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OPENSEQ.org
pepQ
Genes: A B A+B
Length: 197 441 622
Sequences: 2325 2243 98
Seq/Len: 11.8 5.09 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.04 0.14
2 0.00 0.05 0.14
5 0.00 0.05 0.15
10 0.00 0.05 0.15
20 0.00 0.05 0.15
100 0.00 0.05 0.19
∞ 0.00 0.11 0.67
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
94_Y 221_H 1.75 0.41 0.00
12_R 425_C 1.69 0.37 0.00
163_V 259_T 1.65 0.35 0.00
94_Y 125_I 1.63 0.34 0.00
40_H 256_I 1.57 0.31 0.00
105_A 368_L 1.53 0.29 0.00
86_V 54_V 1.52 0.29 0.00
94_Y 345_V 1.52 0.29 0.00
135_S 303_L 1.50 0.28 0.00
87_V 412_K 1.50 0.28 0.00
94_Y 233_R 1.50 0.28 0.00
69_T 386_F 1.45 0.26 0.00
115_C 250_Y 1.42 0.24 0.00
83_F 280_I 1.41 0.24 0.00
184_L 216_I 1.39 0.23 0.00
146_L 322_A 1.35 0.21 0.00
160_A 284_Q 1.33 0.21 0.00
12_R 312_I 1.32 0.20 0.00
148_E 361_A 1.31 0.20 0.00
101_T 386_F 1.31 0.20 0.00
115_C 386_F 1.30 0.19 0.00
98_Q 42_Y 1.28 0.19 0.00
167_I 125_I 1.28 0.19 0.00
177_L 280_I 1.28 0.19 0.00
138_E 183_E 1.25 0.18 0.00
42_D 345_V 1.24 0.17 0.00
167_I 312_I 1.24 0.17 0.00
23_L 325_V 1.23 0.17 0.00
152_L 272_I 1.23 0.17 0.00
40_H 236_Q 1.23 0.17 0.00
69_T 18_I 1.23 0.17 0.00
160_A 272_I 1.23 0.17 0.00
42_D 198_A 1.22 0.17 0.00
97_I 414_Y 1.21 0.17 0.00
56_A 69_N 1.21 0.16 0.00
76_A 222_G 1.21 0.16 0.00
25_A 375_G 1.20 0.16 0.00
26_P 127_R 1.20 0.16 0.00
145_R 233_R 1.19 0.16 0.00
159_T 275_V 1.19 0.16 0.00
31_A 243_I 1.17 0.15 0.00
97_I 260_Y 1.17 0.15 0.00
110_G 107_D 1.17 0.15 0.00
125_V 6_L 1.17 0.15 0.00
94_Y 411_F 1.17 0.15 0.00
27_I 412_K 1.16 0.15 0.00
177_L 49_D 1.16 0.15 0.00
158_F 351_S 1.16 0.15 0.00
169_V 281_R 1.16 0.15 0.00
124_L 114_P 1.15 0.15 0.00
168_A 107_D 1.15 0.15 0.00
94_Y 42_Y 1.15 0.15 0.00
148_E 126_D 1.15 0.15 0.00
13_E 98_P 1.14 0.14 0.00
158_F 143_P 1.14 0.14 0.00
168_A 396_K 1.14 0.14 0.00
150_N 238_L 1.14 0.14 0.00
158_F 317_P 1.14 0.14 0.00
145_R 411_F 1.14 0.14 0.00
135_S 184_A 1.13 0.14 0.00
163_V 105_H 1.13 0.14 0.00
142_V 294_Q 1.12 0.14 0.00
158_F 270_A 1.12 0.14 0.00
42_D 42_Y 1.12 0.14 0.00
158_F 18_I 1.12 0.14 0.00
89_L 72_L 1.12 0.14 0.00
32_D 410_Q 1.11 0.14 0.00
139_L 125_I 1.10 0.13 0.00
145_R 322_A 1.09 0.13 0.00
44_N 424_V 1.09 0.13 0.00
105_A 98_P 1.09 0.13 0.00
181_L 40_L 1.09 0.13 0.00
50_W 316_S 1.09 0.13 0.00
13_E 84_F 1.08 0.13 0.00
183_D 395_K 1.08 0.13 0.00
15_I 364_P 1.08 0.13 0.00
115_C 159_F 1.08 0.13 0.00
109_G 349_A 1.07 0.13 0.00
140_A 95_P 1.07 0.12 0.00
158_F 220_E 1.07 0.12 0.00
185_S 230_L 1.07 0.12 0.00
138_E 433_L 1.06 0.12 0.00
146_L 133_E 1.06 0.12 0.00
164_Q 156_Q 1.06 0.12 0.00
42_D 221_H 1.05 0.12 0.00
4_T 314_T 1.03 0.12 0.00
159_T 312_I 1.03 0.12 0.00
163_V 310_F 1.03 0.12 0.00
123_P 66_R 1.03 0.12 0.00
44_N 312_I 1.02 0.11 0.00
188_R 276_D 1.02 0.11 0.00
54_L 368_L 1.02 0.11 0.00
86_V 276_D 1.02 0.11 0.00
139_L 101_W 1.02 0.11 0.00
25_A 6_L 1.01 0.11 0.00
52_W 384_V 1.01 0.11 0.00
163_V 315_V 1.01 0.11 0.00
158_F 133_E 1.01 0.11 0.00
158_F 104_E 1.01 0.11 0.00
137_S 243_I 1.01 0.11 0.00
173_H 158_A 1.01 0.11 0.00
180_Q 93_V 1.01 0.11 0.00
151_G 54_V 1.01 0.11 0.00
34_Q 433_L 1.01 0.11 0.00
74_I 108_I 1.01 0.11 0.00
156_E 97_A 1.01 0.11 0.00
112_A 198_A 1.00 0.11 0.00
165_M 97_A 1.00 0.11 0.00
12_R 388_D 1.00 0.11 0.00
86_V 269_Q 1.00 0.11 0.00
37_I 324_G 1.00 0.11 0.00
135_S 156_Q 0.99 0.11 0.00
76_A 320_A 0.99 0.11 0.00
148_E 267_E 0.99 0.11 0.00
41_S 14_L 0.99 0.11 0.00
81_Q 304_M 0.98 0.11 0.00
61_N 82_V 0.98 0.11 0.00
158_F 152_Y 0.98 0.10 0.00
160_A 198_A 0.98 0.10 0.00
159_T 133_E 0.98 0.10 0.00
42_D 125_I 0.98 0.10 0.00
146_L 280_I 0.98 0.10 0.00
26_P 110_I 0.98 0.10 0.00
29_N 295_L 0.98 0.10 0.00
14_E 60_A 0.97 0.10 0.00
143_K 326_S 0.97 0.10 0.00
4_T 190_Q 0.97 0.10 0.00
169_V 423_V 0.97 0.10 0.00
117_Q 306_I 0.97 0.10 0.00
52_W 116_Q 0.97 0.10 0.00
16_R 369_T 0.97 0.10 0.00
77_A 73_V 0.97 0.10 0.00
109_G 386_F 0.97 0.10 0.00
158_F 142_V 0.97 0.10 0.00
36_F 40_L 0.96 0.10 0.00
168_A 43_Q 0.96 0.10 0.00
148_E 250_Y 0.95 0.10 0.00
19_R 261_A 0.95 0.10 0.00
26_P 79_R 0.95 0.10 0.00
59_R 111_I 0.95 0.10 0.00
74_I 297_V 0.95 0.10 0.00
112_A 298_D 0.95 0.10 0.00
40_H 216_I 0.95 0.10 0.00
126_Q 349_A 0.95 0.10 0.00
37_I 334_L 0.95 0.10 0.00
59_R 368_L 0.95 0.10 0.00
170_G 131_L 0.95 0.10 0.00
161_N 232_Q 0.94 0.10 0.00
168_A 7_S 0.94 0.10 0.00
41_S 107_D 0.94 0.10 0.00
174_L 104_E 0.94 0.10 0.00
126_Q 363_H 0.94 0.10 0.00
83_F 184_A 0.94 0.10 0.00
74_I 7_S 0.94 0.10 0.00
164_Q 429_A 0.94 0.10 0.00
155_H 412_K 0.94 0.10 0.00
179_Q 104_E 0.94 0.10 0.00
52_W 93_V 0.93 0.10 0.00
190_L 311_G 0.93 0.10 0.00
5_L 171_A 0.93 0.10 0.00
31_A 216_I 0.93 0.10 0.00
105_A 64_L 0.93 0.10 0.00
180_Q 183_E 0.93 0.10 0.00
52_W 40_L 0.93 0.09 0.00
187_G 163_Y 0.93 0.09 0.00
38_E 277_A 0.93 0.09 0.00
183_D 403_V 0.93 0.09 0.00
27_I 433_L 0.93 0.09 0.00
42_D 48_R 0.92 0.09 0.00
184_L 423_V 0.92 0.09 0.00
154_T 155_Y 0.92 0.09 0.00
13_E 369_T 0.92 0.09 0.00
12_R 57_H 0.92 0.09 0.00
77_A 196_H 0.92 0.09 0.00
187_G 80_P 0.91 0.09 0.00
138_E 373_E 0.91 0.09 0.00
98_Q 7_S 0.91 0.09 0.00
111_G 261_A 0.91 0.09 0.00
183_D 165_L 0.91 0.09 0.00
16_R 171_A 0.91 0.09 0.00
32_D 372_L 0.91 0.09 0.00
60_S 159_F 0.91 0.09 0.00
12_R 221_H 0.90 0.09 0.00
19_R 222_G 0.90 0.09 0.00
186_R 248_S 0.90 0.09 0.00
146_L 323_T 0.90 0.09 0.00
35_A 198_A 0.90 0.09 0.00
50_W 16_T 0.90 0.09 0.00
89_L 269_Q 0.90 0.09 0.00
123_P 312_I 0.90 0.09 0.00
155_H 126_D 0.89 0.09 0.00
67_G 110_I 0.89 0.09 0.00
114_K 260_Y 0.89 0.09 0.00
37_I 134_A 0.89 0.09 0.00
82_E 198_A 0.89 0.09 0.00
80_A 76_P 0.89 0.09 0.00
29_N 394_V 0.89 0.09 0.00
67_G 14_L 0.89 0.09 0.00
48_N 357_I 0.89 0.09 0.00
117_Q 196_H 0.89 0.09 0.00
163_V 318_E 0.89 0.09 0.00
179_Q 277_A 0.89 0.09 0.00
165_M 372_L 0.89 0.09 0.00
61_N 35_V 0.88 0.09 0.00
113_N 90_Y 0.88 0.09 0.00
186_R 139_G 0.88 0.09 0.00
40_H 313_L 0.88 0.09 0.00
61_N 130_I 0.88 0.09 0.00
124_L 115_E 0.88 0.09 0.00
184_L 429_A 0.88 0.09 0.00
156_E 396_K 0.88 0.09 0.00
98_Q 324_G 0.88 0.09 0.00
30_P 119_A 0.88 0.09 0.00
169_V 351_S 0.88 0.08 0.00
79_E 272_I 0.87 0.08 0.00
106_R 311_G 0.87 0.08 0.00
186_R 138_L 0.87 0.08 0.00
60_S 349_A 0.87 0.08 0.00
182_A 8_P 0.87 0.08 0.00
60_S 18_I 0.87 0.08 0.00
33_A 373_E 0.87 0.08 0.00
112_A 97_A 0.87 0.08 0.00
139_L 180_R 0.87 0.08 0.00
142_V 334_L 0.87 0.08 0.00
48_N 350_A 0.87 0.08 0.00
147_A 406_A 0.87 0.08 0.00
131_A 256_I 0.87 0.08 0.00
183_D 425_C 0.86 0.08 0.00
37_I 308_K 0.86 0.08 0.00
52_W 330_F 0.86 0.08 0.00
146_L 155_Y 0.86 0.08 0.00
179_Q 108_I 0.86 0.08 0.00
22_T 376_M 0.86 0.08 0.00
180_Q 254_S 0.86 0.08 0.00
148_E 363_H 0.86 0.08 0.00
150_N 409_A 0.86 0.08 0.00
132_L 216_I 0.86 0.08 0.00
30_P 310_F 0.86 0.08 0.00
22_T 196_H 0.86 0.08 0.00
168_A 389_M 0.86 0.08 0.00
94_Y 110_I 0.86 0.08 0.00
181_L 345_V 0.86 0.08 0.00
36_F 203_V 0.86 0.08 0.00
98_Q 425_C 0.86 0.08 0.00
34_Q 426_T 0.86 0.08 0.00
76_A 261_A 0.86 0.08 0.00
146_L 398_G 0.86 0.08 0.00
4_T 409_A 0.86 0.08 0.00
23_L 148_P 0.86 0.08 0.00
94_Y 12_D 0.85 0.08 0.00
161_N 317_P 0.85 0.08 0.00
101_T 18_I 0.85 0.08 0.00
139_L 149_V 0.85 0.08 0.00
189_I 409_A 0.85 0.08 0.00
40_H 267_E 0.85 0.08 0.00
177_L 133_E 0.85 0.08 0.00
44_N 234_P 0.85 0.08 0.00
134_C 299_A 0.85 0.08 0.00
91_I 398_G 0.85 0.08 0.00
110_G 93_V 0.85 0.08 0.00
126_Q 97_A 0.85 0.08 0.00
175_D 303_L 0.85 0.08 0.00
101_T 337_L 0.85 0.08 0.00
148_E 40_L 0.85 0.08 0.00
160_A 131_L 0.85 0.08 0.00
148_E 183_E 0.85 0.08 0.00
14_E 163_Y 0.84 0.08 0.00
177_L 48_R 0.84 0.08 0.00
154_T 221_H 0.84 0.08 0.00
86_V 57_H 0.84 0.08 0.00
128_S 62_V 0.84 0.08 0.00
56_A 411_F 0.84 0.08 0.00
59_R 356_R 0.84 0.08 0.00
83_F 430_P 0.84 0.08 0.00
54_L 364_P 0.84 0.08 0.00
141_L 294_Q 0.84 0.08 0.00
155_H 384_V 0.84 0.08 0.00
36_F 404_D 0.84 0.08 0.00
105_A 84_F 0.84 0.08 0.00
140_A 363_H 0.84 0.08 0.00
97_I 134_A 0.84 0.08 0.00
184_L 272_I 0.84 0.08 0.00
166_A 234_P 0.84 0.08 0.00
54_L 98_P 0.84 0.08 0.00
183_D 180_R 0.84 0.08 0.00
106_R 41_H 0.84 0.08 0.00
98_Q 256_I 0.84 0.08 0.00
181_L 261_A 0.84 0.08 0.00
15_I 368_L 0.84 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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