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OPENSEQ.org
Bs_FtsX_CwlO
Genes: A B A+B
Length: 296 473 754
Sequences: 2003 171 63
Seq/Len: 6.77 0.36 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.01 0.03 0.00
10 0.01 0.03 0.01
20 0.01 0.03 0.01
100 0.01 0.03 0.03
∞ 0.01 0.03 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
127_V 415_M 1.57 0.20 0.00
91_F 227_T 1.57 0.20 0.00
15_S 393_G 1.53 0.18 0.00
29_A 129_Q 1.50 0.18 0.00
81_K 385_Y 1.47 0.17 0.00
9_L 438_N 1.44 0.16 0.00
237_L 366_T 1.44 0.16 0.00
15_S 79_A 1.42 0.15 0.00
97_E 129_Q 1.40 0.15 0.00
47_L 381_V 1.39 0.15 0.00
9_L 154_A 1.38 0.15 0.00
34_L 422_F 1.35 0.14 0.00
276_A 187_D 1.33 0.14 0.00
85_G 55_E 1.31 0.13 0.00
110_K 50_S 1.31 0.13 0.00
91_F 220_A 1.28 0.12 0.00
179_L 124_R 1.28 0.12 0.00
207_L 453_D 1.27 0.12 0.00
201_E 434_I 1.27 0.12 0.00
234_P 380_F 1.27 0.12 0.00
139_A 466_G 1.26 0.12 0.00
26_S 407_G 1.25 0.12 0.00
25_A 407_G 1.25 0.12 0.00
5_L 5_L 1.24 0.12 0.00
262_P 61_L 1.24 0.12 0.00
266_F 167_L 1.23 0.11 0.00
125_F 134_S 1.22 0.11 0.00
67_T 111_E 1.22 0.11 0.00
91_F 414_E 1.22 0.11 0.00
276_A 128_L 1.20 0.11 0.00
282_G 149_D 1.19 0.11 0.00
131_D 373_R 1.19 0.11 0.00
295_R 293_K 1.19 0.11 0.00
199_R 14_I 1.18 0.10 0.00
292_K 90_K 1.18 0.10 0.00
191_I 99_E 1.18 0.10 0.00
190_T 449_G 1.17 0.10 0.00
82_E 169_K 1.17 0.10 0.00
116_D 168_I 1.16 0.10 0.00
206_K 245_K 1.16 0.10 0.00
292_K 407_G 1.15 0.10 0.00
7_R 129_Q 1.15 0.10 0.00
229_F 68_I 1.15 0.10 0.00
125_F 166_D 1.15 0.10 0.00
34_L 464_F 1.15 0.10 0.00
98_L 441_F 1.14 0.10 0.00
125_F 77_D 1.14 0.10 0.00
98_L 422_F 1.13 0.10 0.00
174_A 387_S 1.12 0.10 0.00
263_Y 65_Q 1.12 0.10 0.00
10_R 138_I 1.12 0.10 0.00
30_V 433_G 1.11 0.09 0.00
198_R 434_I 1.11 0.09 0.00
199_R 403_L 1.11 0.09 0.00
278_G 378_S 1.11 0.09 0.00
276_A 232_S 1.11 0.09 0.00
295_R 53_A 1.10 0.09 0.00
173_I 176_A 1.10 0.09 0.00
179_L 164_D 1.10 0.09 0.00
34_L 89_K 1.10 0.09 0.00
234_P 124_R 1.10 0.09 0.00
135_T 343_I 1.10 0.09 0.00
206_K 411_S 1.10 0.09 0.00
216_R 153_R 1.09 0.09 0.00
13_F 106_E 1.09 0.09 0.00
13_F 45_S 1.09 0.09 0.00
119_N 149_D 1.09 0.09 0.00
235_I 450_V 1.09 0.09 0.00
154_G 442_L 1.08 0.09 0.00
126_V 450_V 1.08 0.09 0.00
85_G 248_T 1.08 0.09 0.00
10_R 121_L 1.07 0.09 0.00
234_P 164_D 1.07 0.09 0.00
193_I 210_L 1.07 0.09 0.00
186_L 417_R 1.07 0.09 0.00
232_V 347_I 1.06 0.09 0.00
241_T 212_E 1.06 0.09 0.00
197_A 241_L 1.06 0.09 0.00
154_G 89_K 1.06 0.09 0.00
125_F 216_L 1.06 0.09 0.00
168_S 13_V 1.06 0.09 0.00
70_Q 108_K 1.06 0.09 0.00
98_L 450_V 1.06 0.09 0.00
225_L 420_L 1.06 0.09 0.00
131_D 444_D 1.06 0.09 0.00
96_K 186_N 1.06 0.09 0.00
16_L 461_K 1.06 0.09 0.00
27_I 198_K 1.06 0.09 0.00
294_L 434_I 1.05 0.08 0.00
254_Q 94_D 1.05 0.08 0.00
135_T 442_L 1.05 0.08 0.00
176_I 221_K 1.05 0.08 0.00
14_K 72_L 1.05 0.08 0.00
204_I 434_I 1.05 0.08 0.00
164_V 142_L 1.05 0.08 0.00
230_G 362_G 1.05 0.08 0.00
5_L 262_A 1.05 0.08 0.00
136_P 392_L 1.05 0.08 0.00
145_M 366_T 1.05 0.08 0.00
154_G 422_F 1.04 0.08 0.00
88_S 146_S 1.04 0.08 0.00
15_S 118_N 1.04 0.08 0.00
76_L 251_E 1.04 0.08 0.00
60_I 303_N 1.04 0.08 0.00
95_E 132_G 1.03 0.08 0.00
90_T 412_A 1.03 0.08 0.00
4_I 439_G 1.03 0.08 0.00
34_L 433_G 1.03 0.08 0.00
81_K 125_V 1.03 0.08 0.00
286_S 51_I 1.02 0.08 0.00
98_L 375_F 1.02 0.08 0.00
292_K 137_Y 1.02 0.08 0.00
208_V 121_L 1.02 0.08 0.00
64_I 347_I 1.01 0.08 0.00
275_I 144_S 1.01 0.08 0.00
65_D 350_G 1.01 0.08 0.00
190_T 124_R 1.01 0.08 0.00
187_I 359_Y 1.01 0.08 0.00
187_I 376_D 1.01 0.08 0.00
187_I 377_C 1.01 0.08 0.00
187_I 418_G 1.01 0.08 0.00
187_I 419_D 1.01 0.08 0.00
187_I 431_H 1.01 0.08 0.00
187_I 437_G 1.01 0.08 0.00
209_G 359_Y 1.01 0.08 0.00
209_G 376_D 1.01 0.08 0.00
209_G 377_C 1.01 0.08 0.00
209_G 418_G 1.01 0.08 0.00
209_G 419_D 1.01 0.08 0.00
209_G 431_H 1.01 0.08 0.00
209_G 437_G 1.01 0.08 0.00
210_A 359_Y 1.01 0.08 0.00
210_A 376_D 1.01 0.08 0.00
210_A 377_C 1.01 0.08 0.00
210_A 418_G 1.01 0.08 0.00
210_A 419_D 1.01 0.08 0.00
210_A 431_H 1.01 0.08 0.00
210_A 437_G 1.01 0.08 0.00
218_P 359_Y 1.01 0.08 0.00
218_P 376_D 1.01 0.08 0.00
218_P 377_C 1.01 0.08 0.00
218_P 418_G 1.01 0.08 0.00
218_P 419_D 1.01 0.08 0.00
218_P 431_H 1.01 0.08 0.00
218_P 437_G 1.01 0.08 0.00
219_F 359_Y 1.01 0.08 0.00
219_F 376_D 1.01 0.08 0.00
219_F 377_C 1.01 0.08 0.00
219_F 418_G 1.01 0.08 0.00
219_F 419_D 1.01 0.08 0.00
219_F 431_H 1.01 0.08 0.00
219_F 437_G 1.01 0.08 0.00
25_A 469_R 1.01 0.08 0.00
226_L 185_L 1.01 0.08 0.00
5_L 264_A 1.01 0.08 0.00
56_K 208_K 1.01 0.08 0.00
130_T 211_N 1.01 0.08 0.00
43_I 148_G 1.01 0.08 0.00
295_R 299_D 1.01 0.08 0.00
107_D 223_S 1.01 0.08 0.00
225_L 28_A 1.00 0.08 0.00
58_V 27_T 1.00 0.08 0.00
107_D 102_K 1.00 0.08 0.00
127_V 214_D 1.00 0.08 0.00
37_V 464_F 1.00 0.08 0.00
68_A 415_M 1.00 0.08 0.00
235_I 441_F 1.00 0.08 0.00
55_E 149_D 1.00 0.08 0.00
191_I 107_I 1.00 0.08 0.00
235_I 357_S 1.00 0.08 0.00
94_K 161_V 1.00 0.08 0.00
7_R 224_Q 1.00 0.08 0.00
16_L 37_K 1.00 0.08 0.00
98_L 442_L 1.00 0.08 0.00
289_S 140_V 1.00 0.08 0.00
12_S 113_R 1.00 0.08 0.00
148_V 43_K 1.00 0.08 0.00
72_A 17_S 1.00 0.08 0.00
91_F 105_K 0.99 0.08 0.00
97_E 468_V 0.99 0.08 0.00
34_L 423_F 0.99 0.08 0.00
173_I 61_L 0.99 0.08 0.00
105_F 46_E 0.99 0.08 0.00
234_P 122_K 0.99 0.08 0.00
154_G 466_G 0.99 0.08 0.00
258_V 166_D 0.99 0.08 0.00
15_S 161_V 0.99 0.08 0.00
183_A 385_Y 0.99 0.08 0.00
208_V 153_R 0.99 0.07 0.00
81_K 200_E 0.99 0.07 0.00
80_I 297_S 0.99 0.07 0.00
14_K 198_K 0.99 0.07 0.00
158_V 120_I 0.99 0.07 0.00
206_K 414_E 0.98 0.07 0.00
289_S 400_T 0.98 0.07 0.00
221_L 269_Q 0.98 0.07 0.00
233_I 197_A 0.98 0.07 0.00
271_S 294_A 0.98 0.07 0.00
295_R 200_E 0.98 0.07 0.00
230_G 389_G 0.98 0.07 0.00
295_R 67_K 0.98 0.07 0.00
147_H 461_K 0.97 0.07 0.00
98_L 89_K 0.97 0.07 0.00
143_E 105_K 0.97 0.07 0.00
261_L 82_T 0.97 0.07 0.00
227_G 111_E 0.97 0.07 0.00
234_P 415_M 0.97 0.07 0.00
37_V 447_S 0.97 0.07 0.00
277_I 125_V 0.97 0.07 0.00
168_S 228_A 0.97 0.07 0.00
76_L 134_S 0.97 0.07 0.00
216_R 434_I 0.97 0.07 0.00
101_L 163_A 0.97 0.07 0.00
121_L 124_R 0.97 0.07 0.00
10_R 150_F 0.97 0.07 0.00
245_V 153_R 0.97 0.07 0.00
95_E 438_N 0.97 0.07 0.00
45_L 151_I 0.97 0.07 0.00
293_F 107_I 0.97 0.07 0.00
176_I 51_I 0.97 0.07 0.00
37_V 273_Q 0.96 0.07 0.00
118_E 12_S 0.96 0.07 0.00
186_L 389_G 0.96 0.07 0.00
163_K 440_T 0.96 0.07 0.00
119_N 124_R 0.96 0.07 0.00
5_L 299_D 0.96 0.07 0.00
80_I 19_F 0.96 0.07 0.00
254_Q 207_D 0.96 0.07 0.00
33_T 107_I 0.96 0.07 0.00
236_A 152_S 0.96 0.07 0.00
199_R 159_S 0.96 0.07 0.00
80_I 292_S 0.96 0.07 0.00
204_I 435_Y 0.96 0.07 0.00
11_E 434_I 0.96 0.07 0.00
81_K 136_G 0.96 0.07 0.00
284_W 433_G 0.95 0.07 0.00
214_F 459_Y 0.95 0.07 0.00
228_V 252_Q 0.95 0.07 0.00
220_F 242_A 0.95 0.07 0.00
124_A 129_Q 0.95 0.07 0.00
42_V 113_R 0.95 0.07 0.00
287_L 388_A 0.95 0.07 0.00
206_K 148_G 0.95 0.07 0.00
227_G 192_V 0.95 0.07 0.00
177_I 416_K 0.95 0.07 0.00
204_I 392_L 0.95 0.07 0.00
76_L 214_D 0.95 0.07 0.00
280_V 235_K 0.95 0.07 0.00
65_D 454_S 0.95 0.07 0.00
105_F 43_K 0.95 0.07 0.00
91_F 61_L 0.95 0.07 0.00
166_G 292_S 0.95 0.07 0.00
148_V 469_R 0.95 0.07 0.00
199_R 409_A 0.95 0.07 0.00
16_L 53_A 0.95 0.07 0.00
206_K 233_E 0.95 0.07 0.00
78_N 90_K 0.95 0.07 0.00
151_V 234_L 0.94 0.07 0.00
71_K 198_K 0.94 0.07 0.00
142_I 192_V 0.94 0.07 0.00
98_L 464_F 0.94 0.07 0.00
29_A 400_T 0.94 0.07 0.00
287_L 22_P 0.94 0.07 0.00
220_F 238_A 0.94 0.07 0.00
191_I 400_T 0.94 0.07 0.00
242_Y 164_D 0.94 0.07 0.00
75_K 173_Q 0.94 0.07 0.00
234_P 430_G 0.94 0.07 0.00
279_A 219_E 0.94 0.07 0.00
195_I 171_Q 0.94 0.07 0.00
62_V 142_L 0.93 0.07 0.00
5_L 18_S 0.93 0.07 0.00
124_A 110_T 0.93 0.07 0.00
16_L 393_G 0.93 0.07 0.00
60_I 6_I 0.93 0.07 0.00
46_N 124_R 0.93 0.07 0.00
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118_E 360_K 0.93 0.07 0.00
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122_N 133_G 0.93 0.07 0.00
69_D 218_D 0.93 0.07 0.00
292_K 363_G 0.93 0.07 0.00
174_A 12_S 0.93 0.07 0.00
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57_Q 420_L 0.92 0.07 0.00
15_S 192_V 0.92 0.07 0.00
9_L 211_N 0.92 0.07 0.00
98_L 423_F 0.92 0.07 0.00
198_R 416_K 0.92 0.07 0.00
188_S 434_I 0.92 0.07 0.00
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286_S 434_I 0.92 0.07 0.00
51_A 341_G 0.92 0.07 0.00
103_D 187_D 0.92 0.07 0.00
277_I 250_A 0.92 0.07 0.00
151_V 121_L 0.92 0.07 0.00
60_I 160_I 0.92 0.07 0.00
14_K 61_L 0.92 0.07 0.00
127_V 204_K 0.92 0.07 0.00
118_E 438_N 0.92 0.07 0.00
47_L 420_L 0.92 0.07 0.00
194_T 129_Q 0.91 0.07 0.00
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188_S 157_V 0.91 0.07 0.00
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216_R 411_S 0.91 0.07 0.00
276_A 144_S 0.91 0.07 0.00
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115_K 231_I 0.91 0.07 0.00
11_E 375_F 0.91 0.07 0.00
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46_N 164_D 0.91 0.07 0.00
235_I 447_S 0.91 0.07 0.00
277_I 89_K 0.91 0.07 0.00
108_S 408_Q 0.91 0.07 0.00
149_Y 446_T 0.91 0.07 0.00
147_H 356_Q 0.91 0.07 0.00
236_A 56_K 0.91 0.07 0.00
75_K 462_A 0.90 0.07 0.00
286_S 411_S 0.90 0.07 0.00
56_K 75_I 0.90 0.07 0.00
22_M 384_A 0.90 0.07 0.00
140_K 336_V 0.90 0.07 0.00
130_T 145_T 0.90 0.07 0.00
174_A 237_E 0.90 0.07 0.00
75_K 77_D 0.90 0.07 0.00
31_T 361_F 0.90 0.07 0.00
9_L 173_Q 0.90 0.07 0.00
154_G 441_F 0.90 0.06 0.00
197_A 151_I 0.90 0.06 0.00
10_R 235_K 0.90 0.06 0.00
46_N 459_Y 0.90 0.06 0.00
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51_A 188_K 0.90 0.06 0.00
135_T 89_K 0.90 0.06 0.00
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175_L 433_G 0.90 0.06 0.00
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137_N 240_E 0.89 0.06 0.00
98_L 433_G 0.89 0.06 0.00
43_I 113_R 0.89 0.06 0.00
84_K 53_A 0.89 0.06 0.00
72_A 20_L 0.89 0.06 0.00
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289_S 422_F 0.89 0.06 0.00
27_I 144_S 0.89 0.06 0.00
190_T 149_D 0.89 0.06 0.00
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169_R 442_L 0.89 0.06 0.00
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27_I 417_R 0.89 0.06 0.00
12_S 192_V 0.89 0.06 0.00
133_H 32_T 0.89 0.06 0.00
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212_N 434_I 0.89 0.06 0.00
106_G 433_G 0.89 0.06 0.00
125_F 293_K 0.89 0.06 0.00
172_G 107_I 0.89 0.06 0.00
87_Q 42_S 0.88 0.06 0.00
110_K 165_K 0.88 0.06 0.00
25_A 423_F 0.88 0.06 0.00
22_M 388_A 0.88 0.06 0.00
17_G 465_K 0.88 0.06 0.00
154_G 375_F 0.88 0.06 0.00
82_E 336_V 0.88 0.06 0.00
148_V 462_A 0.88 0.06 0.00
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96_K 361_F 0.88 0.06 0.00
285_G 149_D 0.88 0.06 0.00
127_V 57_E 0.88 0.06 0.00
23_T 223_S 0.88 0.06 0.00
31_T 107_I 0.88 0.06 0.00
177_I 340_S 0.88 0.06 0.00
233_I 152_S 0.88 0.06 0.00
199_R 232_S 0.88 0.06 0.00
96_K 330_S 0.88 0.06 0.00
274_L 216_L 0.88 0.06 0.00
8_H 129_Q 0.88 0.06 0.00
72_A 33_L 0.88 0.06 0.00
2_I 461_K 0.88 0.06 0.00
96_K 246_A 0.88 0.06 0.00
242_Y 407_G 0.88 0.06 0.00
291_R 131_S 0.88 0.06 0.00
177_I 453_D 0.88 0.06 0.00
237_L 100_I 0.87 0.06 0.00
73_Q 134_S 0.87 0.06 0.00
283_V 17_S 0.87 0.06 0.00
94_K 423_F 0.87 0.06 0.00
222_E 359_Y 0.87 0.06 0.00
222_E 376_D 0.87 0.06 0.00
222_E 377_C 0.87 0.06 0.00
222_E 418_G 0.87 0.06 0.00
222_E 419_D 0.87 0.06 0.00
222_E 431_H 0.87 0.06 0.00
222_E 437_G 0.87 0.06 0.00
287_L 113_R 0.87 0.06 0.00
51_A 185_L 0.87 0.06 0.00
270_V 232_S 0.87 0.06 0.00
47_L 146_S 0.87 0.06 0.00
180_V 130_E 0.87 0.06 0.00
208_V 434_I 0.87 0.06 0.00
96_K 133_G 0.87 0.06 0.00
35_I 227_T 0.87 0.06 0.00
294_L 154_A 0.87 0.06 0.00
258_V 403_L 0.87 0.06 0.00
60_I 408_Q 0.87 0.06 0.00
187_I 435_Y 0.87 0.06 0.00
209_G 435_Y 0.87 0.06 0.00
210_A 435_Y 0.87 0.06 0.00
218_P 435_Y 0.87 0.06 0.00
219_F 435_Y 0.87 0.06 0.00
228_V 55_E 0.87 0.06 0.00
245_V 148_G 0.87 0.06 0.00
79_D 59_T 0.87 0.06 0.00
201_E 416_K 0.87 0.06 0.00
183_A 414_E 0.87 0.06 0.00
9_L 287_A 0.87 0.06 0.00
222_E 433_G 0.87 0.06 0.00
49_N 448_H 0.87 0.06 0.00
153_Y 188_K 0.87 0.06 0.00
151_V 450_V 0.87 0.06 0.00
166_G 14_I 0.87 0.06 0.00
107_D 233_E 0.87 0.06 0.00
290_I 223_S 0.86 0.06 0.00
230_G 363_G 0.86 0.06 0.00
86_I 444_D 0.86 0.06 0.00
80_I 444_D 0.86 0.06 0.00
80_I 46_E 0.86 0.06 0.00
157_E 289_T 0.86 0.06 0.00
35_I 156_A 0.86 0.06 0.00
105_F 386_A 0.86 0.06 0.00
275_I 366_T 0.86 0.06 0.00
50_M 232_S 0.86 0.06 0.00
5_L 128_L 0.86 0.06 0.00
118_E 417_R 0.86 0.06 0.00
259_S 24_T 0.86 0.06 0.00
200_K 336_V 0.86 0.06 0.00
60_I 102_K 0.86 0.06 0.00
123_D 178_L 0.86 0.06 0.00
64_I 130_E 0.86 0.06 0.00
98_L 121_L 0.86 0.06 0.00
171_I 338_S 0.86 0.06 0.00
172_G 111_E 0.86 0.06 0.00
110_K 391_N 0.86 0.06 0.00
245_V 86_I 0.86 0.06 0.00
290_I 410_V 0.86 0.06 0.00
74_D 323_K 0.86 0.06 0.00
32_V 216_L 0.86 0.06 0.00
246_I 112_A 0.86 0.06 0.00
197_A 140_V 0.86 0.06 0.00
231_S 264_A 0.86 0.06 0.00
146_D 371_N 0.86 0.06 0.00
176_I 259_Q 0.86 0.06 0.00
53_N 318_N 0.85 0.06 0.00
15_S 226_K 0.85 0.06 0.00
119_N 164_D 0.85 0.06 0.00
108_S 39_K 0.85 0.06 0.00
29_A 156_A 0.85 0.06 0.00
229_F 410_V 0.85 0.06 0.00
139_A 234_L 0.85 0.06 0.00
35_I 388_A 0.85 0.06 0.00
22_M 117_R 0.85 0.06 0.00
190_T 164_D 0.85 0.06 0.00
291_R 150_F 0.85 0.06 0.00
107_D 183_A 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11922 0.08 Bs_FtsX_CwlO Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11921 0.03 Bs_FtsX_CwlO Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
11914 0.01 Bs_FtsX_CwlO Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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