May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Andreas
Genes: A B A+B
Length: 333 257 563
Sequences: 1031 825 224
Seq/Len: 3.1 3.21 0.4
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.08 0.35
2 0.06 0.14 0.37
5 0.08 0.17 0.38
10 0.09 0.17 0.40
20 0.10 0.18 0.42
100 0.14 0.22 0.52
∞ 0.19 0.28 0.63
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
98_D 206_R 3.45 1.00 0.99
144_F 176_Y 1.67 0.61 0.47
49_A 128_S 1.57 0.54 0.38
187_N 207_Y 1.51 0.51 0.33
227_P 206_R 1.50 0.50 0.32
93_I 9_Y 1.45 0.46 0.28
167_N 207_Y 1.45 0.46 0.27
90_G 146_G 1.43 0.45 0.26
311_V 181_G 1.42 0.44 0.25
263_S 236_Y 1.36 0.40 0.21
244_F 141_K 1.36 0.39 0.20
91_V 51_A 1.34 0.38 0.19
76_N 206_R 1.33 0.38 0.19
262_V 159_T 1.31 0.36 0.17
49_A 221_D 1.27 0.34 0.15
192_N 14_N 1.25 0.32 0.14
61_A 147_T 1.25 0.32 0.14
52_G 226_G 1.25 0.32 0.14
301_L 130_D 1.24 0.32 0.14
100_N 235_W 1.24 0.32 0.14
47_S 57_L 1.22 0.30 0.13
182_S 57_L 1.21 0.30 0.12
295_Q 57_L 1.19 0.29 0.11
261_G 222_G 1.18 0.28 0.11
211_T 73_A 1.18 0.28 0.11
38_Y 247_R 1.17 0.27 0.10
295_Q 212_A 1.16 0.27 0.10
183_F 85_G 1.15 0.26 0.10
101_G 233_D 1.15 0.26 0.09
264_Y 150_I 1.15 0.26 0.09
28_Q 180_N 1.14 0.26 0.09
130_L 211_I 1.14 0.26 0.09
322_S 181_G 1.14 0.26 0.09
72_D 235_W 1.12 0.25 0.09
140_D 251_G 1.11 0.24 0.08
100_N 175_N 1.10 0.23 0.08
222_R 150_I 1.09 0.23 0.07
313_I 35_A 1.09 0.23 0.07
312_T 174_D 1.09 0.23 0.07
108_A 63_Q 1.09 0.23 0.07
114_H 248_E 1.09 0.23 0.07
91_V 47_S 1.09 0.23 0.07
60_R 188_W 1.08 0.23 0.07
91_V 75_D 1.07 0.22 0.07
98_D 235_W 1.07 0.22 0.07
228_S 257_R 1.06 0.21 0.07
28_Q 182_D 1.06 0.21 0.06
225_Y 45_D 1.06 0.21 0.06
207_Y 178_T 1.05 0.21 0.06
246_F 217_G 1.05 0.21 0.06
114_H 188_W 1.04 0.21 0.06
142_D 133_N 1.04 0.21 0.06
130_L 186_D 1.04 0.20 0.06
66_Q 7_C 1.03 0.20 0.06
118_L 225_N 1.03 0.20 0.06
288_F 203_I 1.02 0.20 0.06
179_F 101_Q 1.02 0.20 0.06
225_Y 162_K 1.02 0.20 0.05
138_R 203_I 1.02 0.20 0.05
264_Y 208_G 1.00 0.19 0.05
310_V 212_A 1.00 0.19 0.05
227_P 148_Y 1.00 0.19 0.05
288_F 26_T 0.99 0.18 0.05
88_R 71_I 0.98 0.18 0.05
290_F 188_W 0.98 0.18 0.05
164_T 13_V 0.98 0.18 0.05
244_F 212_A 0.98 0.18 0.04
27_S 182_D 0.98 0.18 0.04
154_D 185_N 0.98 0.18 0.04
110_V 238_L 0.98 0.18 0.04
25_S 105_T 0.98 0.18 0.04
181_I 56_S 0.97 0.17 0.04
288_F 105_T 0.97 0.17 0.04
171_S 208_G 0.97 0.17 0.04
52_G 222_G 0.97 0.17 0.04
113_A 54_D 0.97 0.17 0.04
295_Q 205_D 0.96 0.17 0.04
113_A 149_T 0.96 0.17 0.04
92_G 179_P 0.96 0.17 0.04
178_N 81_R 0.96 0.17 0.04
185_A 203_I 0.96 0.17 0.04
136_T 79_R 0.95 0.17 0.04
255_E 245_D 0.95 0.17 0.04
95_M 178_T 0.95 0.17 0.04
244_F 61_T 0.95 0.17 0.04
42_N 74_G 0.95 0.16 0.04
155_P 146_G 0.94 0.16 0.04
129_G 164_Y 0.94 0.16 0.04
194_N 188_W 0.94 0.16 0.04
291_G 114_I 0.94 0.16 0.04
133_N 168_Y 0.94 0.16 0.04
294_Y 178_T 0.94 0.16 0.04
102_Y 233_D 0.94 0.16 0.04
181_I 255_L 0.93 0.16 0.04
289_Y 204_F 0.93 0.16 0.04
208_Q 238_L 0.93 0.16 0.04
167_N 214_Y 0.93 0.16 0.04
92_G 220_W 0.93 0.16 0.04
283_F 244_N 0.93 0.16 0.04
173_L 157_G 0.93 0.16 0.04
236_S 55_Y 0.93 0.16 0.04
113_A 241_N 0.93 0.16 0.04
142_D 17_E 0.92 0.16 0.03
276_S 197_N 0.92 0.15 0.03
104_K 226_G 0.92 0.15 0.03
189_L 207_Y 0.92 0.15 0.03
62_N 250_V 0.92 0.15 0.03
320_S 139_K 0.92 0.15 0.03
225_Y 41_V 0.92 0.15 0.03
297_M 153_R 0.91 0.15 0.03
139_I 8_I 0.91 0.15 0.03
51_A 153_R 0.91 0.15 0.03
281_A 144_K 0.91 0.15 0.03
108_A 200_K 0.91 0.15 0.03
100_N 206_R 0.91 0.15 0.03
185_A 227_E 0.91 0.15 0.03
301_L 204_F 0.91 0.15 0.03
48_P 208_G 0.90 0.15 0.03
119_D 221_D 0.90 0.15 0.03
213_M 147_T 0.90 0.15 0.03
38_Y 231_S 0.90 0.15 0.03
59_I 249_F 0.90 0.15 0.03
167_N 256_Y 0.90 0.15 0.03
295_Q 207_Y 0.90 0.14 0.03
146_N 178_T 0.90 0.14 0.03
128_F 203_I 0.90 0.14 0.03
258_Y 171_V 0.89 0.14 0.03
87_D 17_E 0.89 0.14 0.03
306_T 15_M 0.89 0.14 0.03
275_L 49_N 0.89 0.14 0.03
179_F 65_G 0.89 0.14 0.03
114_H 15_M 0.89 0.14 0.03
306_T 74_G 0.89 0.14 0.03
309_H 205_D 0.89 0.14 0.03
305_N 250_V 0.89 0.14 0.03
222_R 117_S 0.89 0.14 0.03
46_L 198_H 0.89 0.14 0.03
139_I 55_Y 0.89 0.14 0.03
164_T 151_T 0.89 0.14 0.03
51_A 211_I 0.88 0.14 0.03
228_S 255_L 0.88 0.14 0.03
116_L 232_G 0.88 0.14 0.03
259_W 188_W 0.88 0.14 0.03
134_F 93_N 0.88 0.14 0.03
296_V 171_V 0.88 0.14 0.03
136_T 55_Y 0.88 0.14 0.03
258_Y 70_N 0.88 0.14 0.03
44_F 207_Y 0.87 0.14 0.03
59_I 170_D 0.87 0.14 0.03
310_V 57_L 0.87 0.14 0.03
189_L 236_Y 0.87 0.14 0.03
250_R 201_F 0.87 0.14 0.03
170_I 173_L 0.87 0.14 0.03
108_A 229_L 0.87 0.14 0.03
85_I 146_G 0.87 0.14 0.03
215_F 137_E 0.86 0.13 0.03
203_L 148_Y 0.86 0.13 0.03
298_F 165_Y 0.86 0.13 0.03
312_T 235_W 0.86 0.13 0.03
143_E 175_N 0.86 0.13 0.03
241_T 207_Y 0.86 0.13 0.03
165_N 201_F 0.86 0.13 0.03
311_V 144_K 0.86 0.13 0.02
294_Y 91_D 0.86 0.13 0.02
120_Y 54_D 0.85 0.13 0.02
203_L 207_Y 0.85 0.13 0.02
82_D 226_G 0.85 0.13 0.02
211_T 132_V 0.85 0.13 0.02
241_T 212_A 0.85 0.13 0.02
44_F 201_F 0.85 0.13 0.02
128_F 65_G 0.85 0.13 0.02
307_G 255_L 0.85 0.13 0.02
194_N 132_V 0.85 0.13 0.02
311_V 66_N 0.85 0.13 0.02
315_F 51_A 0.85 0.13 0.02
261_G 7_C 0.85 0.13 0.02
295_Q 188_W 0.85 0.13 0.02
93_I 75_D 0.85 0.13 0.02
53_I 152_V 0.85 0.13 0.02
156_S 77_T 0.84 0.13 0.02
95_M 163_D 0.84 0.13 0.02
46_L 34_N 0.84 0.13 0.02
291_G 61_T 0.84 0.13 0.02
67_W 234_Y 0.84 0.13 0.02
92_G 31_C 0.84 0.13 0.02
172_A 203_I 0.84 0.13 0.02
188_V 174_D 0.84 0.13 0.02
283_F 239_K 0.84 0.13 0.02
265_R 205_D 0.84 0.13 0.02
38_Y 253_F 0.84 0.13 0.02
160_N 173_L 0.84 0.13 0.02
80_Y 125_Y 0.84 0.13 0.02
62_N 154_D 0.84 0.13 0.02
71_K 127_Y 0.84 0.13 0.02
262_V 133_N 0.84 0.13 0.02
195_K 204_F 0.84 0.12 0.02
105_Q 178_T 0.84 0.12 0.02
58_R 115_T 0.84 0.12 0.02
85_I 4_S 0.84 0.12 0.02
134_F 223_R 0.83 0.12 0.02
85_I 72_P 0.83 0.12 0.02
136_T 153_R 0.83 0.12 0.02
218_A 137_E 0.83 0.12 0.02
166_N 75_D 0.83 0.12 0.02
227_P 190_P 0.83 0.12 0.02
69_G 255_L 0.83 0.12 0.02
25_S 147_T 0.83 0.12 0.02
43_P 85_G 0.83 0.12 0.02
160_N 130_D 0.83 0.12 0.02
305_N 229_L 0.83 0.12 0.02
60_R 253_F 0.83 0.12 0.02
167_N 102_L 0.82 0.12 0.02
260_I 127_Y 0.82 0.12 0.02
70_I 244_N 0.82 0.12 0.02
225_Y 126_V 0.82 0.12 0.02
294_Y 78_I 0.82 0.12 0.02
114_H 141_K 0.82 0.12 0.02
247_K 206_R 0.82 0.12 0.02
276_S 138_T 0.82 0.12 0.02
165_N 150_I 0.82 0.12 0.02
281_A 77_T 0.82 0.12 0.02
108_A 238_L 0.82 0.12 0.02
81_A 114_I 0.82 0.12 0.02
242_T 82_H 0.82 0.12 0.02
235_A 211_I 0.82 0.12 0.02
265_R 154_D 0.82 0.12 0.02
140_D 252_H 0.82 0.12 0.02
281_A 147_T 0.81 0.12 0.02
175_R 214_Y 0.81 0.12 0.02
67_W 7_C 0.81 0.12 0.02
52_G 250_V 0.81 0.12 0.02
223_I 127_Y 0.81 0.12 0.02
229_I 228_E 0.81 0.12 0.02
170_I 9_Y 0.81 0.12 0.02
164_T 150_I 0.81 0.12 0.02
113_A 60_G 0.81 0.12 0.02
157_V 182_D 0.81 0.12 0.02
133_N 57_L 0.81 0.12 0.02
93_I 187_T 0.81 0.12 0.02
52_G 207_Y 0.81 0.12 0.02
232_Q 257_R 0.81 0.12 0.02
167_N 154_D 0.81 0.12 0.02
298_F 185_N 0.81 0.12 0.02
118_L 221_D 0.81 0.12 0.02
224_E 145_T 0.81 0.12 0.02
46_L 119_V 0.81 0.12 0.02
196_Y 203_I 0.81 0.12 0.02
126_L 257_R 0.81 0.12 0.02
95_M 227_E 0.81 0.12 0.02
22_V 223_R 0.81 0.12 0.02
54_G 55_Y 0.81 0.12 0.02
184_N 63_Q 0.81 0.12 0.02
157_V 101_Q 0.80 0.12 0.02
281_A 181_G 0.80 0.12 0.02
70_I 177_F 0.80 0.12 0.02
35_F 185_N 0.80 0.12 0.02
108_A 89_D 0.80 0.12 0.02
282_G 190_P 0.80 0.12 0.02
154_D 180_N 0.80 0.12 0.02
176_N 136_S 0.80 0.11 0.02
174_Y 201_F 0.80 0.11 0.02
307_G 222_G 0.80 0.11 0.02
246_F 238_L 0.80 0.11 0.02
101_G 206_R 0.80 0.11 0.02
167_N 140_F 0.80 0.11 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.315 seconds.