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OPENSEQ.org
Katherine
Genes: A B A+B
Length: 400 451 746
Sequences: 783 306 261
Seq/Len: 1.96 0.68 0.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.00 0.00
2 0.09 0.00 0.04
5 0.25 0.00 0.31
10 0.26 0.00 0.31
20 0.26 0.00 0.31
100 0.32 0.01 0.31
∞ 0.39 0.20 0.31
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
322_A 312_Q 1.65 0.56 0.00
322_A 309_D 1.50 0.45 0.00
16_A 185_L 1.49 0.45 0.00
317_S 43_V 1.47 0.43 0.00
227_L 44_G 1.43 0.41 0.00
251_L 258_I 1.40 0.39 0.00
80_A 147_R 1.39 0.38 0.00
334_V 299_P 1.36 0.36 0.00
240_N 147_R 1.35 0.36 0.00
221_N 44_G 1.33 0.34 0.00
321_G 375_H 1.32 0.34 0.00
227_L 164_G 1.32 0.34 0.00
53_V 71_I 1.32 0.34 0.00
223_V 234_S 1.31 0.33 0.00
24_G 130_D 1.29 0.32 0.00
315_S 105_A 1.29 0.32 0.00
178_L 105_A 1.29 0.32 0.00
244_T 105_A 1.28 0.32 0.00
230_I 90_V 1.28 0.32 0.00
148_L 376_P 1.28 0.31 0.00
57_G 280_A 1.28 0.31 0.00
128_P 95_Q 1.28 0.31 0.00
82_L 150_A 1.26 0.30 0.00
155_I 70_M 1.26 0.30 0.00
211_N 121_L 1.25 0.30 0.00
169_E 43_V 1.25 0.29 0.00
340_P 195_L 1.24 0.29 0.00
112_S 243_N 1.24 0.29 0.00
230_I 309_D 1.24 0.29 0.00
144_L 42_I 1.23 0.29 0.00
115_F 339_A 1.23 0.28 0.00
290_L 121_L 1.23 0.28 0.00
138_Q 184_A 1.22 0.28 0.00
313_F 185_L 1.22 0.28 0.00
66_Q 284_S 1.22 0.28 0.00
155_I 234_S 1.22 0.28 0.00
131_H 207_K 1.21 0.27 0.00
105_N 370_P 1.21 0.27 0.00
311_G 227_A 1.21 0.27 0.00
314_T 97_V 1.21 0.27 0.00
220_L 280_A 1.20 0.27 0.00
252_S 53_Y 1.19 0.26 0.00
151_L 290_I 1.19 0.26 0.00
35_A 184_A 1.18 0.25 0.00
309_K 234_S 1.17 0.25 0.00
91_M 274_N 1.16 0.25 0.00
185_L 106_A 1.16 0.25 0.00
16_A 167_I 1.16 0.25 0.00
317_S 314_T 1.16 0.24 0.00
170_G 180_S 1.15 0.24 0.00
314_T 320_S 1.15 0.24 0.00
53_V 231_A 1.14 0.24 0.00
58_A 280_A 1.14 0.23 0.00
132_V 75_S 1.14 0.23 0.00
205_K 210_Q 1.14 0.23 0.00
211_N 320_S 1.14 0.23 0.00
96_S 290_I 1.13 0.23 0.00
150_D 251_L 1.13 0.23 0.00
67_V 80_I 1.13 0.23 0.00
209_V 210_Q 1.12 0.23 0.00
199_L 94_V 1.12 0.23 0.00
200_Q 100_S 1.12 0.22 0.00
262_A 362_L 1.12 0.22 0.00
104_G 210_Q 1.12 0.22 0.00
262_A 106_A 1.11 0.22 0.00
87_D 147_R 1.11 0.22 0.00
37_F 317_G 1.11 0.22 0.00
335_N 78_V 1.11 0.22 0.00
47_S 242_A 1.10 0.22 0.00
252_S 60_V 1.10 0.22 0.00
330_S 335_S 1.10 0.21 0.00
239_D 70_M 1.10 0.21 0.00
192_A 331_I 1.09 0.21 0.00
54_M 85_S 1.09 0.21 0.00
80_A 223_I 1.09 0.21 0.00
132_V 81_T 1.09 0.21 0.00
12_R 80_I 1.08 0.21 0.00
39_S 109_I 1.08 0.21 0.00
230_I 164_G 1.08 0.21 0.00
182_L 210_Q 1.08 0.20 0.00
164_L 358_L 1.08 0.20 0.00
132_V 78_V 1.06 0.20 0.00
191_Q 77_D 1.06 0.20 0.00
126_L 304_F 1.06 0.20 0.00
148_L 42_I 1.06 0.20 0.00
316_S 248_L 1.05 0.20 0.00
241_L 98_I 1.05 0.19 0.00
314_T 233_V 1.05 0.19 0.00
309_K 90_V 1.05 0.19 0.00
72_D 167_I 1.05 0.19 0.00
89_G 73_P 1.05 0.19 0.00
234_I 372_I 1.05 0.19 0.00
71_T 290_I 1.05 0.19 0.00
167_L 72_E 1.05 0.19 0.00
110_A 141_V 1.04 0.19 0.00
254_N 265_N 1.04 0.19 0.00
163_T 53_Y 1.04 0.19 0.00
216_A 207_K 1.04 0.19 0.00
316_S 223_I 1.04 0.19 0.00
33_Y 269_L 1.04 0.19 0.00
53_V 138_W 1.04 0.19 0.00
54_M 303_N 1.03 0.19 0.00
181_L 98_I 1.03 0.19 0.00
96_S 321_I 1.03 0.19 0.00
253_N 185_L 1.03 0.19 0.00
100_V 373_M 1.03 0.18 0.00
33_Y 375_H 1.03 0.18 0.00
257_E 167_I 1.03 0.18 0.00
139_L 226_F 1.03 0.18 0.00
73_I 124_N 1.03 0.18 0.00
246_L 262_L 1.02 0.18 0.00
138_Q 198_S 1.02 0.18 0.00
317_S 243_N 1.02 0.18 0.00
153_H 262_L 1.02 0.18 0.00
240_N 50_V 1.02 0.18 0.00
266_F 301_I 1.02 0.18 0.00
274_R 254_A 1.02 0.18 0.00
221_N 285_D 1.02 0.18 0.00
155_I 194_R 1.02 0.18 0.00
234_I 165_A 1.01 0.18 0.00
44_T 247_T 1.01 0.18 0.00
187_T 74_R 1.01 0.18 0.00
222_T 202_I 1.01 0.18 0.00
48_P 334_G 1.01 0.18 0.00
28_L 262_L 1.01 0.18 0.00
20_G 365_L 1.01 0.18 0.00
305_I 297_A 1.01 0.18 0.00
260_A 280_A 1.01 0.18 0.00
24_G 387_I 1.01 0.18 0.00
239_D 130_D 1.01 0.18 0.00
286_V 150_A 1.01 0.17 0.00
248_T 238_A 1.01 0.17 0.00
63_R 78_V 1.01 0.17 0.00
104_G 170_A 1.01 0.17 0.00
15_A 68_I 1.01 0.17 0.00
32_S 68_I 1.01 0.17 0.00
278_K 167_I 1.00 0.17 0.00
47_S 370_P 1.00 0.17 0.00
17_L 300_G 1.00 0.17 0.00
243_D 59_R 1.00 0.17 0.00
206_A 80_I 1.00 0.17 0.00
167_L 190_Q 1.00 0.17 0.00
232_K 264_E 1.00 0.17 0.00
328_P 134_V 1.00 0.17 0.00
204_R 130_D 1.00 0.17 0.00
80_A 224_V 1.00 0.17 0.00
334_V 290_I 1.00 0.17 0.00
130_A 370_P 0.99 0.17 0.00
45_V 388_I 0.99 0.17 0.00
24_G 234_S 0.99 0.17 0.00
163_T 310_P 0.99 0.17 0.00
330_S 185_L 0.99 0.17 0.00
246_L 250_T 0.99 0.17 0.00
9_T 211_V 0.99 0.17 0.00
89_G 114_V 0.99 0.17 0.00
238_K 359_G 0.98 0.17 0.00
326_T 133_A 0.98 0.17 0.00
104_G 185_L 0.98 0.17 0.00
123_P 387_I 0.98 0.17 0.00
150_D 228_G 0.98 0.17 0.00
155_I 149_A 0.98 0.17 0.00
335_N 391_T 0.98 0.17 0.00
131_H 126_R 0.98 0.16 0.00
92_G 70_M 0.98 0.16 0.00
106_T 326_N 0.97 0.16 0.00
244_T 71_I 0.97 0.16 0.00
101_R 98_I 0.97 0.16 0.00
19_A 124_N 0.97 0.16 0.00
312_L 301_I 0.97 0.16 0.00
96_S 277_N 0.97 0.16 0.00
104_G 89_K 0.97 0.16 0.00
74_S 43_V 0.97 0.16 0.00
145_F 230_V 0.97 0.16 0.00
20_G 270_I 0.97 0.16 0.00
316_S 206_V 0.97 0.16 0.00
294_I 291_E 0.97 0.16 0.00
18_L 290_I 0.97 0.16 0.00
26_A 259_R 0.97 0.16 0.00
222_T 296_V 0.96 0.16 0.00
260_A 112_T 0.96 0.16 0.00
314_T 297_A 0.96 0.16 0.00
292_K 51_G 0.96 0.16 0.00
316_S 376_P 0.96 0.16 0.00
197_P 53_Y 0.96 0.15 0.00
32_S 52_L 0.96 0.15 0.00
74_S 121_L 0.96 0.15 0.00
249_I 138_W 0.95 0.15 0.00
114_E 78_V 0.95 0.15 0.00
178_L 291_E 0.95 0.15 0.00
341_N 314_T 0.95 0.15 0.00
15_A 64_P 0.95 0.15 0.00
247_A 162_P 0.95 0.15 0.00
237_Q 94_V 0.95 0.15 0.00
128_P 121_L 0.95 0.15 0.00
75_Y 273_V 0.95 0.15 0.00
317_S 380_I 0.95 0.15 0.00
261_P 316_N 0.94 0.15 0.00
74_S 40_R 0.94 0.15 0.00
46_S 163_L 0.94 0.15 0.00
260_A 76_S 0.94 0.15 0.00
100_V 260_G 0.94 0.15 0.00
86_I 283_L 0.94 0.15 0.00
98_A 199_R 0.94 0.15 0.00
54_M 200_G 0.94 0.15 0.00
285_P 121_L 0.94 0.15 0.00
322_A 105_A 0.94 0.15 0.00
16_A 84_V 0.94 0.15 0.00
170_G 207_K 0.94 0.15 0.00
21_L 117_G 0.94 0.15 0.00
148_L 226_F 0.94 0.15 0.00
116_I 309_D 0.94 0.15 0.00
303_P 52_L 0.94 0.15 0.00
190_R 68_I 0.93 0.15 0.00
238_K 369_Y 0.93 0.15 0.00
45_V 248_L 0.93 0.15 0.00
218_G 54_P 0.93 0.15 0.00
41_D 79_K 0.93 0.15 0.00
198_A 69_D 0.93 0.15 0.00
50_A 315_L 0.93 0.15 0.00
209_V 326_N 0.93 0.15 0.00
145_F 291_E 0.93 0.14 0.00
340_P 334_G 0.93 0.14 0.00
227_L 217_S 0.92 0.14 0.00
8_R 290_I 0.92 0.14 0.00
106_T 329_Q 0.92 0.14 0.00
142_N 295_H 0.92 0.14 0.00
71_T 157_G 0.92 0.14 0.00
324_S 361_V 0.92 0.14 0.00
87_D 255_L 0.92 0.14 0.00
341_N 226_F 0.92 0.14 0.00
314_T 377_L 0.92 0.14 0.00
270_I 64_P 0.92 0.14 0.00
228_P 104_V 0.92 0.14 0.00
155_I 76_S 0.92 0.14 0.00
280_T 42_I 0.92 0.14 0.00
95_P 261_F 0.92 0.14 0.00
74_S 299_P 0.92 0.14 0.00
19_A 85_S 0.92 0.14 0.00
67_V 285_D 0.92 0.14 0.00
12_R 161_G 0.92 0.14 0.00
190_R 168_N 0.92 0.14 0.00
180_A 87_D 0.92 0.14 0.00
105_N 105_A 0.92 0.14 0.00
291_F 322_P 0.91 0.14 0.00
214_A 128_D 0.91 0.14 0.00
62_Y 116_T 0.91 0.14 0.00
80_A 326_N 0.91 0.14 0.00
239_D 120_V 0.91 0.14 0.00
246_L 278_D 0.91 0.14 0.00
234_I 315_L 0.91 0.14 0.00
170_G 76_S 0.91 0.14 0.00
139_L 373_M 0.91 0.14 0.00
129_N 26_L 0.91 0.14 0.00
170_G 192_A 0.91 0.14 0.00
27_V 121_L 0.91 0.14 0.00
96_S 116_T 0.91 0.14 0.00
94_I 130_D 0.91 0.14 0.00
321_G 138_W 0.91 0.14 0.00
220_L 97_V 0.91 0.14 0.00
112_S 102_N 0.91 0.14 0.00
224_F 90_V 0.91 0.14 0.00
80_A 138_W 0.90 0.14 0.00
93_F 212_L 0.90 0.14 0.00
186_N 330_F 0.90 0.14 0.00
212_V 42_I 0.90 0.14 0.00
155_I 205_T 0.90 0.14 0.00
240_N 140_E 0.90 0.14 0.00
217_A 171_A 0.90 0.14 0.00
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26_A 321_I 0.89 0.13 0.00
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186_N 343_S 0.88 0.13 0.00
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112_S 380_I 0.87 0.13 0.00
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163_T 254_A 0.86 0.12 0.00
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45_V 124_N 0.86 0.12 0.00
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217_A 174_L 0.86 0.12 0.00
96_S 140_E 0.86 0.12 0.00
168_S 339_A 0.86 0.12 0.00
254_N 48_S 0.86 0.12 0.00
48_P 283_L 0.86 0.12 0.00
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260_A 54_P 0.86 0.12 0.00
252_S 119_A 0.86 0.12 0.00
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133_A 105_A 0.85 0.12 0.00
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105_N 245_D 0.84 0.12 0.00
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54_M 307_I 0.84 0.12 0.00
151_L 272_T 0.84 0.12 0.00
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155_I 188_L 0.84 0.12 0.00
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31_L 109_I 0.84 0.12 0.00
129_N 145_L 0.84 0.12 0.00
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187_T 120_V 0.84 0.12 0.00
69_K 351_A 0.84 0.12 0.00
161_N 307_I 0.84 0.12 0.00
155_I 271_E 0.84 0.12 0.00
172_R 311_A 0.84 0.12 0.00
156_D 353_I 0.84 0.12 0.00
116_I 312_Q 0.83 0.12 0.00
173_G 294_L 0.83 0.12 0.00
176_D 251_L 0.83 0.12 0.00
235_V 147_R 0.83 0.12 0.00
126_L 115_Y 0.83 0.12 0.00
24_G 54_P 0.83 0.12 0.00
244_T 297_A 0.83 0.12 0.00
163_T 162_P 0.83 0.12 0.00
145_F 56_D 0.83 0.12 0.00
297_G 202_I 0.83 0.12 0.00
154_K 309_D 0.83 0.12 0.00
341_N 227_A 0.83 0.12 0.00
277_L 72_E 0.83 0.12 0.00
20_G 129_L 0.83 0.12 0.00
246_L 257_D 0.83 0.12 0.00
194_P 148_L 0.83 0.11 0.00
19_A 151_D 0.83 0.11 0.00
165_S 251_L 0.83 0.11 0.00
318_F 45_Y 0.83 0.11 0.00
140_E 295_H 0.83 0.11 0.00
299_K 94_V 0.83 0.11 0.00
46_S 170_A 0.83 0.11 0.00
43_V 145_L 0.83 0.11 0.00
247_A 169_Q 0.83 0.11 0.00
132_V 185_L 0.83 0.11 0.00
277_L 255_L 0.83 0.11 0.00
243_D 296_V 0.83 0.11 0.00
312_L 321_I 0.83 0.11 0.00
206_A 290_I 0.83 0.11 0.00
317_S 248_L 0.83 0.11 0.00
106_T 307_I 0.82 0.11 0.00
334_V 47_T 0.82 0.11 0.00
73_I 252_N 0.82 0.11 0.00
285_P 195_L 0.82 0.11 0.00
284_S 314_T 0.82 0.11 0.00
330_S 391_T 0.82 0.11 0.00
214_A 297_A 0.82 0.11 0.00
248_T 80_I 0.82 0.11 0.00
49_R 56_D 0.82 0.11 0.00
111_K 295_H 0.82 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11225 0.35 Katherine Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11216 0.4 Mce4A-Mce4D Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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