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OPENSEQ.org
NifBNifN-coev
Genes: A B A+B
Length: 458 503 896
Sequences: 2264 295 207
Seq/Len: 4.94 0.59 0.23
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.55
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.56 0.02 0.08
2 0.58 0.02 0.09
5 0.58 0.03 0.13
10 0.59 0.03 0.17
20 0.61 0.03 0.22
100 0.62 0.04 0.25
∞ 0.63 0.06 0.26
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
98_L 233_V 2.21 0.76 0.17
153_I 378_M 1.70 0.47 0.05
153_I 165_H 1.62 0.42 0.04
131_V 250_A 1.55 0.38 0.03
84_L 167_I 1.48 0.34 0.03
228_V 201_A 1.41 0.30 0.02
172_V 238_L 1.41 0.30 0.02
98_L 148_V 1.39 0.29 0.02
139_S 382_T 1.38 0.29 0.02
196_G 230_I 1.38 0.28 0.02
27_A 110_P 1.34 0.27 0.02
221_L 172_I 1.33 0.26 0.02
72_S 57_A 1.29 0.24 0.01
369_H 388_I 1.26 0.23 0.01
251_A 201_A 1.25 0.22 0.01
84_L 382_T 1.22 0.21 0.01
31_L 249_G 1.22 0.21 0.01
416_G 250_A 1.21 0.20 0.01
251_A 220_G 1.20 0.20 0.01
313_S 52_A 1.17 0.19 0.01
152_A 97_Q 1.16 0.19 0.01
191_S 277_E 1.15 0.18 0.01
389_A 479_V 1.15 0.18 0.01
290_P 181_I 1.14 0.18 0.01
272_D 388_I 1.14 0.18 0.01
427_L 456_W 1.13 0.18 0.01
394_V 245_V 1.13 0.17 0.01
125_Y 113_S 1.13 0.17 0.01
237_S 395_A 1.12 0.17 0.01
366_D 201_A 1.11 0.17 0.01
189_A 449_S 1.10 0.17 0.01
259_G 316_E 1.09 0.16 0.01
56_F 174_I 1.09 0.16 0.01
100_T 228_V 1.09 0.16 0.01
378_L 233_V 1.09 0.16 0.01
415_S 196_I 1.09 0.16 0.01
259_G 459_L 1.08 0.16 0.01
397_L 464_I 1.07 0.15 0.01
82_E 99_V 1.07 0.15 0.01
231_L 210_Q 1.06 0.15 0.01
174_V 321_K 1.06 0.15 0.01
261_P 220_G 1.05 0.15 0.01
172_V 221_I 1.05 0.15 0.01
311_L 227_S 1.05 0.15 0.01
351_L 410_F 1.05 0.15 0.01
57_R 113_S 1.05 0.15 0.01
431_L 438_R 1.05 0.15 0.01
351_L 287_A 1.05 0.15 0.01
379_V 167_I 1.04 0.15 0.01
317_A 233_V 1.04 0.15 0.01
31_L 406_S 1.04 0.14 0.01
379_V 73_Y 1.04 0.14 0.01
344_V 174_I 1.04 0.14 0.01
152_A 376_V 1.03 0.14 0.01
80_V 105_V 1.03 0.14 0.01
26_L 241_V 1.02 0.14 0.01
267_M 464_I 1.02 0.14 0.01
407_L 265_G 1.02 0.14 0.01
374_G 143_D 1.02 0.14 0.01
117_E 225_V 1.01 0.14 0.01
192_I 128_K 1.01 0.14 0.01
346_A 253_H 1.01 0.14 0.01
131_V 306_V 1.01 0.14 0.01
45_T 167_I 1.00 0.14 0.01
378_L 464_I 1.00 0.14 0.01
172_V 266_T 1.00 0.13 0.01
240_T 201_A 1.00 0.13 0.01
379_V 450_K 1.00 0.13 0.01
420_S 150_T 1.00 0.13 0.01
228_V 283_D 0.99 0.13 0.01
127_D 311_E 0.99 0.13 0.01
237_S 136_M 0.99 0.13 0.01
422_Q 201_A 0.99 0.13 0.01
205_L 115_L 0.99 0.13 0.01
136_P 378_M 0.99 0.13 0.01
371_A 182_G 0.99 0.13 0.01
269_Y 269_G 0.99 0.13 0.01
434_H 113_S 0.99 0.13 0.01
160_E 137_L 0.99 0.13 0.01
355_P 137_L 0.99 0.13 0.01
20_Q 150_T 0.99 0.13 0.01
226_L 442_G 0.99 0.13 0.01
172_V 225_V 0.99 0.13 0.01
379_V 241_V 0.98 0.13 0.00
368_E 185_I 0.98 0.13 0.00
262_D 227_S 0.98 0.13 0.00
217_R 281_L 0.98 0.13 0.00
111_L 457_S 0.98 0.13 0.00
426_D 150_T 0.98 0.13 0.00
193_E 103_K 0.97 0.13 0.00
116_H 135_R 0.97 0.13 0.00
121_Q 320_D 0.97 0.13 0.00
236_Q 233_V 0.97 0.12 0.00
210_D 198_G 0.97 0.12 0.00
144_S 53_H 0.97 0.12 0.00
374_G 246_K 0.96 0.12 0.00
25_A 149_S 0.96 0.12 0.00
349_A 166_N 0.96 0.12 0.00
67_M 194_K 0.96 0.12 0.00
246_S 398_F 0.96 0.12 0.00
440_P 73_Y 0.96 0.12 0.00
330_A 265_G 0.96 0.12 0.00
220_A 213_L 0.96 0.12 0.00
130_I 41_K 0.95 0.12 0.00
121_Q 137_L 0.95 0.12 0.00
375_Q 263_E 0.95 0.12 0.00
29_L 478_A 0.95 0.12 0.00
283_E 184_K 0.95 0.12 0.00
440_P 222_L 0.95 0.12 0.00
122_Y 401_Y 0.95 0.12 0.00
295_R 247_A 0.94 0.12 0.00
366_D 241_V 0.94 0.12 0.00
255_A 411_I 0.94 0.12 0.00
220_A 285_Q 0.94 0.12 0.00
56_F 143_D 0.94 0.12 0.00
174_V 96_E 0.94 0.12 0.00
141_C 256_M 0.94 0.12 0.00
130_I 274_R 0.94 0.12 0.00
180_L 382_T 0.94 0.12 0.00
258_T 184_K 0.94 0.12 0.00
259_G 162_L 0.94 0.12 0.00
287_N 100_K 0.94 0.12 0.00
109_C 398_F 0.94 0.12 0.00
336_G 63_V 0.93 0.12 0.00
433_E 139_E 0.93 0.12 0.00
195_F 132_D 0.93 0.11 0.00
407_L 266_T 0.92 0.11 0.00
251_A 99_V 0.92 0.11 0.00
31_L 443_C 0.92 0.11 0.00
71_S 318_T 0.92 0.11 0.00
393_G 252_L 0.92 0.11 0.00
311_L 143_D 0.92 0.11 0.00
151_K 189_I 0.92 0.11 0.00
31_L 462_A 0.92 0.11 0.00
382_N 434_A 0.92 0.11 0.00
351_L 233_V 0.92 0.11 0.00
115_L 202_A 0.92 0.11 0.00
194_S 243_K 0.91 0.11 0.00
380_I 400_V 0.91 0.11 0.00
163_D 158_C 0.91 0.11 0.00
328_F 461_T 0.91 0.11 0.00
221_L 155_L 0.91 0.11 0.00
67_M 398_F 0.91 0.11 0.00
157_L 202_A 0.91 0.11 0.00
100_T 89_V 0.91 0.11 0.00
207_G 464_I 0.91 0.11 0.00
172_V 177_V 0.91 0.11 0.00
183_G 436_S 0.91 0.11 0.00
366_D 468_G 0.90 0.11 0.00
437_G 311_E 0.90 0.11 0.00
382_N 148_V 0.90 0.11 0.00
133_V 208_Q 0.90 0.11 0.00
57_R 167_I 0.90 0.11 0.00
431_L 181_I 0.90 0.11 0.00
153_I 167_I 0.89 0.11 0.00
89_E 268_Y 0.89 0.11 0.00
130_I 177_V 0.89 0.11 0.00
31_L 158_C 0.89 0.10 0.00
191_S 208_Q 0.89 0.10 0.00
121_Q 166_N 0.89 0.10 0.00
379_V 310_G 0.89 0.10 0.00
382_N 153_L 0.89 0.10 0.00
342_A 149_S 0.89 0.10 0.00
100_T 115_L 0.89 0.10 0.00
20_Q 398_F 0.88 0.10 0.00
293_Y 259_I 0.88 0.10 0.00
98_L 89_V 0.88 0.10 0.00
95_V 105_V 0.88 0.10 0.00
133_V 309_L 0.88 0.10 0.00
121_Q 446_V 0.88 0.10 0.00
318_I 196_I 0.88 0.10 0.00
24_A 197_R 0.88 0.10 0.00
230_E 148_V 0.88 0.10 0.00
56_F 454_E 0.88 0.10 0.00
31_L 442_G 0.88 0.10 0.00
207_G 229_M 0.88 0.10 0.00
351_L 205_L 0.88 0.10 0.00
96_I 448_C 0.88 0.10 0.00
34_S 138_S 0.87 0.10 0.00
121_Q 233_V 0.87 0.10 0.00
431_L 189_I 0.87 0.10 0.00
153_I 229_M 0.87 0.10 0.00
237_S 248_K 0.87 0.10 0.00
200_L 343_I 0.87 0.10 0.00
11_L 78_Y 0.87 0.10 0.00
349_A 167_I 0.87 0.10 0.00
191_S 434_A 0.87 0.10 0.00
51_F 125_A 0.87 0.10 0.00
256_E 235_D 0.87 0.10 0.00
313_S 231_P 0.87 0.10 0.00
87_I 57_A 0.87 0.10 0.00
284_I 146_L 0.87 0.10 0.00
362_G 269_G 0.87 0.10 0.00
84_L 446_V 0.86 0.10 0.00
96_I 464_I 0.86 0.10 0.00
228_V 189_I 0.86 0.10 0.00
46_A 340_H 0.86 0.10 0.00
241_L 225_V 0.86 0.10 0.00
372_R 100_K 0.86 0.10 0.00
196_G 52_A 0.86 0.10 0.00
27_A 312_D 0.86 0.10 0.00
374_G 159_V 0.86 0.10 0.00
427_L 247_A 0.86 0.10 0.00
196_G 258_L 0.86 0.10 0.00
98_L 326_E 0.86 0.10 0.00
387_A 228_V 0.86 0.10 0.00
103_L 385_G 0.85 0.10 0.00
315_R 442_G 0.85 0.10 0.00
394_V 38_I 0.85 0.10 0.00
336_G 75_N 0.85 0.10 0.00
315_R 245_V 0.85 0.10 0.00
274_V 382_T 0.85 0.10 0.00
430_L 247_A 0.85 0.10 0.00
196_G 249_G 0.85 0.10 0.00
260_V 235_D 0.85 0.10 0.00
277_W 183_A 0.85 0.10 0.00
388_S 442_G 0.85 0.10 0.00
416_G 268_Y 0.85 0.10 0.00
338_H 401_Y 0.85 0.10 0.00
226_L 344_K 0.85 0.10 0.00
208_S 168_D 0.84 0.10 0.00
261_P 446_V 0.84 0.10 0.00
438_I 162_L 0.84 0.10 0.00
83_A 440_L 0.84 0.09 0.00
83_A 197_R 0.84 0.09 0.00
394_V 144_I 0.84 0.09 0.00
130_I 446_V 0.84 0.09 0.00
248_A 78_Y 0.84 0.09 0.00
239_A 177_V 0.84 0.09 0.00
389_A 125_A 0.84 0.09 0.00
274_V 66_A 0.84 0.09 0.00
178_A 281_L 0.84 0.09 0.00
336_G 130_T 0.84 0.09 0.00
257_R 289_A 0.84 0.09 0.00
130_I 105_V 0.84 0.09 0.00
56_F 489_S 0.84 0.09 0.00
304_M 42_V 0.84 0.09 0.00
161_R 137_L 0.84 0.09 0.00
380_I 161_E 0.84 0.09 0.00
155_E 210_Q 0.84 0.09 0.00
378_L 296_R 0.83 0.09 0.00
75_G 186_Y 0.83 0.09 0.00
108_G 76_R 0.83 0.09 0.00
384_H 389_N 0.83 0.09 0.00
403_Q 238_L 0.83 0.09 0.00
318_I 183_A 0.83 0.09 0.00
292_R 395_A 0.83 0.09 0.00
409_G 149_S 0.83 0.09 0.00
166_G 382_T 0.83 0.09 0.00
200_L 181_I 0.83 0.09 0.00
133_V 468_G 0.83 0.09 0.00
237_S 446_V 0.83 0.09 0.00
50_V 126_N 0.83 0.09 0.00
50_V 125_A 0.83 0.09 0.00
205_L 148_V 0.82 0.09 0.00
350_A 155_L 0.82 0.09 0.00
196_G 240_E 0.82 0.09 0.00
65_T 237_H 0.82 0.09 0.00
366_D 185_I 0.82 0.09 0.00
100_T 148_V 0.82 0.09 0.00
130_I 490_G 0.82 0.09 0.00
31_L 263_E 0.82 0.09 0.00
94_S 430_E 0.82 0.09 0.00
279_M 225_V 0.82 0.09 0.00
67_M 401_Y 0.82 0.09 0.00
214_D 466_P 0.82 0.09 0.00
230_E 164_K 0.82 0.09 0.00
13_V 401_Y 0.82 0.09 0.00
226_L 443_C 0.82 0.09 0.00
278_L 259_I 0.82 0.09 0.00
342_A 146_L 0.82 0.09 0.00
301_Q 172_I 0.82 0.09 0.00
431_L 248_K 0.82 0.09 0.00
245_Q 218_A 0.82 0.09 0.00
378_L 143_D 0.82 0.09 0.00
189_A 448_C 0.81 0.09 0.00
214_D 312_D 0.81 0.09 0.00
403_Q 69_I 0.81 0.09 0.00
174_V 388_I 0.81 0.09 0.00
175_L 149_S 0.81 0.09 0.00
51_F 442_G 0.81 0.09 0.00
34_S 148_V 0.81 0.09 0.00
313_S 270_V 0.81 0.09 0.00
80_V 178_D 0.81 0.09 0.00
434_H 172_I 0.81 0.09 0.00
70_V 312_D 0.81 0.09 0.00
311_L 252_L 0.81 0.09 0.00
241_L 277_E 0.81 0.09 0.00
439_Q 124_L 0.81 0.09 0.00
197_L 201_A 0.81 0.09 0.00
133_V 162_L 0.81 0.09 0.00
380_I 440_L 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence A, there is a high ratio (0.61 > 0.4) of paralogs.
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