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OPENSEQ.org
LytH_ActH_full
Genes: A B A+B
Length: 291 487 735
Sequences: 513 99 53
Seq/Len: 1.76 0.2 0.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.00
2 0.02 0.01 0.00
5 0.02 0.01 0.00
10 0.02 0.01 0.00
20 0.02 0.01 0.00
100 0.02 0.01 0.03
∞ 0.05 0.01 0.07
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
254_L 298_L 1.86 0.27 0.00
173_D 42_V 1.70 0.22 0.00
70_K 383_Y 1.63 0.20 0.00
188_A 301_L 1.54 0.17 0.00
190_L 439_F 1.50 0.16 0.00
291_A 320_I 1.50 0.16 0.00
153_A 295_G 1.44 0.15 0.00
289_F 31_E 1.44 0.15 0.00
153_A 314_I 1.41 0.14 0.00
241_Y 163_I 1.40 0.14 0.00
264_D 316_I 1.40 0.14 0.00
270_D 236_I 1.39 0.14 0.00
210_Y 207_T 1.38 0.14 0.00
233_N 362_F 1.36 0.13 0.00
198_E 320_I 1.33 0.12 0.00
189_Y 420_G 1.33 0.12 0.00
63_P 361_I 1.33 0.12 0.00
192_I 209_M 1.32 0.12 0.00
259_I 318_A 1.31 0.12 0.00
234_R 91_S 1.30 0.12 0.00
55_R 252_G 1.30 0.12 0.00
135_A 318_A 1.29 0.12 0.00
169_M 226_F 1.27 0.11 0.00
224_T 69_I 1.26 0.11 0.00
223_A 349_G 1.26 0.11 0.00
251_A 34_L 1.26 0.11 0.00
54_L 388_N 1.25 0.11 0.00
196_A 255_V 1.24 0.11 0.00
168_K 287_K 1.24 0.11 0.00
98_A 8_W 1.24 0.11 0.00
153_A 186_L 1.23 0.11 0.00
188_A 160_T 1.23 0.11 0.00
176_Y 314_I 1.23 0.10 0.00
56_T 9_K 1.21 0.10 0.00
161_E 44_I 1.20 0.10 0.00
234_R 430_M 1.20 0.10 0.00
97_I 44_I 1.20 0.10 0.00
240_N 5_K 1.20 0.10 0.00
118_Q 172_L 1.19 0.10 0.00
120_K 232_V 1.19 0.10 0.00
74_F 236_I 1.19 0.10 0.00
76_K 334_Y 1.18 0.10 0.00
202_A 226_F 1.17 0.10 0.00
85_E 395_N 1.16 0.10 0.00
75_K 264_I 1.16 0.10 0.00
60_A 335_Y 1.15 0.09 0.00
100_W 8_W 1.14 0.09 0.00
274_R 292_K 1.14 0.09 0.00
55_R 245_Y 1.14 0.09 0.00
206_T 144_L 1.14 0.09 0.00
102_T 70_A 1.13 0.09 0.00
65_I 42_V 1.13 0.09 0.00
281_I 262_T 1.12 0.09 0.00
289_F 160_T 1.12 0.09 0.00
260_S 31_E 1.12 0.09 0.00
143_S 182_S 1.11 0.09 0.00
76_K 297_L 1.11 0.09 0.00
200_S 250_L 1.11 0.09 0.00
117_L 272_I 1.11 0.09 0.00
176_Y 296_Q 1.11 0.09 0.00
138_N 280_F 1.11 0.09 0.00
218_A 34_L 1.11 0.09 0.00
201_N 262_T 1.11 0.09 0.00
195_D 20_F 1.11 0.09 0.00
60_A 238_S 1.10 0.09 0.00
141_Y 262_T 1.10 0.09 0.00
280_A 152_Y 1.10 0.09 0.00
200_S 316_I 1.10 0.09 0.00
143_S 83_Y 1.10 0.09 0.00
281_I 206_V 1.10 0.09 0.00
126_P 328_L 1.10 0.09 0.00
50_E 121_I 1.10 0.09 0.00
138_N 469_T 1.10 0.09 0.00
137_S 308_S 1.10 0.09 0.00
261_N 270_G 1.09 0.09 0.00
225_I 92_E 1.09 0.09 0.00
90_S 32_I 1.09 0.08 0.00
47_T 151_K 1.09 0.08 0.00
261_N 140_K 1.09 0.08 0.00
169_M 327_L 1.08 0.08 0.00
212_D 50_K 1.08 0.08 0.00
196_A 305_V 1.08 0.08 0.00
95_G 299_I 1.08 0.08 0.00
223_A 24_S 1.08 0.08 0.00
61_A 300_A 1.08 0.08 0.00
72_D 356_A 1.08 0.08 0.00
173_D 324_I 1.07 0.08 0.00
153_A 461_A 1.07 0.08 0.00
123_V 328_L 1.07 0.08 0.00
71_G 180_N 1.06 0.08 0.00
95_G 185_K 1.06 0.08 0.00
287_I 55_I 1.06 0.08 0.00
239_E 470_D 1.06 0.08 0.00
126_P 386_A 1.06 0.08 0.00
95_G 189_V 1.06 0.08 0.00
273_H 222_M 1.06 0.08 0.00
166_T 420_G 1.06 0.08 0.00
181_N 11_I 1.05 0.08 0.00
89_T 469_T 1.05 0.08 0.00
97_I 125_R 1.05 0.08 0.00
258_Y 312_S 1.05 0.08 0.00
280_A 320_I 1.05 0.08 0.00
183_D 44_I 1.04 0.08 0.00
143_S 263_T 1.04 0.08 0.00
244_L 163_I 1.04 0.08 0.00
268_I 76_E 1.04 0.08 0.00
120_K 155_K 1.04 0.08 0.00
188_A 240_R 1.04 0.08 0.00
156_L 160_T 1.04 0.08 0.00
173_D 22_I 1.03 0.08 0.00
192_I 260_N 1.03 0.08 0.00
89_T 430_M 1.03 0.08 0.00
238_Q 253_N 1.03 0.08 0.00
85_E 324_I 1.03 0.08 0.00
176_Y 7_F 1.03 0.08 0.00
46_I 15_I 1.03 0.08 0.00
195_D 49_I 1.03 0.08 0.00
154_K 301_L 1.03 0.08 0.00
187_D 200_G 1.03 0.08 0.00
283_D 297_L 1.03 0.08 0.00
66_Y 23_V 1.02 0.07 0.00
192_I 9_K 1.02 0.07 0.00
189_Y 49_I 1.02 0.07 0.00
206_T 317_V 1.02 0.07 0.00
158_R 247_I 1.02 0.07 0.00
123_V 215_F 1.02 0.07 0.00
119_G 337_K 1.02 0.07 0.00
71_G 20_F 1.02 0.07 0.00
222_D 248_A 1.02 0.07 0.00
264_D 198_V 1.01 0.07 0.00
110_N 467_K 1.01 0.07 0.00
149_T 302_V 1.01 0.07 0.00
89_T 89_E 1.00 0.07 0.00
89_T 262_T 1.00 0.07 0.00
231_L 272_I 1.00 0.07 0.00
50_E 313_N 1.00 0.07 0.00
240_N 361_I 1.00 0.07 0.00
135_A 385_N 0.99 0.07 0.00
188_A 48_H 0.99 0.07 0.00
239_E 234_A 0.99 0.07 0.00
246_Q 208_S 0.99 0.07 0.00
152_T 31_E 0.99 0.07 0.00
277_L 205_I 0.99 0.07 0.00
219_D 386_A 0.99 0.07 0.00
258_Y 281_A 0.99 0.07 0.00
259_I 163_I 0.99 0.07 0.00
89_T 414_I 0.98 0.07 0.00
215_R 460_K 0.98 0.07 0.00
120_K 383_Y 0.98 0.07 0.00
268_I 80_F 0.98 0.07 0.00
126_P 86_T 0.98 0.07 0.00
251_A 324_I 0.98 0.07 0.00
196_A 350_M 0.98 0.07 0.00
264_D 152_Y 0.97 0.07 0.00
78_G 371_N 0.97 0.07 0.00
138_N 467_K 0.97 0.07 0.00
144_L 123_L 0.97 0.07 0.00
281_I 464_A 0.97 0.07 0.00
247_T 165_F 0.97 0.07 0.00
241_Y 113_D 0.96 0.07 0.00
196_A 383_Y 0.96 0.07 0.00
119_G 260_N 0.96 0.07 0.00
280_A 310_F 0.96 0.07 0.00
190_L 244_V 0.96 0.07 0.00
78_G 352_V 0.96 0.07 0.00
141_Y 462_L 0.96 0.07 0.00
279_Q 96_N 0.96 0.07 0.00
76_K 23_V 0.96 0.07 0.00
232_S 483_E 0.96 0.07 0.00
274_R 371_N 0.96 0.07 0.00
77_I 302_V 0.96 0.07 0.00
135_A 208_S 0.95 0.07 0.00
236_S 303_I 0.95 0.07 0.00
143_S 188_D 0.95 0.07 0.00
258_Y 49_I 0.95 0.07 0.00
99_G 344_W 0.95 0.07 0.00
291_A 479_T 0.95 0.07 0.00
192_I 115_I 0.95 0.07 0.00
76_K 325_G 0.95 0.07 0.00
123_V 314_I 0.95 0.07 0.00
259_I 208_S 0.95 0.07 0.00
72_D 357_L 0.95 0.07 0.00
195_D 8_W 0.94 0.07 0.00
153_A 240_R 0.94 0.07 0.00
241_Y 15_I 0.94 0.07 0.00
46_I 12_Y 0.94 0.07 0.00
97_I 169_L 0.94 0.07 0.00
86_V 68_E 0.94 0.07 0.00
222_D 20_F 0.94 0.07 0.00
173_D 462_L 0.94 0.07 0.00
275_Q 288_T 0.94 0.07 0.00
166_T 106_N 0.94 0.07 0.00
97_I 300_A 0.94 0.07 0.00
148_Y 323_F 0.94 0.07 0.00
258_Y 331_L 0.94 0.07 0.00
268_I 386_A 0.94 0.07 0.00
94_K 219_L 0.93 0.07 0.00
150_L 81_E 0.93 0.07 0.00
71_G 34_L 0.93 0.07 0.00
86_V 382_N 0.93 0.06 0.00
281_I 353_I 0.93 0.06 0.00
186_G 287_K 0.93 0.06 0.00
281_I 436_L 0.93 0.06 0.00
190_L 10_T 0.93 0.06 0.00
280_A 345_I 0.93 0.06 0.00
192_I 476_K 0.93 0.06 0.00
261_N 220_M 0.93 0.06 0.00
241_Y 64_E 0.93 0.06 0.00
226_Q 330_T 0.93 0.06 0.00
100_W 225_L 0.93 0.06 0.00
135_A 81_E 0.93 0.06 0.00
282_V 382_N 0.92 0.06 0.00
281_I 216_E 0.92 0.06 0.00
214_Q 360_R 0.92 0.06 0.00
46_I 298_L 0.92 0.06 0.00
74_F 299_I 0.92 0.06 0.00
97_I 479_T 0.92 0.06 0.00
188_A 91_S 0.92 0.06 0.00
118_Q 42_V 0.92 0.06 0.00
114_K 50_K 0.92 0.06 0.00
143_S 179_N 0.92 0.06 0.00
241_Y 4_D 0.92 0.06 0.00
168_K 330_T 0.92 0.06 0.00
219_D 235_I 0.92 0.06 0.00
55_R 58_D 0.92 0.06 0.00
259_I 87_E 0.92 0.06 0.00
244_L 273_F 0.91 0.06 0.00
144_L 230_K 0.91 0.06 0.00
64_V 166_V 0.91 0.06 0.00
241_Y 67_D 0.91 0.06 0.00
131_S 283_M 0.91 0.06 0.00
89_T 470_D 0.91 0.06 0.00
124_L 187_L 0.91 0.06 0.00
137_S 247_I 0.91 0.06 0.00
261_N 263_T 0.91 0.06 0.00
280_A 63_L 0.91 0.06 0.00
65_I 129_E 0.91 0.06 0.00
176_Y 91_S 0.91 0.06 0.00
199_S 281_A 0.91 0.06 0.00
90_S 50_K 0.91 0.06 0.00
215_R 248_A 0.91 0.06 0.00
185_K 297_L 0.91 0.06 0.00
190_L 273_F 0.90 0.06 0.00
53_E 183_D 0.90 0.06 0.00
281_I 407_S 0.90 0.06 0.00
192_I 108_I 0.90 0.06 0.00
102_T 208_S 0.90 0.06 0.00
230_L 292_K 0.90 0.06 0.00
172_T 262_T 0.90 0.06 0.00
159_T 163_I 0.90 0.06 0.00
97_I 475_E 0.90 0.06 0.00
274_R 344_W 0.90 0.06 0.00
259_I 222_M 0.90 0.06 0.00
237_R 114_L 0.90 0.06 0.00
173_D 146_D 0.89 0.06 0.00
146_K 273_F 0.89 0.06 0.00
220_T 71_N 0.89 0.06 0.00
275_Q 291_K 0.89 0.06 0.00
291_A 293_M 0.89 0.06 0.00
78_G 24_S 0.89 0.06 0.00
225_I 206_V 0.89 0.06 0.00
215_R 88_S 0.89 0.06 0.00
75_K 402_Q 0.89 0.06 0.00
291_A 452_E 0.89 0.06 0.00
280_A 386_A 0.89 0.06 0.00
210_Y 483_E 0.89 0.06 0.00
63_P 230_K 0.89 0.06 0.00
89_T 467_K 0.89 0.06 0.00
221_L 324_I 0.89 0.06 0.00
194_N 14_W 0.89 0.06 0.00
50_E 17_Y 0.89 0.06 0.00
289_F 200_G 0.88 0.06 0.00
244_L 346_L 0.88 0.06 0.00
135_A 198_V 0.88 0.06 0.00
73_H 430_M 0.88 0.06 0.00
233_N 193_V 0.88 0.06 0.00
91_S 320_I 0.88 0.06 0.00
99_G 95_L 0.88 0.06 0.00
184_I 347_L 0.88 0.06 0.00
211_H 391_K 0.88 0.06 0.00
280_A 11_I 0.88 0.06 0.00
195_D 312_S 0.88 0.06 0.00
157_Q 377_D 0.88 0.06 0.00
162_K 377_D 0.88 0.06 0.00
173_D 350_M 0.88 0.06 0.00
270_D 281_A 0.88 0.06 0.00
142_K 484_S 0.88 0.06 0.00
154_K 231_I 0.88 0.06 0.00
169_M 176_L 0.88 0.06 0.00
111_T 16_R 0.88 0.06 0.00
211_H 350_M 0.87 0.06 0.00
63_P 19_N 0.87 0.06 0.00
156_L 234_A 0.87 0.06 0.00
88_D 317_V 0.87 0.06 0.00
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169_M 119_P 0.87 0.06 0.00
124_L 6_Q 0.87 0.06 0.00
147_D 55_I 0.87 0.06 0.00
197_L 369_I 0.87 0.06 0.00
286_K 440_E 0.87 0.06 0.00
92_N 320_I 0.87 0.06 0.00
89_T 91_S 0.87 0.06 0.00
156_L 31_E 0.87 0.06 0.00
110_N 246_F 0.87 0.06 0.00
150_L 210_F 0.87 0.06 0.00
287_I 376_D 0.87 0.06 0.00
242_Q 85_F 0.87 0.06 0.00
72_D 351_L 0.87 0.06 0.00
261_N 219_L 0.87 0.06 0.00
86_V 147_N 0.87 0.06 0.00
196_A 122_F 0.86 0.06 0.00
101_H 283_M 0.86 0.06 0.00
189_Y 452_E 0.86 0.06 0.00
291_A 155_K 0.86 0.06 0.00
89_T 435_G 0.86 0.06 0.00
124_L 301_L 0.86 0.06 0.00
268_I 97_E 0.86 0.06 0.00
60_A 94_Q 0.86 0.06 0.00
107_V 422_T 0.86 0.06 0.00
148_Y 191_G 0.86 0.06 0.00
156_L 294_L 0.86 0.06 0.00
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273_H 171_W 0.86 0.06 0.00
258_Y 265_S 0.86 0.06 0.00
141_Y 214_S 0.86 0.06 0.00
147_D 430_M 0.86 0.06 0.00
89_T 449_N 0.86 0.06 0.00
189_Y 244_V 0.86 0.06 0.00
150_L 404_Y 0.85 0.06 0.00
223_A 462_L 0.85 0.06 0.00
113_E 475_E 0.85 0.06 0.00
236_S 354_F 0.85 0.06 0.00
124_L 41_Q 0.85 0.06 0.00
138_N 327_L 0.85 0.06 0.00
258_Y 20_F 0.85 0.06 0.00
279_Q 92_E 0.85 0.06 0.00
108_A 332_I 0.85 0.06 0.00
142_K 89_E 0.85 0.06 0.00
213_N 215_F 0.85 0.06 0.00
268_I 248_A 0.85 0.06 0.00
107_V 176_L 0.85 0.06 0.00
70_K 461_A 0.85 0.06 0.00
119_G 392_Q 0.85 0.06 0.00
154_K 391_K 0.85 0.06 0.00
215_R 472_I 0.85 0.06 0.00
221_L 174_M 0.85 0.06 0.00
239_E 420_G 0.85 0.06 0.00
82_K 318_A 0.85 0.06 0.00
158_R 116_K 0.85 0.06 0.00
91_S 110_H 0.85 0.06 0.00
203_N 297_L 0.85 0.06 0.00
169_M 86_T 0.85 0.06 0.00
118_Q 353_I 0.85 0.06 0.00
224_T 150_D 0.85 0.06 0.00
143_S 297_L 0.85 0.06 0.00
251_A 78_Q 0.85 0.06 0.00
219_D 381_G 0.85 0.06 0.00
248_K 125_R 0.85 0.06 0.00
260_S 187_L 0.85 0.06 0.00
95_G 14_W 0.85 0.06 0.00
174_D 211_L 0.85 0.06 0.00
233_N 264_I 0.85 0.06 0.00
244_L 332_I 0.85 0.06 0.00
283_D 334_Y 0.85 0.06 0.00
149_T 289_F 0.84 0.06 0.00
72_D 69_I 0.84 0.06 0.00
77_I 141_R 0.84 0.06 0.00
138_N 295_G 0.84 0.06 0.00
71_G 179_N 0.84 0.06 0.00
138_N 461_A 0.84 0.06 0.00
246_Q 70_A 0.84 0.06 0.00
189_Y 470_D 0.84 0.06 0.00
72_D 213_F 0.84 0.06 0.00
220_T 72_F 0.84 0.06 0.00
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140_K 352_V 0.84 0.06 0.00
90_S 136_Y 0.84 0.06 0.00
59_N 248_A 0.84 0.06 0.00
63_P 298_L 0.84 0.06 0.00
283_D 302_V 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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