May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
BamA-BamB
Genes: A B A+B
Length: 810 392 1124
Sequences: 1557 3152 636
Seq/Len: 1.92 8.04 0.57
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.54
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.00
2 0.02 0.02 0.00
5 0.02 0.04 0.00
10 0.02 0.05 0.01
20 0.02 0.05 0.01
100 0.02 0.07 0.10
∞ 0.04 0.13 0.53
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
444_V 92_I 1.32 0.46 0.00
458_I 216_V 1.32 0.46 0.00
430_I 73_Y 1.30 0.45 0.00
62_T 157_V 1.22 0.38 0.00
229_Y 67_L 1.21 0.37 0.00
169_F 353_D 1.19 0.36 0.00
229_Y 223_Q 1.16 0.34 0.00
741_M 290_I 1.15 0.33 0.00
347_F 353_D 1.12 0.31 0.00
317_Y 122_V 1.10 0.30 0.00
341_V 199_A 1.10 0.30 0.00
798_K 297_Y 1.09 0.29 0.00
595_L 178_D 1.08 0.29 0.00
608_Y 94_S 1.08 0.28 0.00
285_E 135_N 1.07 0.28 0.00
354_F 43_T 1.07 0.28 0.00
339_V 122_V 1.04 0.26 0.00
260_I 68_A 1.04 0.26 0.00
165_L 131_V 1.04 0.26 0.00
365_L 138_D 1.04 0.26 0.00
271_V 171_L 1.03 0.25 0.00
260_I 181_V 1.02 0.25 0.00
240_I 361_K 1.02 0.25 0.00
653_Y 126_S 1.02 0.25 0.00
703_D 122_V 1.01 0.24 0.00
770_A 336_N 1.00 0.24 0.00
392_L 70_N 1.00 0.24 0.00
438_V 15_T 1.00 0.23 0.00
186_H 67_L 0.99 0.23 0.00
772_I 208_V 0.99 0.23 0.00
336_K 74_A 0.97 0.22 0.00
43_L 81_V 0.96 0.21 0.00
97_I 125_G 0.96 0.21 0.00
336_K 349_I 0.96 0.21 0.00
267_K 162_V 0.96 0.21 0.00
652_F 310_I 0.96 0.21 0.00
322_V 389_S 0.96 0.21 0.00
345_N 297_Y 0.95 0.21 0.00
240_I 378_L 0.94 0.20 0.00
394_F 375_D 0.94 0.20 0.00
256_V 241_I 0.94 0.20 0.00
513_V 258_V 0.94 0.20 0.00
621_I 144_Q 0.94 0.20 0.00
474_T 297_Y 0.94 0.20 0.00
716_L 67_L 0.93 0.20 0.00
744_V 253_V 0.93 0.20 0.00
573_N 362_V 0.93 0.20 0.00
463_N 66_A 0.92 0.19 0.00
95_A 305_V 0.92 0.19 0.00
502_S 223_Q 0.92 0.19 0.00
780_L 88_D 0.92 0.19 0.00
85_L 44_P 0.92 0.19 0.00
513_V 380_I 0.91 0.19 0.00
788_A 262_A 0.91 0.19 0.00
618_Y 266_N 0.90 0.18 0.00
412_V 289_F 0.90 0.18 0.00
308_I 337_L 0.90 0.18 0.00
490_F 164_I 0.90 0.18 0.00
791_F 43_T 0.90 0.18 0.00
717_E 378_L 0.90 0.18 0.00
737_F 73_Y 0.89 0.18 0.00
317_Y 125_G 0.89 0.18 0.00
531_Y 362_V 0.89 0.18 0.00
588_T 134_L 0.89 0.18 0.00
235_Y 265_G 0.89 0.17 0.00
349_V 117_V 0.88 0.17 0.00
663_F 38_V 0.88 0.17 0.00
159_P 258_V 0.88 0.17 0.00
186_H 387_V 0.88 0.17 0.00
394_F 331_V 0.87 0.17 0.00
394_F 345_Y 0.87 0.17 0.00
490_F 315_T 0.87 0.17 0.00
580_K 65_P 0.87 0.17 0.00
600_T 211_G 0.87 0.17 0.00
260_I 216_V 0.87 0.17 0.00
297_N 99_E 0.86 0.17 0.00
182_I 138_D 0.86 0.17 0.00
119_V 343_E 0.86 0.17 0.00
460_G 72_V 0.86 0.17 0.00
169_F 142_A 0.86 0.17 0.00
166_K 207_A 0.86 0.16 0.00
145_G 265_G 0.86 0.16 0.00
382_V 138_D 0.86 0.16 0.00
75_V 53_G 0.86 0.16 0.00
165_L 233_S 0.86 0.16 0.00
352_I 171_L 0.86 0.16 0.00
367_R 278_M 0.86 0.16 0.00
394_F 11_L 0.86 0.16 0.00
598_K 282_E 0.85 0.16 0.00
666_N 124_I 0.85 0.16 0.00
608_Y 234_Q 0.85 0.16 0.00
148_S 73_Y 0.85 0.16 0.00
408_S 88_D 0.85 0.16 0.00
466_Q 162_V 0.85 0.16 0.00
169_F 72_V 0.85 0.16 0.00
291_E 137_S 0.85 0.16 0.00
256_V 178_D 0.85 0.16 0.00
447_D 271_D 0.85 0.16 0.00
530_G 216_V 0.85 0.16 0.00
537_S 207_A 0.85 0.16 0.00
532_V 262_A 0.85 0.16 0.00
94_I 125_G 0.84 0.16 0.00
642_G 178_D 0.84 0.16 0.00
521_E 267_L 0.84 0.16 0.00
608_Y 45_T 0.84 0.16 0.00
779_P 313_G 0.84 0.15 0.00
378_G 255_N 0.84 0.15 0.00
301_V 115_V 0.84 0.15 0.00
654_A 305_V 0.84 0.15 0.00
151_V 234_Q 0.83 0.15 0.00
248_T 207_A 0.83 0.15 0.00
572_F 118_S 0.83 0.15 0.00
490_F 223_Q 0.83 0.15 0.00
266_Y 56_I 0.83 0.15 0.00
444_V 362_V 0.83 0.15 0.00
81_G 219_V 0.83 0.15 0.00
652_F 163_L 0.83 0.15 0.00
151_V 379_L 0.83 0.15 0.00
342_D 218_A 0.83 0.15 0.00
341_V 193_S 0.83 0.15 0.00
64_R 380_I 0.83 0.15 0.00
727_D 271_D 0.83 0.15 0.00
65_A 257_V 0.82 0.15 0.00
536_L 159_D 0.82 0.15 0.00
240_I 68_A 0.82 0.15 0.00
635_W 278_M 0.82 0.15 0.00
167_L 157_V 0.82 0.15 0.00
107_D 308_L 0.82 0.15 0.00
747_T 274_S 0.82 0.15 0.00
65_A 9_P 0.82 0.15 0.00
260_I 204_F 0.81 0.14 0.00
125_L 87_D 0.81 0.14 0.00
28_D 109_A 0.81 0.14 0.00
519_I 46_T 0.81 0.14 0.00
770_A 207_A 0.81 0.14 0.00
236_A 382_A 0.81 0.14 0.00
335_V 69_D 0.81 0.14 0.00
252_K 255_N 0.81 0.14 0.00
151_V 49_S 0.81 0.14 0.00
31_F 38_V 0.81 0.14 0.00
788_A 156_V 0.81 0.14 0.00
409_P 332_L 0.81 0.14 0.00
258_V 69_D 0.81 0.14 0.00
449_W 89_G 0.81 0.14 0.00
628_V 356_F 0.81 0.14 0.00
611_V 193_S 0.81 0.14 0.00
582_D 223_Q 0.81 0.14 0.00
382_V 135_N 0.80 0.14 0.00
292_P 159_D 0.80 0.14 0.00
716_L 350_N 0.80 0.14 0.00
421_R 216_V 0.80 0.14 0.00
332_D 176_E 0.80 0.14 0.00
788_A 74_A 0.80 0.14 0.00
88_V 73_Y 0.80 0.14 0.00
652_F 86_A 0.80 0.14 0.00
469_A 147_V 0.80 0.14 0.00
628_V 73_Y 0.80 0.14 0.00
652_F 157_V 0.80 0.14 0.00
301_V 178_D 0.80 0.14 0.00
348_Y 265_G 0.80 0.14 0.00
718_F 221_M 0.80 0.14 0.00
594_N 84_L 0.80 0.14 0.00
382_V 382_A 0.79 0.14 0.00
70_G 346_L 0.79 0.14 0.00
594_N 166_T 0.79 0.14 0.00
237_R 171_L 0.79 0.14 0.00
155_V 278_M 0.79 0.14 0.00
130_I 163_L 0.79 0.14 0.00
577_T 21_S 0.79 0.14 0.00
176_E 291_V 0.79 0.14 0.00
210_G 222_E 0.79 0.14 0.00
164_D 305_V 0.79 0.14 0.00
156_T 297_Y 0.79 0.14 0.00
708_G 305_V 0.79 0.13 0.00
717_E 385_G 0.79 0.13 0.00
621_I 95_V 0.78 0.13 0.00
38_A 260_A 0.78 0.13 0.00
791_F 332_L 0.78 0.13 0.00
189_T 135_N 0.78 0.13 0.00
475_N 133_A 0.78 0.13 0.00
389_L 375_D 0.78 0.13 0.00
372_M 278_M 0.78 0.13 0.00
169_F 76_D 0.78 0.13 0.00
341_V 276_Q 0.78 0.13 0.00
791_F 34_P 0.78 0.13 0.00
375_A 112_S 0.78 0.13 0.00
322_V 376_G 0.78 0.13 0.00
377_L 348_W 0.78 0.13 0.00
165_L 326_L 0.78 0.13 0.00
61_N 271_D 0.78 0.13 0.00
205_W 81_V 0.78 0.13 0.00
766_I 198_S 0.78 0.13 0.00
653_Y 278_M 0.78 0.13 0.00
337_L 194_L 0.77 0.13 0.00
772_I 171_L 0.77 0.13 0.00
467_T 86_A 0.77 0.13 0.00
783_L 72_V 0.77 0.13 0.00
598_K 194_L 0.77 0.13 0.00
285_E 90_K 0.77 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11523 0.57 BamA-BamB Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
1438 0.01 BamAB Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) Killed
Page generated in 0.1055 seconds.