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OPENSEQ.org
Mce4A-Mce4E-1,1
Genes: A B A+B
Length: 400 384 687
Sequences: 783 1339 133
Seq/Len: 1.96 3.49 0.19
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.25 0.17
2 0.09 0.48 0.23
5 0.25 0.75 0.30
10 0.26 0.75 0.30
20 0.26 0.75 0.30
100 0.32 0.76 0.30
∞ 0.39 0.77 0.30
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
233_T 282_I 1.83 0.50 0.00
77_G 10_I 1.70 0.42 0.00
37_F 194_L 1.69 0.42 0.00
36_A 230_L 1.56 0.34 0.00
188_L 213_N 1.51 0.32 0.00
105_N 53_T 1.49 0.30 0.00
206_A 236_A 1.48 0.30 0.00
26_A 335_T 1.48 0.30 0.00
130_A 181_Q 1.47 0.30 0.00
326_T 246_H 1.46 0.29 0.00
360_A 105_V 1.45 0.29 0.00
45_V 213_N 1.45 0.28 0.00
137_V 220_A 1.45 0.28 0.00
308_R 321_V 1.44 0.28 0.00
12_R 45_T 1.43 0.27 0.00
14_A 115_H 1.41 0.27 0.00
29_T 115_H 1.40 0.26 0.00
28_L 239_V 1.40 0.26 0.00
17_L 325_F 1.39 0.26 0.00
194_P 11_L 1.36 0.24 0.00
240_N 268_T 1.35 0.24 0.00
113_V 272_F 1.35 0.24 0.00
221_N 14_S 1.34 0.23 0.00
180_A 313_A 1.33 0.23 0.00
227_L 327_L 1.31 0.22 0.00
227_L 329_L 1.30 0.22 0.00
290_L 115_H 1.30 0.22 0.00
220_L 306_P 1.30 0.22 0.00
29_T 270_V 1.30 0.22 0.00
45_V 204_D 1.26 0.20 0.00
113_V 181_Q 1.26 0.20 0.00
22_M 152_S 1.25 0.20 0.00
317_S 289_D 1.25 0.20 0.00
137_V 19_A 1.25 0.20 0.00
22_M 206_I 1.23 0.19 0.00
135_S 216_S 1.23 0.19 0.00
36_A 302_T 1.23 0.19 0.00
223_V 181_Q 1.22 0.19 0.00
192_A 149_E 1.21 0.18 0.00
118_P 216_S 1.21 0.18 0.00
184_G 273_G 1.21 0.18 0.00
94_I 69_S 1.21 0.18 0.00
17_L 247_I 1.20 0.18 0.00
17_L 296_S 1.20 0.18 0.00
25_S 196_A 1.20 0.18 0.00
124_K 121_P 1.20 0.18 0.00
227_L 326_D 1.20 0.18 0.00
327_Y 61_M 1.19 0.18 0.00
163_T 164_G 1.19 0.18 0.00
311_G 335_T 1.18 0.17 0.00
151_L 211_G 1.18 0.17 0.00
295_A 98_P 1.18 0.17 0.00
319_V 234_P 1.18 0.17 0.00
245_L 27_N 1.18 0.17 0.00
15_A 151_F 1.18 0.17 0.00
97_N 94_N 1.17 0.17 0.00
58_A 326_D 1.17 0.17 0.00
189_T 246_H 1.17 0.17 0.00
181_L 154_L 1.17 0.17 0.00
15_A 21_C 1.17 0.17 0.00
214_A 236_A 1.16 0.17 0.00
227_L 310_I 1.16 0.17 0.00
319_V 230_L 1.16 0.17 0.00
217_A 253_A 1.16 0.17 0.00
291_F 180_R 1.15 0.16 0.00
108_F 144_F 1.15 0.16 0.00
206_A 226_L 1.15 0.16 0.00
164_L 163_V 1.14 0.16 0.00
227_L 319_L 1.14 0.16 0.00
98_A 124_R 1.13 0.16 0.00
276_P 93_K 1.13 0.16 0.00
67_V 210_D 1.13 0.16 0.00
224_F 157_V 1.13 0.16 0.00
241_L 5_W 1.13 0.16 0.00
12_R 277_K 1.13 0.16 0.00
226_N 134_S 1.12 0.15 0.00
241_L 293_F 1.12 0.15 0.00
331_L 199_N 1.12 0.15 0.00
310_A 187_L 1.12 0.15 0.00
156_D 275_D 1.11 0.15 0.00
350_T 270_V 1.10 0.15 0.00
239_D 209_L 1.10 0.15 0.00
73_I 71_A 1.10 0.15 0.00
266_F 188_V 1.10 0.15 0.00
67_V 220_A 1.10 0.15 0.00
207_A 129_R 1.10 0.15 0.00
85_A 220_A 1.09 0.15 0.00
324_S 296_S 1.09 0.14 0.00
50_A 327_L 1.09 0.14 0.00
94_I 181_Q 1.09 0.14 0.00
255_A 266_A 1.09 0.14 0.00
144_L 264_V 1.09 0.14 0.00
291_F 181_Q 1.09 0.14 0.00
297_G 40_G 1.08 0.14 0.00
287_F 82_S 1.08 0.14 0.00
44_T 116_V 1.08 0.14 0.00
328_P 61_M 1.08 0.14 0.00
28_L 220_A 1.08 0.14 0.00
277_L 196_A 1.08 0.14 0.00
215_D 192_A 1.08 0.14 0.00
252_S 213_N 1.08 0.14 0.00
121_P 63_D 1.08 0.14 0.00
26_A 163_V 1.08 0.14 0.00
310_A 207_D 1.08 0.14 0.00
217_A 164_G 1.08 0.14 0.00
215_D 127_T 1.07 0.14 0.00
59_K 73_I 1.07 0.14 0.00
113_V 71_A 1.07 0.14 0.00
314_T 177_V 1.07 0.14 0.00
32_S 245_D 1.07 0.14 0.00
280_T 313_A 1.06 0.14 0.00
180_A 325_F 1.06 0.14 0.00
45_V 102_V 1.06 0.14 0.00
23_V 331_R 1.06 0.14 0.00
331_L 143_R 1.06 0.14 0.00
155_I 274_E 1.06 0.14 0.00
156_D 202_V 1.05 0.13 0.00
304_L 266_A 1.05 0.13 0.00
255_A 184_F 1.05 0.13 0.00
118_P 46_V 1.05 0.13 0.00
39_S 272_F 1.05 0.13 0.00
309_K 241_N 1.05 0.13 0.00
42_T 73_I 1.05 0.13 0.00
94_I 287_N 1.05 0.13 0.00
59_K 27_N 1.05 0.13 0.00
222_T 86_A 1.05 0.13 0.00
343_R 39_E 1.05 0.13 0.00
101_R 61_M 1.04 0.13 0.00
180_A 151_F 1.04 0.13 0.00
106_T 113_S 1.04 0.13 0.00
133_A 242_Q 1.04 0.13 0.00
186_N 150_V 1.04 0.13 0.00
22_M 262_S 1.03 0.13 0.00
29_T 264_V 1.03 0.13 0.00
131_H 272_F 1.03 0.13 0.00
12_R 51_V 1.03 0.13 0.00
85_A 147_T 1.03 0.13 0.00
205_K 115_H 1.03 0.13 0.00
231_N 20_G 1.03 0.13 0.00
33_Y 64_D 1.03 0.13 0.00
46_S 300_L 1.03 0.13 0.00
92_G 69_S 1.03 0.13 0.00
131_H 73_I 1.02 0.12 0.00
327_Y 210_D 1.02 0.12 0.00
159_E 22_Q 1.01 0.12 0.00
245_L 185_V 1.01 0.12 0.00
241_L 109_S 1.01 0.12 0.00
121_P 174_H 1.01 0.12 0.00
20_G 88_K 1.01 0.12 0.00
65_I 95_V 1.01 0.12 0.00
194_P 185_V 1.01 0.12 0.00
86_I 238_R 1.01 0.12 0.00
110_A 113_S 1.01 0.12 0.00
53_V 321_V 1.01 0.12 0.00
74_S 216_S 1.01 0.12 0.00
19_A 217_A 1.01 0.12 0.00
148_L 106_S 1.01 0.12 0.00
335_N 199_N 1.00 0.12 0.00
227_L 222_D 1.00 0.12 0.00
251_L 212_L 1.00 0.12 0.00
45_V 47_E 1.00 0.12 0.00
229_T 313_A 1.00 0.12 0.00
28_L 187_L 1.00 0.12 0.00
175_G 176_A 1.00 0.12 0.00
83_K 303_F 1.00 0.12 0.00
112_S 150_V 1.00 0.12 0.00
337_S 116_V 1.00 0.12 0.00
259_L 197_G 1.00 0.12 0.00
69_K 101_A 1.00 0.12 0.00
271_N 214_R 1.00 0.12 0.00
310_A 326_D 0.99 0.12 0.00
161_N 294_V 0.99 0.12 0.00
72_D 11_L 0.99 0.12 0.00
23_V 17_L 0.99 0.12 0.00
224_F 246_H 0.99 0.12 0.00
245_L 181_Q 0.99 0.12 0.00
269_A 282_I 0.99 0.12 0.00
35_A 145_P 0.99 0.12 0.00
348_I 285_A 0.99 0.12 0.00
261_P 299_L 0.99 0.12 0.00
164_L 108_T 0.99 0.12 0.00
348_I 310_I 0.99 0.12 0.00
111_K 114_L 0.99 0.12 0.00
159_E 324_T 0.99 0.12 0.00
138_Q 160_K 0.98 0.12 0.00
57_G 106_S 0.98 0.12 0.00
171_L 63_D 0.98 0.12 0.00
106_T 155_G 0.98 0.12 0.00
265_N 99_A 0.98 0.12 0.00
319_V 21_C 0.98 0.12 0.00
113_V 100_N 0.98 0.12 0.00
115_F 61_M 0.98 0.12 0.00
237_Q 129_R 0.98 0.11 0.00
30_Y 64_D 0.98 0.11 0.00
326_T 73_I 0.98 0.11 0.00
227_L 21_C 0.98 0.11 0.00
86_I 89_L 0.97 0.11 0.00
366_D 199_N 0.97 0.11 0.00
360_A 337_F 0.97 0.11 0.00
313_F 335_T 0.97 0.11 0.00
98_A 9_I 0.97 0.11 0.00
363_L 9_I 0.97 0.11 0.00
221_N 92_D 0.97 0.11 0.00
38_T 194_L 0.97 0.11 0.00
27_V 194_L 0.97 0.11 0.00
260_A 10_I 0.97 0.11 0.00
45_V 18_L 0.96 0.11 0.00
363_L 335_T 0.96 0.11 0.00
144_L 164_G 0.96 0.11 0.00
129_N 137_T 0.96 0.11 0.00
276_P 191_L 0.96 0.11 0.00
127_S 15_S 0.96 0.11 0.00
24_G 147_T 0.96 0.11 0.00
159_E 282_I 0.96 0.11 0.00
134_A 265_L 0.96 0.11 0.00
26_A 220_A 0.96 0.11 0.00
321_G 242_Q 0.96 0.11 0.00
123_P 75_A 0.96 0.11 0.00
106_T 114_L 0.96 0.11 0.00
141_V 49_A 0.96 0.11 0.00
305_I 284_K 0.96 0.11 0.00
320_L 93_K 0.95 0.11 0.00
65_I 230_L 0.95 0.11 0.00
299_K 260_V 0.95 0.11 0.00
36_A 204_D 0.95 0.11 0.00
24_G 95_V 0.95 0.11 0.00
332_P 196_A 0.95 0.11 0.00
366_D 229_A 0.95 0.11 0.00
26_A 106_S 0.95 0.11 0.00
100_V 61_M 0.95 0.11 0.00
46_S 15_S 0.95 0.11 0.00
98_A 182_A 0.95 0.11 0.00
291_F 323_T 0.95 0.11 0.00
197_P 73_I 0.94 0.11 0.00
192_A 143_R 0.94 0.11 0.00
316_S 237_V 0.94 0.11 0.00
259_L 237_V 0.94 0.11 0.00
257_E 216_S 0.94 0.11 0.00
292_K 147_T 0.94 0.11 0.00
270_I 129_R 0.94 0.11 0.00
241_L 69_S 0.94 0.11 0.00
23_V 164_G 0.94 0.10 0.00
244_T 263_H 0.94 0.10 0.00
116_I 264_V 0.94 0.10 0.00
310_A 239_V 0.94 0.10 0.00
94_I 183_Q 0.94 0.10 0.00
229_T 124_R 0.94 0.10 0.00
224_F 167_E 0.94 0.10 0.00
318_F 204_D 0.94 0.10 0.00
206_A 13_A 0.93 0.10 0.00
233_T 88_K 0.93 0.10 0.00
285_P 323_T 0.93 0.10 0.00
226_N 226_L 0.93 0.10 0.00
155_I 73_I 0.93 0.10 0.00
360_A 219_L 0.93 0.10 0.00
140_E 209_L 0.93 0.10 0.00
184_G 204_D 0.93 0.10 0.00
61_K 240_L 0.93 0.10 0.00
30_Y 287_N 0.93 0.10 0.00
137_V 335_T 0.93 0.10 0.00
278_K 192_A 0.93 0.10 0.00
24_G 230_L 0.93 0.10 0.00
163_T 88_K 0.93 0.10 0.00
218_G 310_I 0.93 0.10 0.00
152_L 138_E 0.93 0.10 0.00
20_G 196_A 0.93 0.10 0.00
34_T 64_D 0.93 0.10 0.00
167_L 299_L 0.93 0.10 0.00
121_P 14_S 0.93 0.10 0.00
320_L 258_T 0.93 0.10 0.00
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188_L 269_K 0.92 0.10 0.00
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113_V 212_L 0.91 0.10 0.00
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156_D 272_F 0.91 0.10 0.00
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313_F 329_L 0.91 0.10 0.00
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359_R 214_R 0.91 0.10 0.00
100_V 75_A 0.91 0.10 0.00
188_L 151_F 0.91 0.10 0.00
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182_L 218_I 0.90 0.10 0.00
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181_L 257_L 0.90 0.10 0.00
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133_A 296_S 0.90 0.10 0.00
101_R 202_V 0.90 0.10 0.00
125_P 20_G 0.90 0.10 0.00
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156_D 322_F 0.90 0.10 0.00
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218_G 321_V 0.89 0.10 0.00
245_L 263_H 0.89 0.10 0.00
292_K 116_V 0.89 0.10 0.00
300_E 321_V 0.89 0.10 0.00
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185_L 184_F 0.89 0.10 0.00
189_T 210_D 0.89 0.10 0.00
230_I 187_L 0.89 0.10 0.00
98_A 195_T 0.89 0.10 0.00
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15_A 234_P 0.89 0.09 0.00
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123_P 9_I 0.89 0.09 0.00
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115_F 54_L 0.89 0.09 0.00
180_A 128_G 0.89 0.09 0.00
135_S 89_L 0.89 0.09 0.00
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153_H 84_Y 0.89 0.09 0.00
328_P 185_V 0.88 0.09 0.00
254_N 108_T 0.88 0.09 0.00
170_G 54_L 0.88 0.09 0.00
16_A 272_F 0.88 0.09 0.00
177_D 202_V 0.88 0.09 0.00
148_L 273_G 0.88 0.09 0.00
42_T 168_E 0.88 0.09 0.00
156_D 260_V 0.88 0.09 0.00
188_L 324_T 0.88 0.09 0.00
58_A 321_V 0.88 0.09 0.00
17_L 209_L 0.88 0.09 0.00
255_A 265_L 0.88 0.09 0.00
156_D 17_L 0.88 0.09 0.00
26_A 269_K 0.88 0.09 0.00
104_G 155_G 0.88 0.09 0.00
50_A 239_V 0.88 0.09 0.00
288_G 237_V 0.88 0.09 0.00
82_L 321_V 0.88 0.09 0.00
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108_F 237_V 0.88 0.09 0.00
34_T 287_N 0.87 0.09 0.00
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94_I 179_G 0.87 0.09 0.00
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34_T 248_V 0.87 0.09 0.00
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87_D 10_I 0.87 0.09 0.00
136_Q 16_A 0.87 0.09 0.00
217_A 212_L 0.87 0.09 0.00
256_Y 192_A 0.87 0.09 0.00
50_A 257_L 0.87 0.09 0.00
33_Y 230_L 0.87 0.09 0.00
217_A 333_G 0.87 0.09 0.00
340_P 105_V 0.87 0.09 0.00
26_A 270_V 0.87 0.09 0.00
97_N 204_D 0.87 0.09 0.00
246_L 91_L 0.87 0.09 0.00
243_D 186_N 0.86 0.09 0.00
190_R 292_D 0.86 0.09 0.00
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207_A 216_S 0.86 0.09 0.00
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152_L 324_T 0.86 0.09 0.00
276_P 36_G 0.86 0.09 0.00
39_S 212_L 0.86 0.09 0.00
87_D 15_S 0.86 0.09 0.00
156_D 278_D 0.86 0.09 0.00
164_L 37_H 0.86 0.09 0.00
295_A 130_L 0.86 0.09 0.00
176_D 66_T 0.86 0.09 0.00
39_S 224_D 0.86 0.09 0.00
251_L 245_D 0.86 0.09 0.00
313_F 326_D 0.86 0.09 0.00
121_P 137_T 0.86 0.09 0.00
290_L 319_L 0.86 0.09 0.00
258_T 92_D 0.86 0.09 0.00
363_L 229_A 0.86 0.09 0.00
194_P 131_V 0.85 0.09 0.00
115_F 244_R 0.85 0.09 0.00
200_Q 201_Q 0.85 0.09 0.00
21_L 128_G 0.85 0.09 0.00
16_A 135_R 0.85 0.09 0.00
139_L 119_A 0.85 0.09 0.00
358_Y 53_T 0.85 0.09 0.00
338_G 310_I 0.85 0.09 0.00
291_F 300_L 0.85 0.09 0.00
216_A 168_E 0.85 0.09 0.00
20_G 183_Q 0.85 0.09 0.00
230_I 239_V 0.85 0.09 0.00
119_K 323_T 0.85 0.09 0.00
276_P 262_S 0.85 0.09 0.00
249_I 18_L 0.85 0.09 0.00
70_V 302_T 0.85 0.09 0.00
146_Q 185_V 0.85 0.09 0.00
127_S 207_D 0.85 0.09 0.00
281_S 277_K 0.85 0.09 0.00
227_L 201_Q 0.85 0.09 0.00
312_L 321_V 0.85 0.09 0.00
292_K 303_F 0.85 0.09 0.00
360_A 145_P 0.85 0.09 0.00
333_I 258_T 0.85 0.09 0.00
339_G 137_T 0.85 0.09 0.00
191_Q 221_R 0.85 0.09 0.00
205_K 287_N 0.85 0.09 0.00
232_K 211_G 0.85 0.09 0.00
44_T 265_L 0.85 0.09 0.00
245_L 99_A 0.85 0.09 0.00
69_K 268_T 0.85 0.09 0.00
110_A 56_Q 0.84 0.09 0.00
316_S 315_R 0.84 0.09 0.00
56_K 202_V 0.84 0.09 0.00
249_I 93_K 0.84 0.09 0.00
258_T 314_V 0.84 0.09 0.00
244_T 91_L 0.84 0.09 0.00
17_L 83_F 0.84 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11245 0.6 Mce4A-Mce4E-1,10 Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11236 0.68 Mce4A-Mce4E-1,10 Δgene:(1, 10) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.76 Done - Shared
11234 0.19 Mce4A-Mce4E-1,1 Δgene:(1, 1) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11226 0.34 Katherine Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11217 0.6 Mce4A-Mce4E Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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