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OPENSEQ.org
Nicole2903Ndh5
Genes: A B A+B
Length: 875 505 1325
Sequences: 242 13716 210
Seq/Len: 0.28 27.16 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.50 0.13
2 0.00 0.59 0.15
5 0.00 0.68 0.15
10 0.01 0.69 0.15
20 0.01 0.69 0.15
100 0.01 0.69 0.15
∞ 0.03 0.69 0.17
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
495_E 298_T 1.84 0.46 0.00
781_P 96_L 1.71 0.38 0.00
249_I 130_I 1.62 0.34 0.00
744_N 296_G 1.60 0.32 0.00
495_E 301_Q 1.49 0.27 0.00
611_L 250_G 1.48 0.27 0.00
652_I 99_D 1.45 0.26 0.00
436_G 84_I 1.44 0.25 0.00
299_A 279_I 1.42 0.24 0.00
396_F 281_T 1.41 0.24 0.00
590_Y 145_L 1.37 0.22 0.00
709_S 94_R 1.36 0.22 0.00
396_F 164_L 1.34 0.21 0.00
196_A 260_F 1.33 0.21 0.00
710_E 383_I 1.32 0.20 0.00
198_W 213_A 1.31 0.20 0.00
192_D 255_R 1.30 0.20 0.00
193_D 165_V 1.30 0.20 0.00
717_L 243_A 1.28 0.19 0.00
239_A 119_A 1.28 0.19 0.00
574_P 88_I 1.27 0.19 0.00
300_L 309_C 1.26 0.18 0.00
769_W 243_A 1.26 0.18 0.00
221_L 124_D 1.26 0.18 0.00
606_F 316_A 1.25 0.18 0.00
336_W 96_L 1.24 0.17 0.00
855_K 240_I 1.24 0.17 0.00
709_S 133_G 1.24 0.17 0.00
372_T 241_M 1.23 0.17 0.00
495_E 250_G 1.23 0.17 0.00
717_L 244_G 1.23 0.17 0.00
699_A 126_R 1.22 0.17 0.00
634_D 400_V 1.21 0.17 0.00
838_P 305_M 1.21 0.16 0.00
708_W 336_G 1.20 0.16 0.00
198_W 255_R 1.20 0.16 0.00
835_I 205_G 1.20 0.16 0.00
290_L 81_V 1.20 0.16 0.00
293_R 285_L 1.20 0.16 0.00
705_A 178_F 1.20 0.16 0.00
192_D 231_I 1.20 0.16 0.00
715_W 305_M 1.20 0.16 0.00
837_A 294_L 1.19 0.16 0.00
566_M 343_E 1.19 0.16 0.00
726_G 331_L 1.19 0.16 0.00
212_Q 300_G 1.19 0.16 0.00
461_D 365_L 1.19 0.16 0.00
603_A 210_I 1.19 0.16 0.00
804_N 305_M 1.19 0.16 0.00
769_W 244_G 1.19 0.16 0.00
769_W 328_K 1.19 0.16 0.00
261_H 217_P 1.18 0.16 0.00
717_L 328_K 1.18 0.15 0.00
638_A 22_G 1.18 0.15 0.00
404_S 243_A 1.17 0.15 0.00
594_L 243_A 1.17 0.15 0.00
838_P 294_L 1.16 0.15 0.00
802_Q 230_S 1.16 0.15 0.00
725_I 105_Y 1.16 0.15 0.00
576_V 29_L 1.15 0.15 0.00
376_S 245_L 1.15 0.15 0.00
414_A 167_W 1.15 0.15 0.00
611_L 257_S 1.15 0.15 0.00
790_A 229_D 1.15 0.15 0.00
187_C 258_P 1.15 0.14 0.00
678_H 117_S 1.14 0.14 0.00
291_A 125_L 1.14 0.14 0.00
263_L 306_L 1.14 0.14 0.00
850_S 187_S 1.14 0.14 0.00
837_A 243_A 1.14 0.14 0.00
274_W 139_L 1.14 0.14 0.00
495_E 246_V 1.14 0.14 0.00
577_V 75_G 1.14 0.14 0.00
194_S 287_Q 1.13 0.14 0.00
171_D 74_A 1.13 0.14 0.00
190_Y 137_A 1.13 0.14 0.00
496_L 254_A 1.13 0.14 0.00
649_L 18_L 1.13 0.14 0.00
227_E 450_I 1.13 0.14 0.00
837_A 237_V 1.13 0.14 0.00
608_A 255_R 1.12 0.14 0.00
615_C 325_G 1.12 0.14 0.00
593_A 163_F 1.12 0.14 0.00
769_W 294_L 1.12 0.14 0.00
564_K 334_Q 1.12 0.14 0.00
717_L 294_L 1.12 0.14 0.00
249_I 87_I 1.12 0.14 0.00
643_N 166_S 1.12 0.14 0.00
769_W 242_H 1.12 0.14 0.00
244_L 416_L 1.12 0.14 0.00
404_S 244_G 1.11 0.14 0.00
404_S 328_K 1.11 0.14 0.00
709_S 281_T 1.11 0.14 0.00
717_L 242_H 1.11 0.14 0.00
838_P 243_A 1.11 0.14 0.00
288_E 57_A 1.11 0.14 0.00
285_L 270_L 1.10 0.13 0.00
710_E 223_F 1.10 0.13 0.00
838_P 328_K 1.10 0.13 0.00
717_L 247_N 1.10 0.13 0.00
172_G 287_Q 1.10 0.13 0.00
717_L 298_T 1.10 0.13 0.00
763_P 244_G 1.10 0.13 0.00
649_L 122_S 1.09 0.13 0.00
763_P 243_A 1.09 0.13 0.00
769_W 247_N 1.09 0.13 0.00
817_V 210_I 1.09 0.13 0.00
620_V 321_L 1.09 0.13 0.00
594_L 328_K 1.09 0.13 0.00
594_L 244_G 1.09 0.13 0.00
769_W 298_T 1.09 0.13 0.00
495_E 305_M 1.09 0.13 0.00
521_H 121_L 1.09 0.13 0.00
428_V 250_G 1.08 0.13 0.00
837_A 324_H 1.08 0.13 0.00
816_S 243_A 1.08 0.13 0.00
411_L 278_L 1.08 0.13 0.00
801_M 288_V 1.07 0.13 0.00
557_N 374_V 1.07 0.13 0.00
556_V 14_F 1.07 0.13 0.00
767_A 163_F 1.07 0.13 0.00
385_E 366_V 1.07 0.13 0.00
838_P 244_G 1.07 0.13 0.00
763_P 328_K 1.07 0.12 0.00
797_G 314_Y 1.07 0.12 0.00
607_N 268_I 1.07 0.12 0.00
179_L 99_D 1.06 0.12 0.00
837_A 328_K 1.06 0.12 0.00
364_L 241_M 1.06 0.12 0.00
837_A 244_G 1.06 0.12 0.00
487_V 87_I 1.06 0.12 0.00
794_V 47_F 1.06 0.12 0.00
552_E 118_V 1.06 0.12 0.00
184_I 325_G 1.06 0.12 0.00
185_K 287_Q 1.06 0.12 0.00
404_S 298_T 1.05 0.12 0.00
635_T 254_A 1.05 0.12 0.00
397_A 85_G 1.05 0.12 0.00
731_T 38_V 1.05 0.12 0.00
708_W 244_G 1.04 0.12 0.00
495_E 328_K 1.04 0.12 0.00
198_W 304_F 1.04 0.12 0.00
362_L 30_H 1.04 0.12 0.00
495_E 243_A 1.04 0.12 0.00
444_L 233_A 1.04 0.12 0.00
258_L 337_S 1.04 0.12 0.00
835_I 344_G 1.04 0.12 0.00
762_G 241_M 1.04 0.12 0.00
388_G 40_I 1.04 0.12 0.00
236_A 22_G 1.04 0.12 0.00
264_S 218_A 1.03 0.12 0.00
838_P 242_H 1.03 0.12 0.00
802_Q 155_A 1.03 0.12 0.00
594_L 298_T 1.03 0.12 0.00
600_G 247_N 1.03 0.12 0.00
574_P 103_R 1.03 0.12 0.00
611_L 99_D 1.03 0.12 0.00
481_K 128_M 1.03 0.12 0.00
396_F 167_W 1.03 0.12 0.00
286_L 84_I 1.03 0.12 0.00
837_A 302_M 1.03 0.12 0.00
641_E 99_D 1.03 0.12 0.00
404_S 242_H 1.03 0.12 0.00
603_A 50_L 1.03 0.12 0.00
731_T 309_C 1.02 0.12 0.00
708_W 328_K 1.02 0.11 0.00
404_S 247_N 1.02 0.11 0.00
639_A 96_L 1.02 0.11 0.00
567_D 259_L 1.02 0.11 0.00
743_H 294_L 1.02 0.11 0.00
837_A 332_F 1.02 0.11 0.00
549_G 24_S 1.02 0.11 0.00
594_L 242_H 1.02 0.11 0.00
358_L 426_I 1.02 0.11 0.00
583_S 368_G 1.02 0.11 0.00
802_Q 319_I 1.01 0.11 0.00
649_L 105_Y 1.01 0.11 0.00
708_W 125_L 1.01 0.11 0.00
600_G 125_L 1.01 0.11 0.00
725_I 185_Q 1.01 0.11 0.00
846_L 280_G 1.00 0.11 0.00
863_L 382_F 1.00 0.11 0.00
731_T 282_G 1.00 0.11 0.00
837_A 247_N 1.00 0.11 0.00
402_V 243_A 1.00 0.11 0.00
266_P 124_D 1.00 0.11 0.00
816_S 244_G 1.00 0.11 0.00
655_P 99_D 1.00 0.11 0.00
824_A 314_Y 1.00 0.11 0.00
705_A 253_L 1.00 0.11 0.00
735_D 335_A 1.00 0.11 0.00
339_M 165_V 1.00 0.11 0.00
775_Y 74_A 1.00 0.11 0.00
837_A 242_H 1.00 0.11 0.00
634_D 88_I 1.00 0.11 0.00
286_L 47_F 1.00 0.11 0.00
593_A 160_G 1.00 0.11 0.00
715_W 243_A 1.00 0.11 0.00
802_Q 241_M 1.00 0.11 0.00
837_A 336_G 1.00 0.11 0.00
362_L 26_L 1.00 0.11 0.00
809_L 232_V 1.00 0.11 0.00
788_S 109_F 1.00 0.11 0.00
192_D 287_Q 0.99 0.11 0.00
367_W 190_L 0.99 0.11 0.00
633_E 28_F 0.99 0.11 0.00
404_S 294_L 0.99 0.11 0.00
763_P 242_H 0.99 0.11 0.00
570_E 68_W 0.99 0.11 0.00
743_H 328_K 0.99 0.11 0.00
556_V 453_V 0.99 0.11 0.00
792_Q 323_L 0.99 0.11 0.00
600_G 313_A 0.99 0.11 0.00
710_E 253_L 0.99 0.11 0.00
203_R 285_L 0.99 0.11 0.00
594_L 294_L 0.99 0.11 0.00
779_V 74_A 0.99 0.11 0.00
769_W 305_M 0.99 0.11 0.00
710_E 90_R 0.99 0.11 0.00
629_M 14_F 0.99 0.11 0.00
763_P 294_L 0.99 0.11 0.00
444_L 296_G 0.99 0.11 0.00
838_P 247_N 0.98 0.10 0.00
585_S 214_V 0.98 0.10 0.00
507_A 316_A 0.98 0.10 0.00
291_A 209_L 0.98 0.10 0.00
640_A 263_G 0.98 0.10 0.00
829_L 259_L 0.98 0.10 0.00
717_L 305_M 0.98 0.10 0.00
687_L 139_L 0.98 0.10 0.00
759_I 74_A 0.98 0.10 0.00
211_W 324_H 0.98 0.10 0.00
752_S 233_A 0.98 0.10 0.00
297_E 56_L 0.98 0.10 0.00
788_S 325_G 0.98 0.10 0.00
236_A 411_A 0.98 0.10 0.00
575_L 151_V 0.98 0.10 0.00
321_L 430_F 0.98 0.10 0.00
705_A 289_D 0.98 0.10 0.00
363_W 321_L 0.97 0.10 0.00
708_W 243_A 0.97 0.10 0.00
495_E 242_H 0.97 0.10 0.00
779_V 248_A 0.97 0.10 0.00
813_P 248_A 0.97 0.10 0.00
743_H 244_G 0.97 0.10 0.00
763_P 298_T 0.97 0.10 0.00
781_P 48_P 0.97 0.10 0.00
611_L 253_L 0.97 0.10 0.00
495_E 244_G 0.97 0.10 0.00
816_S 328_K 0.97 0.10 0.00
715_W 329_A 0.97 0.10 0.00
846_L 342_H 0.97 0.10 0.00
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495_E 294_L 0.97 0.10 0.00
362_L 79_F 0.97 0.10 0.00
773_Q 98_G 0.97 0.10 0.00
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641_E 145_L 0.96 0.10 0.00
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737_E 215_I 0.85 0.08 0.00
262_L 165_V 0.85 0.08 0.00
723_F 324_H 0.85 0.08 0.00
339_M 345_S 0.85 0.08 0.00
420_I 122_S 0.85 0.08 0.00
530_P 213_A 0.85 0.08 0.00
259_E 163_F 0.85 0.08 0.00
788_S 300_G 0.85 0.08 0.00
594_L 305_M 0.85 0.08 0.00
838_P 332_F 0.85 0.08 0.00
227_E 35_L 0.85 0.08 0.00
784_Y 323_L 0.85 0.08 0.00
405_E 324_H 0.85 0.08 0.00
579_C 281_T 0.85 0.08 0.00
394_A 325_G 0.85 0.08 0.00
458_A 53_L 0.85 0.08 0.00
607_N 349_Y 0.85 0.08 0.00
672_M 137_A 0.85 0.08 0.00
829_L 23_I 0.85 0.08 0.00
52_P 305_M 0.85 0.08 0.00
648_E 121_L 0.85 0.08 0.00
817_V 71_D 0.85 0.08 0.00
363_W 331_L 0.85 0.08 0.00
759_I 239_A 0.85 0.08 0.00
429_P 247_N 0.85 0.08 0.00
723_F 328_K 0.85 0.08 0.00
636_V 395_S 0.85 0.08 0.00
184_I 289_D 0.85 0.08 0.00
680_N 296_G 0.85 0.08 0.00
593_A 289_D 0.85 0.08 0.00
772_L 229_D 0.85 0.08 0.00
788_S 85_G 0.85 0.08 0.00
567_D 274_S 0.85 0.08 0.00
647_D 329_A 0.85 0.08 0.00
781_P 296_G 0.85 0.08 0.00
572_F 218_A 0.85 0.08 0.00
792_Q 149_W 0.85 0.08 0.00
234_Q 53_L 0.84 0.08 0.00
638_A 47_F 0.84 0.08 0.00
651_W 105_Y 0.84 0.08 0.00
190_Y 277_V 0.84 0.08 0.00
592_A 69_H 0.84 0.08 0.00
687_L 297_S 0.84 0.08 0.00
733_D 138_G 0.84 0.08 0.00
577_V 66_G 0.84 0.08 0.00
589_P 135_T 0.84 0.08 0.00
639_A 297_S 0.84 0.08 0.00
363_W 325_G 0.84 0.08 0.00
619_E 368_G 0.84 0.08 0.00
206_G 168_F 0.84 0.08 0.00
489_T 251_I 0.84 0.08 0.00
716_G 312_G 0.84 0.08 0.00
367_W 323_L 0.84 0.08 0.00
74_V 116_A 0.84 0.08 0.00
631_I 111_F 0.84 0.08 0.00
672_M 87_I 0.84 0.08 0.00
410_Q 129_V 0.84 0.08 0.00
609_R 300_G 0.84 0.08 0.00
380_V 22_G 0.84 0.08 0.00
556_V 450_I 0.84 0.08 0.00
193_D 417_G 0.84 0.08 0.00
492_L 288_V 0.84 0.08 0.00
650_H 376_P 0.84 0.08 0.00
420_I 269_L 0.84 0.08 0.00
735_D 362_I 0.84 0.08 0.00
189_L 288_V 0.84 0.08 0.00
769_W 81_V 0.84 0.08 0.00
817_V 106_F 0.84 0.08 0.00
719_R 334_Q 0.84 0.08 0.00
724_I 295_V 0.84 0.08 0.00
658_S 400_V 0.84 0.08 0.00
663_E 345_S 0.84 0.08 0.00
300_L 83_A 0.84 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.69 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
1229 0.16 Nicole2903Ndh5 Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.00 Done
1228 0.09 Nicole2903Ndh5 Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.00 Done - Shared
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