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OPENSEQ.org
EnvC-AmiB
Genes: A B A+B
Length: 385 423 770
Sequences: 2169 1062 459
Seq/Len: 5.63 2.51 0.6
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.00
5 0.01 0.00 0.00
10 0.01 0.00 0.02
20 0.01 0.00 0.03
100 0.01 0.00 0.09
∞ 0.02 0.08 0.57
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
276_Y 176_A 2.04 0.90 0.42
61_Q 326_M 1.55 0.65 0.14
321_V 310_L 1.54 0.65 0.13
83_L 191_T 1.51 0.63 0.12
342_V 244_V 1.42 0.55 0.09
85_A 390_L 1.37 0.52 0.08
78_A 39_L 1.35 0.50 0.07
366_L 197_T 1.30 0.46 0.06
145_E 244_V 1.26 0.43 0.05
84_A 84_G 1.25 0.42 0.05
301_A 84_G 1.21 0.39 0.04
209_A 290_A 1.20 0.38 0.04
321_V 346_L 1.19 0.37 0.04
302_I 379_Q 1.18 0.37 0.04
74_Q 172_I 1.18 0.36 0.04
369_E 17_I 1.17 0.36 0.04
287_K 308_L 1.16 0.35 0.04
376_A 295_A 1.15 0.34 0.04
67_A 172_I 1.15 0.34 0.04
299_V 362_G 1.14 0.34 0.04
203_R 390_L 1.14 0.33 0.03
316_Y 308_L 1.14 0.33 0.03
83_L 370_E 1.14 0.33 0.03
30_L 386_I 1.14 0.33 0.03
322_V 382_L 1.14 0.33 0.03
265_F 226_I 1.13 0.33 0.03
328_D 319_G 1.12 0.33 0.03
322_V 257_T 1.11 0.32 0.03
349_G 197_T 1.09 0.30 0.03
316_Y 312_F 1.08 0.29 0.03
350_Q 219_T 1.08 0.29 0.03
199_E 362_G 1.07 0.29 0.03
11_A 19_L 1.07 0.29 0.03
321_V 306_A 1.07 0.28 0.03
184_S 172_I 1.07 0.28 0.03
356_G 64_R 1.06 0.28 0.03
177_T 218_L 1.06 0.28 0.03
292_G 60_V 1.06 0.28 0.03
298_E 244_V 1.06 0.28 0.03
276_Y 315_S 1.06 0.28 0.03
167_L 350_R 1.05 0.28 0.03
59_N 27_Y 1.05 0.28 0.03
307_V 246_I 1.05 0.27 0.02
353_A 77_V 1.05 0.27 0.02
112_Q 283_Q 1.04 0.27 0.02
73_E 172_I 1.03 0.26 0.02
372_R 233_D 1.03 0.26 0.02
350_Q 64_R 1.02 0.26 0.02
261_R 330_L 1.01 0.25 0.02
117_Y 359_V 1.01 0.25 0.02
139_V 62_A 1.01 0.25 0.02
68_S 206_T 1.01 0.25 0.02
48_L 370_E 1.00 0.24 0.02
257_L 185_A 1.00 0.24 0.02
16_K 268_R 1.00 0.24 0.02
206_I 60_V 1.00 0.24 0.02
36_K 43_Q 1.00 0.24 0.02
257_L 46_V 0.99 0.24 0.02
113_R 249_D 0.99 0.24 0.02
380_Q 171_I 0.99 0.23 0.02
353_A 216_G 0.98 0.23 0.02
352_I 393_Y 0.98 0.23 0.02
378_N 59_L 0.98 0.23 0.02
321_V 282_K 0.97 0.23 0.02
352_I 201_A 0.97 0.23 0.02
60_K 17_I 0.97 0.22 0.02
41_I 262_W 0.96 0.22 0.02
80_E 41_I 0.96 0.22 0.02
376_A 2_T 0.96 0.22 0.02
289_M 210_D 0.96 0.22 0.02
5_Q 297_S 0.96 0.22 0.02
19_A 39_L 0.96 0.22 0.02
101_L 76_L 0.96 0.22 0.02
316_Y 234_V 0.95 0.21 0.02
16_K 256_A 0.95 0.21 0.02
206_I 304_S 0.95 0.21 0.02
340_V 200_I 0.95 0.21 0.02
356_G 77_V 0.95 0.21 0.02
171_L 391_R 0.95 0.21 0.02
351_P 262_W 0.95 0.21 0.02
207_A 27_Y 0.95 0.21 0.02
331_L 25_P 0.94 0.21 0.02
294_S 330_L 0.94 0.21 0.02
61_Q 357_V 0.94 0.21 0.02
329_M 351_S 0.94 0.21 0.02
49_R 390_L 0.93 0.21 0.01
199_E 263_V 0.93 0.21 0.01
182_E 323_A 0.93 0.20 0.01
83_L 333_I 0.93 0.20 0.01
315_G 347_G 0.93 0.20 0.01
220_E 390_L 0.93 0.20 0.01
331_L 351_S 0.93 0.20 0.01
151_S 176_A 0.93 0.20 0.01
261_R 202_R 0.93 0.20 0.01
29_S 41_I 0.93 0.20 0.01
9_I 218_L 0.93 0.20 0.01
324_H 378_Y 0.93 0.20 0.01
330_S 200_I 0.92 0.20 0.01
377_V 21_F 0.92 0.20 0.01
52_Q 218_L 0.92 0.20 0.01
321_V 278_E 0.92 0.20 0.01
344_S 239_N 0.92 0.20 0.01
159_E 202_R 0.92 0.20 0.01
159_E 244_V 0.91 0.20 0.01
203_R 218_L 0.91 0.19 0.01
82_S 390_L 0.91 0.19 0.01
199_E 312_F 0.91 0.19 0.01
350_Q 65_S 0.91 0.19 0.01
377_V 365_S 0.91 0.19 0.01
348_A 303_L 0.91 0.19 0.01
150_Q 113_P 0.91 0.19 0.01
89_A 22_I 0.91 0.19 0.01
213_A 197_T 0.91 0.19 0.01
21_R 390_L 0.91 0.19 0.01
41_I 44_T 0.91 0.19 0.01
268_V 78_V 0.90 0.19 0.01
191_Q 73_T 0.90 0.19 0.01
160_Q 362_G 0.90 0.19 0.01
99_I 378_Y 0.90 0.19 0.01
350_Q 21_F 0.90 0.19 0.01
195_L 216_G 0.90 0.19 0.01
322_V 324_T 0.90 0.19 0.01
72_L 195_N 0.90 0.19 0.01
295_E 38_A 0.89 0.18 0.01
271_P 44_T 0.89 0.18 0.01
32_A 19_L 0.89 0.18 0.01
54_T 39_L 0.89 0.18 0.01
153_Q 262_W 0.89 0.18 0.01
325_G 77_V 0.89 0.18 0.01
337_S 359_V 0.89 0.18 0.01
258_G 63_I 0.89 0.18 0.01
145_E 72_Q 0.89 0.18 0.01
319_V 284_S 0.88 0.18 0.01
271_P 39_L 0.88 0.18 0.01
272_T 195_N 0.88 0.18 0.01
10_Q 284_S 0.88 0.18 0.01
353_A 342_E 0.88 0.18 0.01
321_V 342_E 0.88 0.18 0.01
317_G 204_L 0.88 0.18 0.01
169_Q 3_L 0.88 0.18 0.01
263_Q 284_S 0.88 0.18 0.01
201_R 244_V 0.88 0.18 0.01
309_L 12_N 0.88 0.18 0.01
333_G 21_F 0.88 0.18 0.01
25_Q 172_I 0.88 0.18 0.01
125_R 249_D 0.88 0.18 0.01
205_S 185_A 0.88 0.18 0.01
25_Q 326_M 0.88 0.18 0.01
198_N 356_S 0.87 0.17 0.01
36_K 8_V 0.87 0.17 0.01
366_L 34_K 0.87 0.17 0.01
385_R 172_I 0.87 0.17 0.01
146_L 203_K 0.87 0.17 0.01
209_A 200_I 0.87 0.17 0.01
66_N 225_F 0.87 0.17 0.01
322_V 49_G 0.87 0.17 0.01
199_E 197_T 0.87 0.17 0.01
143_R 357_V 0.86 0.17 0.01
360_G 280_H 0.86 0.17 0.01
30_L 207_L 0.86 0.17 0.01
206_I 242_F 0.86 0.17 0.01
353_A 40_D 0.86 0.17 0.01
330_S 313_G 0.86 0.17 0.01
299_V 344_A 0.86 0.17 0.01
321_V 241_N 0.86 0.17 0.01
151_S 215_K 0.86 0.17 0.01
132_L 323_A 0.86 0.17 0.01
129_I 174_I 0.86 0.17 0.01
45_T 209_N 0.85 0.17 0.01
58_L 172_I 0.85 0.17 0.01
86_Q 340_R 0.85 0.17 0.01
28_A 218_L 0.85 0.17 0.01
375_Q 225_F 0.85 0.17 0.01
182_E 265_S 0.85 0.17 0.01
198_N 271_S 0.85 0.17 0.01
344_S 242_F 0.85 0.17 0.01
206_I 237_K 0.85 0.17 0.01
118_F 39_L 0.85 0.17 0.01
310_A 381_Q 0.85 0.16 0.01
9_I 246_I 0.85 0.16 0.01
258_G 246_I 0.85 0.16 0.01
78_A 76_L 0.85 0.16 0.01
179_A 390_L 0.85 0.16 0.01
157_L 219_T 0.85 0.16 0.01
350_Q 263_V 0.84 0.16 0.01
354_L 161_R 0.84 0.16 0.01
121_L 37_V 0.84 0.16 0.01
27_R 342_E 0.84 0.16 0.01
382_W 289_G 0.84 0.16 0.01
355_V 361_T 0.84 0.16 0.01
115_Q 78_V 0.84 0.16 0.01
348_A 379_Q 0.84 0.16 0.01
93_Q 244_V 0.84 0.16 0.01
358_S 379_Q 0.84 0.16 0.01
293_A 214_F 0.84 0.16 0.01
60_K 85_K 0.84 0.16 0.01
350_Q 77_V 0.83 0.16 0.01
268_V 217_V 0.83 0.16 0.01
113_R 38_A 0.83 0.16 0.01
349_G 208_L 0.83 0.16 0.01
118_F 274_A 0.83 0.16 0.01
380_Q 196_V 0.83 0.16 0.01
205_S 278_E 0.83 0.16 0.01
21_R 189_G 0.83 0.16 0.01
325_G 40_D 0.83 0.16 0.01
44_A 85_K 0.83 0.16 0.01
316_Y 385_A 0.83 0.16 0.01
369_E 342_E 0.83 0.15 0.01
344_S 86_T 0.83 0.15 0.01
192_L 44_T 0.83 0.15 0.01
296_G 246_I 0.83 0.15 0.01
83_L 356_S 0.83 0.15 0.01
51_T 345_S 0.83 0.15 0.01
381_P 172_I 0.82 0.15 0.01
84_A 3_L 0.82 0.15 0.01
257_L 204_L 0.82 0.15 0.01
100_Q 303_L 0.82 0.15 0.01
332_Y 250_A 0.82 0.15 0.01
23_K 196_V 0.82 0.15 0.01
356_G 34_K 0.82 0.15 0.01
329_M 271_S 0.82 0.15 0.01
64_E 26_D 0.82 0.15 0.01
39_E 172_I 0.82 0.15 0.01
277_G 194_K 0.82 0.15 0.01
86_Q 66_G 0.82 0.15 0.01
371_R 37_V 0.82 0.15 0.01
328_D 15_A 0.82 0.15 0.01
263_Q 382_L 0.82 0.15 0.01
268_V 50_L 0.82 0.15 0.01
65_M 60_V 0.81 0.15 0.01
86_Q 393_Y 0.81 0.15 0.01
4_D 210_D 0.81 0.15 0.01
68_S 37_V 0.81 0.15 0.01
324_H 200_I 0.81 0.15 0.01
118_F 357_V 0.81 0.15 0.01
160_Q 214_F 0.81 0.15 0.01
309_L 343_H 0.81 0.15 0.01
362_G 383_A 0.81 0.15 0.01
384_G 244_V 0.81 0.15 0.01
178_L 367_N 0.81 0.15 0.01
220_E 242_F 0.81 0.15 0.01
312_W 173_A 0.81 0.15 0.01
83_L 187_G 0.81 0.15 0.01
36_K 225_F 0.81 0.15 0.01
6_L 315_S 0.81 0.15 0.01
175_K 365_S 0.80 0.14 0.01
325_G 64_R 0.80 0.14 0.01
344_S 37_V 0.80 0.14 0.01
19_A 226_I 0.80 0.14 0.01
321_V 295_A 0.80 0.14 0.01
322_V 357_V 0.80 0.14 0.01
320_V 211_D 0.80 0.14 0.01
24_Q 391_R 0.80 0.14 0.01
130_A 375_S 0.80 0.14 0.01
198_N 314_H 0.80 0.14 0.01
251_M 39_L 0.80 0.14 0.01
106_E 161_R 0.80 0.14 0.01
91_F 60_V 0.80 0.14 0.01
300_K 196_V 0.80 0.14 0.01
378_N 319_G 0.80 0.14 0.01
18_R 172_I 0.80 0.14 0.01
66_N 215_K 0.80 0.14 0.01
257_L 346_L 0.80 0.14 0.01
9_I 362_G 0.80 0.14 0.01
7_K 176_A 0.80 0.14 0.01
150_Q 110_P 0.80 0.14 0.01
163_Q 242_F 0.79 0.14 0.01
58_L 329_Q 0.79 0.14 0.01
92_R 51_P 0.79 0.14 0.01
377_V 357_V 0.79 0.14 0.01
299_V 172_I 0.79 0.14 0.01
280_L 311_Q 0.79 0.14 0.01
332_Y 341_P 0.79 0.14 0.01
151_S 253_N 0.79 0.14 0.01
192_L 253_N 0.79 0.14 0.01
106_E 327_I 0.79 0.14 0.01
321_V 341_P 0.79 0.14 0.01
301_A 185_A 0.78 0.14 0.01
209_A 370_E 0.78 0.14 0.01
104_S 39_L 0.78 0.14 0.01
382_W 310_L 0.78 0.14 0.01
308_I 59_L 0.78 0.14 0.01
46_R 61_K 0.78 0.14 0.01
123_Q 280_H 0.78 0.14 0.01
320_V 214_F 0.78 0.14 0.01
67_A 379_Q 0.78 0.14 0.01
374_G 60_V 0.78 0.14 0.01
350_Q 15_A 0.78 0.14 0.01
318_L 318_V 0.78 0.14 0.01
205_S 66_G 0.78 0.13 0.01
365_S 60_V 0.78 0.13 0.01
266_W 322_V 0.77 0.13 0.01
206_I 303_L 0.77 0.13 0.01
258_G 244_V 0.77 0.13 0.01
291_I 336_I 0.77 0.13 0.01
119_G 41_I 0.77 0.13 0.01
47_K 13_Q 0.77 0.13 0.01
49_R 172_I 0.77 0.13 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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