May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
FtsWSaPBP1
Genes: A B A+B
Length: 400 744 953
Sequences: 3382 878 254
Seq/Len: 8.46 1.18 0.27
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.20 0.00
2 0.01 0.20 0.01
5 0.01 0.20 0.20
10 0.01 0.20 0.22
20 0.01 0.21 0.22
100 0.04 0.21 0.32
∞ 0.13 0.22 0.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
49_F 178_S 1.61 0.46 0.00
61_A 360_P 1.56 0.43 0.00
358_I 582_L 1.48 0.38 0.00
313_F 406_A 1.45 0.36 0.00
130_I 239_D 1.41 0.34 0.00
244_D 161_I 1.37 0.31 0.00
242_W 394_F 1.37 0.31 0.00
193_S 275_A 1.31 0.28 0.00
379_I 454_N 1.31 0.28 0.00
290_S 553_A 1.31 0.28 0.00
128_I 236_R 1.28 0.26 0.00
265_S 79_D 1.27 0.26 0.00
177_G 294_G 1.27 0.26 0.00
134_A 214_L 1.26 0.26 0.00
69_F 157_N 1.25 0.25 0.00
255_H 166_E 1.25 0.25 0.00
291_V 235_K 1.24 0.24 0.00
268_L 153_I 1.24 0.24 0.00
269_L 555_M 1.22 0.23 0.00
290_S 363_L 1.20 0.23 0.00
193_S 484_K 1.20 0.23 0.00
34_L 277_T 1.19 0.22 0.00
49_F 335_K 1.19 0.22 0.00
303_I 360_P 1.19 0.22 0.00
37_N 310_Y 1.18 0.22 0.00
362_F 52_N 1.18 0.22 0.00
139_R 181_I 1.17 0.21 0.00
370_L 242_L 1.17 0.21 0.00
119_I 416_L 1.15 0.20 0.00
298_F 310_Y 1.15 0.20 0.00
189_V 551_V 1.15 0.20 0.00
137_V 174_G 1.14 0.20 0.00
322_I 484_K 1.14 0.20 0.00
285_T 294_G 1.14 0.20 0.00
24_T 465_F 1.13 0.20 0.00
42_G 304_D 1.13 0.20 0.00
34_L 128_L 1.13 0.19 0.00
119_I 47_L 1.11 0.19 0.00
359_P 426_S 1.11 0.19 0.00
130_I 178_S 1.11 0.19 0.00
110_S 79_D 1.11 0.19 0.00
78_Y 239_D 1.10 0.18 0.00
200_L 178_S 1.10 0.18 0.00
49_F 574_F 1.10 0.18 0.00
174_N 88_V 1.10 0.18 0.00
360_L 538_F 1.10 0.18 0.00
338_L 26_F 1.10 0.18 0.00
334_F 564_E 1.09 0.18 0.00
75_I 546_N 1.09 0.18 0.00
235_Q 517_A 1.09 0.18 0.00
305_I 557_L 1.09 0.18 0.00
165_V 349_S 1.08 0.17 0.00
318_L 633_I 1.08 0.17 0.00
253_G 160_G 1.07 0.17 0.00
308_F 279_E 1.07 0.17 0.00
290_S 625_V 1.07 0.17 0.00
61_A 342_D 1.07 0.17 0.00
171_L 577_I 1.06 0.17 0.00
189_V 121_P 1.06 0.17 0.00
31_F 199_V 1.06 0.17 0.00
131_L 511_E 1.06 0.17 0.00
33_V 633_I 1.05 0.17 0.00
110_S 216_Y 1.05 0.16 0.00
349_T 355_G 1.04 0.16 0.00
130_I 546_N 1.04 0.16 0.00
306_L 480_D 1.03 0.16 0.00
377_I 80_V 1.03 0.16 0.00
174_N 222_G 1.03 0.16 0.00
269_L 199_V 1.03 0.16 0.00
298_F 38_I 1.03 0.16 0.00
49_F 35_Y 1.03 0.16 0.00
269_L 290_N 1.03 0.16 0.00
108_A 615_D 1.03 0.16 0.00
197_W 470_K 1.02 0.15 0.00
304_L 412_W 1.02 0.15 0.00
26_A 611_Q 1.02 0.15 0.00
200_L 360_P 1.02 0.15 0.00
298_F 444_D 1.02 0.15 0.00
23_A 449_K 1.01 0.15 0.00
132_A 414_N 1.01 0.15 0.00
326_F 474_G 1.01 0.15 0.00
369_A 361_M 1.01 0.15 0.00
234_Y 432_V 1.01 0.15 0.00
312_I 406_A 1.01 0.15 0.00
253_G 311_E 1.01 0.15 0.00
342_I 536_V 1.01 0.15 0.00
176_L 517_A 1.01 0.15 0.00
340_F 163_L 1.01 0.15 0.00
153_L 134_F 1.01 0.15 0.00
343_L 283_Y 1.01 0.15 0.00
108_A 296_D 1.01 0.15 0.00
235_Q 275_A 1.00 0.15 0.00
346_I 213_S 1.00 0.15 0.00
183_A 225_A 1.00 0.15 0.00
383_I 358_E 1.00 0.15 0.00
342_I 535_F 1.00 0.15 0.00
313_F 85_L 0.99 0.14 0.00
320_A 204_D 0.99 0.14 0.00
52_R 466_Y 0.99 0.14 0.00
383_I 616_N 0.99 0.14 0.00
134_A 121_P 0.99 0.14 0.00
123_E 348_I 0.99 0.14 0.00
359_P 421_S 0.99 0.14 0.00
299_I 26_F 0.99 0.14 0.00
59_L 45_Q 0.99 0.14 0.00
110_S 142_G 0.98 0.14 0.00
21_L 359_I 0.98 0.14 0.00
183_A 289_F 0.98 0.14 0.00
347_G 29_L 0.98 0.14 0.00
323_E 306_Y 0.97 0.14 0.00
256_L 290_N 0.97 0.14 0.00
261_K 535_F 0.97 0.14 0.00
66_I 280_I 0.97 0.14 0.00
187_A 109_T 0.97 0.14 0.00
311_L 542_A 0.97 0.14 0.00
127_I 633_I 0.97 0.14 0.00
236_M 569_G 0.97 0.14 0.00
28_L 148_Q 0.97 0.14 0.00
263_I 59_N 0.97 0.14 0.00
290_S 157_N 0.97 0.14 0.00
302_V 30_V 0.97 0.14 0.00
46_S 277_T 0.97 0.14 0.00
49_F 145_L 0.96 0.14 0.00
77_H 127_R 0.96 0.14 0.00
134_A 551_V 0.96 0.14 0.00
291_V 403_D 0.96 0.14 0.00
130_I 563_Q 0.96 0.13 0.00
133_L 149_D 0.96 0.13 0.00
194_G 37_M 0.96 0.13 0.00
376_G 452_F 0.96 0.13 0.00
114_F 236_R 0.96 0.13 0.00
304_L 302_A 0.95 0.13 0.00
301_S 586_N 0.95 0.13 0.00
70_I 268_L 0.95 0.13 0.00
346_I 32_R 0.95 0.13 0.00
256_L 427_T 0.95 0.13 0.00
67_I 63_P 0.95 0.13 0.00
192_V 633_I 0.95 0.13 0.00
208_I 440_A 0.95 0.13 0.00
101_I 82_R 0.95 0.13 0.00
311_L 510_V 0.95 0.13 0.00
254_Y 268_L 0.95 0.13 0.00
33_V 597_A 0.94 0.13 0.00
281_P 160_G 0.94 0.13 0.00
134_A 282_A 0.94 0.13 0.00
181_V 290_N 0.94 0.13 0.00
312_I 251_F 0.94 0.13 0.00
340_F 617_V 0.94 0.13 0.00
142_Q 459_P 0.94 0.13 0.00
263_I 69_Y 0.94 0.13 0.00
311_L 181_I 0.94 0.13 0.00
179_T 427_T 0.94 0.13 0.00
49_F 63_P 0.94 0.13 0.00
332_V 120_K 0.94 0.13 0.00
193_S 471_Q 0.94 0.13 0.00
280_I 89_I 0.94 0.13 0.00
203_I 471_Q 0.94 0.13 0.00
59_L 452_F 0.94 0.13 0.00
83_Y 571_S 0.94 0.13 0.00
256_L 263_Y 0.94 0.13 0.00
29_A 241_H 0.93 0.13 0.00
304_L 94_N 0.93 0.13 0.00
129_L 358_E 0.93 0.13 0.00
353_L 452_F 0.93 0.13 0.00
72_P 403_D 0.93 0.12 0.00
108_A 180_L 0.93 0.12 0.00
61_A 148_Q 0.93 0.12 0.00
190_M 604_D 0.93 0.12 0.00
174_N 37_M 0.93 0.12 0.00
254_Y 217_I 0.93 0.12 0.00
77_H 199_V 0.93 0.12 0.00
164_L 29_L 0.93 0.12 0.00
92_G 511_E 0.93 0.12 0.00
318_L 587_V 0.93 0.12 0.00
50_G 422_S 0.93 0.12 0.00
377_I 399_K 0.93 0.12 0.00
158_K 236_R 0.93 0.12 0.00
34_L 235_K 0.93 0.12 0.00
372_S 325_I 0.92 0.12 0.00
159_I 610_K 0.92 0.12 0.00
101_I 315_T 0.92 0.12 0.00
110_S 552_Y 0.92 0.12 0.00
259_S 398_T 0.92 0.12 0.00
122_S 113_L 0.92 0.12 0.00
70_I 50_K 0.92 0.12 0.00
24_T 459_P 0.92 0.12 0.00
49_F 361_M 0.92 0.12 0.00
84_F 465_F 0.92 0.12 0.00
132_A 504_R 0.92 0.12 0.00
124_F 322_A 0.92 0.12 0.00
52_R 582_L 0.91 0.12 0.00
39_A 116_V 0.91 0.12 0.00
66_I 126_K 0.91 0.12 0.00
173_Q 199_V 0.91 0.12 0.00
54_I 44_G 0.91 0.12 0.00
26_A 319_Y 0.91 0.12 0.00
46_S 449_K 0.91 0.12 0.00
260_L 244_I 0.91 0.12 0.00
343_L 588_G 0.91 0.12 0.00
31_F 166_E 0.91 0.12 0.00
313_F 32_R 0.91 0.12 0.00
110_S 554_G 0.91 0.12 0.00
323_E 338_S 0.91 0.12 0.00
176_L 216_Y 0.91 0.12 0.00
189_V 158_L 0.91 0.12 0.00
285_T 82_R 0.91 0.12 0.00
205_I 24_L 0.91 0.12 0.00
65_G 577_I 0.91 0.12 0.00
353_L 197_L 0.91 0.12 0.00
83_Y 577_I 0.90 0.12 0.00
314_H 77_A 0.90 0.12 0.00
323_E 255_A 0.90 0.12 0.00
304_L 45_Q 0.90 0.12 0.00
31_F 274_D 0.90 0.12 0.00
69_F 374_M 0.90 0.12 0.00
52_R 510_V 0.90 0.12 0.00
273_Y 505_I 0.90 0.12 0.00
327_N 401_M 0.90 0.12 0.00
139_R 18_L 0.90 0.12 0.00
326_F 379_L 0.90 0.12 0.00
290_S 305_L 0.90 0.12 0.00
318_L 120_K 0.90 0.12 0.00
175_D 88_V 0.90 0.12 0.00
310_F 581_T 0.90 0.12 0.00
358_I 280_I 0.89 0.12 0.00
124_F 250_V 0.89 0.12 0.00
70_I 612_K 0.89 0.12 0.00
49_F 50_K 0.89 0.11 0.00
29_A 127_R 0.89 0.11 0.00
65_G 442_F 0.89 0.11 0.00
191_L 557_L 0.89 0.11 0.00
177_G 338_S 0.89 0.11 0.00
131_L 52_N 0.89 0.11 0.00
235_Q 234_P 0.89 0.11 0.00
362_F 626_T 0.89 0.11 0.00
29_A 633_I 0.89 0.11 0.00
177_G 88_V 0.89 0.11 0.00
269_L 632_Q 0.89 0.11 0.00
107_G 535_F 0.88 0.11 0.00
273_Y 32_R 0.88 0.11 0.00
144_T 36_I 0.88 0.11 0.00
120_Q 355_G 0.88 0.11 0.00
271_K 257_D 0.88 0.11 0.00
37_N 35_Y 0.88 0.11 0.00
204_F 483_E 0.88 0.11 0.00
110_S 308_N 0.88 0.11 0.00
70_I 28_I 0.88 0.11 0.00
174_N 304_D 0.88 0.11 0.00
137_V 554_G 0.88 0.11 0.00
165_V 204_D 0.88 0.11 0.00
299_I 244_I 0.88 0.11 0.00
64_A 180_L 0.88 0.11 0.00
119_I 535_F 0.88 0.11 0.00
75_I 121_P 0.88 0.11 0.00
340_F 577_I 0.88 0.11 0.00
374_M 293_T 0.87 0.11 0.00
189_V 465_F 0.87 0.11 0.00
273_Y 15_A 0.87 0.11 0.00
334_F 380_V 0.87 0.11 0.00
120_Q 200_E 0.87 0.11 0.00
264_G 376_L 0.87 0.11 0.00
309_L 585_L 0.87 0.11 0.00
332_V 29_L 0.87 0.11 0.00
34_L 25_L 0.87 0.11 0.00
59_L 234_P 0.87 0.11 0.00
208_I 114_S 0.87 0.11 0.00
170_I 287_P 0.87 0.11 0.00
49_F 457_E 0.87 0.11 0.00
25_I 84_K 0.87 0.11 0.00
172_L 440_A 0.87 0.11 0.00
306_L 17_L 0.87 0.11 0.00
304_L 609_D 0.87 0.11 0.00
335_V 217_I 0.87 0.11 0.00
342_I 274_D 0.86 0.11 0.00
374_M 548_K 0.86 0.11 0.00
335_V 178_S 0.86 0.11 0.00
242_W 583_K 0.86 0.11 0.00
106_N 483_E 0.86 0.11 0.00
56_Y 142_G 0.86 0.11 0.00
252_D 631_T 0.86 0.11 0.00
306_L 341_R 0.86 0.11 0.00
350_I 36_I 0.86 0.11 0.00
28_L 483_E 0.86 0.11 0.00
65_G 390_E 0.86 0.11 0.00
109_K 173_N 0.86 0.11 0.00
181_V 221_W 0.86 0.11 0.00
264_G 76_L 0.86 0.11 0.00
173_Q 456_V 0.86 0.11 0.00
190_M 589_K 0.86 0.11 0.00
83_Y 175_N 0.86 0.11 0.00
310_F 477_I 0.86 0.11 0.00
184_A 31_L 0.86 0.11 0.00
379_I 279_E 0.86 0.11 0.00
376_G 176_F 0.86 0.11 0.00
61_A 264_Q 0.86 0.11 0.00
329_I 47_L 0.86 0.11 0.00
83_Y 268_L 0.86 0.11 0.00
174_N 57_V 0.86 0.11 0.00
53_Q 280_I 0.86 0.11 0.00
301_S 176_F 0.86 0.11 0.00
268_L 22_F 0.86 0.11 0.00
33_V 501_A 0.85 0.10 0.00
369_A 605_V 0.85 0.10 0.00
58_I 585_L 0.85 0.10 0.00
172_L 17_L 0.85 0.10 0.00
130_I 477_I 0.85 0.10 0.00
119_I 569_G 0.85 0.10 0.00
319_A 493_V 0.85 0.10 0.00
46_S 288_T 0.85 0.10 0.00
138_S 310_Y 0.85 0.10 0.00
234_Y 430_T 0.85 0.10 0.00
342_I 423_F 0.85 0.10 0.00
233_L 318_S 0.85 0.10 0.00
256_L 374_M 0.85 0.10 0.00
151_S 545_K 0.85 0.10 0.00
207_G 343_I 0.85 0.10 0.00
205_I 472_I 0.85 0.10 0.00
290_S 45_Q 0.85 0.10 0.00
219_L 545_K 0.85 0.10 0.00
197_W 174_G 0.85 0.10 0.00
108_A 135_Q 0.85 0.10 0.00
342_I 32_R 0.85 0.10 0.00
39_A 607_G 0.85 0.10 0.00
309_L 390_E 0.85 0.10 0.00
279_Y 436_Q 0.85 0.10 0.00
133_L 277_T 0.85 0.10 0.00
325_Q 199_V 0.85 0.10 0.00
200_L 396_K 0.85 0.10 0.00
379_I 145_L 0.84 0.10 0.00
26_A 323_A 0.84 0.10 0.00
331_I 85_L 0.84 0.10 0.00
247_T 178_S 0.84 0.10 0.00
293_G 482_A 0.84 0.10 0.00
164_L 179_H 0.84 0.10 0.00
189_V 548_K 0.84 0.10 0.00
49_F 75_V 0.84 0.10 0.00
173_Q 379_L 0.84 0.10 0.00
53_Q 253_E 0.84 0.10 0.00
363_I 270_A 0.84 0.10 0.00
50_G 289_F 0.84 0.10 0.00
290_S 92_K 0.84 0.10 0.00
293_G 217_I 0.84 0.10 0.00
360_L 393_G 0.84 0.10 0.00
298_F 44_G 0.84 0.10 0.00
114_F 239_D 0.84 0.10 0.00
279_Y 505_I 0.84 0.10 0.00
45_Y 234_P 0.84 0.10 0.00
355_I 527_Y 0.84 0.10 0.00
383_I 614_I 0.84 0.10 0.00
134_A 180_L 0.84 0.10 0.00
298_F 499_H 0.84 0.10 0.00
318_L 31_L 0.84 0.10 0.00
344_Q 420_T 0.84 0.10 0.00
377_I 217_I 0.84 0.10 0.00
193_S 589_K 0.84 0.10 0.00
54_I 266_K 0.84 0.10 0.00
360_L 512_G 0.84 0.10 0.00
142_Q 575_K 0.84 0.10 0.00
323_E 461_S 0.84 0.10 0.00
320_A 163_L 0.84 0.10 0.00
50_G 127_R 0.84 0.10 0.00
193_S 491_L 0.83 0.10 0.00
383_I 454_N 0.83 0.10 0.00
312_I 363_L 0.83 0.10 0.00
332_V 206_Y 0.83 0.10 0.00
349_T 356_W 0.83 0.10 0.00
144_T 233_Q 0.83 0.10 0.00
311_L 148_Q 0.83 0.10 0.00
37_N 234_P 0.83 0.10 0.00
106_N 601_K 0.83 0.10 0.00
205_I 400_G 0.83 0.10 0.00
230_G 107_K 0.83 0.10 0.00
368_S 251_F 0.83 0.10 0.00
144_T 58_K 0.83 0.10 0.00
173_Q 28_I 0.83 0.10 0.00
31_F 478_T 0.83 0.10 0.00
76_K 153_I 0.83 0.10 0.00
76_K 407_P 0.83 0.10 0.00
254_Y 533_P 0.83 0.10 0.00
168_I 449_K 0.83 0.10 0.00
273_Y 22_F 0.83 0.10 0.00
22_V 153_I 0.83 0.10 0.00
83_Y 379_L 0.83 0.10 0.00
130_I 394_F 0.83 0.10 0.00
58_I 457_E 0.83 0.10 0.00
81_L 233_Q 0.83 0.10 0.00
59_L 376_L 0.83 0.10 0.00
129_L 612_K 0.83 0.10 0.00
87_C 328_G 0.83 0.10 0.00
316_I 376_L 0.83 0.10 0.00
85_L 280_I 0.83 0.10 0.00
155_L 622_L 0.83 0.10 0.00
74_K 577_I 0.83 0.10 0.00
331_I 324_A 0.83 0.10 0.00
43_G 587_V 0.83 0.10 0.00
49_F 110_A 0.83 0.10 0.00
273_Y 26_F 0.83 0.10 0.00
358_I 385_M 0.83 0.10 0.00
377_I 347_R 0.83 0.10 0.00
385_Y 427_T 0.83 0.10 0.00
304_L 599_Y 0.83 0.10 0.00
312_I 29_L 0.83 0.10 0.00
290_S 574_F 0.83 0.10 0.00
328_K 177_A 0.82 0.10 0.00
309_L 270_A 0.82 0.10 0.00
28_L 172_P 0.82 0.10 0.00
310_F 69_Y 0.82 0.10 0.00
193_S 407_P 0.82 0.10 0.00
170_I 148_Q 0.82 0.10 0.00
207_G 121_P 0.82 0.10 0.00
380_V 454_N 0.82 0.10 0.00
172_L 75_V 0.82 0.10 0.00
177_G 54_K 0.82 0.10 0.00
114_F 619_A 0.82 0.10 0.00
165_V 23_G 0.82 0.10 0.00
91_I 331_D 0.82 0.10 0.00
242_W 418_Q 0.82 0.10 0.00
177_G 286_R 0.82 0.10 0.00
73_K 151_L 0.82 0.10 0.00
381_L 303_N 0.82 0.10 0.00
23_A 465_F 0.82 0.10 0.00
51_I 607_G 0.82 0.10 0.00
355_I 420_T 0.82 0.10 0.00
284_H 270_A 0.82 0.10 0.00
362_F 235_K 0.82 0.10 0.00
170_I 441_F 0.82 0.10 0.00
383_I 508_Y 0.82 0.10 0.00
74_K 241_H 0.82 0.10 0.00
127_I 176_F 0.82 0.10 0.00
288_I 225_A 0.82 0.10 0.00
338_L 242_L 0.82 0.10 0.00
269_L 379_L 0.81 0.10 0.00
305_I 174_G 0.81 0.10 0.00
101_I 365_F 0.81 0.10 0.00
235_Q 550_I 0.81 0.10 0.00
273_Y 531_P 0.81 0.10 0.00
362_F 534_Y 0.81 0.10 0.00
293_G 58_K 0.81 0.10 0.00
71_S 361_M 0.81 0.10 0.00
242_W 80_V 0.81 0.10 0.00
312_I 635_A 0.81 0.10 0.00
192_V 535_F 0.81 0.10 0.00
125_M 289_F 0.81 0.10 0.00
203_I 284_S 0.81 0.10 0.00
128_I 585_L 0.81 0.10 0.00
200_L 449_K 0.81 0.10 0.00
137_V 539_M 0.81 0.10 0.00
29_A 485_V 0.81 0.10 0.00
329_I 63_P 0.81 0.10 0.00
374_M 377_Q 0.81 0.10 0.00
189_V 589_K 0.81 0.10 0.00
360_L 392_F 0.81 0.10 0.00
334_F 401_M 0.81 0.10 0.00
107_G 503_Y 0.81 0.09 0.00
379_I 306_Y 0.81 0.09 0.00
239_I 449_K 0.81 0.09 0.00
138_S 435_L 0.81 0.09 0.00
385_Y 347_R 0.81 0.09 0.00
306_L 184_A 0.81 0.09 0.00
265_S 301_W 0.80 0.09 0.00
193_S 643_K 0.80 0.09 0.00
124_F 52_N 0.80 0.09 0.00
60_G 310_Y 0.80 0.09 0.00
353_L 469_Q 0.80 0.09 0.00
42_G 578_M 0.80 0.09 0.00
276_G 397_S 0.80 0.09 0.00
49_F 283_Y 0.80 0.09 0.00
368_S 569_G 0.80 0.09 0.00
27_V 642_N 0.80 0.09 0.00
273_Y 25_L 0.80 0.09 0.00
339_V 153_I 0.80 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1827 seconds.