May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
2ZU0
Genes: A B A+B
Length: 423 267 624
Sequences: 1541 79352 1318
Seq/Len: 3.64 297.2 2.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.14 1.55
2 0.00 0.15 1.88
5 0.00 0.18 1.89
10 0.00 0.22 1.90
20 0.00 0.27 1.91
100 0.00 0.36 1.94
∞ 0.01 0.38 1.99
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
386_Q 201_K 1.52 0.92 0.52
295_C 201_K 1.35 0.85 0.38
334_N 156_L 1.34 0.84 0.37
376_R 92_E 1.28 0.80 0.32
270_I 220_V 1.18 0.72 0.24
381_N 96_G 1.10 0.65 0.19
404_E 73_E 1.08 0.63 0.18
372_I 88_A 1.07 0.61 0.17
130_T 226_I 1.05 0.59 0.16
314_N 220_V 1.03 0.57 0.15
305_V 36_L 1.02 0.56 0.15
261_L 180_V 1.00 0.54 0.14
311_A 201_K 1.00 0.53 0.13
350_E 191_S 0.99 0.53 0.13
331_T 176_L 0.98 0.52 0.13
272_S 67_A 0.98 0.52 0.13
373_F 67_A 0.97 0.51 0.12
220_F 152_M 0.96 0.49 0.12
201_A 201_K 0.95 0.48 0.11
247_L 201_K 0.92 0.45 0.10
175_L 216_S 0.92 0.45 0.10
249_G 156_L 0.91 0.44 0.10
150_K 186_C 0.91 0.43 0.10
397_L 143_M 0.90 0.42 0.09
373_F 91_P 0.89 0.42 0.09
288_L 201_K 0.89 0.41 0.09
389_I 65_T 0.87 0.39 0.08
304_I 204_A 0.86 0.39 0.08
386_Q 238_L 0.85 0.38 0.08
344_D 219_I 0.85 0.37 0.08
377_S 102_A 0.85 0.37 0.07
217_K 160_S 0.85 0.37 0.07
62_F 237_V 0.84 0.37 0.07
295_C 109_I 0.84 0.36 0.07
367_I 139_F 0.84 0.36 0.07
239_A 242_R 0.84 0.36 0.07
80_T 184_E 0.83 0.35 0.07
318_N 161_V 0.83 0.35 0.07
364_V 230_I 0.82 0.34 0.07
82_D 245_K 0.82 0.34 0.07
285_R 156_L 0.82 0.34 0.07
330_M 186_C 0.81 0.34 0.07
327_D 191_S 0.81 0.33 0.06
254_R 108_E 0.81 0.33 0.06
233_L 160_S 0.81 0.33 0.06
277_V 74_V 0.80 0.33 0.06
278_K 258_Q 0.80 0.32 0.06
334_N 163_V 0.80 0.32 0.06
185_V 109_I 0.79 0.31 0.06
165_E 25_D 0.79 0.31 0.06
361_G 103_F 0.79 0.31 0.06
348_Q 262_W 0.79 0.31 0.06
352_Y 33_K 0.79 0.31 0.06
371_Q 140_Q 0.79 0.31 0.06
53_P 180_V 0.79 0.31 0.06
270_I 204_A 0.78 0.30 0.06
256_N 226_I 0.78 0.30 0.06
285_R 113_S 0.77 0.29 0.05
359_S 239_Y 0.77 0.29 0.05
185_V 257_E 0.77 0.29 0.05
345_T 230_I 0.77 0.29 0.05
332_N 113_S 0.77 0.29 0.05
48_N 109_I 0.76 0.28 0.05
399_E 160_S 0.76 0.28 0.05
215_H 114_N 0.76 0.28 0.05
272_S 57_S 0.76 0.28 0.05
95_P 204_A 0.75 0.28 0.05
152_L 184_E 0.75 0.28 0.05
53_P 220_V 0.75 0.28 0.05
258_S 28_V 0.75 0.27 0.05
239_A 109_I 0.75 0.27 0.05
365_G 116_F 0.75 0.27 0.05
330_M 174_D 0.74 0.27 0.05
371_Q 134_L 0.74 0.27 0.05
280_E 186_C 0.74 0.27 0.05
324_I 226_I 0.74 0.26 0.05
279_N 242_R 0.74 0.26 0.05
294_F 184_E 0.74 0.26 0.04
180_G 48_V 0.73 0.26 0.04
390_I 152_M 0.73 0.26 0.04
58_I 161_V 0.73 0.26 0.04
297_S 54_P 0.73 0.26 0.04
342_E 69_R 0.73 0.25 0.04
108_V 244_V 0.73 0.25 0.04
50_K 64_A 0.72 0.25 0.04
279_N 40_S 0.72 0.25 0.04
186_I 185_L 0.72 0.25 0.04
294_F 88_A 0.72 0.25 0.04
331_T 152_M 0.72 0.25 0.04
330_M 215_R 0.72 0.24 0.04
306_S 36_L 0.72 0.24 0.04
276_P 74_V 0.72 0.24 0.04
181_A 57_S 0.71 0.24 0.04
362_A 176_L 0.71 0.24 0.04
45_K 28_V 0.71 0.24 0.04
283_D 103_F 0.71 0.24 0.04
371_Q 176_L 0.71 0.24 0.04
326_T 191_S 0.71 0.24 0.04
159_Q 231_K 0.71 0.24 0.04
57_L 75_T 0.71 0.24 0.04
275_M 129_R 0.71 0.24 0.04
263_G 217_F 0.71 0.24 0.04
299_Q 64_A 0.71 0.24 0.04
57_L 39_L 0.71 0.24 0.04
250_G 54_P 0.71 0.24 0.04
330_M 64_A 0.71 0.24 0.04
82_D 242_R 0.71 0.24 0.04
303_T 63_S 0.71 0.24 0.04
246_F 263_L 0.70 0.23 0.04
369_D 240_Q 0.70 0.23 0.04
386_Q 78_T 0.70 0.23 0.04
368_D 125_V 0.70 0.23 0.04
408_Q 242_R 0.70 0.23 0.04
404_E 132_E 0.70 0.23 0.04
224_L 148_A 0.70 0.23 0.04
184_T 75_T 0.70 0.23 0.04
103_G 175_I 0.70 0.23 0.04
338_G 204_A 0.70 0.23 0.04
202_R 65_T 0.70 0.23 0.04
266_S 112_V 0.70 0.23 0.04
290_H 54_P 0.70 0.23 0.04
342_E 70_E 0.69 0.23 0.04
377_S 101_M 0.69 0.23 0.04
342_E 220_V 0.69 0.23 0.04
251_A 99_I 0.69 0.23 0.04
285_R 163_V 0.69 0.23 0.04
145_G 40_S 0.69 0.23 0.04
359_S 116_F 0.69 0.23 0.04
380_I 79_V 0.69 0.22 0.04
334_N 151_K 0.69 0.22 0.04
51_Y 204_A 0.69 0.22 0.04
44_R 180_V 0.69 0.22 0.04
238_D 73_E 0.69 0.22 0.04
319_V 96_G 0.69 0.22 0.04
371_Q 69_R 0.69 0.22 0.04
31_Q 76_G 0.69 0.22 0.04
352_Y 161_V 0.69 0.22 0.04
371_Q 152_M 0.69 0.22 0.04
332_N 173_N 0.69 0.22 0.04
396_E 216_S 0.68 0.22 0.04
330_M 123_N 0.68 0.21 0.04
289_E 63_S 0.68 0.21 0.04
111_N 23_I 0.68 0.21 0.04
309_G 136_R 0.68 0.21 0.04
357_K 243_I 0.68 0.21 0.04
305_V 116_F 0.68 0.21 0.03
76_A 79_V 0.68 0.21 0.03
414_I 263_L 0.68 0.21 0.03
394_A 160_S 0.68 0.21 0.03
372_I 107_V 0.68 0.21 0.03
332_N 114_N 0.68 0.21 0.03
215_H 133_T 0.68 0.21 0.03
289_E 28_V 0.67 0.21 0.03
102_E 145_E 0.67 0.21 0.03
377_S 118_L 0.67 0.21 0.03
401_L 95_A 0.67 0.21 0.03
398_T 218_I 0.67 0.21 0.03
337_M 218_I 0.67 0.21 0.03
259_T 96_G 0.67 0.21 0.03
371_Q 109_I 0.67 0.21 0.03
301_H 141_D 0.67 0.21 0.03
175_L 66_L 0.67 0.21 0.03
307_D 74_V 0.67 0.20 0.03
235_L 150_L 0.67 0.20 0.03
209_A 80_E 0.67 0.20 0.03
342_E 161_V 0.67 0.20 0.03
175_L 143_M 0.67 0.20 0.03
364_V 207_V 0.67 0.20 0.03
152_L 124_A 0.67 0.20 0.03
362_A 139_F 0.67 0.20 0.03
280_E 258_Q 0.67 0.20 0.03
302_K 230_I 0.66 0.20 0.03
272_S 36_L 0.66 0.20 0.03
92_R 74_V 0.66 0.20 0.03
208_A 70_E 0.66 0.20 0.03
182_E 88_A 0.66 0.20 0.03
133_L 70_E 0.66 0.20 0.03
285_R 150_L 0.66 0.20 0.03
314_N 163_V 0.66 0.20 0.03
368_D 89_L 0.66 0.20 0.03
182_E 40_S 0.66 0.20 0.03
341_A 172_R 0.66 0.20 0.03
276_P 215_R 0.66 0.20 0.03
175_L 213_G 0.66 0.20 0.03
390_I 263_L 0.66 0.20 0.03
248_L 182_E 0.66 0.20 0.03
173_H 70_E 0.66 0.20 0.03
356_V 243_I 0.66 0.20 0.03
148_P 95_A 0.65 0.20 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1614 seconds.