May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
YidC-Sol PPiD
Genes: A B A+B
Length: 321 623 908
Sequences: 1608 1540 699
Seq/Len: 5.01 2.47 0.77
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.00 0.00
2 0.07 0.00 0.00
5 0.07 0.00 0.01
10 0.07 0.00 0.01
20 0.07 0.00 0.01
100 0.07 0.00 0.04
∞ 0.07 0.00 0.74
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
271_V 169_V 1.43 0.64 0.00
229_V 541_S 1.42 0.63 0.00
125_V 281_E 1.31 0.54 0.00
280_N 225_F 1.29 0.52 0.00
29_P 285_V 1.21 0.45 0.00
284_W 209_V 1.17 0.42 0.00
37_I 60_N 1.17 0.42 0.00
53_G 612_A 1.14 0.39 0.00
42_D 433_V 1.13 0.39 0.00
213_T 572_L 1.10 0.36 0.00
199_Y 91_V 1.08 0.35 0.00
110_E 211_E 1.06 0.33 0.00
62_A 512_A 1.05 0.33 0.00
293_M 2_M 1.04 0.31 0.00
143_L 586_K 1.03 0.31 0.00
301_D 20_I 1.02 0.30 0.00
162_K 112_I 1.01 0.29 0.00
260_A 248_S 1.01 0.29 0.00
58_A 296_A 1.00 0.29 0.00
276_T 569_L 1.00 0.29 0.00
187_S 96_I 1.00 0.29 0.00
216_D 51_S 1.00 0.29 0.00
46_L 121_I 1.00 0.28 0.00
284_W 112_I 1.00 0.28 0.00
276_T 558_G 0.99 0.28 0.00
129_Y 498_Q 0.99 0.28 0.00
229_V 311_N 0.99 0.28 0.00
296_V 528_E 0.99 0.28 0.00
150_V 212_Q 0.99 0.28 0.00
292_K 231_F 0.98 0.28 0.00
312_I 138_Y 0.97 0.27 0.00
157_Q 569_L 0.97 0.27 0.00
134_G 402_L 0.96 0.26 0.00
63_Y 108_L 0.96 0.26 0.00
276_T 38_G 0.96 0.26 0.00
304_V 490_V 0.94 0.25 0.00
43_V 42_A 0.94 0.24 0.00
284_W 526_F 0.94 0.24 0.00
241_I 369_D 0.94 0.24 0.00
271_V 512_A 0.93 0.24 0.00
108_N 492_H 0.93 0.24 0.00
237_A 209_V 0.93 0.24 0.00
306_Y 344_S 0.92 0.23 0.00
241_I 198_I 0.92 0.23 0.00
305_D 191_R 0.92 0.23 0.00
210_K 261_D 0.92 0.23 0.00
51_R 251_D 0.91 0.23 0.00
203_D 103_Q 0.91 0.23 0.00
164_L 214_I 0.91 0.23 0.00
285_V 465_V 0.91 0.23 0.00
312_I 359_A 0.91 0.23 0.00
37_I 456_I 0.91 0.23 0.00
271_V 247_V 0.91 0.23 0.00
33_Q 480_A 0.90 0.22 0.00
275_Q 543_A 0.90 0.22 0.00
241_I 574_E 0.89 0.22 0.00
213_T 371_I 0.89 0.22 0.00
281_S 481_D 0.89 0.22 0.00
312_I 165_L 0.89 0.22 0.00
44_L 449_P 0.89 0.21 0.00
295_A 294_D 0.89 0.21 0.00
318_K 134_D 0.88 0.21 0.00
35_K 117_V 0.88 0.21 0.00
131_D 175_M 0.88 0.21 0.00
258_G 44_K 0.88 0.21 0.00
260_A 474_E 0.88 0.21 0.00
55_V 478_P 0.88 0.21 0.00
287_P 313_G 0.88 0.21 0.00
223_S 54_Q 0.88 0.21 0.00
236_F 313_G 0.88 0.21 0.00
273_P 404_G 0.87 0.21 0.00
285_V 46_N 0.87 0.20 0.00
38_S 160_L 0.87 0.20 0.00
267_Q 541_S 0.86 0.20 0.00
280_N 211_E 0.86 0.20 0.00
161_E 544_A 0.86 0.20 0.00
58_A 239_D 0.86 0.20 0.00
76_L 165_L 0.86 0.20 0.00
108_N 376_K 0.86 0.20 0.00
139_K 217_Y 0.86 0.20 0.00
320_L 152_Y 0.86 0.20 0.00
118_E 112_I 0.86 0.20 0.00
63_Y 464_F 0.86 0.20 0.00
89_G 191_R 0.85 0.20 0.00
241_I 237_K 0.85 0.20 0.00
221_N 42_A 0.85 0.19 0.00
139_K 21_I 0.85 0.19 0.00
210_K 416_T 0.85 0.19 0.00
227_G 191_R 0.85 0.19 0.00
55_V 178_G 0.85 0.19 0.00
41_T 456_I 0.85 0.19 0.00
142_V 326_E 0.85 0.19 0.00
253_A 371_I 0.84 0.19 0.00
73_F 88_R 0.84 0.19 0.00
293_M 67_Q 0.84 0.19 0.00
54_D 134_D 0.84 0.19 0.00
230_A 174_F 0.84 0.19 0.00
125_V 355_D 0.84 0.19 0.00
201_T 386_A 0.84 0.19 0.00
58_A 172_T 0.84 0.19 0.00
39_V 424_L 0.84 0.19 0.00
107_Y 614_I 0.84 0.19 0.00
288_E 292_G 0.84 0.19 0.00
126_P 398_D 0.84 0.19 0.00
137_F 425_P 0.83 0.18 0.00
310_W 113_S 0.83 0.18 0.00
317_F 191_R 0.83 0.18 0.00
125_V 391_V 0.83 0.18 0.00
301_D 524_L 0.83 0.18 0.00
201_T 480_A 0.83 0.18 0.00
195_R 214_I 0.83 0.18 0.00
37_I 479_L 0.82 0.18 0.00
160_G 128_Q 0.82 0.18 0.00
58_A 468_I 0.82 0.18 0.00
63_Y 568_V 0.82 0.18 0.00
113_A 96_I 0.82 0.18 0.00
320_L 218_Y 0.82 0.18 0.00
62_A 407_Q 0.82 0.18 0.00
150_V 480_A 0.82 0.17 0.00
202_P 341_V 0.82 0.17 0.00
276_T 411_V 0.81 0.17 0.00
210_K 340_G 0.81 0.17 0.00
177_T 96_I 0.81 0.17 0.00
40_K 390_K 0.81 0.17 0.00
311_F 75_S 0.81 0.17 0.00
87_Q 138_Y 0.81 0.17 0.00
212_D 224_N 0.81 0.17 0.00
201_T 96_I 0.81 0.17 0.00
86_A 134_D 0.81 0.17 0.00
136_T 432_P 0.81 0.17 0.00
271_V 125_P 0.81 0.17 0.00
34_G 588_M 0.81 0.17 0.00
143_L 54_Q 0.80 0.17 0.00
137_F 65_R 0.80 0.17 0.00
293_M 217_Y 0.80 0.17 0.00
271_V 264_T 0.80 0.17 0.00
127_M 596_N 0.80 0.17 0.00
284_W 344_S 0.80 0.17 0.00
195_R 179_E 0.80 0.17 0.00
234_Q 271_Y 0.80 0.17 0.00
41_T 455_I 0.80 0.17 0.00
74_Q 112_I 0.80 0.17 0.00
143_L 69_Q 0.80 0.17 0.00
293_M 5_L 0.80 0.17 0.00
272_Q 156_L 0.79 0.16 0.00
84_Y 121_I 0.79 0.16 0.00
156_V 370_D 0.79 0.16 0.00
213_T 289_L 0.79 0.16 0.00
303_T 458_V 0.79 0.16 0.00
41_T 58_A 0.79 0.16 0.00
312_I 544_A 0.79 0.16 0.00
197_A 156_L 0.79 0.16 0.00
125_V 486_V 0.79 0.16 0.00
303_T 567_V 0.79 0.16 0.00
106_L 251_D 0.79 0.16 0.00
61_P 277_K 0.79 0.16 0.00
48_I 316_G 0.79 0.16 0.00
55_V 355_D 0.79 0.16 0.00
40_K 258_Q 0.78 0.16 0.00
55_V 123_A 0.78 0.16 0.00
229_V 464_F 0.78 0.16 0.00
284_W 568_V 0.78 0.16 0.00
142_V 251_D 0.78 0.16 0.00
231_M 451_I 0.78 0.16 0.00
31_S 297_A 0.78 0.16 0.00
215_A 144_Q 0.78 0.16 0.00
296_V 160_L 0.78 0.16 0.00
299_H 397_N 0.78 0.16 0.00
287_P 490_V 0.78 0.16 0.00
169_F 401_S 0.78 0.15 0.00
41_T 510_L 0.77 0.15 0.00
30_A 512_A 0.77 0.15 0.00
44_L 535_S 0.77 0.15 0.00
223_S 344_S 0.77 0.15 0.00
203_D 156_L 0.77 0.15 0.00
119_G 50_I 0.77 0.15 0.00
241_I 486_V 0.77 0.15 0.00
266_S 337_Q 0.77 0.15 0.00
59_L 290_N 0.77 0.15 0.00
116_L 228_P 0.77 0.15 0.00
291_D 54_Q 0.77 0.15 0.00
38_S 89_Q 0.76 0.15 0.00
76_L 547_L 0.76 0.15 0.00
141_F 621_E 0.76 0.15 0.00
242_P 165_L 0.76 0.15 0.00
141_F 588_M 0.76 0.15 0.00
128_T 241_A 0.76 0.15 0.00
215_A 366_E 0.76 0.15 0.00
110_E 584_Q 0.76 0.15 0.00
91_T 210_T 0.76 0.15 0.00
230_A 13_V 0.76 0.15 0.00
146_G 403_A 0.76 0.15 0.00
160_G 329_N 0.76 0.15 0.00
169_F 142_L 0.76 0.15 0.00
306_Y 452_N 0.76 0.15 0.00
237_A 486_V 0.76 0.15 0.00
310_W 279_E 0.76 0.15 0.00
157_Q 480_A 0.76 0.15 0.00
63_Y 169_V 0.76 0.15 0.00
276_T 158_N 0.75 0.15 0.00
247_T 393_D 0.75 0.15 0.00
229_V 484_E 0.75 0.15 0.00
33_Q 242_T 0.75 0.15 0.00
160_G 351_V 0.75 0.14 0.00
64_P 419_F 0.75 0.14 0.00
295_A 108_L 0.75 0.14 0.00
194_F 57_N 0.75 0.14 0.00
277_G 66_M 0.75 0.14 0.00
47_T 486_V 0.75 0.14 0.00
151_N 110_L 0.75 0.14 0.00
312_I 378_E 0.75 0.14 0.00
207_E 51_S 0.75 0.14 0.00
61_P 224_N 0.75 0.14 0.00
260_A 446_N 0.75 0.14 0.00
172_L 502_D 0.75 0.14 0.00
163_P 390_K 0.75 0.14 0.00
156_V 515_G 0.74 0.14 0.00
135_N 169_V 0.74 0.14 0.00
263_G 110_L 0.74 0.14 0.00
135_N 287_D 0.74 0.14 0.00
162_K 236_I 0.74 0.14 0.00
165_E 572_L 0.74 0.14 0.00
135_N 203_L 0.74 0.14 0.00
35_K 106_R 0.74 0.14 0.00
306_Y 100_L 0.74 0.14 0.00
49_N 111_G 0.74 0.14 0.00
273_P 321_A 0.74 0.14 0.00
150_V 179_E 0.74 0.14 0.00
79_S 169_V 0.74 0.14 0.00
125_V 586_K 0.74 0.14 0.00
284_W 275_Q 0.74 0.14 0.00
284_W 140_G 0.74 0.14 0.00
127_M 465_V 0.74 0.14 0.00
62_A 157_R 0.74 0.14 0.00
188_N 318_L 0.74 0.14 0.00
253_A 59_F 0.74 0.14 0.00
288_E 86_T 0.74 0.14 0.00
316_L 572_L 0.74 0.14 0.00
152_V 378_E 0.74 0.14 0.00
142_V 301_E 0.74 0.14 0.00
234_Q 328_K 0.74 0.14 0.00
202_P 68_Q 0.74 0.14 0.00
241_I 616_I 0.74 0.14 0.00
46_L 49_E 0.74 0.14 0.00
150_V 554_K 0.73 0.14 0.00
53_G 16_I 0.73 0.14 0.00
158_N 479_L 0.73 0.14 0.00
233_Q 174_F 0.73 0.14 0.00
316_L 246_P 0.73 0.14 0.00
147_D 141_I 0.73 0.14 0.00
87_Q 495_A 0.73 0.14 0.00
272_Q 233_V 0.73 0.14 0.00
287_P 275_Q 0.73 0.14 0.00
252_T 55_F 0.73 0.14 0.00
70_T 236_I 0.73 0.14 0.00
321_K 346_V 0.73 0.14 0.00
68_N 407_Q 0.73 0.14 0.00
244_N 115_E 0.73 0.14 0.00
241_I 28_T 0.73 0.14 0.00
63_Y 163_Q 0.73 0.14 0.00
77_E 212_Q 0.73 0.14 0.00
296_V 510_L 0.73 0.14 0.00
293_M 68_Q 0.73 0.14 0.00
138_T 480_A 0.73 0.14 0.00
76_L 588_M 0.73 0.14 0.00
284_W 359_A 0.73 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1603 seconds.