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OPENSEQ.org
PR-FK
Genes: A B A+B
Length: 285 808 998
Sequences: 68 51 50
Seq/Len: 0.24 0.06 0.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.95
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.04
2 0.00 0.00 0.04
5 0.00 0.00 0.04
10 0.00 0.00 0.05
20 0.00 0.00 0.05
100 0.01 0.00 0.05
∞ 0.03 0.02 0.05
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
78_Y 104_G 1.66 0.17 0.00
222_Y 519_L 1.61 0.15 0.00
238_A 587_F 1.54 0.14 0.00
90_V 506_V 1.48 0.13 0.00
172_T 336_N 1.48 0.13 0.00
86_I 730_T 1.48 0.13 0.00
149_V 756_L 1.45 0.12 0.00
229_C 612_L 1.45 0.12 0.00
47_I 646_D 1.44 0.12 0.00
234_F 171_L 1.42 0.12 0.00
278_M 155_G 1.41 0.12 0.00
168_V 81_P 1.39 0.11 0.00
231_N 219_V 1.37 0.11 0.00
202_D 519_L 1.37 0.11 0.00
91_D 229_S 1.35 0.11 0.00
202_D 381_Q 1.33 0.10 0.00
119_T 219_V 1.32 0.10 0.00
185_V 70_A 1.30 0.10 0.00
90_V 93_R 1.30 0.10 0.00
47_I 69_Y 1.30 0.10 0.00
236_V 68_V 1.30 0.10 0.00
238_A 511_D 1.28 0.10 0.00
262_D 378_N 1.27 0.09 0.00
98_F 581_K 1.25 0.09 0.00
204_R 751_L 1.25 0.09 0.00
58_S 511_D 1.24 0.09 0.00
146_T 178_L 1.23 0.09 0.00
181_Q 620_S 1.23 0.09 0.00
160_Y 152_D 1.22 0.09 0.00
212_N 610_A 1.20 0.09 0.00
86_I 425_D 1.20 0.09 0.00
146_T 732_A 1.20 0.08 0.00
277_K 230_V 1.19 0.08 0.00
248_S 479_G 1.19 0.08 0.00
51_D 470_N 1.19 0.08 0.00
51_D 800_Y 1.19 0.08 0.00
91_D 468_E 1.19 0.08 0.00
250_C 68_V 1.19 0.08 0.00
204_R 356_Q 1.19 0.08 0.00
65_Q 753_V 1.19 0.08 0.00
80_Q 96_F 1.18 0.08 0.00
86_I 659_G 1.18 0.08 0.00
66_G 562_Y 1.18 0.08 0.00
172_T 600_Q 1.17 0.08 0.00
261_I 336_N 1.17 0.08 0.00
198_T 525_V 1.16 0.08 0.00
251_M 220_G 1.16 0.08 0.00
231_N 425_D 1.16 0.08 0.00
238_A 432_F 1.16 0.08 0.00
212_N 215_Q 1.15 0.08 0.00
204_R 454_G 1.15 0.08 0.00
244_R 694_L 1.15 0.08 0.00
197_D 454_G 1.15 0.08 0.00
100_V 399_G 1.14 0.08 0.00
86_I 239_P 1.14 0.08 0.00
186_L 687_I 1.14 0.08 0.00
86_I 671_N 1.14 0.08 0.00
152_R 624_S 1.13 0.08 0.00
239_N 760_D 1.12 0.08 0.00
146_T 582_R 1.12 0.08 0.00
62_E 500_R 1.12 0.08 0.00
218_A 112_D 1.12 0.08 0.00
121_A 522_E 1.12 0.07 0.00
57_S 568_N 1.12 0.07 0.00
47_I 516_N 1.12 0.07 0.00
261_I 205_A 1.11 0.07 0.00
218_A 149_A 1.11 0.07 0.00
81_P 330_T 1.11 0.07 0.00
240_G 623_R 1.10 0.07 0.00
163_P 209_K 1.10 0.07 0.00
219_Q 472_I 1.10 0.07 0.00
206_R 546_V 1.10 0.07 0.00
49_F 206_Y 1.10 0.07 0.00
100_V 223_P 1.10 0.07 0.00
74_G 573_P 1.10 0.07 0.00
212_N 462_L 1.10 0.07 0.00
201_E 471_A 1.10 0.07 0.00
121_A 571_M 1.10 0.07 0.00
233_D 124_R 1.10 0.07 0.00
102_V 181_D 1.10 0.07 0.00
102_V 505_Q 1.10 0.07 0.00
98_F 515_N 1.10 0.07 0.00
86_I 69_Y 1.09 0.07 0.00
44_N 158_P 1.09 0.07 0.00
216_V 182_T 1.09 0.07 0.00
225_S 345_R 1.09 0.07 0.00
74_G 581_K 1.09 0.07 0.00
179_L 230_V 1.09 0.07 0.00
44_N 422_I 1.08 0.07 0.00
51_D 130_K 1.08 0.07 0.00
139_F 220_G 1.08 0.07 0.00
225_S 234_L 1.08 0.07 0.00
274_C 576_V 1.08 0.07 0.00
274_C 612_L 1.08 0.07 0.00
255_F 566_F 1.08 0.07 0.00
213_G 581_K 1.08 0.07 0.00
172_T 251_F 1.07 0.07 0.00
81_P 514_A 1.07 0.07 0.00
146_T 578_F 1.07 0.07 0.00
248_S 357_E 1.07 0.07 0.00
256_E 328_F 1.07 0.07 0.00
78_Y 128_D 1.06 0.07 0.00
153_E 161_Y 1.06 0.07 0.00
50_A 86_R 1.06 0.07 0.00
279_T 702_M 1.06 0.07 0.00
197_D 625_R 1.06 0.07 0.00
44_N 767_W 1.06 0.07 0.00
213_G 66_W 1.06 0.07 0.00
100_V 224_W 1.06 0.07 0.00
146_T 191_G 1.05 0.07 0.00
133_G 742_P 1.05 0.07 0.00
231_N 78_Y 1.05 0.07 0.00
89_T 576_V 1.05 0.07 0.00
242_P 757_A 1.05 0.07 0.00
181_Q 708_L 1.04 0.07 0.00
74_G 564_L 1.04 0.07 0.00
217_N 65_P 1.04 0.07 0.00
129_F 678_L 1.04 0.07 0.00
196_V 799_Y 1.04 0.07 0.00
113_I 109_I 1.04 0.07 0.00
127_L 156_N 1.04 0.07 0.00
102_V 247_G 1.04 0.07 0.00
252_A 471_A 1.03 0.07 0.00
129_F 336_N 1.03 0.07 0.00
224_V 321_L 1.03 0.07 0.00
222_Y 65_P 1.03 0.07 0.00
219_Q 371_P 1.03 0.07 0.00
273_S 207_I 1.03 0.07 0.00
231_N 753_V 1.03 0.07 0.00
220_Y 573_P 1.03 0.07 0.00
275_L 191_G 1.03 0.07 0.00
57_S 468_E 1.03 0.07 0.00
90_V 553_D 1.03 0.07 0.00
118_P 500_R 1.03 0.07 0.00
92_G 501_L 1.02 0.07 0.00
90_V 492_N 1.02 0.07 0.00
132_F 794_S 1.02 0.07 0.00
160_Y 711_I 1.02 0.07 0.00
229_C 576_V 1.02 0.06 0.00
191_R 73_N 1.02 0.06 0.00
149_V 441_V 1.02 0.06 0.00
86_I 518_V 1.02 0.06 0.00
101_R 521_A 1.02 0.06 0.00
159_T 186_Y 1.02 0.06 0.00
280_V 102_K 1.02 0.06 0.00
98_F 88_K 1.01 0.06 0.00
211_A 206_Y 1.01 0.06 0.00
220_Y 228_D 1.01 0.06 0.00
278_M 63_A 1.01 0.06 0.00
102_V 714_Y 1.01 0.06 0.00
262_D 124_R 1.01 0.06 0.00
220_Y 66_W 1.01 0.06 0.00
203_I 328_F 1.01 0.06 0.00
53_T 65_P 1.01 0.06 0.00
169_S 744_R 1.01 0.06 0.00
100_V 692_N 1.01 0.06 0.00
126_K 739_T 1.01 0.06 0.00
177_R 67_I 1.01 0.06 0.00
185_V 75_I 1.01 0.06 0.00
168_V 430_V 1.01 0.06 0.00
35_G 383_T 1.01 0.06 0.00
154_P 482_R 1.01 0.06 0.00
266_L 606_R 1.01 0.06 0.00
156_A 475_V 1.00 0.06 0.00
175_T 781_L 1.00 0.06 0.00
102_V 519_L 1.00 0.06 0.00
246_F 68_V 1.00 0.06 0.00
74_G 515_N 1.00 0.06 0.00
206_R 474_L 1.00 0.06 0.00
139_F 99_L 1.00 0.06 0.00
86_I 606_R 1.00 0.06 0.00
229_C 777_R 1.00 0.06 0.00
186_L 595_D 1.00 0.06 0.00
212_N 521_A 1.00 0.06 0.00
245_D 479_G 1.00 0.06 0.00
201_E 754_R 1.00 0.06 0.00
212_N 593_V 1.00 0.06 0.00
45_Q 221_R 0.99 0.06 0.00
131_T 246_M 0.99 0.06 0.00
226_H 597_L 0.99 0.06 0.00
235_P 719_E 0.99 0.06 0.00
52_S 596_S 0.99 0.06 0.00
100_V 524_L 0.99 0.06 0.00
240_G 139_P 0.99 0.06 0.00
118_P 130_K 0.99 0.06 0.00
98_F 111_Y 0.98 0.06 0.00
66_G 468_E 0.98 0.06 0.00
186_L 72_R 0.98 0.06 0.00
133_G 710_L 0.98 0.06 0.00
252_A 398_V 0.98 0.06 0.00
87_R 163_A 0.98 0.06 0.00
238_A 238_A 0.98 0.06 0.00
102_V 518_V 0.98 0.06 0.00
61_W 136_G 0.98 0.06 0.00
61_W 137_W 0.98 0.06 0.00
61_W 236_G 0.98 0.06 0.00
61_W 237_W 0.98 0.06 0.00
61_W 339_G 0.98 0.06 0.00
61_W 358_N 0.98 0.06 0.00
61_W 476_G 0.98 0.06 0.00
61_W 574_G 0.98 0.06 0.00
61_W 579_P 0.98 0.06 0.00
61_W 683_E 0.98 0.06 0.00
82_G 136_G 0.98 0.06 0.00
82_G 137_W 0.98 0.06 0.00
82_G 236_G 0.98 0.06 0.00
82_G 237_W 0.98 0.06 0.00
82_G 339_G 0.98 0.06 0.00
82_G 358_N 0.98 0.06 0.00
82_G 476_G 0.98 0.06 0.00
82_G 574_G 0.98 0.06 0.00
82_G 579_P 0.98 0.06 0.00
82_G 683_E 0.98 0.06 0.00
84_Y 136_G 0.98 0.06 0.00
84_Y 137_W 0.98 0.06 0.00
84_Y 236_G 0.98 0.06 0.00
84_Y 237_W 0.98 0.06 0.00
84_Y 339_G 0.98 0.06 0.00
84_Y 358_N 0.98 0.06 0.00
84_Y 476_G 0.98 0.06 0.00
84_Y 574_G 0.98 0.06 0.00
84_Y 579_P 0.98 0.06 0.00
84_Y 683_E 0.98 0.06 0.00
125_E 136_G 0.98 0.06 0.00
125_E 137_W 0.98 0.06 0.00
125_E 236_G 0.98 0.06 0.00
125_E 237_W 0.98 0.06 0.00
125_E 339_G 0.98 0.06 0.00
125_E 358_N 0.98 0.06 0.00
125_E 476_G 0.98 0.06 0.00
125_E 574_G 0.98 0.06 0.00
125_E 579_P 0.98 0.06 0.00
125_E 683_E 0.98 0.06 0.00
141_W 136_G 0.98 0.06 0.00
141_W 137_W 0.98 0.06 0.00
141_W 236_G 0.98 0.06 0.00
141_W 237_W 0.98 0.06 0.00
141_W 339_G 0.98 0.06 0.00
141_W 358_N 0.98 0.06 0.00
141_W 476_G 0.98 0.06 0.00
141_W 574_G 0.98 0.06 0.00
141_W 579_P 0.98 0.06 0.00
141_W 683_E 0.98 0.06 0.00
143_F 136_G 0.98 0.06 0.00
143_F 137_W 0.98 0.06 0.00
143_F 236_G 0.98 0.06 0.00
143_F 237_W 0.98 0.06 0.00
143_F 339_G 0.98 0.06 0.00
143_F 358_N 0.98 0.06 0.00
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143_F 579_P 0.98 0.06 0.00
143_F 683_E 0.98 0.06 0.00
144_G 136_G 0.98 0.06 0.00
144_G 137_W 0.98 0.06 0.00
144_G 236_G 0.98 0.06 0.00
144_G 237_W 0.98 0.06 0.00
144_G 339_G 0.98 0.06 0.00
144_G 358_N 0.98 0.06 0.00
144_G 476_G 0.98 0.06 0.00
144_G 574_G 0.98 0.06 0.00
144_G 579_P 0.98 0.06 0.00
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147_G 562_Y 0.89 0.05 0.00
238_A 798_T 0.89 0.05 0.00
38_P 571_M 0.89 0.05 0.00
266_L 372_Y 0.89 0.05 0.00
47_I 106_L 0.89 0.05 0.00
238_A 243_L 0.89 0.05 0.00
160_Y 428_R 0.89 0.05 0.00
222_Y 714_Y 0.89 0.05 0.00
274_C 94_D 0.89 0.05 0.00
38_P 589_L 0.89 0.05 0.00
74_G 111_Y 0.89 0.05 0.00
129_F 596_S 0.89 0.05 0.00
122_Y 472_I 0.89 0.05 0.00
280_V 336_N 0.89 0.05 0.00
206_R 214_R 0.89 0.05 0.00
231_N 494_L 0.89 0.05 0.00
263_A 623_R 0.89 0.05 0.00
131_T 517_Y 0.89 0.05 0.00
46_P 185_L 0.89 0.05 0.00
90_V 623_R 0.89 0.05 0.00
117_G 103_N 0.89 0.05 0.00
239_N 178_L 0.89 0.05 0.00
162_K 319_W 0.89 0.05 0.00
280_V 562_Y 0.89 0.05 0.00
73_K 732_A 0.88 0.05 0.00
204_R 678_L 0.88 0.05 0.00
231_N 141_S 0.88 0.05 0.00
238_A 605_T 0.88 0.05 0.00
195_P 104_G 0.88 0.05 0.00
122_Y 694_L 0.88 0.05 0.00
212_N 553_D 0.88 0.05 0.00
179_L 406_G 0.88 0.05 0.00
181_Q 143_F 0.88 0.05 0.00
51_D 378_N 0.88 0.05 0.00
117_G 156_N 0.88 0.05 0.00
228_L 720_Q 0.88 0.05 0.00
56_A 374_G 0.88 0.05 0.00
196_V 762_V 0.88 0.05 0.00
78_Y 380_V 0.88 0.05 0.00
179_L 157_Q 0.88 0.05 0.00
53_T 113_P 0.88 0.05 0.00
276_T 562_Y 0.88 0.05 0.00
202_D 332_S 0.88 0.05 0.00
179_L 693_H 0.88 0.05 0.00
192_F 572_S 0.88 0.05 0.00
225_S 193_Q 0.88 0.05 0.00
221_S 512_T 0.88 0.05 0.00
53_T 130_K 0.88 0.05 0.00
218_A 176_P 0.88 0.05 0.00
158_Y 578_F 0.88 0.05 0.00
193_T 516_N 0.88 0.05 0.00
59_W 732_A 0.88 0.05 0.00
134_A 334_V 0.88 0.05 0.00
57_S 708_L 0.88 0.05 0.00
108_R 187_T 0.87 0.05 0.00
192_F 361_Y 0.87 0.05 0.00
34_A 515_N 0.87 0.05 0.00
204_R 754_R 0.87 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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