May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Mce4A-Mce4E-1,10
Genes: A B A+B
Length: 400 384 672
Sequences: 539 560 459
Seq/Len: 1.35 1.46 0.68
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.00
5 0.01 0.00 0.58
10 0.02 0.00 0.59
20 0.02 0.01 0.59
100 0.10 0.06 0.59
∞ 0.21 0.19 0.60
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
311_G 322_F 2.17 0.95 0.76
176_D 180_R 2.07 0.93 0.69
211_N 211_G 2.02 0.92 0.66
263_E 263_H 2.00 0.91 0.65
190_R 190_R 1.75 0.82 0.45
171_L 172_E 1.64 0.75 0.36
274_R 274_E 1.57 0.71 0.30
87_D 94_N 1.57 0.71 0.30
207_A 211_G 1.56 0.70 0.30
61_K 159_N 1.55 0.70 0.29
73_I 177_V 1.50 0.66 0.25
80_A 157_V 1.48 0.64 0.24
186_N 186_N 1.48 0.64 0.24
221_N 225_N 1.44 0.61 0.21
270_I 275_D 1.43 0.60 0.21
176_D 19_A 1.43 0.60 0.20
131_H 138_E 1.43 0.60 0.20
58_A 105_V 1.41 0.59 0.20
22_M 9_I 1.40 0.58 0.19
86_I 153_A 1.36 0.54 0.17
193_N 208_A 1.34 0.53 0.16
224_F 97_L 1.29 0.49 0.14
183_S 183_Q 1.29 0.49 0.13
284_S 169_I 1.29 0.49 0.13
221_N 219_L 1.28 0.48 0.13
50_A 61_M 1.28 0.48 0.13
19_A 230_L 1.27 0.47 0.12
231_N 233_L 1.25 0.46 0.12
142_N 106_S 1.25 0.46 0.12
200_Q 200_R 1.25 0.46 0.12
244_T 212_L 1.24 0.45 0.11
58_A 234_P 1.23 0.43 0.11
220_L 271_D 1.22 0.43 0.10
281_S 278_D 1.21 0.42 0.10
104_G 115_H 1.19 0.40 0.09
156_D 265_L 1.19 0.40 0.09
255_A 257_L 1.18 0.40 0.09
155_I 107_Q 1.18 0.40 0.09
287_F 288_D 1.18 0.39 0.09
73_I 220_A 1.17 0.39 0.09
15_A 262_S 1.17 0.38 0.08
229_T 9_I 1.16 0.38 0.08
277_L 275_D 1.16 0.38 0.08
96_S 207_D 1.15 0.37 0.08
320_L 325_F 1.14 0.37 0.08
111_K 108_T 1.14 0.36 0.08
234_I 272_F 1.13 0.36 0.07
23_V 265_L 1.13 0.36 0.07
297_G 125_P 1.13 0.35 0.07
116_I 12_T 1.13 0.35 0.07
132_V 134_S 1.13 0.35 0.07
317_S 325_F 1.12 0.35 0.07
63_R 159_N 1.12 0.35 0.07
35_A 153_A 1.12 0.35 0.07
49_R 145_P 1.12 0.35 0.07
59_K 115_H 1.12 0.35 0.07
200_Q 197_G 1.12 0.35 0.07
233_T 116_V 1.11 0.34 0.07
183_S 180_R 1.11 0.34 0.07
52_L 57_N 1.11 0.34 0.07
247_A 239_V 1.10 0.34 0.07
142_N 144_F 1.10 0.34 0.07
235_V 239_V 1.10 0.34 0.07
324_S 42_Y 1.10 0.33 0.07
197_P 16_A 1.10 0.33 0.07
107_I 120_P 1.10 0.33 0.07
183_S 283_V 1.10 0.33 0.07
238_K 16_A 1.09 0.33 0.06
37_F 165_A 1.09 0.33 0.06
51_G 32_P 1.09 0.33 0.06
18_L 48_M 1.09 0.32 0.06
266_F 63_D 1.09 0.32 0.06
25_S 296_S 1.08 0.32 0.06
30_Y 12_T 1.08 0.32 0.06
284_S 146_T 1.08 0.32 0.06
238_K 10_I 1.08 0.32 0.06
330_S 232_T 1.08 0.32 0.06
182_L 184_F 1.08 0.32 0.06
302_A 306_P 1.07 0.31 0.06
213_Y 161_G 1.07 0.31 0.06
225_D 228_R 1.07 0.31 0.06
23_V 282_I 1.07 0.31 0.06
48_P 247_I 1.07 0.31 0.06
197_P 200_R 1.07 0.31 0.06
182_L 177_V 1.07 0.31 0.06
186_N 45_T 1.06 0.31 0.06
226_N 134_S 1.06 0.31 0.06
339_G 163_V 1.06 0.31 0.06
215_D 214_R 1.06 0.31 0.06
280_T 255_K 1.06 0.30 0.06
155_I 149_E 1.06 0.30 0.06
257_E 10_I 1.06 0.30 0.06
170_G 164_G 1.06 0.30 0.06
87_D 100_N 1.05 0.30 0.06
247_A 165_A 1.05 0.30 0.05
238_K 196_A 1.05 0.30 0.05
205_K 31_L 1.05 0.30 0.05
330_S 174_H 1.05 0.30 0.05
230_I 158_V 1.05 0.30 0.05
292_K 292_D 1.05 0.30 0.05
105_N 53_T 1.05 0.29 0.05
165_S 141_T 1.05 0.29 0.05
230_I 62_V 1.04 0.29 0.05
207_A 207_D 1.04 0.29 0.05
100_V 155_G 1.04 0.29 0.05
40_T 163_V 1.04 0.29 0.05
272_R 265_L 1.04 0.29 0.05
112_S 158_V 1.04 0.29 0.05
337_S 26_L 1.03 0.29 0.05
139_L 95_V 1.03 0.28 0.05
217_A 325_F 1.03 0.28 0.05
190_R 19_A 1.03 0.28 0.05
151_L 203_H 1.03 0.28 0.05
27_V 293_F 1.03 0.28 0.05
86_I 26_L 1.03 0.28 0.05
210_A 94_N 1.03 0.28 0.05
267_I 116_V 1.02 0.28 0.05
148_L 240_L 1.02 0.28 0.05
210_A 211_G 1.02 0.28 0.05
204_R 204_D 1.02 0.28 0.05
33_Y 107_Q 1.02 0.28 0.05
90_E 82_S 1.02 0.28 0.05
231_N 213_N 1.02 0.28 0.05
50_A 123_D 1.02 0.28 0.05
317_S 335_T 1.01 0.27 0.05
25_S 176_A 1.01 0.27 0.05
53_V 109_S 1.01 0.27 0.04
181_L 247_I 1.01 0.27 0.04
285_P 158_V 1.01 0.27 0.04
151_L 258_T 1.01 0.27 0.04
158_L 211_G 1.01 0.27 0.04
237_Q 235_D 1.00 0.27 0.04
269_A 144_F 1.00 0.27 0.04
249_I 270_V 1.00 0.26 0.04
256_Y 260_V 1.00 0.26 0.04
104_G 48_M 1.00 0.26 0.04
57_G 75_A 1.00 0.26 0.04
35_A 63_D 1.00 0.26 0.04
171_L 169_I 1.00 0.26 0.04
320_L 141_T 1.00 0.26 0.04
206_A 242_Q 0.99 0.26 0.04
143_T 36_G 0.99 0.26 0.04
86_I 74_V 0.99 0.26 0.04
146_Q 89_L 0.99 0.26 0.04
80_A 271_D 0.99 0.26 0.04
317_S 146_T 0.99 0.26 0.04
16_A 94_N 0.99 0.26 0.04
130_A 18_L 0.99 0.26 0.04
59_K 328_T 0.99 0.26 0.04
159_E 264_V 0.99 0.26 0.04
334_V 106_S 0.99 0.26 0.04
150_D 261_T 0.99 0.26 0.04
179_G 180_R 0.98 0.25 0.04
149_I 150_V 0.98 0.25 0.04
127_S 82_S 0.98 0.25 0.04
202_D 117_E 0.98 0.25 0.04
225_D 95_V 0.98 0.25 0.04
214_A 11_L 0.98 0.25 0.04
309_K 307_N 0.97 0.25 0.04
53_V 328_T 0.97 0.25 0.04
331_L 106_S 0.97 0.25 0.04
73_I 63_D 0.97 0.25 0.04
263_E 70_V 0.97 0.24 0.04
35_A 73_I 0.97 0.24 0.04
144_L 230_L 0.97 0.24 0.04
197_P 271_D 0.97 0.24 0.04
193_N 193_E 0.97 0.24 0.04
280_T 282_I 0.97 0.24 0.04
82_L 293_F 0.97 0.24 0.04
283_Y 51_V 0.96 0.24 0.04
236_D 292_D 0.96 0.24 0.04
247_A 166_L 0.96 0.24 0.04
20_G 17_L 0.96 0.24 0.04
237_Q 137_T 0.96 0.24 0.04
19_A 45_T 0.96 0.24 0.04
49_R 64_D 0.95 0.24 0.04
100_V 215_V 0.95 0.23 0.04
239_D 122_T 0.95 0.23 0.04
52_L 110_L 0.95 0.23 0.04
168_S 26_L 0.95 0.23 0.04
253_N 140_N 0.95 0.23 0.03
289_C 302_T 0.94 0.23 0.03
22_M 11_L 0.94 0.23 0.03
163_T 199_N 0.94 0.23 0.03
185_L 271_D 0.94 0.23 0.03
113_V 221_R 0.94 0.22 0.03
305_I 332_I 0.94 0.22 0.03
200_Q 204_D 0.94 0.22 0.03
214_A 149_E 0.94 0.22 0.03
175_G 286_L 0.93 0.22 0.03
128_P 217_A 0.93 0.22 0.03
131_H 14_S 0.93 0.22 0.03
130_A 163_V 0.93 0.22 0.03
146_Q 115_H 0.93 0.22 0.03
182_L 172_E 0.93 0.22 0.03
52_L 64_D 0.93 0.22 0.03
287_F 332_I 0.93 0.22 0.03
308_R 335_T 0.93 0.22 0.03
232_K 235_D 0.93 0.22 0.03
144_L 265_L 0.93 0.22 0.03
53_V 115_H 0.93 0.22 0.03
315_S 324_T 0.93 0.22 0.03
238_K 188_V 0.93 0.22 0.03
49_R 184_F 0.93 0.22 0.03
175_G 151_F 0.93 0.22 0.03
148_L 211_G 0.93 0.22 0.03
330_S 211_G 0.92 0.22 0.03
244_T 258_T 0.92 0.22 0.03
243_D 73_I 0.92 0.22 0.03
170_G 284_K 0.92 0.21 0.03
340_P 215_V 0.92 0.21 0.03
282_D 271_D 0.92 0.21 0.03
168_S 289_D 0.92 0.21 0.03
41_D 336_F 0.92 0.21 0.03
51_G 161_G 0.92 0.21 0.03
29_T 22_Q 0.92 0.21 0.03
53_V 53_T 0.92 0.21 0.03
126_L 308_F 0.92 0.21 0.03
219_D 157_V 0.91 0.21 0.03
152_L 154_L 0.91 0.21 0.03
286_V 67_V 0.91 0.21 0.03
284_S 247_I 0.91 0.21 0.03
236_D 217_A 0.91 0.21 0.03
224_F 31_L 0.91 0.21 0.03
123_P 13_A 0.91 0.21 0.03
187_T 132_D 0.91 0.21 0.03
260_A 306_P 0.91 0.21 0.03
258_T 270_V 0.91 0.21 0.03
132_V 198_L 0.91 0.21 0.03
62_Y 219_L 0.91 0.21 0.03
252_S 154_L 0.91 0.21 0.03
128_P 72_G 0.91 0.21 0.03
144_L 241_N 0.91 0.21 0.03
221_N 67_V 0.91 0.21 0.03
330_S 306_P 0.91 0.21 0.03
145_F 150_V 0.91 0.21 0.03
331_L 115_H 0.91 0.21 0.03
59_K 48_M 0.91 0.21 0.03
23_V 207_D 0.91 0.21 0.03
289_C 304_P 0.91 0.21 0.03
334_V 54_L 0.90 0.21 0.03
252_S 171_D 0.90 0.21 0.03
151_L 308_F 0.90 0.21 0.03
216_A 192_A 0.90 0.21 0.03
140_E 58_S 0.90 0.20 0.03
128_P 188_V 0.90 0.20 0.03
264_Q 15_S 0.90 0.20 0.03
16_A 192_A 0.90 0.20 0.03
102_I 147_T 0.90 0.20 0.03
126_L 155_G 0.90 0.20 0.03
193_N 194_L 0.90 0.20 0.03
185_L 269_K 0.90 0.20 0.03
35_A 35_A 0.90 0.20 0.03
291_F 286_L 0.90 0.20 0.03
201_E 188_V 0.90 0.20 0.03
63_R 206_I 0.90 0.20 0.03
252_S 216_S 0.90 0.20 0.03
107_I 52_A 0.89 0.20 0.03
331_L 64_D 0.89 0.20 0.03
142_N 57_N 0.89 0.20 0.03
174_H 17_L 0.89 0.20 0.03
221_N 226_L 0.89 0.20 0.03
218_G 218_I 0.89 0.20 0.03
78_N 297_L 0.89 0.20 0.03
123_P 14_S 0.89 0.20 0.03
252_S 183_Q 0.89 0.20 0.03
125_P 134_S 0.89 0.20 0.03
261_P 29_L 0.89 0.20 0.03
56_K 29_L 0.89 0.20 0.03
44_T 163_V 0.89 0.20 0.03
264_Q 226_L 0.89 0.20 0.03
267_I 267_E 0.89 0.20 0.03
27_V 132_D 0.89 0.20 0.03
57_G 296_S 0.89 0.20 0.03
240_N 169_I 0.89 0.20 0.03
48_P 132_D 0.89 0.20 0.03
260_A 256_R 0.89 0.20 0.03
112_S 73_I 0.89 0.20 0.03
256_Y 256_R 0.89 0.20 0.03
240_N 20_G 0.89 0.20 0.03
218_G 235_D 0.89 0.20 0.03
254_N 166_L 0.88 0.20 0.03
186_N 203_H 0.88 0.20 0.03
59_K 106_S 0.88 0.20 0.03
27_V 261_T 0.88 0.19 0.03
128_P 262_S 0.88 0.19 0.03
14_A 64_D 0.88 0.19 0.03
259_L 153_A 0.88 0.19 0.03
129_N 240_L 0.88 0.19 0.03
167_L 8_A 0.88 0.19 0.03
73_I 183_Q 0.88 0.19 0.03
187_T 259_M 0.88 0.19 0.03
146_Q 106_S 0.88 0.19 0.03
299_K 94_N 0.88 0.19 0.03
178_L 149_E 0.87 0.19 0.03
280_T 199_N 0.87 0.19 0.03
144_L 324_T 0.87 0.19 0.03
16_A 314_V 0.87 0.19 0.03
316_S 323_T 0.87 0.19 0.02
190_R 135_R 0.87 0.19 0.02
110_A 113_S 0.87 0.19 0.02
94_I 30_P 0.87 0.19 0.02
319_V 155_G 0.87 0.19 0.02
108_F 111_L 0.87 0.19 0.02
78_N 7_R 0.87 0.19 0.02
118_P 201_Q 0.87 0.19 0.02
20_G 13_A 0.87 0.19 0.02
82_L 221_R 0.87 0.19 0.02
297_G 91_L 0.87 0.19 0.02
231_N 196_A 0.87 0.19 0.02
240_N 203_H 0.86 0.19 0.02
27_V 192_A 0.86 0.18 0.02
125_P 20_G 0.86 0.18 0.02
9_T 337_F 0.86 0.18 0.02
289_C 320_N 0.86 0.18 0.02
312_L 321_V 0.86 0.18 0.02
104_G 147_T 0.86 0.18 0.02
184_G 190_R 0.86 0.18 0.02
127_S 219_L 0.86 0.18 0.02
245_L 108_T 0.86 0.18 0.02
237_Q 119_A 0.86 0.18 0.02
57_G 50_D 0.86 0.18 0.02
220_L 253_A 0.86 0.18 0.02
289_C 33_G 0.86 0.18 0.02
77_G 204_D 0.86 0.18 0.02
173_G 179_G 0.86 0.18 0.02
158_L 154_L 0.86 0.18 0.02
269_A 90_D 0.86 0.18 0.02
45_V 56_Q 0.86 0.18 0.02
142_N 147_T 0.86 0.18 0.02
52_L 106_S 0.86 0.18 0.02
7_R 72_G 0.86 0.18 0.02
110_A 52_A 0.86 0.18 0.02
247_A 155_G 0.86 0.18 0.02
212_V 22_Q 0.86 0.18 0.02
194_P 51_V 0.86 0.18 0.02
321_G 144_F 0.85 0.18 0.02
120_T 131_V 0.85 0.18 0.02
173_G 118_L 0.85 0.18 0.02
132_V 48_M 0.85 0.18 0.02
87_D 15_S 0.85 0.18 0.02
79_Q 245_D 0.85 0.18 0.02
283_Y 100_N 0.85 0.18 0.02
94_I 100_N 0.85 0.18 0.02
280_T 205_I 0.85 0.18 0.02
61_K 216_S 0.85 0.18 0.02
114_E 301_L 0.85 0.18 0.02
53_V 113_S 0.85 0.18 0.02
168_S 196_A 0.85 0.18 0.02
183_S 184_F 0.85 0.18 0.02
167_L 301_L 0.85 0.18 0.02
275_A 138_E 0.85 0.18 0.02
17_L 122_T 0.85 0.18 0.02
301_F 325_F 0.84 0.18 0.02
142_N 113_S 0.84 0.18 0.02
318_F 324_T 0.84 0.17 0.02
43_V 58_S 0.84 0.17 0.02
316_S 177_V 0.84 0.17 0.02
321_G 115_H 0.84 0.17 0.02
107_I 233_L 0.84 0.17 0.02
314_T 233_L 0.84 0.17 0.02
61_K 152_S 0.84 0.17 0.02
155_I 116_V 0.84 0.17 0.02
234_I 277_K 0.84 0.17 0.02
206_A 116_V 0.84 0.17 0.02
170_G 269_K 0.84 0.17 0.02
334_V 147_T 0.84 0.17 0.02
148_L 226_L 0.84 0.17 0.02
245_L 331_R 0.84 0.17 0.02
104_G 106_S 0.84 0.17 0.02
287_F 105_V 0.84 0.17 0.02
13_V 337_F 0.84 0.17 0.02
235_V 176_A 0.84 0.17 0.02
131_H 286_L 0.84 0.17 0.02
52_L 108_T 0.84 0.17 0.02
135_S 56_Q 0.84 0.17 0.02
172_R 168_E 0.84 0.17 0.02
260_A 207_D 0.84 0.17 0.02
242_N 291_K 0.83 0.17 0.02
8_R 209_L 0.83 0.17 0.02
53_V 69_S 0.83 0.17 0.02
58_A 87_V 0.83 0.17 0.02
149_I 89_L 0.83 0.17 0.02
142_N 115_H 0.83 0.17 0.02
88_S 161_G 0.83 0.17 0.02
339_G 332_I 0.83 0.17 0.02
316_S 56_Q 0.83 0.17 0.02
185_L 163_V 0.83 0.17 0.02
119_K 195_T 0.83 0.17 0.02
183_S 340_A 0.83 0.17 0.02
110_A 161_G 0.83 0.17 0.02
88_S 50_D 0.83 0.17 0.02
101_R 70_V 0.83 0.17 0.02
21_L 18_L 0.83 0.17 0.02
125_P 63_D 0.83 0.17 0.02
186_N 190_R 0.83 0.17 0.02
168_S 164_G 0.83 0.17 0.02
144_L 290_R 0.83 0.17 0.02
100_V 263_H 0.83 0.17 0.02
133_A 20_G 0.83 0.17 0.02
24_G 261_T 0.83 0.17 0.02
142_N 328_T 0.83 0.17 0.02
176_D 92_D 0.83 0.17 0.02
194_P 199_N 0.83 0.17 0.02
69_K 20_G 0.82 0.17 0.02
142_N 64_D 0.82 0.17 0.02
252_S 296_S 0.82 0.17 0.02
231_N 232_T 0.82 0.17 0.02
259_L 18_L 0.82 0.17 0.02
132_V 303_F 0.82 0.17 0.02
290_L 166_L 0.82 0.17 0.02
331_L 144_F 0.82 0.17 0.02
234_I 19_A 0.82 0.17 0.02
30_Y 155_G 0.82 0.17 0.02
272_R 188_V 0.82 0.17 0.02
334_V 146_T 0.82 0.17 0.02
179_G 162_N 0.82 0.17 0.02
311_G 312_Q 0.82 0.17 0.02
141_V 51_V 0.82 0.17 0.02
98_A 46_V 0.82 0.17 0.02
164_L 286_L 0.82 0.17 0.02
305_I 309_G 0.82 0.17 0.02
87_D 14_S 0.82 0.17 0.02
161_N 191_L 0.82 0.17 0.02
43_V 239_V 0.82 0.16 0.02
143_T 161_G 0.82 0.16 0.02
16_A 9_I 0.82 0.16 0.02
99_T 29_L 0.82 0.16 0.02
197_P 260_V 0.82 0.16 0.02
306_G 302_T 0.82 0.16 0.02
72_D 17_L 0.82 0.16 0.02
97_N 167_E 0.82 0.16 0.02
73_I 22_Q 0.82 0.16 0.02
98_A 211_G 0.82 0.16 0.02
114_E 219_L 0.82 0.16 0.02
103_A 223_K 0.82 0.16 0.02
46_S 166_L 0.82 0.16 0.02
254_N 310_I 0.82 0.16 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11245 0.6 Mce4A-Mce4E-1,10 Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11236 0.68 Mce4A-Mce4E-1,10 Δgene:(1, 10) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.76 Done - Shared
11234 0.19 Mce4A-Mce4E-1,1 Δgene:(1, 1) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11226 0.34 Katherine Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11217 0.6 Mce4A-Mce4E Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.0873 seconds.