May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
YidC-YajC
Genes: A B A+B
Length: 548 110 654
Sequences: 1547 2118 751
Seq/Len: 2.82 19.25 1.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.00 0.00
2 0.08 0.00 0.00
5 0.08 0.00 0.01
10 0.08 0.00 0.01
20 0.08 0.00 0.01
100 0.08 0.00 0.11
∞ 0.08 0.00 1.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
16_S 33_I 4.10 1.00 1.00
12_L 33_I 1.99 0.96 0.93
480_K 31_G 1.36 0.71 0.55
479_Q 43_Q 1.28 0.64 0.46
479_Q 27_L 1.19 0.55 0.36
350_F 56_I 1.15 0.52 0.33
452_A 95_R 1.14 0.50 0.31
397_L 76_A 1.13 0.49 0.30
186_K 72_V 1.12 0.48 0.29
511_S 109_A 1.11 0.48 0.28
509_F 49_H 1.11 0.47 0.28
495_M 54_D 1.09 0.46 0.26
336_I 63_L 1.08 0.45 0.26
165_F 56_I 1.08 0.45 0.26
15_V 72_V 1.07 0.43 0.24
69_D 91_V 1.06 0.43 0.24
51_G 25_L 1.06 0.42 0.24
364_I 46_T 1.05 0.42 0.23
348_H 98_V 1.05 0.41 0.23
305_S 50_K 1.04 0.41 0.23
517_Y 37_M 1.04 0.41 0.22
226_P 50_K 1.02 0.39 0.21
77_G 76_A 1.02 0.39 0.20
408_M 33_I 1.00 0.37 0.19
350_F 27_L 0.99 0.37 0.18
137_A 62_V 0.99 0.36 0.18
450_P 77_E 0.97 0.35 0.17
403_R 72_V 0.96 0.34 0.16
327_T 24_I 0.96 0.34 0.16
171_D 72_V 0.95 0.33 0.16
416_K 104_K 0.95 0.33 0.15
9_V 33_I 0.95 0.33 0.15
498_M 62_V 0.95 0.33 0.15
343_L 85_L 0.95 0.33 0.15
34_Q 84_A 0.94 0.32 0.15
427_L 56_I 0.93 0.31 0.14
330_Y 71_R 0.93 0.31 0.14
426_L 85_L 0.92 0.31 0.14
380_M 53_M 0.92 0.30 0.13
420_L 63_L 0.92 0.30 0.13
461_Q 52_L 0.91 0.30 0.13
522_L 99_A 0.91 0.29 0.13
170_G 32_L 0.91 0.29 0.13
399_D 73_T 0.91 0.29 0.13
79_V 96_D 0.90 0.29 0.13
183_A 72_V 0.90 0.29 0.12
417_V 27_L 0.90 0.29 0.12
17_F 30_F 0.90 0.29 0.12
448_Q 98_V 0.90 0.29 0.12
16_S 29_V 0.90 0.29 0.12
262_T 109_A 0.90 0.29 0.12
351_V 68_L 0.90 0.28 0.12
376_Q 23_L 0.89 0.28 0.12
523_V 32_L 0.89 0.28 0.12
524_T 31_G 0.89 0.28 0.12
254_A 54_D 0.88 0.27 0.11
34_Q 12_T 0.87 0.26 0.11
500_V 83_I 0.86 0.26 0.10
492_Q 46_T 0.86 0.26 0.10
493_K 50_K 0.86 0.26 0.10
381_A 71_R 0.86 0.26 0.10
23_W 61_E 0.86 0.26 0.10
413_K 52_L 0.86 0.26 0.10
357_S 39_L 0.86 0.25 0.10
265_I 62_V 0.85 0.25 0.10
4_Q 38_I 0.85 0.25 0.10
481_M 93_I 0.84 0.25 0.10
132_N 98_V 0.84 0.25 0.10
325_D 32_L 0.84 0.24 0.10
509_F 104_K 0.84 0.24 0.10
475_M 49_H 0.84 0.24 0.10
16_S 30_F 0.84 0.24 0.09
335_F 38_I 0.84 0.24 0.09
145_N 72_V 0.84 0.24 0.09
296_Q 51_K 0.83 0.24 0.09
343_L 48_E 0.83 0.23 0.09
505_F 34_F 0.83 0.23 0.09
406_Q 103_P 0.82 0.23 0.09
334_W 52_L 0.82 0.23 0.09
522_L 77_E 0.82 0.23 0.09
342_K 99_A 0.82 0.23 0.09
387_Q 101_V 0.81 0.23 0.08
451_F 34_F 0.81 0.22 0.08
474_T 66_G 0.81 0.22 0.08
83_L 27_L 0.81 0.22 0.08
76_G 70_G 0.81 0.22 0.08
77_G 25_L 0.81 0.22 0.08
495_M 38_I 0.81 0.22 0.08
227_D 98_V 0.80 0.22 0.08
72_I 30_F 0.80 0.22 0.08
474_T 35_Y 0.80 0.22 0.08
335_F 93_I 0.80 0.22 0.08
62_S 72_V 0.80 0.21 0.08
65_T 105_G 0.80 0.21 0.08
517_Y 52_L 0.80 0.21 0.08
58_G 50_K 0.80 0.21 0.08
99_L 11_A 0.79 0.21 0.07
401_K 52_L 0.79 0.21 0.07
538_R 38_I 0.79 0.21 0.07
232_K 71_R 0.79 0.21 0.07
428_I 85_L 0.79 0.21 0.07
71_T 46_T 0.79 0.21 0.07
531_I 104_K 0.79 0.21 0.07
16_S 52_L 0.79 0.21 0.07
23_W 103_P 0.79 0.21 0.07
400_D 92_V 0.78 0.20 0.07
356_F 28_V 0.78 0.20 0.07
403_R 93_I 0.78 0.20 0.07
521_N 59_G 0.78 0.20 0.07
134_E 68_L 0.78 0.20 0.07
354_W 102_L 0.78 0.20 0.07
417_V 76_A 0.78 0.20 0.07
351_V 72_V 0.78 0.20 0.07
51_G 98_V 0.77 0.20 0.07
153_Y 38_I 0.77 0.20 0.07
17_F 29_V 0.77 0.20 0.07
281_N 45_R 0.77 0.20 0.07
128_R 62_V 0.77 0.20 0.07
194_G 35_Y 0.77 0.20 0.07
361_I 39_L 0.77 0.20 0.07
65_T 45_R 0.77 0.20 0.07
228_E 75_V 0.77 0.20 0.07
319_A 93_I 0.77 0.20 0.07
354_W 69_V 0.77 0.20 0.07
363_F 66_G 0.77 0.20 0.07
170_G 72_V 0.77 0.20 0.07
427_L 100_A 0.77 0.20 0.07
344_L 27_L 0.77 0.19 0.07
185_E 72_V 0.77 0.19 0.07
439_M 75_V 0.77 0.19 0.07
55_S 81_I 0.77 0.19 0.07
477_F 101_V 0.76 0.19 0.06
103_S 68_L 0.76 0.19 0.06
130_L 14_A 0.76 0.19 0.06
370_Y 17_Q 0.76 0.19 0.06
317_M 46_T 0.76 0.19 0.06
152_T 51_K 0.76 0.19 0.06
436_L 65_N 0.76 0.19 0.06
381_A 103_P 0.76 0.19 0.06
367_G 54_D 0.76 0.19 0.06
137_A 98_V 0.76 0.19 0.06
4_Q 12_T 0.76 0.19 0.06
184_G 72_V 0.75 0.19 0.06
428_I 109_A 0.75 0.19 0.06
170_G 68_L 0.75 0.19 0.06
434_L 72_V 0.75 0.18 0.06
532_Y 58_K 0.75 0.18 0.06
194_G 62_V 0.75 0.18 0.06
103_S 73_T 0.75 0.18 0.06
420_L 65_N 0.75 0.18 0.06
13_L 26_M 0.74 0.18 0.06
185_E 109_A 0.74 0.18 0.06
107_I 25_L 0.74 0.18 0.06
98_Q 83_I 0.74 0.18 0.06
116_G 87_D 0.74 0.18 0.06
378_T 45_R 0.74 0.18 0.06
526_I 98_V 0.74 0.18 0.06
174_V 24_I 0.74 0.18 0.06
165_F 93_I 0.74 0.18 0.06
116_G 18_G 0.74 0.18 0.06
132_N 17_Q 0.74 0.18 0.06
75_R 74_K 0.74 0.18 0.06
367_G 19_S 0.74 0.18 0.06
386_L 24_I 0.74 0.18 0.06
498_M 39_L 0.73 0.18 0.06
323_H 21_M 0.73 0.17 0.05
493_K 48_E 0.73 0.17 0.05
367_G 62_V 0.73 0.17 0.05
158_G 48_E 0.73 0.17 0.05
482_S 97_F 0.73 0.17 0.05
18_M 62_V 0.73 0.17 0.05
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0828 seconds.