May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3VTI
Genes: A B A+B
Length: 761 314 1008
Sequences: 983 7888 713
Seq/Len: 1.29 25.12 0.71
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.54
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.05 0.07
2 0.00 0.12 0.11
5 0.00 0.13 0.53
10 0.00 0.15 0.58
20 0.01 0.16 0.66
100 0.01 0.18 0.73
∞ 0.02 0.27 0.82
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
587_R 165_E 1.31 0.52 0.00
628_M 229_V 1.15 0.38 0.00
254_V 229_V 1.11 0.35 0.00
182_Q 36_S 1.08 0.33 0.00
445_R 239_F 1.06 0.32 0.00
372_S 197_L 1.04 0.30 0.00
453_D 222_I 0.99 0.27 0.00
359_N 195_K 0.98 0.26 0.00
626_S 72_T 0.98 0.26 0.00
159_K 188_M 0.96 0.24 0.00
594_V 55_C 0.95 0.24 0.00
54_E 121_F 0.94 0.23 0.00
212_L 123_N 0.94 0.23 0.00
204_E 161_M 0.94 0.23 0.00
166_K 172_P 0.92 0.22 0.00
338_C 63_M 0.92 0.22 0.00
252_F 127_I 0.91 0.21 0.00
303_T 74_A 0.90 0.21 0.00
269_S 48_D 0.90 0.21 0.00
288_K 143_P 0.89 0.20 0.00
605_A 169_F 0.89 0.20 0.00
311_A 235_S 0.88 0.20 0.00
425_H 242_I 0.87 0.19 0.00
435_A 141_A 0.86 0.19 0.00
619_Q 298_T 0.86 0.19 0.00
616_F 239_F 0.86 0.19 0.00
525_C 37_F 0.85 0.18 0.00
524_V 277_D 0.85 0.18 0.00
435_A 197_L 0.84 0.18 0.00
205_I 104_I 0.84 0.18 0.00
656_I 120_I 0.84 0.18 0.00
220_I 280_I 0.84 0.18 0.00
311_A 114_K 0.84 0.18 0.00
259_V 148_L 0.84 0.18 0.00
404_A 119_R 0.83 0.18 0.00
716_K 120_I 0.83 0.17 0.00
340_D 283_E 0.83 0.17 0.00
594_V 96_A 0.82 0.17 0.00
257_R 67_K 0.82 0.17 0.00
193_L 42_L 0.82 0.17 0.00
338_C 30_I 0.82 0.17 0.00
80_I 262_A 0.82 0.17 0.00
536_L 206_A 0.81 0.17 0.00
517_V 26_L 0.81 0.16 0.00
618_G 205_V 0.81 0.16 0.00
163_M 288_K 0.81 0.16 0.00
179_F 304_R 0.81 0.16 0.00
690_K 231_E 0.81 0.16 0.00
495_H 235_S 0.80 0.16 0.00
182_Q 235_S 0.80 0.16 0.00
629_A 222_I 0.80 0.16 0.00
132_P 58_V 0.79 0.15 0.00
278_S 5_E 0.79 0.15 0.00
744_I 220_I 0.79 0.15 0.00
334_E 238_E 0.78 0.15 0.00
603_A 89_I 0.78 0.15 0.00
577_E 23_A 0.78 0.15 0.00
571_E 72_T 0.78 0.15 0.00
294_A 37_F 0.77 0.15 0.00
697_V 277_D 0.77 0.15 0.00
173_D 184_I 0.77 0.15 0.00
503_G 40_K 0.77 0.15 0.00
350_D 229_V 0.77 0.14 0.00
350_D 270_K 0.77 0.14 0.00
105_V 161_M 0.77 0.14 0.00
465_Y 46_G 0.76 0.14 0.00
252_F 141_A 0.76 0.14 0.00
511_Y 257_V 0.76 0.14 0.00
107_V 293_N 0.76 0.14 0.00
584_Q 239_F 0.76 0.14 0.00
465_Y 52_L 0.76 0.14 0.00
317_L 94_A 0.76 0.14 0.00
365_R 121_F 0.76 0.14 0.00
534_A 158_M 0.76 0.14 0.00
452_V 147_V 0.75 0.14 0.00
481_V 82_P 0.75 0.14 0.00
286_L 148_L 0.75 0.14 0.00
610_V 223_Y 0.75 0.14 0.00
434_K 293_N 0.75 0.14 0.00
531_E 147_V 0.75 0.14 0.00
214_E 189_T 0.75 0.14 0.00
359_N 220_I 0.75 0.14 0.00
162_P 285_N 0.75 0.14 0.00
182_Q 221_K 0.75 0.14 0.00
613_E 234_K 0.75 0.14 0.00
365_R 21_E 0.75 0.14 0.00
384_A 117_V 0.74 0.14 0.00
373_F 305_P 0.74 0.14 0.00
82_V 121_F 0.74 0.13 0.00
727_N 207_E 0.74 0.13 0.00
64_I 160_V 0.74 0.13 0.00
627_L 13_D 0.74 0.13 0.00
333_S 141_A 0.74 0.13 0.00
506_Y 23_A 0.73 0.13 0.00
112_G 58_V 0.73 0.13 0.00
687_L 77_I 0.73 0.13 0.00
607_L 7_V 0.73 0.13 0.00
120_E 102_V 0.73 0.13 0.00
738_S 63_M 0.73 0.13 0.00
495_H 279_E 0.73 0.13 0.00
710_L 226_K 0.73 0.13 0.00
365_R 159_A 0.73 0.13 0.00
370_V 120_I 0.73 0.13 0.00
604_V 131_Y 0.73 0.13 0.00
402_I 72_T 0.72 0.13 0.00
330_G 182_G 0.72 0.13 0.00
107_V 114_K 0.72 0.13 0.00
423_I 281_I 0.72 0.13 0.00
327_M 252_K 0.72 0.13 0.00
522_I 33_T 0.72 0.13 0.00
86_E 226_K 0.72 0.13 0.00
342_E 263_E 0.72 0.13 0.00
610_V 36_S 0.72 0.13 0.00
639_I 36_S 0.72 0.12 0.00
230_V 120_I 0.72 0.12 0.00
212_L 70_F 0.72 0.12 0.00
503_G 209_L 0.71 0.12 0.00
258_D 91_K 0.71 0.12 0.00
425_H 309_L 0.71 0.12 0.00
268_V 216_S 0.71 0.12 0.00
384_A 4_I 0.71 0.12 0.00
557_G 236_A 0.71 0.12 0.00
120_E 27_F 0.71 0.12 0.00
627_L 258_E 0.71 0.12 0.00
728_S 83_V 0.71 0.12 0.00
419_H 81_F 0.71 0.12 0.00
738_S 149_I 0.70 0.12 0.00
330_G 141_A 0.70 0.12 0.00
258_D 69_L 0.70 0.12 0.00
628_M 52_L 0.70 0.12 0.00
520_A 247_L 0.70 0.12 0.00
591_T 149_I 0.70 0.12 0.00
297_I 273_E 0.70 0.12 0.00
185_A 249_N 0.70 0.12 0.00
464_G 306_I 0.70 0.12 0.00
294_A 48_D 0.70 0.12 0.00
154_A 226_K 0.70 0.12 0.00
342_E 148_L 0.69 0.12 0.00
262_V 5_E 0.69 0.12 0.00
387_Y 184_I 0.69 0.12 0.00
731_P 74_A 0.69 0.12 0.00
143_F 147_V 0.69 0.12 0.00
533_I 98_K 0.69 0.12 0.00
60_I 187_L 0.69 0.12 0.00
325_I 222_I 0.69 0.12 0.00
597_M 83_V 0.69 0.12 0.00
211_A 220_I 0.69 0.12 0.00
458_A 117_V 0.69 0.11 0.00
351_I 140_N 0.69 0.11 0.00
475_D 159_A 0.69 0.11 0.00
733_N 23_A 0.69 0.11 0.00
426_H 155_D 0.69 0.11 0.00
433_E 291_T 0.69 0.11 0.00
179_F 206_A 0.69 0.11 0.00
288_K 125_S 0.69 0.11 0.00
744_I 256_V 0.69 0.11 0.00
615_L 284_V 0.68 0.11 0.00
429_D 283_E 0.68 0.11 0.00
243_R 143_P 0.68 0.11 0.00
294_A 33_T 0.68 0.11 0.00
335_E 72_T 0.68 0.11 0.00
192_S 142_K 0.68 0.11 0.00
304_L 188_M 0.68 0.11 0.00
313_I 235_S 0.68 0.11 0.00
265_Y 104_I 0.68 0.11 0.00
60_I 91_K 0.68 0.11 0.00
195_F 83_V 0.68 0.11 0.00
516_N 173_I 0.68 0.11 0.00
683_D 277_D 0.68 0.11 0.00
622_M 212_I 0.68 0.11 0.00
106_P 33_T 0.68 0.11 0.00
212_L 28_G 0.67 0.11 0.00
678_V 308_E 0.67 0.11 0.00
604_V 33_T 0.67 0.11 0.00
678_V 303_D 0.67 0.11 0.00
209_A 197_L 0.67 0.11 0.00
62_A 293_N 0.67 0.11 0.00
546_L 277_D 0.67 0.11 0.00
55_G 288_K 0.67 0.11 0.00
371_T 90_V 0.67 0.11 0.00
323_F 89_I 0.67 0.11 0.00
451_R 238_E 0.67 0.11 0.00
529_S 148_L 0.67 0.11 0.00
619_Q 308_E 0.67 0.11 0.00
415_M 85_D 0.66 0.11 0.00
703_S 48_D 0.66 0.11 0.00
515_G 101_G 0.66 0.11 0.00
738_S 238_E 0.66 0.11 0.00
439_Y 33_T 0.66 0.11 0.00
314_H 244_F 0.66 0.11 0.00
220_I 260_D 0.66 0.11 0.00
707_R 23_A 0.66 0.10 0.00
580_I 239_F 0.66 0.10 0.00
414_C 216_S 0.66 0.10 0.00
132_P 145_D 0.66 0.10 0.00
604_V 235_S 0.66 0.10 0.00
688_I 305_P 0.66 0.10 0.00
304_L 212_I 0.66 0.10 0.00
621_A 235_S 0.66 0.10 0.00
232_A 45_P 0.66 0.10 0.00
165_E 72_T 0.66 0.10 0.00
131_Y 155_D 0.65 0.10 0.00
392_I 281_I 0.65 0.10 0.00
720_S 104_I 0.65 0.10 0.00
351_I 229_V 0.65 0.10 0.00
457_V 160_V 0.65 0.10 0.00
218_V 114_K 0.65 0.10 0.00
461_M 69_L 0.65 0.10 0.00
586_D 95_E 0.65 0.10 0.00
411_N 305_P 0.65 0.10 0.00
678_V 162_S 0.65 0.10 0.00
56_E 167_L 0.65 0.10 0.00
546_L 194_I 0.65 0.10 0.00
439_Y 101_G 0.65 0.10 0.00
313_I 23_A 0.65 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.032 seconds.