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OPENSEQ.org
Mce4A-Mce4E
Genes: A B A+B
Length: 400 384 672
Sequences: 615 997 403
Seq/Len: 1.54 2.6 0.6
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.67
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.44 0.01
2 0.07 0.61 0.15
5 0.13 0.62 0.51
10 0.13 0.62 0.51
20 0.14 0.62 0.51
100 0.19 0.62 0.52
∞ 0.28 0.64 0.52
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
48_P 247_I 1.56 0.66 0.00
155_I 166_L 1.39 0.53 0.00
115_F 303_F 1.38 0.53 0.00
338_G 147_T 1.36 0.51 0.00
211_N 211_G 1.32 0.48 0.00
129_N 240_L 1.31 0.47 0.00
311_G 322_F 1.31 0.46 0.00
234_I 178_A 1.28 0.44 0.00
98_A 273_G 1.25 0.42 0.00
112_S 158_V 1.23 0.40 0.00
65_I 295_T 1.22 0.40 0.00
152_L 154_L 1.22 0.39 0.00
270_I 275_D 1.21 0.39 0.00
234_I 266_A 1.21 0.39 0.00
43_V 219_L 1.21 0.38 0.00
18_L 48_M 1.20 0.38 0.00
169_E 116_V 1.20 0.38 0.00
86_I 240_L 1.20 0.38 0.00
274_R 274_E 1.19 0.37 0.00
324_S 91_L 1.19 0.37 0.00
235_V 65_V 1.18 0.37 0.00
280_T 255_K 1.18 0.37 0.00
126_L 240_L 1.18 0.37 0.00
330_S 232_T 1.18 0.36 0.00
297_G 91_L 1.17 0.36 0.00
85_A 226_L 1.15 0.35 0.00
266_F 272_F 1.15 0.34 0.00
317_S 160_K 1.15 0.34 0.00
33_Y 88_K 1.14 0.34 0.00
80_A 61_M 1.14 0.34 0.00
257_E 202_V 1.14 0.33 0.00
98_A 136_I 1.13 0.33 0.00
168_S 268_T 1.11 0.31 0.00
201_E 188_V 1.11 0.31 0.00
236_D 217_A 1.11 0.31 0.00
186_N 186_N 1.09 0.30 0.00
267_I 166_L 1.09 0.30 0.00
210_A 94_N 1.09 0.30 0.00
71_T 117_E 1.09 0.30 0.00
165_S 120_P 1.08 0.30 0.00
155_I 265_L 1.08 0.30 0.00
238_K 239_V 1.08 0.29 0.00
262_A 267_E 1.08 0.29 0.00
45_V 214_R 1.08 0.29 0.00
26_A 189_P 1.08 0.29 0.00
31_L 74_V 1.07 0.29 0.00
176_D 180_R 1.07 0.29 0.00
112_S 8_A 1.07 0.29 0.00
165_S 228_R 1.07 0.29 0.00
101_R 43_S 1.06 0.28 0.00
165_S 248_V 1.06 0.28 0.00
192_A 138_E 1.06 0.28 0.00
320_L 325_F 1.06 0.28 0.00
287_F 50_D 1.05 0.28 0.00
54_M 128_G 1.05 0.27 0.00
249_I 253_A 1.05 0.27 0.00
50_A 266_A 1.05 0.27 0.00
87_D 9_I 1.04 0.27 0.00
237_Q 137_T 1.04 0.27 0.00
234_I 215_V 1.04 0.27 0.00
161_N 191_L 1.03 0.26 0.00
293_G 332_I 1.03 0.26 0.00
123_P 14_S 1.03 0.26 0.00
239_D 94_N 1.03 0.26 0.00
157_P 230_L 1.02 0.26 0.00
69_K 40_G 1.02 0.26 0.00
87_D 94_N 1.02 0.26 0.00
96_S 13_A 1.02 0.26 0.00
16_A 154_L 1.02 0.26 0.00
263_E 263_H 1.01 0.25 0.00
61_K 244_R 1.01 0.25 0.00
180_A 65_V 1.01 0.25 0.00
91_M 297_L 1.01 0.25 0.00
155_I 47_E 1.01 0.25 0.00
132_V 270_V 1.01 0.25 0.00
207_A 146_T 1.01 0.25 0.00
306_G 117_E 1.00 0.24 0.00
157_P 251_F 1.00 0.24 0.00
157_P 73_I 1.00 0.24 0.00
248_T 160_K 1.00 0.24 0.00
77_G 204_D 1.00 0.24 0.00
34_T 43_S 1.00 0.24 0.00
235_V 176_A 0.99 0.24 0.00
282_D 48_M 0.99 0.24 0.00
31_L 56_Q 0.99 0.24 0.00
286_V 162_N 0.99 0.24 0.00
181_L 205_I 0.99 0.24 0.00
154_K 52_A 0.98 0.23 0.00
63_R 254_L 0.98 0.23 0.00
197_P 233_L 0.98 0.23 0.00
73_I 183_Q 0.98 0.23 0.00
139_L 95_V 0.98 0.23 0.00
248_T 257_L 0.97 0.23 0.00
230_I 50_D 0.97 0.23 0.00
234_I 119_A 0.97 0.22 0.00
156_D 24_G 0.96 0.22 0.00
21_L 134_S 0.96 0.22 0.00
330_S 327_L 0.96 0.22 0.00
340_P 74_V 0.96 0.22 0.00
172_R 73_I 0.96 0.22 0.00
229_T 9_I 0.96 0.22 0.00
106_T 109_S 0.96 0.22 0.00
231_N 233_L 0.96 0.22 0.00
194_P 107_Q 0.96 0.22 0.00
194_P 117_E 0.96 0.22 0.00
146_Q 89_L 0.95 0.22 0.00
170_G 166_L 0.95 0.22 0.00
287_F 228_R 0.95 0.22 0.00
20_G 198_L 0.95 0.22 0.00
97_N 186_N 0.95 0.22 0.00
247_A 203_H 0.95 0.22 0.00
128_P 72_G 0.95 0.21 0.00
119_K 226_L 0.95 0.21 0.00
230_I 158_V 0.95 0.21 0.00
217_A 136_I 0.95 0.21 0.00
130_A 163_V 0.95 0.21 0.00
215_D 214_R 0.95 0.21 0.00
245_L 236_A 0.95 0.21 0.00
279_V 137_T 0.94 0.21 0.00
178_L 186_N 0.94 0.21 0.00
139_L 258_T 0.94 0.21 0.00
139_L 218_I 0.94 0.21 0.00
73_I 178_A 0.94 0.21 0.00
120_T 168_E 0.94 0.21 0.00
155_I 287_N 0.94 0.21 0.00
29_T 195_T 0.94 0.21 0.00
225_D 225_N 0.94 0.21 0.00
290_L 226_L 0.94 0.21 0.00
244_T 91_L 0.93 0.21 0.00
66_Q 89_L 0.93 0.20 0.00
23_V 259_M 0.93 0.20 0.00
196_L 297_L 0.93 0.20 0.00
266_F 222_D 0.93 0.20 0.00
168_S 289_D 0.93 0.20 0.00
43_V 101_A 0.93 0.20 0.00
83_K 217_A 0.93 0.20 0.00
221_N 286_L 0.93 0.20 0.00
101_R 340_A 0.93 0.20 0.00
247_A 272_F 0.93 0.20 0.00
58_A 339_T 0.93 0.20 0.00
281_S 278_D 0.92 0.20 0.00
232_K 94_N 0.92 0.20 0.00
254_N 277_K 0.92 0.20 0.00
162_A 220_A 0.92 0.20 0.00
260_A 14_S 0.92 0.20 0.00
187_T 16_A 0.92 0.20 0.00
252_S 184_F 0.92 0.20 0.00
330_S 174_H 0.92 0.20 0.00
282_D 288_D 0.91 0.20 0.00
73_I 63_D 0.91 0.20 0.00
154_K 61_M 0.91 0.19 0.00
264_Q 286_L 0.91 0.19 0.00
202_D 202_V 0.91 0.19 0.00
36_A 200_R 0.91 0.19 0.00
63_R 206_I 0.91 0.19 0.00
316_S 264_V 0.90 0.19 0.00
229_T 220_A 0.90 0.19 0.00
222_T 256_R 0.90 0.19 0.00
266_F 327_L 0.90 0.19 0.00
85_A 314_V 0.90 0.19 0.00
186_N 203_H 0.90 0.19 0.00
243_D 94_N 0.90 0.19 0.00
69_K 76_V 0.90 0.19 0.00
82_L 136_I 0.90 0.19 0.00
63_R 321_V 0.90 0.19 0.00
149_I 232_T 0.90 0.19 0.00
138_Q 293_F 0.90 0.19 0.00
35_A 155_G 0.89 0.18 0.00
243_D 204_D 0.89 0.18 0.00
302_A 306_P 0.89 0.18 0.00
296_R 135_R 0.89 0.18 0.00
192_A 310_I 0.89 0.18 0.00
30_Y 12_T 0.89 0.18 0.00
168_S 196_A 0.89 0.18 0.00
264_Q 267_E 0.89 0.18 0.00
103_A 115_H 0.89 0.18 0.00
185_L 219_L 0.89 0.18 0.00
41_D 198_L 0.89 0.18 0.00
278_K 258_T 0.89 0.18 0.00
61_K 152_S 0.89 0.18 0.00
294_I 302_T 0.89 0.18 0.00
120_T 227_G 0.89 0.18 0.00
178_L 314_V 0.88 0.18 0.00
22_M 9_I 0.88 0.18 0.00
22_M 231_D 0.88 0.18 0.00
104_G 115_H 0.88 0.18 0.00
272_R 67_V 0.88 0.18 0.00
123_P 135_R 0.88 0.18 0.00
295_A 196_A 0.88 0.18 0.00
31_L 155_G 0.88 0.18 0.00
116_I 12_T 0.88 0.18 0.00
203_F 228_R 0.88 0.18 0.00
145_F 187_L 0.88 0.18 0.00
102_I 110_L 0.88 0.18 0.00
80_A 251_F 0.88 0.18 0.00
151_L 63_D 0.88 0.18 0.00
190_R 101_A 0.88 0.18 0.00
53_V 53_T 0.88 0.18 0.00
144_L 224_D 0.88 0.18 0.00
173_G 103_A 0.88 0.18 0.00
69_K 247_I 0.88 0.18 0.00
20_G 72_G 0.88 0.18 0.00
24_G 228_R 0.88 0.18 0.00
92_G 166_L 0.88 0.18 0.00
78_N 259_M 0.88 0.18 0.00
293_G 20_G 0.88 0.18 0.00
20_G 135_R 0.87 0.18 0.00
87_D 18_L 0.87 0.17 0.00
306_G 234_P 0.87 0.17 0.00
268_D 267_E 0.87 0.17 0.00
199_L 199_N 0.87 0.17 0.00
294_I 321_V 0.87 0.17 0.00
227_L 258_T 0.87 0.17 0.00
331_L 163_V 0.87 0.17 0.00
19_A 45_T 0.87 0.17 0.00
39_S 12_T 0.87 0.17 0.00
135_S 94_N 0.87 0.17 0.00
139_L 278_D 0.86 0.17 0.00
338_G 328_T 0.86 0.17 0.00
289_C 304_P 0.86 0.17 0.00
40_T 97_L 0.86 0.17 0.00
187_T 17_L 0.86 0.17 0.00
183_S 212_L 0.86 0.17 0.00
231_N 240_L 0.86 0.17 0.00
40_T 207_D 0.86 0.17 0.00
309_K 295_T 0.86 0.17 0.00
49_R 145_P 0.86 0.17 0.00
96_S 137_T 0.86 0.17 0.00
217_A 46_V 0.86 0.17 0.00
105_N 53_T 0.86 0.17 0.00
46_S 72_G 0.86 0.17 0.00
52_L 104_K 0.86 0.17 0.00
110_A 113_S 0.86 0.17 0.00
231_N 165_A 0.85 0.17 0.00
159_E 17_L 0.85 0.17 0.00
317_S 323_T 0.85 0.17 0.00
38_T 217_A 0.85 0.17 0.00
298_V 327_L 0.85 0.17 0.00
254_N 216_S 0.85 0.16 0.00
86_I 153_A 0.85 0.16 0.00
84_L 110_L 0.85 0.16 0.00
338_G 324_T 0.85 0.16 0.00
190_R 43_S 0.85 0.16 0.00
119_K 90_D 0.84 0.16 0.00
177_D 226_L 0.84 0.16 0.00
101_R 71_A 0.84 0.16 0.00
234_I 66_T 0.84 0.16 0.00
290_L 131_V 0.84 0.16 0.00
188_L 321_V 0.84 0.16 0.00
138_Q 153_A 0.84 0.16 0.00
226_N 243_N 0.84 0.16 0.00
249_I 117_E 0.84 0.16 0.00
330_S 306_P 0.84 0.16 0.00
123_P 97_L 0.84 0.16 0.00
72_D 207_D 0.84 0.16 0.00
54_M 295_T 0.84 0.16 0.00
17_L 122_T 0.83 0.16 0.00
61_K 70_V 0.83 0.16 0.00
103_A 91_L 0.83 0.16 0.00
312_L 118_L 0.83 0.16 0.00
337_S 183_Q 0.83 0.16 0.00
274_R 271_D 0.83 0.16 0.00
287_F 288_D 0.83 0.16 0.00
233_T 303_F 0.83 0.16 0.00
239_D 15_S 0.83 0.16 0.00
244_T 258_T 0.83 0.16 0.00
243_D 131_V 0.83 0.16 0.00
163_T 51_V 0.83 0.16 0.00
65_I 64_D 0.83 0.16 0.00
264_Q 296_S 0.83 0.15 0.00
186_N 152_S 0.83 0.15 0.00
128_P 217_A 0.83 0.15 0.00
54_M 218_I 0.83 0.15 0.00
320_L 158_V 0.83 0.15 0.00
126_L 200_R 0.83 0.15 0.00
62_Y 297_L 0.83 0.15 0.00
100_V 105_V 0.83 0.15 0.00
123_P 228_R 0.82 0.15 0.00
59_K 113_S 0.82 0.15 0.00
127_S 58_S 0.82 0.15 0.00
157_P 55_P 0.82 0.15 0.00
297_G 125_P 0.82 0.15 0.00
112_S 72_G 0.82 0.15 0.00
28_L 289_D 0.82 0.15 0.00
45_V 286_L 0.82 0.15 0.00
87_D 134_S 0.82 0.15 0.00
104_G 113_S 0.82 0.15 0.00
207_A 211_G 0.82 0.15 0.00
159_E 137_T 0.82 0.15 0.00
123_P 129_R 0.82 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.62 > 0.4) of paralogs.
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11245 0.6 Mce4A-Mce4E-1,10 Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11236 0.68 Mce4A-Mce4E-1,10 Δgene:(1, 10) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.76 Done - Shared
11234 0.19 Mce4A-Mce4E-1,1 Δgene:(1, 1) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11226 0.34 Katherine Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
11217 0.6 Mce4A-Mce4E Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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