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OPENSEQ.org
EscV_EscT
Genes: A B A+B
Length: 675 258 898
Sequences: 1449 1834 1119
Seq/Len: 2.15 7.11 1.25
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.20
2 0.01 0.00 0.88
5 0.01 0.00 0.94
10 0.01 0.00 1.09
20 0.01 0.00 1.20
100 0.02 0.01 1.33
∞ 0.08 0.08 1.47
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
222_D 195_L 1.42 0.77 0.03
196_K 101_D 1.42 0.77 0.03
579_V 201_G 1.38 0.74 0.02
196_K 220_K 1.33 0.70 0.02
669_T 124_G 1.29 0.67 0.02
420_Y 84_L 1.26 0.64 0.02
127_Q 87_T 1.23 0.62 0.02
57_S 47_T 1.23 0.61 0.01
94_H 230_L 1.21 0.60 0.01
123_I 30_T 1.20 0.58 0.01
577_L 205_K 1.19 0.58 0.01
85_V 217_L 1.18 0.57 0.01
477_V 44_I 1.17 0.55 0.01
211_F 31_G 1.15 0.54 0.01
259_T 113_N 1.13 0.52 0.01
317_I 73_L 1.12 0.51 0.01
42_I 203_L 1.12 0.51 0.01
119_I 160_D 1.12 0.51 0.01
196_K 124_G 1.12 0.51 0.01
127_Q 101_D 1.11 0.50 0.01
252_V 104_R 1.10 0.49 0.01
196_K 197_D 1.09 0.48 0.01
255_G 101_D 1.08 0.47 0.01
311_A 42_I 1.07 0.46 0.01
97_A 205_K 1.07 0.46 0.01
470_T 192_G 1.05 0.44 0.01
138_V 101_D 1.05 0.44 0.01
127_Q 220_K 1.04 0.44 0.01
97_A 225_I 1.04 0.44 0.01
226_S 230_L 1.03 0.42 0.01
302_F 228_L 1.02 0.41 0.01
410_Y 185_F 1.02 0.41 0.01
139_A 192_G 1.02 0.41 0.01
187_S 22_F 1.02 0.41 0.01
124_T 215_L 1.01 0.41 0.01
613_I 201_G 1.01 0.41 0.01
62_N 186_S 1.01 0.40 0.01
604_N 24_I 1.00 0.40 0.01
298_I 182_M 0.99 0.39 0.01
504_L 185_F 0.99 0.39 0.01
414_L 128_Y 0.99 0.39 0.01
196_K 104_R 0.99 0.38 0.01
520_I 230_L 0.99 0.38 0.01
58_I 31_G 0.98 0.38 0.01
451_Q 21_M 0.98 0.38 0.01
402_F 121_S 0.98 0.37 0.01
49_T 198_M 0.98 0.37 0.01
51_L 194_F 0.98 0.37 0.01
247_A 207_A 0.97 0.37 0.01
529_V 153_E 0.97 0.36 0.01
57_S 152_Y 0.96 0.36 0.01
278_Q 39_R 0.96 0.36 0.01
291_A 73_L 0.96 0.35 0.01
623_P 210_L 0.95 0.35 0.01
187_S 126_I 0.95 0.35 0.01
57_S 18_P 0.95 0.35 0.01
43_I 109_S 0.95 0.35 0.01
85_V 67_Q 0.95 0.35 0.01
385_L 176_D 0.95 0.35 0.01
78_L 205_K 0.95 0.35 0.01
156_S 217_L 0.95 0.35 0.01
319_W 152_Y 0.95 0.35 0.01
629_I 41_S 0.95 0.34 0.01
139_A 187_I 0.95 0.34 0.01
187_S 44_I 0.94 0.34 0.01
256_V 137_I 0.94 0.34 0.01
29_M 187_I 0.94 0.34 0.01
219_W 219_V 0.94 0.34 0.01
368_Q 124_G 0.94 0.34 0.01
299_I 44_I 0.94 0.34 0.01
400_I 34_L 0.94 0.34 0.01
91_I 181_L 0.94 0.34 0.01
256_V 138_H 0.94 0.34 0.01
476_L 238_F 0.94 0.34 0.01
170_E 11_S 0.93 0.33 0.01
28_M 70_G 0.93 0.33 0.01
318_A 148_L 0.93 0.33 0.01
172_K 130_F 0.93 0.33 0.01
415_I 134_I 0.93 0.33 0.01
290_A 225_I 0.92 0.32 0.01
117_L 39_R 0.92 0.32 0.01
118_V 176_D 0.92 0.32 0.01
172_K 123_T 0.92 0.32 0.01
187_S 110_S 0.92 0.32 0.01
112_N 152_Y 0.91 0.32 0.01
313_C 160_D 0.91 0.31 0.01
59_Y 119_S 0.91 0.31 0.01
172_K 150_L 0.90 0.31 0.01
131_I 184_S 0.90 0.30 0.01
31_I 148_L 0.90 0.30 0.01
664_L 12_F 0.90 0.30 0.01
156_S 197_D 0.90 0.30 0.01
293_M 212_V 0.90 0.30 0.01
299_I 46_F 0.90 0.30 0.01
96_D 101_D 0.90 0.30 0.01
295_V 183_L 0.90 0.30 0.01
259_T 87_T 0.90 0.30 0.01
504_L 155_L 0.89 0.30 0.01
212_G 25_L 0.89 0.30 0.01
200_I 235_F 0.89 0.30 0.01
435_E 93_I 0.89 0.29 0.01
569_R 105_G 0.89 0.29 0.01
402_F 125_V 0.89 0.29 0.01
38_V 95_A 0.89 0.29 0.01
563_R 90_F 0.89 0.29 0.01
57_S 183_L 0.89 0.29 0.01
385_L 156_P 0.88 0.29 0.01
333_K 171_L 0.88 0.29 0.01
102_Y 66_F 0.88 0.29 0.01
50_A 132_T 0.88 0.28 0.01
216_I 187_I 0.87 0.28 0.01
52_L 178_F 0.87 0.28 0.01
163_A 123_T 0.87 0.28 0.01
353_L 89_L 0.87 0.28 0.01
227_E 50_I 0.87 0.28 0.01
661_N 50_I 0.87 0.28 0.01
476_L 178_F 0.87 0.28 0.01
243_A 108_I 0.87 0.28 0.01
223_M 165_R 0.87 0.28 0.01
123_I 37_F 0.87 0.28 0.01
115_V 121_S 0.87 0.28 0.01
139_A 183_L 0.87 0.28 0.01
590_L 84_L 0.87 0.28 0.01
245_I 117_S 0.86 0.28 0.01
428_I 106_S 0.86 0.27 0.01
87_T 194_F 0.86 0.27 0.01
566_I 213_F 0.86 0.27 0.01
628_V 229_L 0.86 0.27 0.01
211_F 120_S 0.86 0.27 0.01
605_I 227_I 0.86 0.27 0.01
308_L 100_I 0.86 0.27 0.01
50_A 182_M 0.86 0.27 0.01
243_A 205_K 0.85 0.27 0.01
643_I 190_I 0.85 0.27 0.01
311_A 21_M 0.85 0.27 0.01
17_L 85_S 0.85 0.27 0.01
330_G 226_F 0.85 0.27 0.01
142_S 103_L 0.85 0.26 0.01
606_S 47_T 0.85 0.26 0.01
257_V 115_S 0.84 0.26 0.01
256_V 205_K 0.84 0.26 0.01
224_P 38_I 0.84 0.26 0.01
163_A 171_L 0.84 0.26 0.01
216_I 83_G 0.84 0.26 0.01
353_L 228_L 0.84 0.26 0.01
299_I 219_V 0.84 0.26 0.01
350_A 139_G 0.84 0.26 0.01
575_T 38_I 0.84 0.26 0.01
658_V 135_F 0.84 0.25 0.01
258_V 105_G 0.84 0.25 0.01
630_L 139_G 0.84 0.25 0.01
179_Q 217_L 0.83 0.25 0.01
44_A 139_G 0.83 0.25 0.01
373_M 136_V 0.83 0.25 0.01
260_R 182_M 0.83 0.25 0.01
603_L 52_V 0.83 0.25 0.01
402_F 56_T 0.83 0.25 0.01
655_F 213_F 0.83 0.25 0.01
643_I 225_I 0.83 0.25 0.01
196_K 87_T 0.83 0.25 0.01
253_T 130_F 0.83 0.25 0.01
504_L 156_P 0.83 0.25 0.00
305_L 190_I 0.83 0.25 0.00
47_I 222_L 0.83 0.25 0.00
529_V 166_A 0.83 0.25 0.00
375_W 168_V 0.82 0.24 0.00
614_I 148_L 0.82 0.24 0.00
16_D 75_E 0.82 0.24 0.00
187_S 124_G 0.82 0.24 0.00
586_I 189_M 0.82 0.24 0.00
20_A 75_E 0.82 0.24 0.00
470_T 136_V 0.82 0.24 0.00
227_E 60_K 0.82 0.24 0.00
493_L 100_I 0.82 0.24 0.00
43_I 142_Q 0.82 0.24 0.00
285_P 86_F 0.81 0.24 0.00
666_V 202_F 0.81 0.24 0.00
23_F 49_P 0.81 0.24 0.00
20_A 181_L 0.81 0.23 0.00
54_L 221_S 0.81 0.23 0.00
229_L 198_M 0.81 0.23 0.00
597_T 196_C 0.81 0.23 0.00
23_F 34_L 0.81 0.23 0.00
504_L 81_F 0.81 0.23 0.00
26_A 220_K 0.81 0.23 0.00
136_E 213_F 0.81 0.23 0.00
504_L 233_H 0.81 0.23 0.00
135_A 121_S 0.80 0.23 0.00
302_F 224_A 0.80 0.23 0.00
580_W 13_F 0.80 0.23 0.00
59_Y 21_M 0.80 0.23 0.00
664_L 228_L 0.80 0.23 0.00
622_N 46_F 0.80 0.23 0.00
582_I 225_I 0.80 0.23 0.00
85_V 82_I 0.80 0.23 0.00
156_S 231_V 0.80 0.23 0.00
530_S 209_Q 0.80 0.23 0.00
330_G 180_K 0.80 0.23 0.00
491_R 48_L 0.80 0.23 0.00
627_G 82_I 0.80 0.23 0.00
295_V 43_M 0.80 0.23 0.00
105_G 114_P 0.80 0.23 0.00
563_R 129_Q 0.80 0.23 0.00
53_L 166_A 0.80 0.23 0.00
156_S 129_Q 0.79 0.22 0.00
607_P 142_Q 0.79 0.22 0.00
50_A 44_I 0.79 0.22 0.00
103_S 183_L 0.79 0.22 0.00
619_N 42_I 0.79 0.22 0.00
182_S 40_N 0.79 0.22 0.00
517_I 227_I 0.79 0.22 0.00
488_Q 101_D 0.79 0.22 0.00
236_S 103_L 0.79 0.22 0.00
569_R 148_L 0.79 0.22 0.00
312_V 50_I 0.79 0.22 0.00
563_R 186_S 0.79 0.22 0.00
73_L 224_A 0.79 0.22 0.00
118_V 215_L 0.79 0.22 0.00
278_Q 145_L 0.79 0.22 0.00
311_A 114_P 0.79 0.22 0.00
629_I 153_E 0.79 0.22 0.00
461_V 42_I 0.79 0.22 0.00
526_E 196_C 0.78 0.22 0.00
127_Q 117_S 0.78 0.22 0.00
224_P 18_P 0.78 0.22 0.00
355_L 194_F 0.78 0.22 0.00
21_L 171_L 0.78 0.22 0.00
532_R 78_I 0.78 0.21 0.00
126_V 195_L 0.78 0.21 0.00
538_F 124_G 0.78 0.21 0.00
272_A 103_L 0.78 0.21 0.00
506_K 217_L 0.78 0.21 0.00
75_I 234_V 0.78 0.21 0.00
497_M 124_G 0.78 0.21 0.00
139_A 120_S 0.78 0.21 0.00
328_G 92_A 0.78 0.21 0.00
315_L 202_F 0.78 0.21 0.00
258_V 213_F 0.78 0.21 0.00
422_E 75_E 0.78 0.21 0.00
361_I 198_M 0.78 0.21 0.00
204_I 184_S 0.78 0.21 0.00
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566_I 144_V 0.78 0.21 0.00
54_L 100_I 0.78 0.21 0.00
173_V 200_F 0.78 0.21 0.00
207_L 54_N 0.77 0.21 0.00
86_S 31_G 0.77 0.21 0.00
291_A 123_T 0.77 0.21 0.00
653_L 29_S 0.77 0.21 0.00
501_Y 71_I 0.77 0.21 0.00
504_L 127_L 0.77 0.21 0.00
86_S 187_I 0.77 0.21 0.00
609_R 198_M 0.77 0.21 0.00
405_Y 148_L 0.77 0.21 0.00
332_N 226_F 0.77 0.21 0.00
556_E 75_E 0.77 0.21 0.00
286_F 240_T 0.77 0.21 0.00
138_V 197_D 0.77 0.21 0.00
321_L 201_G 0.77 0.21 0.00
231_L 197_D 0.77 0.21 0.00
185_Y 193_I 0.77 0.21 0.00
610_T 199_G 0.77 0.20 0.00
507_E 148_L 0.77 0.20 0.00
437_L 141_I 0.77 0.20 0.00
631_T 184_S 0.77 0.20 0.00
533_D 205_K 0.77 0.20 0.00
403_L 121_S 0.77 0.20 0.00
509_Q 115_S 0.77 0.20 0.00
142_S 152_Y 0.77 0.20 0.00
554_L 114_P 0.77 0.20 0.00
479_S 46_F 0.77 0.20 0.00
629_I 159_A 0.76 0.20 0.00
85_V 84_L 0.76 0.20 0.00
312_V 138_H 0.76 0.20 0.00
472_L 34_L 0.76 0.20 0.00
532_R 139_G 0.76 0.20 0.00
281_V 196_C 0.76 0.20 0.00
91_I 239_I 0.76 0.20 0.00
34_L 89_L 0.76 0.20 0.00
71_T 189_M 0.76 0.20 0.00
202_G 140_G 0.76 0.20 0.00
617_L 84_L 0.76 0.20 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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