May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
vgrg_tssg
Genes: A B A+B
Length: 490 317 786
Sequences: 2322 857 678
Seq/Len: 4.74 2.7 0.86
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.06
2 0.02 0.00 0.22
5 0.04 0.00 0.39
10 0.05 0.00 0.63
20 0.08 0.00 0.84
100 0.11 0.02 0.88
∞ 0.20 0.11 0.97
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
356_I 237_I 1.21 0.48 0.00
220_L 78_S 1.20 0.48 0.00
63_Q 53_V 1.18 0.46 0.00
169_A 188_D 1.12 0.41 0.00
20_V 78_S 1.10 0.39 0.00
349_Y 169_R 1.08 0.37 0.00
226_A 55_A 1.08 0.37 0.00
368_A 56_L 1.07 0.36 0.00
349_Y 261_L 1.06 0.36 0.00
441_V 193_Q 1.06 0.36 0.00
169_A 301_F 1.05 0.35 0.00
44_Y 230_S 1.04 0.34 0.00
402_W 107_R 1.04 0.34 0.00
62_D 239_R 1.04 0.34 0.00
479_T 222_I 1.04 0.34 0.00
323_W 222_I 1.04 0.34 0.00
150_R 252_G 1.04 0.34 0.00
329_N 235_I 1.02 0.33 0.00
483_Q 53_V 0.99 0.30 0.00
131_L 270_M 0.98 0.29 0.00
49_A 10_Y 0.98 0.29 0.00
407_S 71_F 0.98 0.29 0.00
332_G 118_K 0.98 0.29 0.00
81_G 297_G 0.97 0.29 0.00
279_F 53_V 0.96 0.28 0.00
23_F 49_S 0.96 0.28 0.00
200_K 53_V 0.95 0.28 0.00
225_T 243_S 0.95 0.27 0.00
266_A 166_L 0.94 0.27 0.00
460_A 226_V 0.94 0.26 0.00
235_D 79_P 0.94 0.26 0.00
77_Q 33_E 0.92 0.25 0.00
351_N 40_F 0.92 0.25 0.00
228_V 204_S 0.92 0.25 0.00
381_V 14_Q 0.91 0.25 0.00
418_V 104_F 0.91 0.24 0.00
374_G 107_R 0.91 0.24 0.00
168_A 231_G 0.91 0.24 0.00
86_F 144_G 0.91 0.24 0.00
114_N 63_R 0.91 0.24 0.00
265_D 184_F 0.90 0.24 0.00
464_A 139_A 0.90 0.24 0.00
97_F 274_L 0.90 0.24 0.00
477_L 289_D 0.90 0.24 0.00
453_I 57_E 0.90 0.24 0.00
137_E 274_L 0.90 0.24 0.00
423_A 278_M 0.90 0.23 0.00
347_T 180_I 0.89 0.23 0.00
127_I 296_L 0.89 0.23 0.00
236_Y 248_F 0.89 0.23 0.00
286_Y 282_E 0.88 0.23 0.00
61_V 192_R 0.88 0.23 0.00
277_K 201_I 0.88 0.22 0.00
118_F 191_I 0.88 0.22 0.00
150_R 276_L 0.88 0.22 0.00
116_R 191_I 0.87 0.22 0.00
303_L 252_G 0.87 0.22 0.00
127_I 282_E 0.87 0.22 0.00
111_L 88_L 0.86 0.22 0.00
444_L 131_D 0.86 0.21 0.00
355_L 173_P 0.86 0.21 0.00
288_R 272_Y 0.86 0.21 0.00
389_Y 193_Q 0.86 0.21 0.00
61_V 191_I 0.85 0.21 0.00
473_T 166_L 0.85 0.21 0.00
120_Q 235_I 0.85 0.21 0.00
159_T 148_L 0.85 0.21 0.00
159_T 183_C 0.85 0.20 0.00
62_D 198_R 0.84 0.20 0.00
102_L 178_G 0.84 0.20 0.00
237_S 226_V 0.84 0.20 0.00
476_V 126_Q 0.84 0.20 0.00
99_S 235_I 0.84 0.20 0.00
285_E 300_S 0.84 0.20 0.00
459_H 86_E 0.84 0.20 0.00
481_T 288_L 0.84 0.20 0.00
164_L 143_L 0.83 0.20 0.00
25_G 237_I 0.83 0.20 0.00
472_K 40_F 0.83 0.20 0.00
444_L 70_F 0.83 0.20 0.00
62_D 219_D 0.83 0.20 0.00
457_T 208_A 0.83 0.20 0.00
126_I 233_F 0.83 0.20 0.00
209_G 47_G 0.83 0.20 0.00
362_W 79_P 0.83 0.19 0.00
165_H 96_Y 0.83 0.19 0.00
403_D 107_R 0.83 0.19 0.00
65_A 222_I 0.82 0.19 0.00
162_Q 6_N 0.82 0.19 0.00
450_Q 20_Q 0.82 0.19 0.00
489_E 131_D 0.82 0.19 0.00
176_S 180_I 0.82 0.19 0.00
241_P 80_L 0.82 0.19 0.00
215_P 245_F 0.82 0.19 0.00
168_A 126_Q 0.82 0.19 0.00
108_R 12_F 0.82 0.19 0.00
181_A 19_L 0.82 0.19 0.00
186_L 260_K 0.81 0.19 0.00
487_Y 110_N 0.81 0.19 0.00
64_T 229_C 0.81 0.19 0.00
308_R 189_V 0.81 0.19 0.00
318_A 293_N 0.81 0.19 0.00
48_L 79_P 0.81 0.18 0.00
298_S 199_V 0.81 0.18 0.00
375_P 133_F 0.81 0.18 0.00
381_V 53_V 0.81 0.18 0.00
170_E 252_G 0.81 0.18 0.00
405_Y 271_A 0.81 0.18 0.00
429_S 104_F 0.81 0.18 0.00
76_V 56_L 0.80 0.18 0.00
299_D 15_L 0.80 0.18 0.00
157_R 70_F 0.80 0.18 0.00
44_Y 193_Q 0.80 0.18 0.00
490_L 73_L 0.80 0.18 0.00
303_L 129_A 0.80 0.18 0.00
6_F 78_S 0.80 0.18 0.00
84_R 103_F 0.80 0.18 0.00
453_I 275_E 0.80 0.18 0.00
147_C 20_Q 0.80 0.18 0.00
125_E 123_V 0.79 0.18 0.00
437_H 114_R 0.79 0.17 0.00
82_I 55_A 0.79 0.17 0.00
443_F 53_V 0.79 0.17 0.00
61_V 53_V 0.79 0.17 0.00
351_N 118_K 0.79 0.17 0.00
285_E 10_Y 0.79 0.17 0.00
298_S 179_I 0.79 0.17 0.00
323_W 119_Y 0.79 0.17 0.00
359_H 66_M 0.79 0.17 0.00
406_S 242_R 0.79 0.17 0.00
151_E 40_F 0.79 0.17 0.00
330_H 118_K 0.79 0.17 0.00
395_R 209_L 0.79 0.17 0.00
337_A 118_K 0.79 0.17 0.00
298_S 273_D 0.78 0.17 0.00
150_R 79_P 0.78 0.17 0.00
320_N 79_P 0.78 0.17 0.00
327_Q 66_M 0.78 0.17 0.00
192_S 193_Q 0.78 0.17 0.00
476_V 78_S 0.78 0.17 0.00
396_V 74_S 0.78 0.17 0.00
198_L 16_V 0.78 0.17 0.00
475_T 85_L 0.78 0.17 0.00
350_S 243_S 0.78 0.17 0.00
50_S 131_D 0.78 0.17 0.00
191_S 278_M 0.78 0.17 0.00
127_I 66_M 0.78 0.17 0.00
389_Y 175_V 0.77 0.17 0.00
80_N 229_C 0.77 0.17 0.00
328_A 272_Y 0.77 0.17 0.00
67_L 224_E 0.77 0.17 0.00
367_C 188_D 0.77 0.17 0.00
423_A 73_L 0.77 0.16 0.00
364_A 103_F 0.77 0.16 0.00
479_T 240_L 0.77 0.16 0.00
150_R 80_L 0.77 0.16 0.00
298_S 288_L 0.77 0.16 0.00
101_T 303_G 0.77 0.16 0.00
217_V 285_L 0.77 0.16 0.00
53_S 5_G 0.77 0.16 0.00
241_P 94_G 0.76 0.16 0.00
51_A 274_L 0.76 0.16 0.00
20_V 118_K 0.76 0.16 0.00
233_L 191_I 0.76 0.16 0.00
381_V 230_S 0.76 0.16 0.00
102_L 90_T 0.76 0.16 0.00
470_D 237_I 0.76 0.16 0.00
242_A 51_S 0.76 0.16 0.00
119_Q 107_R 0.76 0.16 0.00
167_I 276_L 0.76 0.16 0.00
63_Q 64_W 0.76 0.16 0.00
394_G 171_R 0.76 0.16 0.00
464_A 116_W 0.76 0.16 0.00
436_G 75_G 0.76 0.16 0.00
229_S 16_V 0.76 0.16 0.00
419_A 115_V 0.75 0.16 0.00
372_V 172_S 0.75 0.16 0.00
470_D 262_V 0.75 0.16 0.00
42_F 206_Q 0.75 0.15 0.00
299_D 131_D 0.75 0.15 0.00
147_C 113_Y 0.75 0.15 0.00
159_T 256_Q 0.75 0.15 0.00
325_V 130_Q 0.75 0.15 0.00
417_R 116_W 0.75 0.15 0.00
452_I 182_H 0.75 0.15 0.00
188_F 18_L 0.75 0.15 0.00
239_K 57_E 0.75 0.15 0.00
381_V 195_V 0.75 0.15 0.00
479_T 255_Y 0.75 0.15 0.00
164_L 247_D 0.74 0.15 0.00
217_V 19_L 0.74 0.15 0.00
409_N 125_F 0.74 0.15 0.00
477_L 53_V 0.74 0.15 0.00
354_K 274_L 0.74 0.15 0.00
441_V 201_I 0.74 0.15 0.00
301_P 194_W 0.74 0.15 0.00
63_Q 289_D 0.74 0.15 0.00
288_R 114_R 0.74 0.15 0.00
377_I 278_M 0.74 0.15 0.00
41_G 230_S 0.74 0.15 0.00
476_V 111_L 0.74 0.15 0.00
139_Y 56_L 0.74 0.15 0.00
413_S 73_L 0.74 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1243 seconds.