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OPENSEQ.org
Nicole2903Ndh5
Genes: A B A+B
Length: 875 505 1344
Sequences: 231 135 123
Seq/Len: 0.26 0.27 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.08
2 0.00 0.00 0.09
5 0.00 0.00 0.09
10 0.01 0.01 0.09
20 0.01 0.01 0.09
100 0.01 0.01 0.09
∞ 0.03 0.02 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
639_A 96_L 1.97 0.37 0.00
436_G 84_I 1.89 0.34 0.00
569_T 309_C 1.74 0.27 0.00
444_L 233_A 1.70 0.26 0.00
42_W 109_F 1.65 0.24 0.00
443_S 312_G 1.65 0.24 0.00
555_K 266_S 1.60 0.22 0.00
817_V 102_Y 1.58 0.22 0.00
806_S 327_F 1.57 0.21 0.00
760_I 210_I 1.55 0.20 0.00
781_P 253_L 1.55 0.20 0.00
210_A 260_F 1.43 0.17 0.00
78_P 136_L 1.43 0.17 0.00
78_P 109_F 1.41 0.16 0.00
778_T 72_S 1.40 0.16 0.00
215_I 165_V 1.40 0.16 0.00
791_T 426_I 1.39 0.16 0.00
211_W 309_C 1.38 0.16 0.00
608_A 280_G 1.38 0.16 0.00
807_D 312_G 1.37 0.15 0.00
339_M 52_S 1.35 0.15 0.00
813_P 247_N 1.35 0.15 0.00
577_V 145_L 1.35 0.15 0.00
861_V 156_A 1.34 0.15 0.00
592_A 270_L 1.33 0.14 0.00
260_G 128_M 1.31 0.14 0.00
396_F 281_T 1.31 0.14 0.00
78_P 217_P 1.31 0.14 0.00
791_T 136_L 1.30 0.14 0.00
620_V 102_Y 1.29 0.14 0.00
505_M 210_I 1.29 0.14 0.00
679_A 460_S 1.29 0.14 0.00
208_Y 371_F 1.29 0.14 0.00
744_N 135_T 1.29 0.14 0.00
762_G 289_D 1.29 0.14 0.00
212_Q 300_G 1.29 0.14 0.00
495_E 298_T 1.29 0.13 0.00
495_E 301_Q 1.29 0.13 0.00
83_I 217_P 1.28 0.13 0.00
576_V 169_S 1.27 0.13 0.00
499_P 253_L 1.27 0.13 0.00
735_D 335_A 1.26 0.13 0.00
679_A 233_A 1.26 0.13 0.00
668_I 299_I 1.24 0.12 0.00
620_V 248_A 1.24 0.12 0.00
505_M 99_D 1.23 0.12 0.00
562_A 219_A 1.23 0.12 0.00
288_E 177_L 1.22 0.12 0.00
172_G 287_Q 1.22 0.12 0.00
802_Q 230_S 1.22 0.12 0.00
64_V 122_S 1.22 0.12 0.00
481_K 257_S 1.22 0.12 0.00
269_A 125_L 1.22 0.12 0.00
748_K 187_S 1.22 0.12 0.00
512_P 122_S 1.22 0.12 0.00
208_Y 131_F 1.22 0.12 0.00
612_A 388_L 1.21 0.12 0.00
391_S 335_A 1.21 0.12 0.00
594_L 132_W 1.21 0.12 0.00
549_G 257_S 1.20 0.12 0.00
620_V 106_F 1.20 0.12 0.00
720_N 258_P 1.19 0.11 0.00
420_I 210_I 1.19 0.11 0.00
494_P 310_A 1.19 0.11 0.00
631_I 175_M 1.18 0.11 0.00
705_A 276_S 1.18 0.11 0.00
231_G 233_A 1.18 0.11 0.00
620_V 247_N 1.18 0.11 0.00
710_E 253_L 1.18 0.11 0.00
710_E 289_D 1.17 0.11 0.00
651_W 231_I 1.17 0.11 0.00
639_A 121_L 1.17 0.11 0.00
600_G 74_A 1.17 0.11 0.00
720_N 479_Y 1.17 0.11 0.00
490_S 461_A 1.17 0.11 0.00
496_L 316_A 1.17 0.11 0.00
366_A 255_R 1.16 0.11 0.00
847_N 128_M 1.16 0.11 0.00
619_E 108_L 1.16 0.11 0.00
563_L 237_V 1.16 0.11 0.00
493_L 327_F 1.16 0.11 0.00
567_D 241_M 1.16 0.11 0.00
705_A 289_D 1.15 0.11 0.00
762_G 286_V 1.15 0.11 0.00
802_Q 149_W 1.15 0.11 0.00
792_Q 143_I 1.15 0.11 0.00
631_I 351_G 1.15 0.10 0.00
627_E 115_S 1.15 0.10 0.00
57_E 325_G 1.15 0.10 0.00
771_N 258_P 1.14 0.10 0.00
817_V 266_S 1.14 0.10 0.00
821_D 253_L 1.13 0.10 0.00
291_A 125_L 1.13 0.10 0.00
124_G 155_A 1.13 0.10 0.00
549_G 260_F 1.13 0.10 0.00
866_V 81_V 1.13 0.10 0.00
269_A 378_E 1.13 0.10 0.00
612_A 250_G 1.13 0.10 0.00
620_V 132_W 1.13 0.10 0.00
613_A 210_I 1.13 0.10 0.00
418_E 133_G 1.12 0.10 0.00
791_T 159_S 1.12 0.10 0.00
570_E 148_A 1.12 0.10 0.00
288_E 166_S 1.12 0.10 0.00
39_A 154_E 1.12 0.10 0.00
593_A 163_F 1.12 0.10 0.00
35_S 122_S 1.12 0.10 0.00
651_W 88_I 1.12 0.10 0.00
217_Y 476_A 1.11 0.10 0.00
364_L 241_M 1.11 0.10 0.00
735_D 191_T 1.11 0.10 0.00
509_S 439_F 1.11 0.10 0.00
617_L 246_V 1.11 0.10 0.00
554_E 128_M 1.11 0.10 0.00
679_A 268_I 1.10 0.10 0.00
429_P 281_T 1.10 0.10 0.00
808_L 303_G 1.10 0.10 0.00
289_Y 286_V 1.10 0.10 0.00
67_W 118_V 1.10 0.10 0.00
719_R 252_I 1.10 0.10 0.00
503_L 130_I 1.10 0.10 0.00
286_L 422_V 1.09 0.10 0.00
300_L 300_G 1.09 0.10 0.00
809_L 143_I 1.09 0.10 0.00
272_M 160_G 1.09 0.10 0.00
441_H 290_Y 1.09 0.10 0.00
620_V 246_V 1.08 0.10 0.00
269_A 111_F 1.08 0.09 0.00
791_T 164_L 1.08 0.09 0.00
338_Q 22_G 1.08 0.09 0.00
744_N 296_G 1.08 0.09 0.00
807_D 479_Y 1.08 0.09 0.00
446_I 326_L 1.08 0.09 0.00
51_N 423_Y 1.08 0.09 0.00
418_E 211_V 1.08 0.09 0.00
509_S 84_I 1.08 0.09 0.00
574_P 231_I 1.08 0.09 0.00
724_I 455_L 1.08 0.09 0.00
748_K 175_M 1.08 0.09 0.00
456_E 398_Q 1.08 0.09 0.00
709_S 223_F 1.08 0.09 0.00
491_L 310_A 1.08 0.09 0.00
124_G 409_R 1.08 0.09 0.00
47_F 434_L 1.08 0.09 0.00
449_K 215_I 1.07 0.09 0.00
507_A 308_Q 1.07 0.09 0.00
620_V 256_F 1.07 0.09 0.00
709_S 246_V 1.07 0.09 0.00
585_S 312_G 1.07 0.09 0.00
748_K 134_A 1.07 0.09 0.00
180_D 368_G 1.07 0.09 0.00
494_P 218_A 1.07 0.09 0.00
724_I 209_L 1.07 0.09 0.00
184_I 241_M 1.07 0.09 0.00
325_W 190_L 1.07 0.09 0.00
716_G 418_G 1.07 0.09 0.00
502_S 93_V 1.07 0.09 0.00
753_G 113_T 1.07 0.09 0.00
620_V 314_Y 1.06 0.09 0.00
772_L 229_D 1.06 0.09 0.00
716_G 247_N 1.06 0.09 0.00
720_N 398_Q 1.06 0.09 0.00
300_L 263_G 1.06 0.09 0.00
476_V 91_F 1.06 0.09 0.00
773_Q 98_G 1.06 0.09 0.00
184_I 327_F 1.06 0.09 0.00
810_A 255_R 1.06 0.09 0.00
788_S 300_G 1.06 0.09 0.00
474_H 81_V 1.06 0.09 0.00
735_D 257_S 1.06 0.09 0.00
806_S 102_Y 1.06 0.09 0.00
786_S 109_F 1.06 0.09 0.00
678_H 117_S 1.06 0.09 0.00
39_A 479_Y 1.06 0.09 0.00
558_Y 259_L 1.06 0.09 0.00
53_W 395_S 1.05 0.09 0.00
802_Q 325_G 1.05 0.09 0.00
705_A 103_R 1.05 0.09 0.00
573_A 322_I 1.05 0.09 0.00
509_S 326_L 1.05 0.09 0.00
183_V 362_I 1.05 0.09 0.00
290_L 311_L 1.05 0.09 0.00
802_Q 143_I 1.05 0.09 0.00
566_M 219_A 1.05 0.09 0.00
83_I 109_F 1.05 0.09 0.00
720_N 223_F 1.05 0.09 0.00
835_I 246_V 1.05 0.09 0.00
809_L 149_W 1.05 0.09 0.00
51_N 224_Q 1.05 0.09 0.00
845_L 103_R 1.05 0.09 0.00
53_W 310_A 1.05 0.09 0.00
710_E 364_S 1.05 0.09 0.00
250_P 312_G 1.05 0.09 0.00
640_A 386_L 1.05 0.09 0.00
484_K 386_L 1.04 0.09 0.00
396_F 164_L 1.04 0.09 0.00
791_T 140_T 1.04 0.09 0.00
801_M 327_F 1.04 0.09 0.00
846_L 253_L 1.04 0.09 0.00
218_D 98_G 1.04 0.09 0.00
186_W 308_Q 1.04 0.09 0.00
195_Q 56_L 1.04 0.09 0.00
861_V 421_F 1.04 0.09 0.00
487_V 240_I 1.04 0.09 0.00
41_L 135_T 1.04 0.09 0.00
447_I 252_I 1.04 0.09 0.00
299_A 279_I 1.04 0.09 0.00
711_I 306_L 1.04 0.09 0.00
725_I 76_L 1.04 0.09 0.00
436_G 266_S 1.03 0.09 0.00
620_V 435_H 1.03 0.09 0.00
208_Y 445_P 1.03 0.09 0.00
726_G 241_M 1.03 0.09 0.00
716_G 302_M 1.03 0.09 0.00
646_M 224_Q 1.03 0.09 0.00
578_I 419_A 1.03 0.09 0.00
720_N 430_F 1.03 0.09 0.00
795_T 280_G 1.03 0.09 0.00
662_Q 455_L 1.03 0.09 0.00
462_V 81_V 1.03 0.09 0.00
402_V 139_L 1.03 0.09 0.00
594_L 218_A 1.03 0.09 0.00
243_A 422_V 1.03 0.09 0.00
444_L 214_V 1.03 0.09 0.00
53_W 314_Y 1.02 0.09 0.00
122_Q 208_L 1.02 0.09 0.00
592_A 25_G 1.02 0.09 0.00
396_F 167_W 1.02 0.09 0.00
553_E 91_F 1.02 0.09 0.00
639_A 276_S 1.02 0.08 0.00
210_A 290_Y 1.02 0.08 0.00
649_L 122_S 1.02 0.08 0.00
788_S 246_V 1.02 0.08 0.00
786_S 215_I 1.02 0.08 0.00
709_S 212_L 1.02 0.08 0.00
211_W 221_W 1.02 0.08 0.00
74_V 308_Q 1.02 0.08 0.00
791_T 325_G 1.02 0.08 0.00
61_F 479_Y 1.02 0.08 0.00
64_V 72_S 1.02 0.08 0.00
578_I 176_W 1.02 0.08 0.00
490_S 401_A 1.02 0.08 0.00
711_I 209_L 1.02 0.08 0.00
767_A 166_S 1.02 0.08 0.00
366_A 71_D 1.02 0.08 0.00
611_L 253_L 1.02 0.08 0.00
410_Q 241_M 1.02 0.08 0.00
840_E 75_G 1.02 0.08 0.00
679_A 409_R 1.01 0.08 0.00
65_A 308_Q 1.01 0.08 0.00
560_R 172_F 1.01 0.08 0.00
718_A 98_G 1.01 0.08 0.00
604_G 287_Q 1.01 0.08 0.00
436_G 223_F 1.01 0.08 0.00
185_K 241_M 1.01 0.08 0.00
208_Y 134_A 1.01 0.08 0.00
85_S 189_V 1.01 0.08 0.00
484_K 285_L 1.01 0.08 0.00
804_N 305_M 1.01 0.08 0.00
490_S 395_S 1.01 0.08 0.00
271_M 314_Y 1.01 0.08 0.00
494_P 273_A 1.01 0.08 0.00
125_L 166_S 1.01 0.08 0.00
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60_P 87_I 0.85 0.06 0.00
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577_V 230_S 0.85 0.06 0.00
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300_L 462_L 0.85 0.06 0.00
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640_A 483_V 0.85 0.06 0.00
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602_A 314_Y 0.85 0.06 0.00
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112_I 417_G 0.85 0.06 0.00
674_T 165_V 0.85 0.06 0.00
167_I 467_A 0.85 0.06 0.00
210_A 420_A 0.85 0.06 0.00
333_L 31_P 0.85 0.06 0.00
679_A 96_L 0.85 0.06 0.00
23_Q 502_Q 0.85 0.06 0.00
786_S 434_L 0.85 0.06 0.00
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556_V 263_G 0.85 0.06 0.00
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600_G 266_S 0.85 0.06 0.00
821_D 250_G 0.85 0.06 0.00
794_V 139_L 0.85 0.06 0.00
817_V 106_F 0.85 0.06 0.00
710_E 223_F 0.85 0.06 0.00
588_N 303_G 0.85 0.06 0.00
221_L 250_G 0.85 0.06 0.00
681_A 335_A 0.85 0.06 0.00
720_N 312_G 0.85 0.06 0.00
232_W 417_G 0.85 0.06 0.00
560_R 166_S 0.85 0.06 0.00
556_V 259_L 0.85 0.06 0.00
101_L 171_F 0.85 0.06 0.00
493_L 102_Y 0.85 0.06 0.00
364_L 286_V 0.84 0.06 0.00
740_A 268_I 0.84 0.06 0.00
553_E 108_L 0.84 0.06 0.00
444_L 427_H 0.84 0.06 0.00
835_I 87_I 0.84 0.06 0.00
207_F 216_I 0.84 0.06 0.00
735_D 187_S 0.84 0.06 0.00
791_T 143_I 0.84 0.06 0.00
575_L 200_G 0.84 0.06 0.00
196_A 255_R 0.84 0.06 0.00
219_S 250_G 0.84 0.06 0.00
705_A 126_R 0.84 0.06 0.00
856_V 315_I 0.84 0.06 0.00
45_S 475_F 0.84 0.06 0.00
258_L 186_L 0.84 0.06 0.00
199_K 334_Q 0.84 0.06 0.00
55_G 304_F 0.84 0.06 0.00
688_P 296_G 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
1229 0.16 Nicole2903Ndh5 Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.00 Done
1228 0.09 Nicole2903Ndh5 Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.00 Done - Shared
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