May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
BamC-BamE
Genes: A B A+B
Length: 344 113 451
Sequences: 518 575 262
Seq/Len: 1.51 5.09 0.58
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.00
2 0.01 0.01 0.00
5 0.01 0.01 0.01
10 0.01 0.01 0.01
20 0.01 0.01 0.01
100 0.01 0.01 0.07
∞ 0.05 0.01 0.57
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
248_F 71_N 1.68 0.73 0.01
144_D 59_L 1.53 0.63 0.01
247_P 32_I 1.51 0.62 0.01
201_M 77_F 1.46 0.58 0.01
127_K 19_G 1.44 0.56 0.01
252_W 31_D 1.44 0.56 0.01
314_S 13_L 1.42 0.55 0.01
126_A 32_I 1.41 0.54 0.01
68_P 43_V 1.31 0.45 0.00
277_A 99_G 1.30 0.45 0.00
321_P 51_T 1.30 0.45 0.00
174_V 85_G 1.30 0.45 0.00
105_S 72_T 1.29 0.44 0.00
324_H 100_V 1.27 0.42 0.00
105_S 74_F 1.26 0.42 0.00
242_L 37_Y 1.25 0.41 0.00
286_S 71_N 1.20 0.37 0.00
313_R 32_I 1.20 0.37 0.00
144_D 91_L 1.20 0.37 0.00
330_Q 32_I 1.17 0.35 0.00
72_G 77_F 1.17 0.35 0.00
116_L 12_V 1.17 0.35 0.00
337_V 42_D 1.16 0.34 0.00
307_V 58_A 1.16 0.34 0.00
144_D 86_V 1.15 0.34 0.00
201_M 37_Y 1.15 0.33 0.00
59_P 45_K 1.15 0.33 0.00
88_P 107_K 1.14 0.33 0.00
319_I 103_N 1.13 0.32 0.00
119_Q 77_F 1.13 0.32 0.00
120_V 61_T 1.12 0.32 0.00
44_A 71_N 1.12 0.31 0.00
274_G 28_Y 1.11 0.31 0.00
250_V 63_L 1.11 0.30 0.00
182_E 39_T 1.10 0.30 0.00
67_I 101_L 1.09 0.30 0.00
248_F 14_L 1.09 0.29 0.00
336_A 84_E 1.09 0.29 0.00
171_Q 77_F 1.09 0.29 0.00
104_A 74_F 1.08 0.29 0.00
183_Q 59_L 1.08 0.29 0.00
106_L 62_P 1.08 0.29 0.00
242_L 80_Q 1.08 0.29 0.00
337_V 88_Q 1.08 0.29 0.00
312_N 18_A 1.08 0.28 0.00
127_K 18_A 1.08 0.28 0.00
44_A 14_L 1.08 0.28 0.00
340_A 32_I 1.07 0.28 0.00
301_G 43_V 1.07 0.28 0.00
201_M 39_T 1.06 0.28 0.00
81_D 71_N 1.06 0.28 0.00
146_V 41_N 1.06 0.27 0.00
195_Q 56_A 1.05 0.27 0.00
305_L 57_Y 1.05 0.27 0.00
100_T 93_L 1.05 0.27 0.00
272_S 106_N 1.05 0.27 0.00
196_R 64_M 1.05 0.27 0.00
24_A 72_T 1.05 0.27 0.00
229_D 42_D 1.04 0.27 0.00
219_A 85_G 1.04 0.26 0.00
181_L 43_V 1.04 0.26 0.00
68_P 82_G 1.04 0.26 0.00
89_L 87_T 1.04 0.26 0.00
134_R 79_Q 1.03 0.25 0.00
303_Y 16_L 1.03 0.25 0.00
318_F 71_N 1.02 0.25 0.00
278_V 57_Y 1.02 0.25 0.00
198_S 64_M 1.02 0.25 0.00
16_V 5_T 1.02 0.25 0.00
89_L 107_K 1.01 0.24 0.00
173_A 38_L 1.01 0.24 0.00
338_F 104_I 1.01 0.24 0.00
237_T 45_K 1.01 0.24 0.00
198_S 59_L 1.01 0.24 0.00
240_P 92_T 1.01 0.24 0.00
94_G 47_R 1.00 0.24 0.00
97_T 79_Q 1.00 0.24 0.00
248_F 19_G 1.00 0.24 0.00
20_L 17_T 1.00 0.24 0.00
295_D 31_D 1.00 0.24 0.00
52_A 59_L 1.00 0.24 0.00
123_V 74_F 1.00 0.24 0.00
241_M 44_S 1.00 0.23 0.00
97_T 84_E 0.99 0.23 0.00
160_R 31_D 0.99 0.23 0.00
175_T 59_L 0.99 0.23 0.00
171_Q 93_L 0.99 0.23 0.00
89_L 43_V 0.99 0.23 0.00
95_A 80_Q 0.98 0.23 0.00
216_A 32_I 0.98 0.23 0.00
239_L 102_T 0.98 0.22 0.00
249_N 47_R 0.97 0.22 0.00
220_A 32_I 0.97 0.22 0.00
163_I 51_T 0.97 0.22 0.00
292_G 39_T 0.97 0.22 0.00
336_A 82_G 0.97 0.22 0.00
171_Q 106_N 0.97 0.22 0.00
87_Q 19_G 0.97 0.22 0.00
115_T 45_K 0.96 0.21 0.00
111_G 42_D 0.96 0.21 0.00
271_R 76_V 0.96 0.21 0.00
236_D 90_T 0.96 0.21 0.00
134_R 104_I 0.95 0.21 0.00
340_A 29_R 0.95 0.21 0.00
262_V 78_R 0.95 0.21 0.00
119_Q 93_L 0.95 0.21 0.00
264_M 28_Y 0.94 0.20 0.00
162_Q 3_C 0.94 0.20 0.00
232_S 17_T 0.94 0.20 0.00
275_N 14_L 0.94 0.20 0.00
48_A 97_S 0.94 0.20 0.00
207_A 107_K 0.94 0.20 0.00
203_N 42_D 0.94 0.20 0.00
89_L 83_H 0.94 0.20 0.00
260_E 74_F 0.93 0.20 0.00
120_V 105_D 0.93 0.20 0.00
267_T 110_L 0.93 0.20 0.00
342_F 63_L 0.93 0.20 0.00
112_R 61_T 0.93 0.20 0.00
233_A 53_Q 0.93 0.20 0.00
272_S 46_I 0.92 0.19 0.00
244_V 64_M 0.92 0.19 0.00
245_R 92_T 0.91 0.19 0.00
335_V 33_N 0.91 0.19 0.00
313_R 21_S 0.91 0.19 0.00
328_Q 28_Y 0.91 0.19 0.00
131_I 80_Q 0.91 0.19 0.00
43_E 12_V 0.91 0.19 0.00
135_D 19_G 0.90 0.19 0.00
15_G 3_C 0.90 0.19 0.00
195_Q 93_L 0.90 0.19 0.00
250_V 52_Q 0.90 0.18 0.00
335_V 74_F 0.90 0.18 0.00
313_R 93_L 0.90 0.18 0.00
201_M 21_S 0.90 0.18 0.00
220_A 19_G 0.90 0.18 0.00
221_Q 12_V 0.90 0.18 0.00
263_G 24_E 0.90 0.18 0.00
303_Y 80_Q 0.90 0.18 0.00
165_V 38_L 0.89 0.18 0.00
124_L 3_C 0.89 0.18 0.00
133_Q 32_I 0.89 0.18 0.00
149_N 92_T 0.89 0.18 0.00
209_L 77_F 0.89 0.18 0.00
197_Y 74_F 0.89 0.18 0.00
163_I 58_A 0.89 0.18 0.00
114_N 39_T 0.89 0.18 0.00
105_S 5_T 0.89 0.18 0.00
305_L 17_T 0.89 0.18 0.00
270_T 14_L 0.88 0.18 0.00
329_S 19_G 0.88 0.18 0.00
343_S 101_L 0.88 0.18 0.00
296_P 53_Q 0.88 0.17 0.00
113_G 72_T 0.88 0.17 0.00
301_G 28_Y 0.88 0.17 0.00
287_D 32_I 0.88 0.17 0.00
160_R 29_R 0.87 0.17 0.00
117_W 30_P 0.87 0.17 0.00
126_A 105_D 0.87 0.17 0.00
264_M 89_Q 0.87 0.17 0.00
336_A 51_T 0.87 0.17 0.00
296_P 47_R 0.87 0.17 0.00
253_Q 113_N 0.87 0.17 0.00
178_L 39_T 0.87 0.17 0.00
274_G 49_G 0.87 0.17 0.00
94_G 14_L 0.87 0.17 0.00
282_P 84_E 0.87 0.17 0.00
120_V 80_Q 0.87 0.17 0.00
316_L 47_R 0.87 0.17 0.00
74_G 19_G 0.87 0.17 0.00
294_S 61_T 0.86 0.17 0.00
88_P 100_V 0.86 0.17 0.00
56_M 68_F 0.86 0.17 0.00
117_W 55_V 0.86 0.17 0.00
59_P 43_V 0.86 0.17 0.00
292_G 37_Y 0.86 0.17 0.00
117_W 63_L 0.86 0.17 0.00
67_I 29_R 0.86 0.17 0.00
39_E 89_Q 0.86 0.16 0.00
93_S 44_S 0.86 0.16 0.00
267_T 111_S 0.86 0.16 0.00
102_D 14_L 0.85 0.16 0.00
131_I 51_T 0.85 0.16 0.00
137_A 100_V 0.85 0.16 0.00
205_I 91_L 0.85 0.16 0.00
139_Q 74_F 0.85 0.16 0.00
241_M 23_L 0.85 0.16 0.00
69_V 84_E 0.85 0.16 0.00
73_S 101_L 0.85 0.16 0.00
134_R 101_L 0.85 0.16 0.00
119_Q 29_R 0.85 0.16 0.00
85_P 32_I 0.85 0.16 0.00
104_A 72_T 0.85 0.16 0.00
107_L 61_T 0.85 0.16 0.00
117_W 38_L 0.85 0.16 0.00
190_D 105_D 0.84 0.16 0.00
322_K 104_I 0.84 0.16 0.00
56_M 77_F 0.84 0.16 0.00
162_Q 74_F 0.84 0.16 0.00
270_T 102_T 0.84 0.16 0.00
122_S 39_T 0.84 0.16 0.00
47_L 88_Q 0.84 0.16 0.00
98_Q 93_L 0.84 0.16 0.00
275_N 21_S 0.84 0.16 0.00
205_I 42_D 0.84 0.16 0.00
144_D 43_V 0.84 0.16 0.00
60_V 29_R 0.84 0.16 0.00
327_T 14_L 0.84 0.16 0.00
269_S 64_M 0.84 0.15 0.00
78_K 45_K 0.83 0.15 0.00
145_W 95_F 0.83 0.15 0.00
205_I 89_Q 0.83 0.15 0.00
47_L 71_N 0.83 0.15 0.00
342_F 32_I 0.83 0.15 0.00
91_L 43_V 0.83 0.15 0.00
280_Y 58_A 0.83 0.15 0.00
243_V 109_A 0.83 0.15 0.00
68_P 57_Y 0.83 0.15 0.00
268_D 15_M 0.82 0.15 0.00
30_R 59_L 0.82 0.15 0.00
88_P 77_F 0.82 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1357 seconds.