 0.00
96_V 59_F 0.94 0.10 0.00
127_A 31_L 0.94 0.10 0.00
339_E 5_L 0.94 0.10 0.00
182_A 15_D 0.93 0.10 0.00
526_K 21_L 0.93 0.09 0.00
481_F 64_E 0.93 0.09 0.00
421_T 31_L 0.93 0.09 0.00
511_A 21_L 0.93 0.09 0.00
108_T 39_L 0.93 0.09 0.00
231_S 35_G 0.93 0.09 0.00
492_S 53_S 0.92 0.09 0.00
338_D 55_L 0.92 0.09 0.00
494_R 45_G 0.92 0.09 0.00
426_D 59_F 0.92 0.09 0.00
573_I 58_R 0.92 0.09 0.00
143_E 67_T 0.92 0.09 0.00
104_R 77_L 0.92 0.09 0.00
66_S 85_S 0.92 0.09 0.00
264_D 17_G 0.91 0.09 0.00
215_A 82_M 0.91 0.09 0.00
327_G 77_L 0.91 0.09 0.00
192_W 82_M 0.91 0.09 0.00
521_L 66_A 0.91 0.09 0.00
526_K 5_L 0.91 0.09 0.00
71_A 55_L 0.91 0.09 0.00
556_L 9_V 0.91 0.09 0.00
107_G 42_L 0.91 0.09 0.00
509_A 39_L 0.91 0.09 0.00
428_V 74_V 0.91 0.09 0.00
118_G 68_A 0.91 0.09 0.00
76_V 15_D 0.90 0.09 0.00
163_T 49_A 0.90 0.09 0.00
430_R 53_S 0.90 0.09 0.00
162_M 37_L 0.90 0.09 0.00
264_D 32_N 0.90 0.09 0.00
450_H 69_D 0.90 0.09 0.00
525_S 32_N 0.90 0.09 0.00
127_A 68_A 0.90 0.09 0.00
235_D 28_Y 0.90 0.09 0.00
352_A 72_K 0.90 0.09 0.00
297_N 85_S 0.90 0.09 0.00
480_P 77_L 0.89 0.09 0.00
318_H 34_T 0.89 0.09 0.00
445_P 71_E 0.89 0.09 0.00
181_R 19_V 0.89 0.09 0.00
323_V 46_G 0.89 0.09 0.00
125_V 45_G 0.89 0.09 0.00
486_V 70_V 0.88 0.09 0.00
469_I 33_D 0.88 0.09 0.00
222_R 50_S 0.88 0.09 0.00
174_P 67_T 0.88 0.09 0.00
192_W 55_L 0.88 0.09 0.00
386_S 49_A 0.88 0.09 0.00
335_I 16_T 0.88 0.09 0.00
528_D 83_V 0.88 0.09 0.00
548_F 13_E 0.88 0.09 0.00
242_L 35_G 0.88 0.09 0.00
213_E 65_A 0.87 0.08 0.00
505_K 66_A 0.87 0.08 0.00
336_G 17_G 0.87 0.08 0.00
216_V 77_L 0.87 0.08 0.00
297_N 84_A 0.87 0.08 0.00
66_S 2_T 0.87 0.08 0.00
516_A 70_V 0.87 0.08 0.00
593_A 2_T 0.87 0.08 0.00
150_L 70_V 0.87 0.08 0.00
172_L 68_A 0.86 0.08 0.00
581_F 82_M 0.86 0.08 0.00
73_L 8_H 0.86 0.08 0.00
126_A 24_R 0.86 0.08 0.00
369_M 1_M 0.86 0.08 0.00
203_P 44_A 0.86 0.08 0.00
152_T 60_S 0.86 0.08 0.00
324_A 79_A 0.86 0.08 0.00
164_S 64_E 0.86 0.08 0.00
121_D 40_R 0.86 0.08 0.00
263_E 50_S 0.86 0.08 0.00
202_E 60_S 0.85 0.08 0.00
588_E 45_G 0.85 0.08 0.00
309_S 81_K 0.85 0.08 0.00
269_A 53_S 0.85 0.08 0.00
232_G 69_D 0.85 0.08 0.00
133_I 21_L 0.85 0.08 0.00
508_L 19_V 0.85 0.08 0.00
132_T 81_K 0.85 0.08 0.00
218_A 84_A 0.85 0.08 0.00
341_F 42_L 0.84 0.08 0.00
71_A 61_G 0.84 0.08 0.00
584_T 42_L 0.84 0.08 0.00
195_P 80_A 0.84 0.08 0.00
330_I 60_S 0.84 0.08 0.00
216_V 55_L 0.84 0.08 0.00
536_G 17_G 0.84 0.08 0.00
392_A 16_T 0.84 0.08 0.00
114_Q 66_A 0.84 0.08 0.00
212_L 69_D 0.84 0.08 0.00
107_G 32_N 0.84 0.08 0.00
478_Q 16_T 0.84 0.08 0.00
108_T 34_T 0.84 0.08 0.00
263_E 59_F 0.84 0.08 0.00
420_A 64_E 0.84 0.08 0.00
59_L 35_G 0.84 0.08 0.00
163_T 80_A 0.84 0.08 0.00
433_R 60_S 0.84 0.08 0.00
588_E 78_R 0.84 0.08 0.00
428_V 66_A 0.84 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1174 seconds.