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OPENSEQ.org
SecY- SecE
Genes: A B A+B
Length: 443 127 526
Sequences: 2570 502 233
Seq/Len: 5.8 3.95 0.44
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.75
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.00
2 0.01 0.01 0.00
5 0.01 0.01 0.00
10 0.01 0.01 0.00
20 0.01 0.01 0.01
100 0.02 0.01 0.29
∞ 0.03 0.01 0.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
289_T 71_F 1.81 0.74 0.02
232_F 90_T 1.74 0.69 0.01
342_T 71_F 1.73 0.69 0.01
243_R 88_Q 1.70 0.67 0.01
35_I 115_L 1.61 0.60 0.01
387_I 101_T 1.57 0.57 0.01
369_V 80_R 1.43 0.47 0.01
243_R 16_A 1.42 0.46 0.01
376_V 79_V 1.39 0.44 0.01
247_N 71_F 1.39 0.44 0.01
250_K 105_S 1.36 0.42 0.01
91_I 109_W 1.34 0.41 0.01
240_G 56_G 1.33 0.40 0.01
23_L 15_E 1.32 0.39 0.01
231_T 71_F 1.31 0.38 0.01
77_I 93_T 1.30 0.38 0.01
92_I 97_V 1.25 0.34 0.00
269_V 79_V 1.22 0.32 0.00
264_H 92_H 1.22 0.32 0.00
203_I 66_K 1.18 0.30 0.00
189_I 75_A 1.17 0.29 0.00
157_Y 19_W 1.15 0.28 0.00
45_D 121_F 1.15 0.28 0.00
33_F 8_Q 1.15 0.28 0.00
263_T 66_K 1.15 0.28 0.00
193_A 18_K 1.12 0.26 0.00
222_L 74_E 1.12 0.26 0.00
138_G 33_N 1.12 0.26 0.00
231_T 20_V 1.11 0.26 0.00
387_I 26_L 1.11 0.25 0.00
30_L 51_L 1.10 0.25 0.00
163_S 80_R 1.10 0.25 0.00
123_G 119_V 1.09 0.25 0.00
341_E 79_V 1.08 0.24 0.00
125_L 21_V 1.08 0.24 0.00
297_G 106_L 1.08 0.24 0.00
430_E 14_L 1.08 0.24 0.00
382_T 24_A 1.07 0.23 0.00
326_I 26_L 1.07 0.23 0.00
389_E 71_F 1.06 0.23 0.00
258_Y 72_A 1.06 0.23 0.00
101_T 123_T 1.05 0.23 0.00
364_K 18_K 1.05 0.22 0.00
168_T 74_E 1.05 0.22 0.00
183_I 104_M 1.05 0.22 0.00
326_I 113_G 1.04 0.22 0.00
116_I 66_K 1.04 0.22 0.00
381_I 68_T 1.04 0.22 0.00
23_L 105_S 1.03 0.21 0.00
30_L 64_K 1.03 0.21 0.00
369_V 16_A 1.03 0.21 0.00
117_S 111_L 1.03 0.21 0.00
117_S 22_V 1.02 0.21 0.00
18_E 124_G 1.02 0.21 0.00
284_I 71_F 1.02 0.21 0.00
246_V 75_A 1.02 0.21 0.00
223_V 127_F 1.01 0.21 0.00
38_F 26_L 1.01 0.20 0.00
370_M 126_R 1.01 0.20 0.00
326_I 30_I 1.00 0.20 0.00
413_I 125_L 1.00 0.20 0.00
134_G 17_M 1.00 0.20 0.00
106_K 109_W 0.99 0.20 0.00
243_R 80_R 0.99 0.19 0.00
414_M 87_R 0.99 0.19 0.00
35_I 58_V 0.98 0.19 0.00
306_I 99_A 0.98 0.19 0.00
136_A 90_T 0.98 0.19 0.00
161_V 72_A 0.97 0.19 0.00
177_Q 82_V 0.97 0.18 0.00
138_G 22_V 0.97 0.18 0.00
157_Y 33_N 0.97 0.18 0.00
336_V 66_K 0.97 0.18 0.00
203_I 53_A 0.97 0.18 0.00
285_L 109_W 0.96 0.18 0.00
108_E 79_V 0.96 0.18 0.00
190_I 22_V 0.96 0.18 0.00
326_I 57_G 0.95 0.17 0.00
284_I 34_Y 0.94 0.17 0.00
381_I 64_K 0.94 0.17 0.00
430_E 58_V 0.94 0.17 0.00
31_I 77_T 0.94 0.17 0.00
24_L 123_T 0.94 0.17 0.00
145_M 101_T 0.94 0.17 0.00
33_F 55_A 0.93 0.17 0.00
353_V 21_V 0.93 0.17 0.00
111_S 105_S 0.93 0.17 0.00
138_G 19_W 0.93 0.17 0.00
246_V 24_A 0.93 0.17 0.00
231_T 123_T 0.93 0.17 0.00
166_T 38_D 0.93 0.17 0.00
198_G 108_L 0.93 0.17 0.00
342_T 123_T 0.92 0.17 0.00
401_F 71_F 0.92 0.17 0.00
41_I 101_T 0.92 0.16 0.00
193_A 21_V 0.92 0.16 0.00
103_A 101_T 0.91 0.16 0.00
88_A 86_T 0.91 0.16 0.00
228_F 24_A 0.91 0.16 0.00
82_I 66_K 0.91 0.16 0.00
16_L 81_K 0.91 0.16 0.00
277_A 100_V 0.91 0.16 0.00
150_I 32_G 0.91 0.16 0.00
257_V 66_K 0.91 0.16 0.00
75_A 19_W 0.91 0.16 0.00
305_T 105_S 0.90 0.16 0.00
148_L 36_Y 0.90 0.16 0.00
233_F 93_T 0.90 0.15 0.00
384_I 117_R 0.90 0.15 0.00
78_F 28_V 0.90 0.15 0.00
417_M 82_V 0.89 0.15 0.00
378_A 106_L 0.89 0.15 0.00
240_G 58_V 0.89 0.15 0.00
105_I 87_R 0.89 0.15 0.00
371_T 76_R 0.89 0.15 0.00
422_T 101_T 0.89 0.15 0.00
319_L 26_L 0.88 0.15 0.00
193_A 46_L 0.88 0.15 0.00
239_R 108_L 0.88 0.15 0.00
253_Q 80_R 0.88 0.15 0.00
140_P 19_W 0.88 0.15 0.00
393_D 115_L 0.88 0.15 0.00
208_E 33_N 0.88 0.15 0.00
63_M 46_L 0.88 0.15 0.00
369_V 88_Q 0.88 0.15 0.00
340_R 73_R 0.88 0.15 0.00
126_V 21_V 0.88 0.15 0.00
118_Q 115_L 0.88 0.15 0.00
206_T 119_V 0.87 0.15 0.00
247_N 29_A 0.87 0.14 0.00
291_A 123_T 0.87 0.14 0.00
409_V 117_R 0.87 0.14 0.00
111_S 52_I 0.87 0.14 0.00
206_T 126_R 0.87 0.14 0.00
44_I 45_A 0.86 0.14 0.00
18_E 95_L 0.86 0.14 0.00
394_A 114_I 0.86 0.14 0.00
35_I 25_L 0.86 0.14 0.00
45_D 23_V 0.86 0.14 0.00
92_I 114_I 0.86 0.14 0.00
423_L 120_S 0.86 0.14 0.00
127_L 83_I 0.85 0.14 0.00
61_I 116_V 0.85 0.14 0.00
353_V 76_R 0.85 0.14 0.00
321_Y 33_N 0.85 0.14 0.00
356_I 122_I 0.85 0.14 0.00
293_W 18_K 0.85 0.14 0.00
326_I 69_V 0.85 0.14 0.00
433_L 104_M 0.85 0.14 0.00
73_S 66_K 0.85 0.14 0.00
20_K 71_F 0.85 0.14 0.00
97_V 79_V 0.85 0.14 0.00
384_I 29_A 0.85 0.14 0.00
41_I 125_L 0.85 0.14 0.00
363_A 51_L 0.84 0.14 0.00
262_S 18_K 0.84 0.13 0.00
232_F 106_L 0.84 0.13 0.00
239_R 92_H 0.84 0.13 0.00
166_T 59_A 0.84 0.13 0.00
283_I 105_S 0.84 0.13 0.00
339_P 126_R 0.84 0.13 0.00
277_A 19_W 0.84 0.13 0.00
129_I 96_I 0.84 0.13 0.00
181_R 124_G 0.83 0.13 0.00
39_I 99_A 0.83 0.13 0.00
290_I 107_I 0.83 0.13 0.00
384_I 89_E 0.83 0.13 0.00
232_F 111_L 0.83 0.13 0.00
41_I 122_I 0.83 0.13 0.00
159_T 102_A 0.83 0.13 0.00
77_I 118_L 0.83 0.13 0.00
216_H 102_A 0.83 0.13 0.00
52_L 119_V 0.83 0.13 0.00
368_K 106_L 0.82 0.13 0.00
75_A 123_T 0.82 0.13 0.00
422_T 79_V 0.82 0.13 0.00
190_I 42_P 0.82 0.13 0.00
205_H 33_N 0.82 0.13 0.00
132_S 91_L 0.82 0.13 0.00
75_A 71_F 0.82 0.13 0.00
368_K 72_A 0.82 0.13 0.00
226_L 40_M 0.82 0.12 0.00
352_F 77_T 0.81 0.12 0.00
59_T 88_Q 0.81 0.12 0.00
78_F 66_K 0.81 0.12 0.00
178_I 64_K 0.81 0.12 0.00
32_V 17_M 0.81 0.12 0.00
158_F 91_L 0.81 0.12 0.00
44_I 96_I 0.81 0.12 0.00
325_I 111_L 0.81 0.12 0.00
117_S 33_N 0.81 0.12 0.00
206_T 127_F 0.81 0.12 0.00
234_V 83_I 0.81 0.12 0.00
382_T 115_L 0.81 0.12 0.00
392_R 127_F 0.81 0.12 0.00
109_G 79_V 0.81 0.12 0.00
59_T 96_I 0.81 0.12 0.00
122_Y 109_W 0.80 0.12 0.00
97_V 36_Y 0.80 0.12 0.00
183_I 127_F 0.80 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11182 0.44 SecY- SecE Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.02 Done
9227 0.01 SecYE Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
0227 0.3 secy-sece Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2013_03) Killed
0092 0.3 SecYSecE Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-04, 8) (2013_03) Killed - Shared
0091 0.28 SecYSecE Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) (2013_03) Killed - Shared
0090 0.01 SecYSecE Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) (2013_03) Killed - Shared
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