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OPENSEQ.org
Katherine
Genes: A B A+B
Length: 400 357 662
Sequences: 783 2422 114
Seq/Len: 1.96 6.78 0.17
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.60 0.14
2 0.09 0.61 0.14
5 0.25 0.62 0.15
10 0.26 0.62 0.15
20 0.26 0.62 0.15
100 0.32 0.62 0.15
∞ 0.39 0.63 0.15
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
39_S 86_T 1.63 0.35 0.00
24_G 46_T 1.47 0.27 0.00
132_V 19_I 1.46 0.27 0.00
291_F 103_I 1.41 0.25 0.00
79_Q 99_S 1.40 0.24 0.00
112_S 189_L 1.38 0.23 0.00
106_T 135_P 1.35 0.22 0.00
107_I 115_A 1.34 0.22 0.00
59_K 148_N 1.33 0.22 0.00
152_L 160_A 1.33 0.21 0.00
221_N 50_Y 1.32 0.21 0.00
109_G 191_R 1.31 0.21 0.00
104_G 168_L 1.28 0.19 0.00
53_V 136_Y 1.27 0.19 0.00
100_V 96_G 1.27 0.19 0.00
67_V 196_L 1.27 0.19 0.00
106_T 136_Y 1.27 0.19 0.00
181_L 145_L 1.26 0.19 0.00
67_V 224_G 1.26 0.19 0.00
293_G 138_L 1.25 0.18 0.00
123_P 250_A 1.25 0.18 0.00
70_V 87_F 1.24 0.18 0.00
239_D 23_V 1.24 0.18 0.00
324_S 72_A 1.24 0.18 0.00
63_R 47_Y 1.23 0.18 0.00
152_L 186_S 1.22 0.18 0.00
24_G 76_V 1.22 0.18 0.00
132_V 217_V 1.22 0.17 0.00
132_V 199_L 1.22 0.17 0.00
36_A 77_S 1.19 0.17 0.00
28_L 50_Y 1.19 0.16 0.00
192_A 175_V 1.18 0.16 0.00
143_T 27_C 1.17 0.16 0.00
180_A 175_V 1.17 0.16 0.00
97_N 21_G 1.17 0.16 0.00
109_G 255_F 1.16 0.16 0.00
111_K 192_R 1.16 0.16 0.00
102_I 142_L 1.16 0.16 0.00
68_G 67_G 1.16 0.15 0.00
68_G 71_G 1.16 0.15 0.00
113_V 76_V 1.16 0.15 0.00
292_K 95_V 1.16 0.15 0.00
128_P 190_N 1.16 0.15 0.00
62_Y 61_N 1.15 0.15 0.00
53_V 135_P 1.15 0.15 0.00
245_L 221_V 1.15 0.15 0.00
164_L 169_H 1.15 0.15 0.00
204_R 95_V 1.14 0.15 0.00
19_A 312_V 1.14 0.15 0.00
155_I 221_V 1.14 0.15 0.00
248_T 75_A 1.14 0.15 0.00
152_L 305_G 1.13 0.15 0.00
39_S 138_L 1.13 0.14 0.00
155_I 291_L 1.12 0.14 0.00
60_V 60_G 1.12 0.14 0.00
162_A 103_I 1.12 0.14 0.00
68_G 132_T 1.12 0.14 0.00
209_V 178_A 1.11 0.14 0.00
28_L 204_K 1.11 0.14 0.00
203_F 287_A 1.11 0.14 0.00
286_V 55_G 1.11 0.14 0.00
26_A 184_S 1.11 0.14 0.00
65_I 58_T 1.11 0.14 0.00
80_A 104_R 1.11 0.14 0.00
23_V 206_V 1.10 0.14 0.00
63_R 109_L 1.10 0.14 0.00
116_I 76_V 1.10 0.14 0.00
320_L 79_A 1.10 0.14 0.00
350_T 245_I 1.09 0.14 0.00
52_L 111_E 1.09 0.13 0.00
349_P 258_D 1.08 0.13 0.00
258_T 185_L 1.08 0.13 0.00
54_M 241_L 1.08 0.13 0.00
59_K 66_S 1.08 0.13 0.00
65_I 263_F 1.08 0.13 0.00
269_A 98_Q 1.08 0.13 0.00
102_I 174_Q 1.08 0.13 0.00
256_Y 40_F 1.07 0.13 0.00
62_Y 109_L 1.06 0.13 0.00
23_V 57_I 1.06 0.13 0.00
247_A 27_C 1.06 0.13 0.00
203_F 203_A 1.06 0.13 0.00
213_Y 14_P 1.06 0.13 0.00
126_L 320_L 1.06 0.13 0.00
315_S 27_C 1.05 0.13 0.00
190_R 114_I 1.05 0.12 0.00
161_N 288_L 1.05 0.12 0.00
83_K 217_V 1.05 0.12 0.00
95_P 305_G 1.04 0.12 0.00
192_A 176_R 1.04 0.12 0.00
64_G 57_I 1.04 0.12 0.00
53_V 106_D 1.04 0.12 0.00
213_Y 103_I 1.04 0.12 0.00
85_A 114_I 1.04 0.12 0.00
262_A 255_F 1.04 0.12 0.00
182_L 251_Q 1.04 0.12 0.00
35_A 60_G 1.03 0.12 0.00
95_P 174_Q 1.03 0.12 0.00
101_R 148_N 1.03 0.12 0.00
56_K 26_I 1.03 0.12 0.00
120_T 109_L 1.03 0.12 0.00
329_E 259_N 1.03 0.12 0.00
61_K 20_F 1.03 0.12 0.00
39_S 228_F 1.02 0.12 0.00
68_G 112_R 1.02 0.12 0.00
24_G 75_A 1.02 0.12 0.00
320_L 278_N 1.02 0.12 0.00
343_R 245_I 1.02 0.12 0.00
326_T 246_D 1.02 0.12 0.00
113_V 17_T 1.02 0.12 0.00
113_V 65_V 1.02 0.12 0.00
161_N 104_R 1.02 0.12 0.00
349_P 19_I 1.02 0.12 0.00
68_G 110_G 1.01 0.12 0.00
175_G 245_I 1.01 0.12 0.00
248_T 128_P 1.01 0.12 0.00
23_V 310_V 1.01 0.12 0.00
254_N 17_T 1.01 0.12 0.00
275_A 153_N 1.01 0.12 0.00
140_E 253_S 1.01 0.12 0.00
309_K 17_T 1.01 0.11 0.00
17_L 103_I 1.00 0.11 0.00
145_F 221_V 1.00 0.11 0.00
113_V 43_Q 1.00 0.11 0.00
21_L 25_V 1.00 0.11 0.00
28_L 291_L 1.00 0.11 0.00
33_Y 16_R 1.00 0.11 0.00
79_Q 115_A 1.00 0.11 0.00
167_L 175_V 1.00 0.11 0.00
65_I 152_L 0.99 0.11 0.00
130_A 190_N 0.99 0.11 0.00
295_A 288_L 0.99 0.11 0.00
113_V 45_K 0.99 0.11 0.00
79_Q 195_A 0.99 0.11 0.00
247_A 84_K 0.99 0.11 0.00
62_Y 171_A 0.99 0.11 0.00
125_P 128_P 0.98 0.11 0.00
53_V 40_F 0.98 0.11 0.00
238_K 217_V 0.98 0.11 0.00
217_A 199_L 0.98 0.11 0.00
132_V 103_I 0.98 0.11 0.00
25_S 233_A 0.98 0.11 0.00
116_I 130_S 0.98 0.11 0.00
349_P 245_I 0.98 0.11 0.00
164_L 23_V 0.98 0.11 0.00
92_G 23_V 0.98 0.11 0.00
189_T 151_D 0.98 0.11 0.00
290_L 21_G 0.98 0.11 0.00
190_R 220_L 0.97 0.11 0.00
309_K 282_D 0.97 0.11 0.00
218_G 116_V 0.97 0.11 0.00
223_V 213_R 0.97 0.11 0.00
324_S 202_H 0.97 0.11 0.00
121_P 156_Q 0.97 0.11 0.00
206_A 196_L 0.97 0.10 0.00
338_G 260_R 0.97 0.10 0.00
19_A 201_A 0.97 0.10 0.00
294_I 24_L 0.96 0.10 0.00
59_K 61_N 0.96 0.10 0.00
241_L 60_G 0.96 0.10 0.00
39_S 128_P 0.96 0.10 0.00
316_S 196_L 0.96 0.10 0.00
324_S 247_D 0.96 0.10 0.00
64_G 67_G 0.96 0.10 0.00
64_G 71_G 0.96 0.10 0.00
53_V 56_G 0.96 0.10 0.00
87_D 93_I 0.96 0.10 0.00
117_P 88_S 0.96 0.10 0.00
46_S 103_I 0.96 0.10 0.00
54_M 61_N 0.95 0.10 0.00
39_S 308_F 0.95 0.10 0.00
136_Q 86_T 0.95 0.10 0.00
63_R 133_T 0.95 0.10 0.00
203_F 274_L 0.95 0.10 0.00
349_P 23_V 0.95 0.10 0.00
258_T 291_L 0.95 0.10 0.00
142_N 37_G 0.95 0.10 0.00
151_L 86_T 0.95 0.10 0.00
169_E 27_C 0.95 0.10 0.00
19_A 229_A 0.95 0.10 0.00
193_N 194_E 0.95 0.10 0.00
155_I 104_R 0.95 0.10 0.00
338_G 245_I 0.95 0.10 0.00
108_F 47_Y 0.94 0.10 0.00
13_V 15_L 0.94 0.10 0.00
127_S 298_L 0.94 0.10 0.00
100_V 149_A 0.94 0.10 0.00
173_G 256_V 0.94 0.10 0.00
181_L 207_T 0.94 0.10 0.00
276_P 275_A 0.94 0.10 0.00
237_Q 213_R 0.94 0.10 0.00
252_S 249_A 0.94 0.10 0.00
88_S 197_Q 0.94 0.10 0.00
351_K 256_V 0.94 0.10 0.00
60_V 200_L 0.94 0.10 0.00
53_V 171_A 0.93 0.10 0.00
44_T 65_V 0.93 0.10 0.00
154_K 178_A 0.93 0.10 0.00
80_A 115_A 0.93 0.10 0.00
182_L 115_A 0.93 0.10 0.00
136_Q 199_L 0.93 0.10 0.00
333_I 216_Q 0.93 0.10 0.00
298_V 322_A 0.93 0.10 0.00
20_G 94_V 0.93 0.10 0.00
314_T 163_V 0.93 0.10 0.00
168_S 103_I 0.93 0.10 0.00
25_S 165_T 0.92 0.10 0.00
148_L 72_A 0.92 0.10 0.00
336_A 18_G 0.92 0.10 0.00
255_A 205_S 0.92 0.10 0.00
98_A 59_P 0.92 0.10 0.00
144_L 199_L 0.92 0.10 0.00
106_T 106_D 0.92 0.10 0.00
320_L 133_T 0.92 0.10 0.00
253_N 104_R 0.92 0.10 0.00
194_P 122_G 0.92 0.10 0.00
222_T 77_S 0.92 0.10 0.00
299_K 212_E 0.92 0.10 0.00
124_K 201_A 0.92 0.10 0.00
16_A 114_I 0.92 0.10 0.00
81_R 263_F 0.92 0.10 0.00
15_A 288_L 0.91 0.09 0.00
315_S 224_G 0.91 0.09 0.00
91_M 74_S 0.91 0.09 0.00
316_S 151_D 0.91 0.09 0.00
203_F 192_R 0.91 0.09 0.00
68_G 63_V 0.91 0.09 0.00
138_Q 60_G 0.91 0.09 0.00
15_A 142_L 0.91 0.09 0.00
98_A 12_R 0.91 0.09 0.00
67_V 119_A 0.91 0.09 0.00
228_P 54_A 0.91 0.09 0.00
89_G 75_A 0.91 0.09 0.00
110_A 181_G 0.91 0.09 0.00
108_F 87_F 0.91 0.09 0.00
81_R 46_T 0.91 0.09 0.00
153_H 19_I 0.91 0.09 0.00
126_L 139_N 0.91 0.09 0.00
27_V 25_V 0.91 0.09 0.00
88_S 169_H 0.90 0.09 0.00
129_N 154_R 0.90 0.09 0.00
255_A 91_R 0.90 0.09 0.00
225_D 281_R 0.90 0.09 0.00
33_Y 213_R 0.90 0.09 0.00
64_G 132_T 0.90 0.09 0.00
218_G 311_N 0.90 0.09 0.00
140_E 260_R 0.90 0.09 0.00
223_V 187_R 0.90 0.09 0.00
164_L 305_G 0.90 0.09 0.00
278_K 90_D 0.90 0.09 0.00
23_V 124_S 0.90 0.09 0.00
91_M 97_D 0.90 0.09 0.00
84_L 58_T 0.90 0.09 0.00
15_A 179_V 0.90 0.09 0.00
104_G 62_S 0.90 0.09 0.00
233_T 210_L 0.89 0.09 0.00
34_T 131_R 0.89 0.09 0.00
65_I 308_F 0.89 0.09 0.00
134_A 242_I 0.89 0.09 0.00
56_K 77_S 0.89 0.09 0.00
27_V 18_G 0.89 0.09 0.00
16_A 32_A 0.89 0.09 0.00
72_D 240_A 0.89 0.09 0.00
182_L 158_E 0.89 0.09 0.00
203_F 75_A 0.89 0.09 0.00
246_L 175_V 0.89 0.09 0.00
350_T 214_A 0.89 0.09 0.00
111_K 135_P 0.89 0.09 0.00
42_T 103_I 0.89 0.09 0.00
349_P 244_G 0.89 0.09 0.00
318_F 54_A 0.89 0.09 0.00
320_L 175_V 0.89 0.09 0.00
305_I 167_A 0.89 0.09 0.00
146_Q 138_L 0.89 0.09 0.00
113_V 219_K 0.89 0.09 0.00
148_L 37_G 0.88 0.09 0.00
54_M 148_N 0.88 0.09 0.00
303_P 158_E 0.88 0.09 0.00
92_G 123_K 0.88 0.09 0.00
206_A 76_V 0.88 0.09 0.00
99_T 211_S 0.88 0.09 0.00
256_Y 138_L 0.88 0.09 0.00
192_A 310_V 0.88 0.09 0.00
22_M 201_A 0.88 0.09 0.00
60_V 67_G 0.88 0.09 0.00
60_V 71_G 0.88 0.09 0.00
25_S 294_Y 0.88 0.09 0.00
23_V 173_P 0.88 0.09 0.00
252_S 222_E 0.88 0.09 0.00
263_E 17_T 0.88 0.09 0.00
25_S 82_S 0.88 0.09 0.00
126_L 55_G 0.88 0.09 0.00
28_L 220_L 0.88 0.09 0.00
106_T 72_A 0.88 0.09 0.00
223_V 185_L 0.88 0.09 0.00
86_I 221_V 0.88 0.09 0.00
214_A 240_A 0.88 0.09 0.00
171_L 266_A 0.87 0.09 0.00
203_F 165_T 0.87 0.09 0.00
294_I 19_I 0.87 0.09 0.00
50_A 103_I 0.87 0.09 0.00
254_N 85_V 0.87 0.09 0.00
143_T 90_D 0.87 0.09 0.00
97_N 220_L 0.87 0.09 0.00
19_A 227_L 0.87 0.09 0.00
313_F 21_G 0.87 0.09 0.00
131_H 54_A 0.87 0.09 0.00
255_A 46_T 0.87 0.09 0.00
43_V 105_T 0.87 0.09 0.00
336_A 14_P 0.87 0.09 0.00
84_L 257_A 0.87 0.09 0.00
25_S 91_R 0.87 0.09 0.00
108_F 170_D 0.87 0.09 0.00
332_P 160_A 0.86 0.09 0.00
298_V 267_L 0.86 0.09 0.00
227_L 193_D 0.86 0.09 0.00
273_L 45_K 0.86 0.09 0.00
157_P 104_R 0.86 0.09 0.00
113_V 210_L 0.86 0.09 0.00
297_G 70_V 0.86 0.09 0.00
45_V 142_L 0.86 0.08 0.00
251_L 35_Y 0.86 0.08 0.00
26_A 131_R 0.86 0.08 0.00
347_D 244_G 0.86 0.08 0.00
239_D 103_I 0.86 0.08 0.00
350_T 244_G 0.86 0.08 0.00
86_I 52_T 0.86 0.08 0.00
24_G 91_R 0.86 0.08 0.00
59_K 152_L 0.86 0.08 0.00
74_S 126_T 0.86 0.08 0.00
56_K 114_I 0.86 0.08 0.00
175_G 256_V 0.86 0.08 0.00
67_V 114_I 0.86 0.08 0.00
203_F 250_A 0.86 0.08 0.00
146_Q 157_F 0.85 0.08 0.00
152_L 224_G 0.85 0.08 0.00
65_I 165_T 0.85 0.08 0.00
48_P 217_V 0.85 0.08 0.00
83_K 160_A 0.85 0.08 0.00
236_D 91_R 0.85 0.08 0.00
85_A 19_I 0.85 0.08 0.00
203_F 104_R 0.85 0.08 0.00
104_G 161_L 0.85 0.08 0.00
127_S 321_V 0.85 0.08 0.00
181_L 228_F 0.85 0.08 0.00
224_F 243_S 0.85 0.08 0.00
72_D 194_E 0.85 0.08 0.00
322_A 109_L 0.85 0.08 0.00
235_V 140_G 0.85 0.08 0.00
56_K 301_V 0.85 0.08 0.00
17_L 190_N 0.85 0.08 0.00
178_L 89_V 0.85 0.08 0.00
145_F 34_G 0.85 0.08 0.00
100_V 111_E 0.85 0.08 0.00
237_Q 76_V 0.85 0.08 0.00
68_G 73_V 0.85 0.08 0.00
315_S 243_S 0.85 0.08 0.00
167_L 27_C 0.84 0.08 0.00
32_S 213_R 0.84 0.08 0.00
172_R 22_L 0.84 0.08 0.00
209_V 146_G 0.84 0.08 0.00
288_G 122_G 0.84 0.08 0.00
16_A 116_V 0.84 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.62 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11224 0.17 Katherine Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11215 0.1 Mce4A-Mce4C Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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