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OPENSEQ.org
tssM_TssJ
Genes: A B A+B
Length: 561 186 702
Sequences: 760 446 332
Seq/Len: 1.35 2.4 0.47
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.03
5 0.00 0.00 0.36
10 0.00 0.01 0.42
20 0.03 0.01 0.44
100 0.05 0.02 0.45
∞ 0.13 0.11 0.46
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
353_A 69_S 1.65 0.65 0.00
329_F 132_V 1.63 0.64 0.00
288_F 25_G 1.52 0.56 0.00
176_R 33_G 1.49 0.53 0.00
287_V 38_T 1.40 0.47 0.00
50_V 26_L 1.39 0.46 0.00
497_G 86_A 1.39 0.46 0.00
243_P 51_L 1.37 0.45 0.00
315_V 125_D 1.37 0.45 0.00
413_L 172_L 1.36 0.44 0.00
426_L 83_F 1.34 0.42 0.00
488_R 21_L 1.33 0.42 0.00
476_S 69_S 1.31 0.40 0.00
163_P 134_A 1.31 0.40 0.00
448_P 146_W 1.27 0.38 0.00
291_P 59_I 1.27 0.37 0.00
490_A 130_T 1.25 0.36 0.00
419_A 65_G 1.25 0.36 0.00
388_L 67_P 1.24 0.35 0.00
332_V 21_L 1.24 0.35 0.00
345_L 69_S 1.24 0.35 0.00
80_W 146_W 1.23 0.35 0.00
117_F 55_A 1.23 0.34 0.00
416_G 74_I 1.22 0.34 0.00
349_T 144_N 1.21 0.33 0.00
426_L 129_F 1.21 0.33 0.00
319_W 123_L 1.21 0.33 0.00
484_E 114_G 1.21 0.33 0.00
456_A 174_P 1.21 0.33 0.00
375_T 131_G 1.21 0.33 0.00
435_Y 60_N 1.21 0.33 0.00
291_P 134_A 1.20 0.33 0.00
330_K 137_L 1.19 0.32 0.00
101_R 131_G 1.19 0.32 0.00
272_T 125_D 1.19 0.32 0.00
234_L 25_G 1.18 0.31 0.00
418_A 69_S 1.18 0.31 0.00
285_Q 163_I 1.17 0.31 0.00
510_L 28_Q 1.17 0.30 0.00
53_M 176_K 1.17 0.30 0.00
208_M 38_T 1.16 0.30 0.00
536_T 74_I 1.16 0.30 0.00
198_A 111_L 1.15 0.29 0.00
299_V 84_D 1.15 0.29 0.00
440_P 137_L 1.15 0.29 0.00
428_T 95_D 1.15 0.29 0.00
295_A 62_S 1.15 0.29 0.00
335_D 55_A 1.14 0.29 0.00
439_M 46_I 1.14 0.29 0.00
263_T 93_T 1.14 0.28 0.00
184_Q 175_V 1.14 0.28 0.00
416_G 55_A 1.12 0.27 0.00
303_A 62_S 1.12 0.27 0.00
423_Q 65_G 1.12 0.27 0.00
389_K 74_I 1.11 0.27 0.00
225_T 17_F 1.11 0.27 0.00
281_Y 131_G 1.11 0.27 0.00
368_G 56_R 1.09 0.26 0.00
262_L 130_T 1.09 0.26 0.00
315_V 22_S 1.09 0.26 0.00
335_D 126_A 1.09 0.26 0.00
13_M 176_K 1.08 0.25 0.00
116_N 97_E 1.08 0.25 0.00
351_R 88_Y 1.08 0.25 0.00
225_T 51_L 1.07 0.25 0.00
462_S 69_S 1.07 0.25 0.00
315_V 71_V 1.07 0.24 0.00
18_M 121_M 1.07 0.24 0.00
140_A 168_N 1.06 0.24 0.00
311_W 76_Q 1.06 0.24 0.00
321_N 57_E 1.06 0.24 0.00
31_L 74_I 1.06 0.24 0.00
267_D 111_L 1.06 0.24 0.00
456_A 70_V 1.05 0.24 0.00
7_T 88_Y 1.05 0.23 0.00
413_L 17_F 1.05 0.23 0.00
516_T 48_T 1.05 0.23 0.00
110_F 134_A 1.05 0.23 0.00
539_E 142_K 1.05 0.23 0.00
230_V 131_G 1.05 0.23 0.00
332_V 88_Y 1.04 0.23 0.00
529_R 72_V 1.04 0.23 0.00
214_S 100_A 1.04 0.23 0.00
210_N 67_P 1.04 0.23 0.00
368_G 136_F 1.04 0.23 0.00
29_M 83_F 1.04 0.23 0.00
481_R 91_L 1.04 0.23 0.00
208_M 131_G 1.03 0.23 0.00
9_N 152_R 1.03 0.22 0.00
92_P 131_G 1.03 0.22 0.00
59_W 92_F 1.03 0.22 0.00
428_T 100_A 1.03 0.22 0.00
190_E 35_V 1.03 0.22 0.00
328_P 99_L 1.03 0.22 0.00
444_R 61_T 1.03 0.22 0.00
140_A 70_V 1.03 0.22 0.00
330_K 62_S 1.02 0.22 0.00
354_R 126_A 1.02 0.22 0.00
528_L 78_K 1.02 0.22 0.00
477_W 69_S 1.02 0.22 0.00
411_F 71_V 1.02 0.22 0.00
193_L 74_I 1.02 0.22 0.00
441_V 111_L 1.02 0.22 0.00
486_A 146_W 1.02 0.22 0.00
57_Q 56_R 1.01 0.21 0.00
193_L 75_Y 1.01 0.21 0.00
108_A 86_A 1.01 0.21 0.00
291_P 133_A 1.01 0.21 0.00
433_L 83_F 1.01 0.21 0.00
442_W 75_Y 1.01 0.21 0.00
311_W 139_P 1.01 0.21 0.00
337_S 25_G 1.01 0.21 0.00
117_F 75_Y 1.00 0.21 0.00
349_T 98_I 1.00 0.21 0.00
53_M 51_L 1.00 0.21 0.00
233_R 74_I 1.00 0.21 0.00
29_M 86_A 0.99 0.20 0.00
179_L 177_D 0.99 0.20 0.00
415_P 35_V 0.99 0.20 0.00
14_L 144_N 0.99 0.20 0.00
413_L 127_A 0.99 0.20 0.00
414_R 72_V 0.99 0.20 0.00
98_L 135_M 0.98 0.20 0.00
4_H 175_V 0.98 0.20 0.00
247_M 131_G 0.98 0.20 0.00
51_P 134_A 0.98 0.20 0.00
439_M 69_S 0.98 0.20 0.00
50_V 101_G 0.98 0.20 0.00
221_Q 136_F 0.98 0.20 0.00
7_T 110_W 0.98 0.20 0.00
204_V 137_L 0.98 0.20 0.00
356_L 40_S 0.98 0.20 0.00
353_A 86_A 0.98 0.20 0.00
428_T 165_V 0.98 0.20 0.00
82_L 88_Y 0.98 0.20 0.00
227_V 38_T 0.98 0.20 0.00
299_V 119_V 0.98 0.20 0.00
516_T 23_G 0.97 0.20 0.00
410_H 136_F 0.97 0.20 0.00
71_I 161_R 0.97 0.20 0.00
168_T 177_D 0.97 0.20 0.00
46_T 96_N 0.97 0.20 0.00
397_I 41_L 0.97 0.19 0.00
324_S 31_A 0.97 0.19 0.00
10_S 40_S 0.97 0.19 0.00
439_M 89_Q 0.97 0.19 0.00
110_F 121_M 0.97 0.19 0.00
230_V 51_L 0.97 0.19 0.00
532_V 67_P 0.97 0.19 0.00
21_R 124_D 0.97 0.19 0.00
419_A 12_L 0.97 0.19 0.00
503_Q 106_Q 0.97 0.19 0.00
214_S 134_A 0.96 0.19 0.00
181_Q 176_K 0.96 0.19 0.00
539_E 175_V 0.96 0.19 0.00
433_L 105_A 0.96 0.19 0.00
110_F 35_V 0.96 0.19 0.00
262_L 127_A 0.96 0.19 0.00
487_R 134_A 0.96 0.19 0.00
389_K 14_I 0.96 0.19 0.00
471_A 129_F 0.96 0.19 0.00
119_N 25_G 0.96 0.19 0.00
395_S 27_T 0.95 0.19 0.00
381_L 73_R 0.95 0.19 0.00
121_L 106_Q 0.95 0.19 0.00
241_S 109_V 0.95 0.19 0.00
507_G 63_A 0.95 0.19 0.00
319_W 139_P 0.95 0.18 0.00
3_R 39_K 0.95 0.18 0.00
135_Q 42_F 0.95 0.18 0.00
441_V 93_T 0.95 0.18 0.00
121_L 61_T 0.95 0.18 0.00
435_Y 75_Y 0.95 0.18 0.00
352_I 127_A 0.95 0.18 0.00
20_A 20_S 0.95 0.18 0.00
9_N 75_Y 0.94 0.18 0.00
425_T 163_I 0.94 0.18 0.00
401_A 114_G 0.94 0.18 0.00
114_W 60_N 0.94 0.18 0.00
485_M 132_V 0.94 0.18 0.00
170_S 36_S 0.94 0.18 0.00
428_T 131_G 0.94 0.18 0.00
477_W 172_L 0.94 0.18 0.00
479_L 137_L 0.94 0.18 0.00
413_L 72_V 0.94 0.18 0.00
295_A 148_V 0.94 0.18 0.00
150_L 161_R 0.94 0.18 0.00
344_Y 93_T 0.94 0.18 0.00
355_F 73_R 0.94 0.18 0.00
117_F 103_I 0.94 0.18 0.00
530_N 98_I 0.93 0.18 0.00
332_V 166_S 0.93 0.18 0.00
516_T 45_Q 0.93 0.17 0.00
468_R 136_F 0.93 0.17 0.00
340_L 26_L 0.93 0.17 0.00
2_L 133_A 0.93 0.17 0.00
210_N 22_S 0.93 0.17 0.00
507_G 158_D 0.93 0.17 0.00
349_T 176_K 0.93 0.17 0.00
315_V 83_F 0.93 0.17 0.00
268_Y 104_I 0.93 0.17 0.00
422_M 137_L 0.93 0.17 0.00
119_N 164_E 0.93 0.17 0.00
178_L 36_S 0.93 0.17 0.00
312_R 57_E 0.93 0.17 0.00
227_V 120_D 0.93 0.17 0.00
77_E 157_P 0.93 0.17 0.00
413_L 49_L 0.93 0.17 0.00
445_F 15_A 0.92 0.17 0.00
177_N 177_D 0.92 0.17 0.00
335_D 98_I 0.92 0.17 0.00
28_D 88_Y 0.92 0.17 0.00
271_L 33_G 0.92 0.17 0.00
324_S 90_A 0.92 0.17 0.00
149_A 17_F 0.92 0.17 0.00
344_Y 110_W 0.92 0.17 0.00
172_V 39_K 0.92 0.17 0.00
307_L 167_G 0.92 0.17 0.00
323_F 25_G 0.92 0.17 0.00
286_T 132_V 0.91 0.17 0.00
427_I 107_K 0.91 0.17 0.00
179_L 175_V 0.91 0.17 0.00
421_V 79_D 0.91 0.17 0.00
367_E 55_A 0.91 0.17 0.00
190_E 176_K 0.91 0.17 0.00
387_F 28_Q 0.91 0.17 0.00
226_R 23_G 0.91 0.17 0.00
311_W 113_P 0.91 0.16 0.00
123_L 119_V 0.91 0.16 0.00
420_G 53_I 0.91 0.16 0.00
336_A 109_V 0.91 0.16 0.00
33_D 91_L 0.91 0.16 0.00
105_R 158_D 0.91 0.16 0.00
422_M 61_T 0.90 0.16 0.00
131_D 132_V 0.90 0.16 0.00
132_V 110_W 0.90 0.16 0.00
50_V 158_D 0.90 0.16 0.00
234_L 23_G 0.90 0.16 0.00
224_L 19_L 0.90 0.16 0.00
177_N 36_S 0.90 0.16 0.00
203_P 12_L 0.90 0.16 0.00
2_L 34_T 0.90 0.16 0.00
57_Q 16_L 0.90 0.16 0.00
414_R 69_S 0.90 0.16 0.00
247_M 142_K 0.90 0.16 0.00
33_D 93_T 0.90 0.16 0.00
139_M 61_T 0.90 0.16 0.00
399_D 19_L 0.90 0.16 0.00
3_R 87_D 0.89 0.16 0.00
52_G 78_K 0.89 0.16 0.00
389_K 86_A 0.89 0.16 0.00
471_A 153_D 0.89 0.16 0.00
102_L 166_S 0.89 0.16 0.00
82_L 150_L 0.89 0.16 0.00
529_R 105_A 0.89 0.16 0.00
160_T 117_V 0.89 0.16 0.00
251_A 163_I 0.89 0.16 0.00
443_K 53_I 0.89 0.16 0.00
151_M 165_V 0.89 0.16 0.00
359_N 95_D 0.89 0.16 0.00
184_Q 176_K 0.89 0.16 0.00
185_P 79_D 0.88 0.15 0.00
55_T 113_P 0.88 0.15 0.00
179_L 69_S 0.88 0.15 0.00
328_P 60_N 0.88 0.15 0.00
118_L 147_R 0.88 0.15 0.00
297_Q 51_L 0.88 0.15 0.00
486_A 74_I 0.88 0.15 0.00
109_D 158_D 0.88 0.15 0.00
524_V 70_V 0.88 0.15 0.00
306_S 130_T 0.88 0.15 0.00
278_Q 110_W 0.88 0.15 0.00
384_N 109_V 0.88 0.15 0.00
132_V 65_G 0.88 0.15 0.00
501_S 31_A 0.88 0.15 0.00
401_A 136_F 0.87 0.15 0.00
86_R 130_T 0.87 0.15 0.00
60_E 129_F 0.87 0.15 0.00
249_M 173_L 0.87 0.15 0.00
179_L 114_G 0.87 0.15 0.00
313_T 134_A 0.87 0.15 0.00
190_E 141_Q 0.87 0.15 0.00
227_V 169_T 0.87 0.15 0.00
373_P 86_A 0.87 0.15 0.00
414_R 133_A 0.87 0.15 0.00
176_R 141_Q 0.87 0.15 0.00
177_N 37_A 0.87 0.15 0.00
176_R 117_V 0.87 0.15 0.00
114_W 77_L 0.87 0.15 0.00
490_A 133_A 0.86 0.15 0.00
14_L 115_G 0.86 0.15 0.00
315_V 140_D 0.86 0.15 0.00
515_R 20_S 0.86 0.15 0.00
177_N 83_F 0.86 0.15 0.00
247_M 69_S 0.86 0.15 0.00
234_L 147_R 0.86 0.15 0.00
512_Y 66_I 0.86 0.15 0.00
176_R 175_V 0.86 0.15 0.00
240_S 98_I 0.86 0.15 0.00
355_F 77_L 0.86 0.15 0.00
160_T 89_Q 0.86 0.15 0.00
536_T 31_A 0.86 0.15 0.00
164_R 59_I 0.86 0.15 0.00
36_G 67_P 0.86 0.14 0.00
109_D 79_D 0.86 0.14 0.00
278_Q 87_D 0.86 0.14 0.00
168_T 37_A 0.86 0.14 0.00
249_M 85_S 0.86 0.14 0.00
79_D 136_F 0.86 0.14 0.00
74_R 161_R 0.86 0.14 0.00
137_T 131_G 0.86 0.14 0.00
128_M 163_I 0.86 0.14 0.00
391_I 169_T 0.86 0.14 0.00
132_V 69_S 0.86 0.14 0.00
114_W 24_C 0.85 0.14 0.00
114_W 113_P 0.85 0.14 0.00
282_G 19_L 0.85 0.14 0.00
190_E 142_K 0.85 0.14 0.00
421_V 114_G 0.85 0.14 0.00
154_L 15_A 0.85 0.14 0.00
146_P 60_N 0.85 0.14 0.00
201_F 113_P 0.85 0.14 0.00
337_S 88_Y 0.85 0.14 0.00
63_V 146_W 0.85 0.14 0.00
297_Q 76_Q 0.85 0.14 0.00
181_Q 35_V 0.85 0.14 0.00
52_G 88_Y 0.85 0.14 0.00
3_R 177_D 0.85 0.14 0.00
414_R 127_A 0.85 0.14 0.00
284_G 108_D 0.85 0.14 0.00
181_Q 177_D 0.85 0.14 0.00
60_E 25_G 0.85 0.14 0.00
67_I 165_V 0.85 0.14 0.00
446_T 111_L 0.85 0.14 0.00
172_V 35_V 0.85 0.14 0.00
56_R 51_L 0.85 0.14 0.00
395_S 74_I 0.84 0.14 0.00
503_Q 55_A 0.84 0.14 0.00
177_N 176_K 0.84 0.14 0.00
124_R 129_F 0.84 0.14 0.00
336_A 132_V 0.84 0.14 0.00
356_L 89_Q 0.84 0.14 0.00
5_L 39_K 0.84 0.14 0.00
333_S 23_G 0.84 0.14 0.00
91_S 39_K 0.84 0.14 0.00
305_E 80_N 0.84 0.14 0.00
383_F 157_P 0.84 0.14 0.00
354_R 112_Q 0.84 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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