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OPENSEQ.org
SecY-SecA
Genes: A B A+B
Length: 443 901 1186
Sequences: 2570 2533 82
Seq/Len: 5.8 2.81 0.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.09 0.02
2 0.01 0.09 0.02
5 0.01 0.09 0.06
10 0.01 0.09 0.06
20 0.01 0.09 0.07
100 0.02 0.10 0.20
∞ 0.03 0.11 0.94
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
353_V 75_S 1.92 0.29 0.00
42_P 462_S 1.74 0.23 0.00
418_A 299_Y 1.56 0.18 0.00
70_G 225_I 1.55 0.18 0.00
344_D 268_K 1.54 0.17 0.00
195_I 416_R 1.53 0.17 0.00
166_T 28_I 1.52 0.17 0.00
419_Q 149_F 1.50 0.16 0.00
95_L 205_Y 1.43 0.15 0.00
322_A 114_L 1.39 0.14 0.00
279_F 490_I 1.39 0.14 0.00
17_G 208_V 1.39 0.14 0.00
176_E 213_S 1.39 0.14 0.00
282_S 327_I 1.36 0.13 0.00
353_V 564_S 1.34 0.13 0.00
388_P 223_L 1.34 0.13 0.00
242_R 826_L 1.33 0.13 0.00
353_V 146_L 1.33 0.13 0.00
408_I 333_V 1.33 0.12 0.00
27_I 153_T 1.33 0.12 0.00
93_Q 648_Y 1.32 0.12 0.00
277_A 165_A 1.31 0.12 0.00
80_L 387_L 1.30 0.12 0.00
321_Y 225_I 1.30 0.12 0.00
419_Q 781_A 1.30 0.12 0.00
344_D 91_G 1.30 0.12 0.00
230_V 321_T 1.29 0.12 0.00
41_I 468_E 1.29 0.12 0.00
220_L 622_W 1.29 0.12 0.00
356_I 51_R 1.29 0.12 0.00
274_V 599_A 1.29 0.12 0.00
268_K 379_N 1.29 0.12 0.00
272_A 388_A 1.28 0.12 0.00
366_I 226_S 1.27 0.11 0.00
388_P 631_Q 1.26 0.11 0.00
365_Y 442_I 1.26 0.11 0.00
374_T 490_I 1.25 0.11 0.00
241_Q 792_R 1.25 0.11 0.00
42_P 401_F 1.25 0.11 0.00
251_R 226_S 1.25 0.11 0.00
40_P 797_K 1.25 0.11 0.00
230_V 51_R 1.24 0.11 0.00
42_P 458_S 1.24 0.11 0.00
361_Q 299_Y 1.24 0.11 0.00
269_V 94_L 1.24 0.11 0.00
377_G 460_E 1.24 0.11 0.00
162_V 51_R 1.24 0.11 0.00
226_L 297_S 1.23 0.11 0.00
420_V 328_V 1.23 0.11 0.00
328_F 226_S 1.22 0.10 0.00
273_G 223_L 1.22 0.10 0.00
279_F 394_A 1.21 0.10 0.00
286_F 89_L 1.21 0.10 0.00
325_I 650_D 1.21 0.10 0.00
124_T 499_A 1.21 0.10 0.00
224_A 122_T 1.21 0.10 0.00
165_V 114_L 1.20 0.10 0.00
366_I 490_I 1.20 0.10 0.00
30_L 189_D 1.20 0.10 0.00
111_S 263_F 1.19 0.10 0.00
388_P 227_G 1.19 0.10 0.00
376_V 94_L 1.19 0.10 0.00
26_V 111_T 1.19 0.10 0.00
277_A 457_I 1.19 0.10 0.00
366_I 51_R 1.19 0.10 0.00
284_I 595_M 1.18 0.10 0.00
385_C 594_L 1.18 0.10 0.00
130_F 28_I 1.18 0.10 0.00
312_P 68_F 1.18 0.10 0.00
265_L 204_H 1.18 0.10 0.00
313_G 811_F 1.18 0.10 0.00
346_L 365_I 1.18 0.10 0.00
419_Q 464_L 1.18 0.10 0.00
85_Y 651_V 1.18 0.10 0.00
411_V 114_L 1.17 0.10 0.00
175_G 499_A 1.17 0.10 0.00
196_V 63_L 1.17 0.10 0.00
220_L 664_N 1.17 0.10 0.00
271_M 349_W 1.17 0.10 0.00
192_F 213_S 1.16 0.10 0.00
343_A 313_A 1.16 0.09 0.00
291_A 648_Y 1.16 0.09 0.00
244_I 823_I 1.16 0.09 0.00
183_I 477_N 1.16 0.09 0.00
418_A 478_V 1.15 0.09 0.00
356_I 41_E 1.15 0.09 0.00
378_A 315_R 1.15 0.09 0.00
432_A 88_L 1.15 0.09 0.00
24_L 28_I 1.15 0.09 0.00
418_A 99_I 1.15 0.09 0.00
286_F 93_V 1.15 0.09 0.00
320_L 428_Y 1.14 0.09 0.00
273_G 631_Q 1.14 0.09 0.00
129_I 91_G 1.14 0.09 0.00
243_R 223_L 1.14 0.09 0.00
92_I 224_I 1.13 0.09 0.00
246_V 415_N 1.13 0.09 0.00
416_F 214_I 1.13 0.09 0.00
419_Q 461_K 1.13 0.09 0.00
196_V 149_F 1.13 0.09 0.00
328_F 336_V 1.13 0.09 0.00
123_G 315_R 1.13 0.09 0.00
347_K 267_E 1.13 0.09 0.00
28_G 59_V 1.13 0.09 0.00
321_Y 425_D 1.12 0.09 0.00
388_P 378_Q 1.12 0.09 0.00
92_I 350_S 1.12 0.09 0.00
333_T 371_T 1.12 0.09 0.00
384_I 638_N 1.12 0.09 0.00
223_V 44_K 1.12 0.09 0.00
267_L 336_V 1.12 0.09 0.00
118_Q 811_F 1.11 0.09 0.00
77_I 63_L 1.11 0.09 0.00
365_Y 45_G 1.11 0.09 0.00
257_V 743_S 1.11 0.09 0.00
322_A 448_K 1.11 0.09 0.00
419_Q 827_S 1.11 0.09 0.00
21_R 214_I 1.11 0.09 0.00
423_L 224_I 1.11 0.09 0.00
285_L 71_V 1.10 0.09 0.00
267_L 75_S 1.10 0.09 0.00
295_G 664_N 1.10 0.09 0.00
298_T 410_V 1.10 0.09 0.00
85_Y 634_V 1.10 0.09 0.00
45_D 442_I 1.10 0.09 0.00
25_F 94_L 1.10 0.09 0.00
351_A 649_D 1.10 0.09 0.00
77_I 738_R 1.10 0.09 0.00
115_K 307_M 1.10 0.09 0.00
365_Y 224_I 1.10 0.09 0.00
29_A 555_H 1.09 0.09 0.00
322_A 638_N 1.09 0.09 0.00
35_I 93_V 1.09 0.08 0.00
393_D 68_F 1.09 0.08 0.00
86_I 309_H 1.09 0.08 0.00
165_V 88_L 1.09 0.08 0.00
380_Y 438_I 1.09 0.08 0.00
408_I 738_R 1.09 0.08 0.00
364_K 294_E 1.08 0.08 0.00
379_L 205_Y 1.08 0.08 0.00
27_I 51_R 1.08 0.08 0.00
121_R 323_D 1.08 0.08 0.00
383_F 202_K 1.08 0.08 0.00
350_G 344_M 1.08 0.08 0.00
278_I 335_I 1.08 0.08 0.00
33_F 564_S 1.08 0.08 0.00
71_A 826_L 1.08 0.08 0.00
40_P 418_M 1.07 0.08 0.00
120_T 340_T 1.07 0.08 0.00
332_Y 146_L 1.07 0.08 0.00
95_L 35_M 1.07 0.08 0.00
373_L 485_A 1.07 0.08 0.00
363_A 789_I 1.07 0.08 0.00
35_I 19_R 1.07 0.08 0.00
229_A 811_F 1.07 0.08 0.00
380_Y 465_V 1.07 0.08 0.00
190_I 145_P 1.07 0.08 0.00
378_A 584_S 1.07 0.08 0.00
222_L 89_L 1.06 0.08 0.00
380_Y 383_L 1.06 0.08 0.00
245_V 169_A 1.06 0.08 0.00
342_T 477_N 1.06 0.08 0.00
70_G 98_C 1.06 0.08 0.00
12_A 280_V 1.06 0.08 0.00
365_Y 226_S 1.06 0.08 0.00
168_T 601_D 1.06 0.08 0.00
33_F 340_T 1.06 0.08 0.00
404_T 438_I 1.06 0.08 0.00
130_F 61_E 1.06 0.08 0.00
370_M 427_V 1.05 0.08 0.00
12_A 27_I 1.05 0.08 0.00
265_L 654_D 1.05 0.08 0.00
273_G 227_G 1.05 0.08 0.00
26_V 70_V 1.05 0.08 0.00
186_G 803_Y 1.05 0.08 0.00
326_I 167_R 1.05 0.08 0.00
267_L 602_R 1.05 0.08 0.00
194_G 800_K 1.05 0.08 0.00
326_I 203_L 1.05 0.08 0.00
241_Q 486_N 1.05 0.08 0.00
246_V 224_I 1.05 0.08 0.00
415_D 328_V 1.05 0.08 0.00
42_P 428_Y 1.05 0.08 0.00
42_P 480_N 1.05 0.08 0.00
83_M 379_N 1.05 0.08 0.00
89_S 779_L 1.04 0.08 0.00
90_I 227_G 1.04 0.08 0.00
264_H 631_Q 1.04 0.08 0.00
419_Q 368_E 1.04 0.08 0.00
325_I 203_L 1.04 0.08 0.00
191_I 478_V 1.04 0.08 0.00
12_A 20_R 1.04 0.08 0.00
190_I 274_L 1.04 0.08 0.00
90_I 189_D 1.04 0.08 0.00
323_S 557_I 1.04 0.08 0.00
282_S 387_L 1.04 0.08 0.00
222_L 167_R 1.04 0.08 0.00
430_E 366_Q 1.04 0.08 0.00
388_P 183_G 1.03 0.08 0.00
158_F 28_I 1.03 0.08 0.00
266_P 559_T 1.03 0.08 0.00
22_R 207_L 1.03 0.08 0.00
341_E 477_N 1.03 0.08 0.00
377_G 762_F 1.03 0.08 0.00
69_G 298_L 1.03 0.08 0.00
343_A 428_Y 1.03 0.08 0.00
386_L 423_L 1.03 0.08 0.00
400_Y 206_A 1.03 0.08 0.00
389_E 226_S 1.03 0.08 0.00
411_V 351_D 1.02 0.07 0.00
251_R 478_V 1.02 0.07 0.00
287_P 309_H 1.02 0.07 0.00
310_L 411_V 1.02 0.07 0.00
83_M 486_N 1.02 0.07 0.00
40_P 323_D 1.02 0.07 0.00
333_T 224_I 1.02 0.07 0.00
243_R 572_R 1.02 0.07 0.00
351_A 806_E 1.02 0.07 0.00
238_E 307_M 1.02 0.07 0.00
240_G 91_G 1.02 0.07 0.00
229_A 404_I 1.02 0.07 0.00
37_S 158_L 1.02 0.07 0.00
415_D 403_S 1.02 0.07 0.00
78_F 116_A 1.01 0.07 0.00
282_S 211_V 1.01 0.07 0.00
127_L 475_K 1.01 0.07 0.00
341_E 206_A 1.01 0.07 0.00
160_A 51_R 1.01 0.07 0.00
273_G 378_Q 1.01 0.07 0.00
219_V 638_N 1.01 0.07 0.00
351_A 792_R 1.01 0.07 0.00
310_L 63_L 1.01 0.07 0.00
273_G 630_A 1.01 0.07 0.00
176_E 795_A 1.01 0.07 0.00
270_N 460_E 1.01 0.07 0.00
238_E 226_S 1.01 0.07 0.00
77_I 88_L 1.01 0.07 0.00
233_F 205_Y 1.00 0.07 0.00
423_L 778_H 1.00 0.07 0.00
250_K 211_V 1.00 0.07 0.00
285_L 557_I 1.00 0.07 0.00
323_S 51_R 1.00 0.07 0.00
257_V 91_G 1.00 0.07 0.00
170_F 362_G 1.00 0.07 0.00
347_K 207_L 1.00 0.07 0.00
76_S 462_S 1.00 0.07 0.00
420_V 320_F 1.00 0.07 0.00
129_I 56_K 0.99 0.07 0.00
285_L 567_I 0.99 0.07 0.00
290_I 605_G 0.99 0.07 0.00
91_I 51_R 0.99 0.07 0.00
60_I 375_I 0.99 0.07 0.00
328_F 128_V 0.99 0.07 0.00
174_L 274_L 0.99 0.07 0.00
278_I 229_A 0.99 0.07 0.00
70_G 325_D 0.99 0.07 0.00
25_F 89_L 0.99 0.07 0.00
30_L 679_I 0.99 0.07 0.00
187_I 253_D 0.99 0.07 0.00
403_G 127_H 0.99 0.07 0.00
398_P 289_E 0.99 0.07 0.00
265_L 499_A 0.99 0.07 0.00
71_A 65_P 0.99 0.07 0.00
195_I 391_T 0.99 0.07 0.00
195_I 412_V 0.99 0.07 0.00
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241_Q 572_R 0.87 0.06 0.00
317_Y 286_L 0.87 0.06 0.00
257_V 391_T 0.87 0.06 0.00
183_I 211_V 0.87 0.06 0.00
287_P 476_H 0.87 0.06 0.00
344_D 214_I 0.87 0.06 0.00
271_M 85_D 0.87 0.06 0.00
347_K 797_K 0.87 0.06 0.00
172_M 825_T 0.87 0.06 0.00
262_S 649_D 0.87 0.06 0.00
410_V 428_Y 0.87 0.06 0.00
348_K 803_Y 0.87 0.06 0.00
83_M 350_S 0.87 0.06 0.00
110_E 625_K 0.86 0.06 0.00
310_L 28_I 0.86 0.06 0.00
264_H 225_I 0.86 0.06 0.00
242_R 395_D 0.86 0.06 0.00
294_F 397_E 0.86 0.06 0.00
88_A 277_R 0.86 0.06 0.00
332_Y 457_I 0.86 0.06 0.00
335_L 84_F 0.86 0.06 0.00
163_S 39_S 0.86 0.06 0.00
183_I 452_V 0.86 0.06 0.00
184_G 309_H 0.86 0.06 0.00
267_L 181_E 0.86 0.06 0.00
338_N 266_D 0.86 0.06 0.00
36_G 112_A 0.86 0.06 0.00
136_A 595_M 0.86 0.06 0.00
278_I 216_I 0.86 0.06 0.00
321_Y 631_Q 0.86 0.06 0.00
349_S 44_K 0.86 0.06 0.00
190_I 72_R 0.86 0.06 0.00
86_I 336_V 0.86 0.06 0.00
346_L 202_K 0.86 0.06 0.00
385_C 810_M 0.86 0.06 0.00
384_I 149_F 0.86 0.06 0.00
366_I 68_F 0.86 0.06 0.00
75_A 274_L 0.86 0.06 0.00
280_A 454_V 0.86 0.06 0.00
77_I 336_V 0.86 0.06 0.00
385_C 385_E 0.86 0.06 0.00
317_Y 235_M 0.86 0.06 0.00
79_A 250_E 0.86 0.06 0.00
92_I 465_V 0.86 0.06 0.00
94_L 124_K 0.86 0.06 0.00
93_Q 387_L 0.86 0.06 0.00
228_F 491_V 0.86 0.06 0.00
264_H 227_G 0.86 0.06 0.00
339_P 346_G 0.86 0.06 0.00
314_Q 666_L 0.86 0.06 0.00
121_R 344_M 0.86 0.06 0.00
76_S 213_S 0.86 0.06 0.00
302_W 662_Q 0.86 0.06 0.00
336_V 470_T 0.86 0.06 0.00
87_S 19_R 0.86 0.06 0.00
93_Q 129_V 0.86 0.06 0.00
382_T 310_V 0.86 0.06 0.00
93_Q 333_V 0.86 0.06 0.00
353_V 404_I 0.86 0.06 0.00
325_I 456_T 0.86 0.06 0.00
238_E 379_N 0.86 0.06 0.00
346_L 91_G 0.85 0.06 0.00
170_F 762_F 0.85 0.06 0.00
273_G 572_R 0.85 0.06 0.00
165_V 56_K 0.85 0.06 0.00
71_A 486_N 0.85 0.06 0.00
80_L 365_I 0.85 0.06 0.00
323_S 63_L 0.85 0.06 0.00
133_I 180_N 0.85 0.06 0.00
43_G 89_L 0.85 0.06 0.00
364_K 28_I 0.85 0.06 0.00
38_F 664_N 0.85 0.06 0.00
33_F 12_S 0.85 0.06 0.00
37_S 649_D 0.85 0.06 0.00
85_Y 569_N 0.85 0.06 0.00
326_I 317_H 0.85 0.06 0.00
191_I 494_A 0.85 0.06 0.00
87_S 317_H 0.85 0.06 0.00
166_T 263_F 0.85 0.06 0.00
333_T 148_E 0.85 0.06 0.00
93_Q 262_H 0.85 0.06 0.00
279_F 569_N 0.85 0.06 0.00
190_I 774_L 0.85 0.06 0.00
328_F 829_V 0.85 0.06 0.00
33_F 491_V 0.85 0.06 0.00
250_K 148_E 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11289 0.07 SecY-SecA Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
0262 0.88 secya Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.02 Done
0261 0.79 secya Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.00 Done - Shared
0141 0.79 SecY-SecA Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.00 Done
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