May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
EmrA-TolC interface
Genes: A B A+B
Length: 390 493 732
Sequences: 3407 12959 1556
Seq/Len: 8.74 26.29 2.13
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.73
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.09
2 0.00 0.00 1.52
5 0.00 0.02 1.63
10 0.01 0.04 1.70
20 0.02 0.06 1.76
100 0.05 0.14 2.07
∞ 0.15 0.20 2.72
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
152_A 382_A 2.49 1.00 0.99
152_A 164_Q 2.14 0.99 0.98
148_P 168_V 1.72 0.97 0.93
156_G 171_V 1.41 0.88 0.79
154_L 382_A 1.23 0.77 0.63
343_V 66_L 1.21 0.76 0.61
69_S 398_T 1.04 0.59 0.42
65_M 68_A 1.03 0.57 0.41
72_V 255_A 1.00 0.54 0.38
156_G 172_A 0.98 0.52 0.35
291_G 107_T 0.95 0.49 0.32
155_I 175_D 0.94 0.47 0.31
151_N 204_L 0.92 0.45 0.28
185_Q 405_K 0.91 0.44 0.28
163_A 141_A 0.90 0.43 0.27
67_Q 175_D 0.90 0.43 0.27
155_I 388_T 0.88 0.41 0.25
220_S 46_R 0.87 0.39 0.24
84_K 91_L 0.85 0.38 0.23
154_L 379_A 0.85 0.38 0.22
264_A 379_A 0.85 0.38 0.22
226_V 116_Q 0.84 0.36 0.21
279_Y 383_G 0.83 0.36 0.20
154_L 397_A 0.83 0.36 0.20
155_I 373_A 0.82 0.34 0.19
92_L 256_R 0.82 0.34 0.19
87_D 137_N 0.81 0.34 0.19
156_G 359_S 0.81 0.34 0.19
153_N 166_F 0.81 0.33 0.18
289_V 32_A 0.80 0.32 0.18
148_P 386_V 0.80 0.32 0.17
64_I 382_A 0.79 0.31 0.17
266_M 86_A 0.79 0.31 0.17
92_L 347_Q 0.78 0.30 0.16
237_I 312_L 0.78 0.30 0.16
278_I 397_A 0.78 0.30 0.16
94_P 116_Q 0.77 0.30 0.16
206_V 241_R 0.77 0.30 0.16
75_V 245_L 0.77 0.29 0.16
75_V 331_F 0.77 0.29 0.15
303_L 279_S 0.76 0.29 0.15
172_A 264_D 0.76 0.29 0.15
71_S 359_S 0.76 0.29 0.15
296_T 138_V 0.76 0.28 0.15
268_I 414_N 0.76 0.28 0.15
37_A 27_Q 0.76 0.28 0.15
114_Q 147_Y 0.75 0.28 0.14
218_I 394_V 0.75 0.28 0.14
122_S 64_L 0.75 0.28 0.14
274_I 183_Y 0.75 0.28 0.14
176_V 178_N 0.75 0.27 0.14
220_S 110_E 0.75 0.27 0.14
61_Q 355_N 0.75 0.27 0.14
238_S 127_L 0.74 0.27 0.14
220_S 240_K 0.74 0.27 0.13
69_S 59_P 0.74 0.26 0.13
144_N 325_K 0.73 0.26 0.13
246_V 187_L 0.73 0.26 0.13
246_V 55_E 0.73 0.26 0.13
152_A 338_L 0.73 0.26 0.13
289_V 39_L 0.73 0.26 0.13
226_V 181_A 0.73 0.26 0.13
90_V 187_L 0.73 0.26 0.13
207_R 314_I 0.73 0.25 0.12
167_V 116_Q 0.72 0.25 0.12
339_L 125_Q 0.72 0.25 0.12
125_L 171_V 0.72 0.25 0.12
294_M 182_Q 0.72 0.25 0.12
237_I 64_L 0.72 0.25 0.12
181_Y 270_L 0.72 0.25 0.12
154_L 165_R 0.72 0.25 0.12
136_L 138_V 0.72 0.25 0.12
132_Q 240_K 0.72 0.25 0.12
203_A 270_L 0.71 0.24 0.12
200_Q 190_E 0.71 0.24 0.12
276_T 245_L 0.71 0.24 0.12
324_E 116_Q 0.71 0.24 0.12
323_I 194_R 0.71 0.24 0.12
93_D 85_N 0.71 0.24 0.12
92_L 27_Q 0.71 0.24 0.12
289_V 415_Y 0.71 0.24 0.12
144_N 367_K 0.71 0.24 0.12
79_N 333_G 0.71 0.24 0.12
92_L 304_N 0.70 0.24 0.11
77_A 208_T 0.70 0.24 0.11
66_S 334_A 0.70 0.24 0.11
154_L 161_Q 0.70 0.24 0.11
153_N 334_A 0.70 0.24 0.11
237_I 201_V 0.70 0.23 0.11
102_E 40_R 0.70 0.23 0.11
336_R 348_T 0.70 0.23 0.11
244_M 324_V 0.70 0.23 0.11
218_I 399_T 0.70 0.23 0.11
267_R 147_Y 0.70 0.23 0.11
228_R 131_T 0.70 0.23 0.11
81_D 97_I 0.70 0.23 0.11
219_V 144_V 0.70 0.23 0.11
341_T 371_V 0.69 0.23 0.11
77_A 254_L 0.69 0.23 0.11
101_F 50_F 0.69 0.23 0.11
228_R 312_L 0.69 0.23 0.11
210_W 29_Y 0.69 0.23 0.11
173_Q 378_D 0.69 0.23 0.10
112_V 367_K 0.69 0.23 0.10
142_D 394_V 0.69 0.23 0.10
158_E 402_Y 0.69 0.22 0.10
239_P 251_S 0.69 0.22 0.10
92_L 140_N 0.69 0.22 0.10
150_G 172_A 0.69 0.22 0.10
158_E 170_L 0.69 0.22 0.10
218_I 365_A 0.69 0.22 0.10
57_V 195_N 0.69 0.22 0.10
64_I 236_K 0.68 0.22 0.10
323_I 67_G 0.68 0.22 0.10
218_I 201_V 0.68 0.22 0.10
92_L 206_Q 0.68 0.22 0.10
76_W 306_V 0.68 0.22 0.10
106_T 248_A 0.68 0.22 0.10
213_L 374_Q 0.68 0.22 0.10
113_R 250_L 0.68 0.22 0.10
219_V 347_Q 0.68 0.21 0.10
162_H 165_R 0.68 0.21 0.10
216_T 27_Q 0.68 0.21 0.10
177_A 241_R 0.68 0.21 0.10
237_I 325_K 0.67 0.21 0.10
296_T 161_Q 0.67 0.21 0.10
105_K 324_V 0.67 0.21 0.10
157_R 169_G 0.67 0.21 0.10
62_I 32_A 0.67 0.21 0.10
292_L 159_L 0.67 0.21 0.10
72_V 192_T 0.67 0.21 0.10
219_V 259_I 0.67 0.21 0.09
127_A 348_T 0.67 0.21 0.09
72_V 80_N 0.67 0.21 0.09
276_T 413_Y 0.67 0.21 0.09
91_T 38_E 0.67 0.21 0.09
78_D 278_I 0.67 0.21 0.09
254_V 127_L 0.67 0.21 0.09
220_S 190_E 0.66 0.20 0.09
309_T 347_Q 0.66 0.20 0.09
301_S 311_S 0.66 0.20 0.09
85_E 412_R 0.66 0.20 0.09
102_E 26_M 0.66 0.20 0.09
185_Q 348_T 0.66 0.20 0.09
131_V 171_V 0.66 0.20 0.09
65_M 119_T 0.66 0.20 0.09
88_V 138_V 0.66 0.20 0.09
349_N 156_Y 0.66 0.20 0.09
241_T 372_S 0.66 0.20 0.09
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.4934 seconds.