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OPENSEQ.org
3A4POR
Genes: A B A+B
Length: 503 677 1044
Sequences: 17858 1938 83
Seq/Len: 35.5 2.86 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.40
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.10 0.03 0.01
2 0.12 0.03 0.01
5 0.14 0.03 0.02
10 0.16 0.04 0.04
20 0.17 0.04 0.07
100 0.22 0.05 0.19
∞ 0.28 0.08 0.46
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
321_L 370_A 1.74 0.25 0.00
257_K 168_F 1.43 0.16 0.00
394_V 304_E 1.41 0.15 0.00
238_I 556_E 1.41 0.15 0.00
353_M 528_V 1.41 0.15 0.00
448_A 461_S 1.37 0.14 0.00
333_E 181_F 1.35 0.14 0.00
447_F 627_Y 1.34 0.14 0.00
438_G 156_L 1.29 0.12 0.00
353_M 628_V 1.24 0.12 0.00
463_F 209_D 1.23 0.12 0.00
404_D 227_V 1.23 0.11 0.00
325_P 188_V 1.23 0.11 0.00
463_F 429_A 1.23 0.11 0.00
463_F 338_L 1.22 0.11 0.00
305_A 624_A 1.21 0.11 0.00
227_P 514_R 1.21 0.11 0.00
90_I 197_A 1.21 0.11 0.00
438_G 324_P 1.19 0.11 0.00
183_V 624_A 1.19 0.11 0.00
366_L 165_G 1.18 0.10 0.00
331_L 542_G 1.18 0.10 0.00
364_L 491_T 1.16 0.10 0.00
388_I 475_V 1.15 0.10 0.00
319_Y 636_A 1.15 0.10 0.00
360_V 369_T 1.14 0.10 0.00
375_R 605_V 1.14 0.10 0.00
171_T 564_Y 1.13 0.10 0.00
410_E 470_H 1.13 0.10 0.00
345_P 202_E 1.12 0.10 0.00
355_Y 188_V 1.12 0.10 0.00
124_E 200_I 1.11 0.09 0.00
133_L 402_L 1.10 0.09 0.00
305_A 134_V 1.10 0.09 0.00
46_F 331_V 1.10 0.09 0.00
333_E 642_T 1.10 0.09 0.00
414_F 196_G 1.08 0.09 0.00
463_F 364_P 1.08 0.09 0.00
84_I 628_V 1.08 0.09 0.00
348_D 528_V 1.08 0.09 0.00
86_D 425_R 1.08 0.09 0.00
304_F 513_V 1.08 0.09 0.00
333_E 609_L 1.07 0.09 0.00
345_P 528_V 1.07 0.09 0.00
390_K 627_Y 1.07 0.09 0.00
190_G 540_F 1.07 0.09 0.00
380_D 116_E 1.07 0.09 0.00
364_L 628_V 1.07 0.09 0.00
415_L 599_Q 1.07 0.09 0.00
322_A 194_Q 1.06 0.09 0.00
136_T 386_L 1.06 0.09 0.00
278_S 389_L 1.05 0.08 0.00
329_Q 470_H 1.05 0.08 0.00
230_I 346_M 1.05 0.08 0.00
82_L 638_D 1.05 0.08 0.00
389_P 284_A 1.05 0.08 0.00
408_W 221_E 1.05 0.08 0.00
193_I 140_Y 1.04 0.08 0.00
331_L 203_L 1.04 0.08 0.00
394_V 280_N 1.04 0.08 0.00
156_L 616_L 1.04 0.08 0.00
335_I 389_L 1.03 0.08 0.00
375_R 628_V 1.03 0.08 0.00
308_E 142_E 1.03 0.08 0.00
466_K 427_I 1.03 0.08 0.00
391_G 594_A 1.03 0.08 0.00
200_Q 542_G 1.03 0.08 0.00
142_L 315_E 1.02 0.08 0.00
190_G 535_T 1.02 0.08 0.00
389_P 441_I 1.02 0.08 0.00
459_V 367_Y 1.01 0.08 0.00
190_G 588_L 1.01 0.08 0.00
364_L 596_S 1.01 0.08 0.00
362_E 89_G 1.00 0.08 0.00
362_E 143_G 1.00 0.08 0.00
362_E 174_G 1.00 0.08 0.00
362_E 318_D 1.00 0.08 0.00
362_E 454_R 1.00 0.08 0.00
362_E 457_S 1.00 0.08 0.00
362_E 458_I 1.00 0.08 0.00
362_E 460_S 1.00 0.08 0.00
362_E 488_G 1.00 0.08 0.00
362_E 518_F 1.00 0.08 0.00
362_E 534_G 1.00 0.08 0.00
362_E 536_G 1.00 0.08 0.00
362_E 539_P 1.00 0.08 0.00
362_E 572_D 1.00 0.08 0.00
365_R 89_G 1.00 0.08 0.00
365_R 143_G 1.00 0.08 0.00
365_R 174_G 1.00 0.08 0.00
365_R 318_D 1.00 0.08 0.00
365_R 454_R 1.00 0.08 0.00
365_R 457_S 1.00 0.08 0.00
365_R 458_I 1.00 0.08 0.00
365_R 460_S 1.00 0.08 0.00
365_R 488_G 1.00 0.08 0.00
365_R 518_F 1.00 0.08 0.00
365_R 534_G 1.00 0.08 0.00
365_R 536_G 1.00 0.08 0.00
365_R 539_P 1.00 0.08 0.00
365_R 572_D 1.00 0.08 0.00
416_P 89_G 1.00 0.08 0.00
416_P 143_G 1.00 0.08 0.00
416_P 174_G 1.00 0.08 0.00
416_P 318_D 1.00 0.08 0.00
416_P 454_R 1.00 0.08 0.00
416_P 457_S 1.00 0.08 0.00
416_P 458_I 1.00 0.08 0.00
416_P 460_S 1.00 0.08 0.00
416_P 488_G 1.00 0.08 0.00
416_P 518_F 1.00 0.08 0.00
416_P 534_G 1.00 0.08 0.00
416_P 536_G 1.00 0.08 0.00
416_P 539_P 1.00 0.08 0.00
416_P 572_D 1.00 0.08 0.00
418_R 89_G 1.00 0.08 0.00
418_R 143_G 1.00 0.08 0.00
418_R 174_G 1.00 0.08 0.00
418_R 318_D 1.00 0.08 0.00
418_R 454_R 1.00 0.08 0.00
418_R 457_S 1.00 0.08 0.00
418_R 458_I 1.00 0.08 0.00
418_R 460_S 1.00 0.08 0.00
418_R 488_G 1.00 0.08 0.00
418_R 518_F 1.00 0.08 0.00
418_R 534_G 1.00 0.08 0.00
418_R 536_G 1.00 0.08 0.00
418_R 539_P 1.00 0.08 0.00
418_R 572_D 1.00 0.08 0.00
309_T 147_D 1.00 0.08 0.00
383_I 557_V 1.00 0.08 0.00
385_G 224_W 1.00 0.08 0.00
183_V 134_V 1.00 0.08 0.00
410_E 348_L 1.00 0.08 0.00
463_F 337_I 0.99 0.08 0.00
89_M 542_G 0.99 0.08 0.00
409_T 515_K 0.99 0.08 0.00
408_W 530_M 0.99 0.08 0.00
411_P 140_Y 0.99 0.08 0.00
305_A 608_L 0.99 0.08 0.00
311_S 200_I 0.99 0.07 0.00
268_R 444_L 0.99 0.07 0.00
417_E 304_E 0.99 0.07 0.00
452_M 82_V 0.99 0.07 0.00
363_T 218_T 0.99 0.07 0.00
440_R 314_Y 0.98 0.07 0.00
295_L 398_E 0.98 0.07 0.00
302_F 526_T 0.98 0.07 0.00
363_T 88_T 0.98 0.07 0.00
167_G 133_V 0.98 0.07 0.00
227_P 302_H 0.98 0.07 0.00
90_I 658_A 0.98 0.07 0.00
84_I 82_V 0.97 0.07 0.00
388_I 206_G 0.97 0.07 0.00
364_L 605_V 0.97 0.07 0.00
386_M 316_S 0.97 0.07 0.00
308_E 393_A 0.97 0.07 0.00
327_V 607_H 0.96 0.07 0.00
331_L 99_S 0.96 0.07 0.00
452_M 441_I 0.96 0.07 0.00
446_R 414_E 0.96 0.07 0.00
394_V 192_L 0.96 0.07 0.00
460_L 509_V 0.96 0.07 0.00
492_K 528_V 0.96 0.07 0.00
90_I 546_E 0.95 0.07 0.00
310_T 86_S 0.95 0.07 0.00
384_N 82_V 0.95 0.07 0.00
345_P 544_I 0.95 0.07 0.00
306_G 147_D 0.95 0.07 0.00
86_D 595_F 0.95 0.07 0.00
131_S 542_G 0.94 0.07 0.00
82_L 184_M 0.94 0.07 0.00
227_P 426_H 0.94 0.07 0.00
392_V 315_E 0.94 0.07 0.00
149_I 221_E 0.94 0.07 0.00
436_G 537_V 0.94 0.07 0.00
327_V 83_F 0.94 0.07 0.00
456_L 531_V 0.94 0.07 0.00
338_V 542_G 0.94 0.07 0.00
301_I 305_L 0.94 0.07 0.00
429_P 616_L 0.93 0.07 0.00
227_P 513_V 0.93 0.07 0.00
70_K 474_V 0.93 0.07 0.00
193_I 486_N 0.93 0.07 0.00
306_G 156_L 0.93 0.07 0.00
456_L 532_G 0.93 0.07 0.00
405_P 623_G 0.93 0.07 0.00
258_E 439_P 0.93 0.07 0.00
448_A 547_R 0.93 0.07 0.00
353_M 303_L 0.92 0.07 0.00
157_V 181_F 0.92 0.07 0.00
138_T 469_V 0.92 0.07 0.00
349_T 509_V 0.92 0.07 0.00
309_T 636_A 0.92 0.07 0.00
330_K 201_F 0.92 0.07 0.00
399_Y 371_L 0.92 0.07 0.00
306_G 324_P 0.92 0.07 0.00
417_E 253_I 0.92 0.07 0.00
436_G 156_L 0.92 0.07 0.00
454_L 607_H 0.91 0.07 0.00
459_V 160_D 0.91 0.07 0.00
272_L 156_L 0.91 0.07 0.00
323_T 150_Q 0.91 0.07 0.00
308_E 295_G 0.91 0.07 0.00
448_A 479_E 0.91 0.07 0.00
333_E 338_L 0.91 0.07 0.00
346_T 544_I 0.91 0.07 0.00
412_E 528_V 0.91 0.07 0.00
232_I 197_A 0.91 0.07 0.00
355_Y 431_L 0.91 0.07 0.00
438_G 575_Y 0.91 0.07 0.00
460_L 198_Q 0.91 0.07 0.00
345_P 405_M 0.91 0.07 0.00
389_P 304_E 0.91 0.07 0.00
321_L 605_V 0.91 0.07 0.00
438_G 606_Q 0.91 0.07 0.00
199_P 371_L 0.90 0.07 0.00
84_I 499_P 0.90 0.07 0.00
79_Q 544_I 0.90 0.07 0.00
442_C 152_F 0.90 0.07 0.00
320_E 509_V 0.90 0.07 0.00
306_G 196_G 0.90 0.06 0.00
435_F 137_M 0.90 0.06 0.00
438_G 562_L 0.90 0.06 0.00
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365_R 317_G 0.90 0.06 0.00
416_P 317_G 0.90 0.06 0.00
418_R 317_G 0.90 0.06 0.00
360_V 637_R 0.90 0.06 0.00
404_D 88_T 0.90 0.06 0.00
238_I 156_L 0.90 0.06 0.00
442_C 89_G 0.89 0.06 0.00
442_C 143_G 0.89 0.06 0.00
442_C 174_G 0.89 0.06 0.00
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362_E 521_P 0.88 0.06 0.00
365_R 219_W 0.88 0.06 0.00
365_R 521_P 0.88 0.06 0.00
416_P 219_W 0.88 0.06 0.00
416_P 521_P 0.88 0.06 0.00
418_R 219_W 0.88 0.06 0.00
418_R 521_P 0.88 0.06 0.00
152_Y 607_H 0.88 0.06 0.00
305_A 86_S 0.88 0.06 0.00
417_E 171_F 0.88 0.06 0.00
133_L 471_I 0.88 0.06 0.00
278_S 346_M 0.88 0.06 0.00
323_T 636_A 0.88 0.06 0.00
404_D 549_W 0.88 0.06 0.00
73_G 493_W 0.88 0.06 0.00
362_E 543_F 0.88 0.06 0.00
365_R 543_F 0.88 0.06 0.00
416_P 543_F 0.88 0.06 0.00
418_R 543_F 0.88 0.06 0.00
444_G 320_V 0.88 0.06 0.00
362_E 538_A 0.88 0.06 0.00
365_R 538_A 0.88 0.06 0.00
416_P 538_A 0.88 0.06 0.00
418_R 538_A 0.88 0.06 0.00
389_P 516_S 0.87 0.06 0.00
435_F 314_Y 0.87 0.06 0.00
126_W 430_I 0.87 0.06 0.00
334_E 565_G 0.87 0.06 0.00
150_A 429_A 0.87 0.06 0.00
450_M 188_V 0.87 0.06 0.00
308_E 221_E 0.87 0.06 0.00
356_L 576_R 0.87 0.06 0.00
386_M 313_R 0.87 0.06 0.00
307_Y 658_A 0.87 0.06 0.00
375_R 147_D 0.87 0.06 0.00
358_M 78_R 0.87 0.06 0.00
383_I 672_S 0.87 0.06 0.00
190_G 146_T 0.87 0.06 0.00
440_R 156_L 0.87 0.06 0.00
164_A 322_V 0.87 0.06 0.00
409_T 393_A 0.87 0.06 0.00
444_G 461_S 0.87 0.06 0.00
379_K 607_H 0.87 0.06 0.00
278_S 146_T 0.87 0.06 0.00
203_F 671_Y 0.87 0.06 0.00
448_A 451_L 0.87 0.06 0.00
417_E 303_L 0.87 0.06 0.00
126_W 620_I 0.86 0.06 0.00
411_P 674_D 0.86 0.06 0.00
311_S 432_Q 0.86 0.06 0.00
325_P 372_T 0.86 0.06 0.00
319_Y 471_I 0.86 0.06 0.00
483_L 620_I 0.86 0.06 0.00
428_D 595_F 0.86 0.06 0.00
452_M 445_C 0.86 0.06 0.00
321_L 556_E 0.86 0.06 0.00
308_E 90_T 0.86 0.06 0.00
363_T 271_N 0.86 0.06 0.00
389_P 597_R 0.86 0.06 0.00
180_S 491_T 0.86 0.06 0.00
331_L 664_K 0.86 0.06 0.00
389_P 149_A 0.86 0.06 0.00
362_E 196_G 0.86 0.06 0.00
365_R 196_G 0.86 0.06 0.00
416_P 196_G 0.86 0.06 0.00
418_R 196_G 0.86 0.06 0.00
362_E 629_C 0.86 0.06 0.00
362_E 630_G 0.86 0.06 0.00
365_R 629_C 0.86 0.06 0.00
365_R 630_G 0.86 0.06 0.00
416_P 629_C 0.86 0.06 0.00
416_P 630_G 0.86 0.06 0.00
418_R 629_C 0.86 0.06 0.00
418_R 630_G 0.86 0.06 0.00
360_V 429_A 0.86 0.06 0.00
414_F 89_G 0.85 0.06 0.00
414_F 143_G 0.85 0.06 0.00
414_F 174_G 0.85 0.06 0.00
414_F 318_D 0.85 0.06 0.00
414_F 454_R 0.85 0.06 0.00
414_F 457_S 0.85 0.06 0.00
414_F 458_I 0.85 0.06 0.00
414_F 460_S 0.85 0.06 0.00
414_F 488_G 0.85 0.06 0.00
414_F 518_F 0.85 0.06 0.00
414_F 534_G 0.85 0.06 0.00
414_F 536_G 0.85 0.06 0.00
414_F 539_P 0.85 0.06 0.00
414_F 572_D 0.85 0.06 0.00
188_S 402_L 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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