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OPENSEQ.org
BamA SurA
Genes: A B A+B
Length: 810 428 1144
Sequences: 1557 2689 271
Seq/Len: 1.92 6.28 0.24
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.00
2 0.02 0.04 0.00
5 0.02 0.04 0.01
10 0.02 0.04 0.01
20 0.02 0.04 0.06
100 0.02 0.06 0.22
∞ 0.04 0.20 0.69
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
788_A 140_E 2.00 0.66 0.02
260_I 379_E 1.64 0.44 0.01
774_L 314_I 1.63 0.44 0.01
188_F 71_M 1.55 0.39 0.01
137_L 89_V 1.53 0.38 0.01
177_I 374_G 1.52 0.37 0.01
490_F 359_R 1.45 0.33 0.01
122_G 339_G 1.45 0.33 0.01
389_L 377_L 1.43 0.32 0.01
524_S 92_S 1.39 0.30 0.00
394_F 91_I 1.39 0.30 0.00
382_V 97_D 1.38 0.29 0.00
414_V 38_L 1.37 0.29 0.00
807_G 368_P 1.37 0.29 0.00
389_L 69_Q 1.36 0.28 0.00
256_V 42_V 1.33 0.27 0.00
301_V 325_A 1.32 0.26 0.00
200_R 290_I 1.32 0.26 0.00
802_F 342_G 1.31 0.26 0.00
25_V 118_L 1.29 0.25 0.00
394_F 38_L 1.29 0.25 0.00
122_G 289_H 1.29 0.25 0.00
125_L 181_I 1.26 0.24 0.00
65_A 30_A 1.23 0.22 0.00
218_K 333_G 1.21 0.21 0.00
807_G 75_I 1.21 0.21 0.00
618_Y 311_A 1.20 0.21 0.00
268_L 113_Q 1.20 0.21 0.00
296_Y 75_I 1.19 0.21 0.00
347_F 128_Y 1.19 0.20 0.00
296_Y 414_M 1.19 0.20 0.00
629_V 132_I 1.18 0.20 0.00
322_V 371_S 1.18 0.20 0.00
787_Y 368_P 1.18 0.20 0.00
638_G 369_V 1.18 0.20 0.00
399_D 188_T 1.17 0.20 0.00
384_Q 176_L 1.17 0.20 0.00
739_W 192_V 1.16 0.19 0.00
393_G 311_A 1.15 0.19 0.00
77_V 81_L 1.15 0.19 0.00
659_T 136_M 1.15 0.19 0.00
412_V 321_F 1.15 0.19 0.00
769_S 342_G 1.14 0.18 0.00
580_K 181_I 1.14 0.18 0.00
582_D 175_N 1.14 0.18 0.00
189_T 250_A 1.12 0.18 0.00
177_I 90_K 1.12 0.18 0.00
334_T 91_I 1.12 0.18 0.00
75_V 309_Q 1.12 0.18 0.00
29_I 312_A 1.11 0.17 0.00
169_F 112_D 1.11 0.17 0.00
99_F 356_A 1.11 0.17 0.00
296_Y 374_G 1.10 0.17 0.00
29_I 89_V 1.10 0.17 0.00
308_I 88_G 1.09 0.17 0.00
186_H 194_E 1.09 0.17 0.00
169_F 382_D 1.09 0.17 0.00
240_I 197_S 1.09 0.17 0.00
621_I 296_P 1.08 0.16 0.00
105_V 353_F 1.08 0.16 0.00
418_V 118_L 1.08 0.16 0.00
516_G 38_L 1.07 0.16 0.00
432_Y 244_A 1.07 0.16 0.00
248_T 365_M 1.07 0.16 0.00
445_Q 42_V 1.07 0.16 0.00
341_V 42_V 1.07 0.16 0.00
394_F 29_A 1.07 0.16 0.00
627_W 79_I 1.07 0.16 0.00
475_N 283_T 1.06 0.16 0.00
304_M 378_I 1.06 0.16 0.00
796_G 363_G 1.06 0.16 0.00
608_Y 142_R 1.06 0.15 0.00
472_S 374_G 1.05 0.15 0.00
190_T 362_K 1.05 0.15 0.00
613_L 352_A 1.05 0.15 0.00
90_E 358_T 1.04 0.15 0.00
260_I 322_A 1.04 0.15 0.00
296_Y 132_I 1.04 0.15 0.00
583_R 398_Y 1.04 0.15 0.00
365_L 183_L 1.04 0.15 0.00
433_G 110_T 1.04 0.15 0.00
716_L 89_V 1.04 0.15 0.00
317_Y 178_H 1.03 0.15 0.00
456_V 259_I 1.03 0.15 0.00
774_L 38_L 1.03 0.15 0.00
787_Y 317_G 1.03 0.15 0.00
41_A 283_T 1.03 0.15 0.00
151_V 364_Q 1.03 0.15 0.00
416_Y 163_Q 1.03 0.15 0.00
628_V 123_L 1.03 0.15 0.00
226_L 86_K 1.03 0.14 0.00
484_S 324_A 1.03 0.14 0.00
110_L 251_K 1.03 0.14 0.00
97_I 89_V 1.02 0.14 0.00
305_E 184_P 1.02 0.14 0.00
458_I 309_Q 1.02 0.14 0.00
362_D 333_G 1.02 0.14 0.00
388_R 379_E 1.02 0.14 0.00
456_V 132_I 1.01 0.14 0.00
722_T 241_G 1.01 0.14 0.00
632_R 190_D 1.01 0.14 0.00
341_V 116_S 1.01 0.14 0.00
392_L 44_G 1.01 0.14 0.00
130_I 181_I 1.01 0.14 0.00
421_R 398_Y 1.01 0.14 0.00
519_I 246_A 1.01 0.14 0.00
197_F 398_Y 1.01 0.14 0.00
630_L 314_I 1.01 0.14 0.00
231_L 368_P 1.01 0.14 0.00
182_I 307_L 1.01 0.14 0.00
400_T 302_Q 1.01 0.14 0.00
766_I 345_T 1.00 0.14 0.00
621_I 101_A 1.00 0.14 0.00
86_V 371_S 1.00 0.14 0.00
399_D 47_Q 1.00 0.14 0.00
64_R 188_T 1.00 0.14 0.00
172_G 374_G 1.00 0.14 0.00
621_I 162_Q 1.00 0.14 0.00
490_F 290_I 1.00 0.14 0.00
405_V 89_V 1.00 0.14 0.00
351_K 269_K 1.00 0.14 0.00
394_F 94_E 1.00 0.14 0.00
103_K 143_N 1.00 0.14 0.00
283_E 290_I 1.00 0.14 0.00
362_D 109_M 1.00 0.14 0.00
82_D 189_S 1.00 0.14 0.00
332_D 75_I 1.00 0.14 0.00
636_G 181_I 0.99 0.14 0.00
29_I 84_G 0.99 0.14 0.00
471_L 29_A 0.99 0.14 0.00
471_L 34_N 0.99 0.13 0.00
385_G 414_M 0.99 0.13 0.00
618_Y 38_L 0.99 0.13 0.00
352_I 357_L 0.99 0.13 0.00
363_A 349_F 0.99 0.13 0.00
72_F 32_V 0.98 0.13 0.00
68_A 176_L 0.98 0.13 0.00
772_I 86_K 0.98 0.13 0.00
636_G 251_K 0.98 0.13 0.00
539_M 91_I 0.97 0.13 0.00
240_I 110_T 0.97 0.13 0.00
307_D 124_N 0.97 0.13 0.00
75_V 139_S 0.97 0.13 0.00
716_L 102_N 0.97 0.13 0.00
333_K 191_Q 0.97 0.13 0.00
531_Y 324_A 0.97 0.13 0.00
377_L 346_P 0.97 0.13 0.00
413_D 338_G 0.97 0.13 0.00
137_L 163_Q 0.97 0.13 0.00
418_V 94_E 0.97 0.13 0.00
84_L 80_I 0.97 0.13 0.00
788_A 79_I 0.97 0.13 0.00
389_L 209_G 0.97 0.13 0.00
385_G 376_H 0.97 0.13 0.00
317_Y 84_G 0.96 0.13 0.00
790_P 128_Y 0.96 0.13 0.00
75_V 89_V 0.96 0.13 0.00
667_T 330_Q 0.96 0.13 0.00
718_F 96_L 0.96 0.13 0.00
531_Y 150_I 0.96 0.12 0.00
608_Y 189_S 0.96 0.12 0.00
800_E 375_W 0.96 0.12 0.00
304_M 212_F 0.96 0.12 0.00
667_T 181_I 0.96 0.12 0.00
80_D 75_I 0.96 0.12 0.00
377_L 325_A 0.96 0.12 0.00
432_Y 250_A 0.95 0.12 0.00
400_T 176_L 0.95 0.12 0.00
214_Y 140_E 0.95 0.12 0.00
54_V 189_S 0.95 0.12 0.00
155_V 390_D 0.95 0.12 0.00
29_I 342_G 0.95 0.12 0.00
537_S 92_S 0.95 0.12 0.00
115_E 92_S 0.94 0.12 0.00
256_V 31_V 0.94 0.12 0.00
437_G 321_F 0.94 0.12 0.00
423_T 330_Q 0.94 0.12 0.00
122_G 353_F 0.94 0.12 0.00
240_I 188_T 0.94 0.12 0.00
773_A 178_H 0.94 0.12 0.00
322_V 357_L 0.94 0.12 0.00
519_I 412_S 0.94 0.12 0.00
641_L 37_V 0.94 0.12 0.00
787_Y 183_L 0.94 0.12 0.00
445_Q 283_T 0.94 0.12 0.00
413_D 339_G 0.93 0.12 0.00
206_W 110_T 0.93 0.12 0.00
220_A 145_E 0.93 0.12 0.00
214_Y 332_P 0.93 0.12 0.00
745_W 315_K 0.93 0.12 0.00
190_T 137_I 0.93 0.12 0.00
709_N 154_P 0.93 0.12 0.00
339_V 310_I 0.93 0.12 0.00
235_Y 182_P 0.93 0.12 0.00
408_S 84_G 0.93 0.12 0.00
428_F 249_T 0.93 0.12 0.00
135_K 110_T 0.93 0.12 0.00
286_Q 66_L 0.93 0.12 0.00
334_T 29_A 0.93 0.12 0.00
342_D 128_Y 0.93 0.12 0.00
119_V 310_I 0.93 0.12 0.00
807_G 91_I 0.93 0.12 0.00
515_L 396_R 0.93 0.12 0.00
414_V 33_N 0.93 0.12 0.00
389_L 211_D 0.93 0.12 0.00
182_I 81_L 0.93 0.12 0.00
240_I 114_M 0.92 0.12 0.00
261_T 160_L 0.92 0.12 0.00
807_G 366_S 0.92 0.12 0.00
568_D 365_M 0.92 0.12 0.00
385_G 128_Y 0.92 0.12 0.00
86_V 70_I 0.92 0.12 0.00
660_V 362_K 0.92 0.12 0.00
538_N 382_D 0.92 0.12 0.00
709_N 177_S 0.92 0.11 0.00
615_T 33_N 0.92 0.11 0.00
240_I 135_E 0.91 0.11 0.00
460_G 143_N 0.91 0.11 0.00
214_Y 132_I 0.91 0.11 0.00
200_R 374_G 0.91 0.11 0.00
70_G 366_S 0.91 0.11 0.00
737_F 382_D 0.91 0.11 0.00
389_L 258_P 0.91 0.11 0.00
103_K 366_S 0.91 0.11 0.00
46_M 75_I 0.91 0.11 0.00
422_N 51_L 0.91 0.11 0.00
67_F 391_A 0.91 0.11 0.00
62_T 305_V 0.90 0.11 0.00
798_K 279_N 0.90 0.11 0.00
62_T 348_I 0.90 0.11 0.00
30_H 417_Q 0.90 0.11 0.00
576_W 61_P 0.90 0.11 0.00
271_V 118_L 0.90 0.11 0.00
158_L 208_N 0.90 0.11 0.00
639_D 141_V 0.90 0.11 0.00
474_T 118_L 0.90 0.11 0.00
82_D 160_L 0.90 0.11 0.00
530_G 41_D 0.90 0.11 0.00
572_F 279_N 0.90 0.11 0.00
740_D 397_A 0.90 0.11 0.00
458_I 29_A 0.90 0.11 0.00
579_N 129_R 0.90 0.11 0.00
583_R 105_K 0.90 0.11 0.00
349_V 160_L 0.89 0.11 0.00
742_G 158_E 0.89 0.11 0.00
529_L 335_A 0.89 0.11 0.00
240_I 311_A 0.89 0.11 0.00
89_K 368_P 0.89 0.11 0.00
369_M 35_G 0.89 0.11 0.00
773_A 34_N 0.89 0.11 0.00
703_D 89_V 0.89 0.11 0.00
633_T 108_N 0.89 0.11 0.00
341_V 34_N 0.89 0.11 0.00
432_Y 70_I 0.89 0.11 0.00
55_N 148_R 0.89 0.11 0.00
99_F 70_I 0.89 0.11 0.00
359_T 357_L 0.89 0.11 0.00
519_I 398_Y 0.89 0.11 0.00
426_F 63_D 0.89 0.11 0.00
303_K 47_Q 0.89 0.11 0.00
660_V 322_A 0.89 0.11 0.00
303_K 42_V 0.88 0.11 0.00
576_W 84_G 0.88 0.11 0.00
769_S 341_L 0.88 0.11 0.00
631_G 251_K 0.88 0.11 0.00
176_E 259_I 0.88 0.10 0.00
396_E 391_A 0.88 0.10 0.00
332_D 134_K 0.88 0.10 0.00
426_F 128_Y 0.88 0.10 0.00
519_I 386_V 0.88 0.10 0.00
169_F 121_D 0.88 0.10 0.00
668_I 196_E 0.88 0.10 0.00
126_D 323_A 0.88 0.10 0.00
647_P 353_F 0.88 0.10 0.00
315_Y 128_Y 0.88 0.10 0.00
660_V 325_A 0.88 0.10 0.00
359_T 141_V 0.88 0.10 0.00
400_T 380_L 0.88 0.10 0.00
704_D 67_R 0.88 0.10 0.00
426_F 189_S 0.88 0.10 0.00
151_V 406_F 0.88 0.10 0.00
125_L 395_D 0.88 0.10 0.00
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362_D 376_H 0.88 0.10 0.00
167_L 317_G 0.87 0.10 0.00
394_F 188_T 0.87 0.10 0.00
214_Y 87_M 0.87 0.10 0.00
240_I 254_D 0.87 0.10 0.00
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283_E 397_A 0.87 0.10 0.00
393_G 42_V 0.87 0.10 0.00
450_L 341_L 0.87 0.10 0.00
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182_I 390_D 0.87 0.10 0.00
429_G 357_L 0.87 0.10 0.00
304_M 196_E 0.87 0.10 0.00
433_G 252_K 0.87 0.10 0.00
240_I 214_K 0.87 0.10 0.00
251_K 325_A 0.87 0.10 0.00
458_I 389_T 0.87 0.10 0.00
484_S 37_V 0.87 0.10 0.00
524_S 74_L 0.87 0.10 0.00
334_T 367_A 0.86 0.10 0.00
621_I 345_T 0.86 0.10 0.00
29_I 388_K 0.86 0.10 0.00
42_A 120_Y 0.86 0.10 0.00
308_I 261_S 0.86 0.10 0.00
365_L 393_Q 0.86 0.10 0.00
214_Y 383_T 0.86 0.10 0.00
774_L 320_T 0.86 0.10 0.00
610_K 173_E 0.86 0.10 0.00
217_Q 255_I 0.86 0.10 0.00
475_N 420_S 0.86 0.10 0.00
418_V 150_I 0.86 0.10 0.00
256_V 312_A 0.86 0.10 0.00
273_V 311_A 0.86 0.10 0.00
382_V 284_E 0.86 0.10 0.00
653_Y 364_Q 0.86 0.10 0.00
195_S 181_I 0.86 0.10 0.00
490_F 371_S 0.86 0.10 0.00
256_V 112_D 0.86 0.10 0.00
93_T 378_I 0.86 0.10 0.00
531_Y 66_L 0.86 0.10 0.00
157_P 370_H 0.85 0.10 0.00
287_L 244_A 0.85 0.10 0.00
64_R 79_I 0.85 0.10 0.00
660_V 290_I 0.85 0.10 0.00
785_F 154_P 0.85 0.10 0.00
190_T 257_G 0.85 0.10 0.00
192_E 70_I 0.85 0.10 0.00
220_A 189_S 0.85 0.10 0.00
422_N 34_N 0.85 0.10 0.00
581_L 69_Q 0.85 0.10 0.00
165_L 343_W 0.85 0.10 0.00
200_R 60_L 0.85 0.10 0.00
570_F 29_A 0.85 0.10 0.00
449_W 80_I 0.85 0.10 0.00
389_L 369_V 0.85 0.10 0.00
570_F 343_W 0.85 0.10 0.00
440_F 125_Y 0.85 0.10 0.00
324_S 378_I 0.85 0.10 0.00
135_K 212_F 0.85 0.10 0.00
235_Y 284_E 0.85 0.10 0.00
39_V 211_D 0.85 0.10 0.00
388_R 29_A 0.85 0.10 0.00
408_S 188_T 0.85 0.10 0.00
318_A 397_A 0.85 0.10 0.00
28_D 37_V 0.85 0.10 0.00
764_S 63_D 0.85 0.10 0.00
715_S 384_R 0.85 0.10 0.00
169_F 80_I 0.85 0.10 0.00
760_Y 75_I 0.84 0.10 0.00
334_T 34_N 0.84 0.10 0.00
456_V 58_Q 0.84 0.10 0.00
120_R 408_E 0.84 0.10 0.00
490_F 399_R 0.84 0.10 0.00
420_E 108_N 0.84 0.10 0.00
62_T 365_M 0.84 0.10 0.00
783_L 42_V 0.84 0.10 0.00
709_N 320_T 0.84 0.10 0.00
526_R 362_K 0.84 0.10 0.00
305_E 80_I 0.84 0.10 0.00
783_L 160_L 0.84 0.10 0.00
45_S 87_M 0.84 0.10 0.00
323_Q 357_L 0.84 0.10 0.00
235_Y 176_L 0.84 0.10 0.00
59_I 351_P 0.84 0.10 0.00
444_V 62_D 0.84 0.10 0.00
510_G 70_I 0.84 0.10 0.00
621_I 250_A 0.84 0.10 0.00
715_S 128_Y 0.84 0.10 0.00
301_V 369_V 0.84 0.10 0.00
154_V 254_D 0.84 0.10 0.00
394_F 348_I 0.84 0.10 0.00
438_V 347_D 0.84 0.10 0.00
240_I 154_P 0.84 0.10 0.00
791_F 193_N 0.84 0.10 0.00
582_D 312_A 0.84 0.10 0.00
420_E 71_M 0.84 0.10 0.00
713_V 368_P 0.84 0.10 0.00
780_L 377_L 0.84 0.10 0.00
416_Y 247_L 0.84 0.10 0.00
583_R 327_E 0.84 0.10 0.00
608_Y 135_E 0.84 0.10 0.00
149_A 314_I 0.84 0.10 0.00
628_V 417_Q 0.84 0.10 0.00
260_I 56_A 0.84 0.10 0.00
440_F 139_S 0.84 0.10 0.00
337_L 81_L 0.84 0.10 0.00
85_L 401_L 0.83 0.10 0.00
192_E 290_I 0.83 0.10 0.00
68_A 31_V 0.83 0.10 0.00
487_G 360_L 0.83 0.10 0.00
42_A 89_V 0.83 0.09 0.00
426_F 377_L 0.83 0.09 0.00
186_H 324_A 0.83 0.09 0.00
62_T 375_W 0.83 0.09 0.00
292_P 324_A 0.83 0.09 0.00
734_R 110_T 0.83 0.09 0.00
149_A 155_Q 0.83 0.09 0.00
287_L 44_G 0.83 0.09 0.00
93_T 192_V 0.83 0.09 0.00
235_Y 327_E 0.83 0.09 0.00
152_K 179_I 0.83 0.09 0.00
85_L 182_P 0.83 0.09 0.00
627_W 71_M 0.83 0.09 0.00
787_Y 370_H 0.83 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13890 0.07 BamA-SurA Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11993 0.74 BamA_SurA Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done
11452 0.24 BamA SurA Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.02 Done
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