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OPENSEQ.org
spoIIIAD-AE
Genes: A B A+B
Length: 128 403 479
Sequences: 401 375 352
Seq/Len: 3.13 0.93 0.73
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.66
2 0.00 0.00 0.66
5 0.00 0.00 0.66
10 0.00 0.00 0.66
20 0.00 0.00 0.66
100 0.00 0.00 0.66
∞ 0.00 0.00 0.66
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
47_L 316_L 1.80 0.85 0.14
85_I 391_V 1.68 0.80 0.10
34_I 238_L 1.47 0.65 0.06
85_I 191_L 1.47 0.65 0.06
18_L 129_I 1.47 0.65 0.06
106_I 182_V 1.46 0.65 0.05
96_I 263_F 1.41 0.61 0.05
2_E 199_T 1.34 0.55 0.04
104_G 169_C 1.30 0.51 0.03
24_R 391_V 1.28 0.50 0.03
61_A 396_S 1.28 0.49 0.03
54_I 312_S 1.25 0.47 0.03
91_C 137_F 1.24 0.47 0.03
32_A 354_V 1.24 0.46 0.03
51_V 221_F 1.23 0.46 0.03
74_L 146_A 1.23 0.45 0.03
32_A 389_V 1.22 0.44 0.03
59_N 56_L 1.22 0.44 0.03
95_N 328_L 1.21 0.44 0.03
24_R 348_K 1.20 0.43 0.02
16_L 157_L 1.20 0.43 0.02
40_L 251_V 1.19 0.42 0.02
110_S 299_V 1.19 0.42 0.02
29_N 261_A 1.19 0.42 0.02
44_M 331_G 1.19 0.42 0.02
123_V 171_D 1.19 0.42 0.02
116_L 196_F 1.19 0.42 0.02
16_L 348_K 1.18 0.41 0.02
75_I 349_L 1.18 0.41 0.02
70_L 194_I 1.17 0.41 0.02
126_I 226_I 1.17 0.40 0.02
106_I 196_F 1.16 0.40 0.02
85_I 337_V 1.16 0.40 0.02
10_A 171_D 1.16 0.40 0.02
50_I 332_I 1.16 0.40 0.02
33_I 56_L 1.15 0.39 0.02
45_F 345_V 1.15 0.39 0.02
95_N 369_V 1.14 0.38 0.02
99_K 190_F 1.13 0.37 0.02
83_F 162_F 1.12 0.36 0.02
10_A 133_L 1.12 0.36 0.02
42_S 329_L 1.12 0.36 0.02
122_M 389_V 1.11 0.36 0.02
36_G 306_S 1.10 0.35 0.02
57_L 99_K 1.10 0.35 0.02
122_M 313_S 1.10 0.35 0.02
116_L 251_V 1.10 0.35 0.02
8_G 223_F 1.09 0.35 0.02
47_L 64_I 1.09 0.34 0.02
113_F 367_N 1.09 0.34 0.02
67_Y 348_K 1.08 0.34 0.02
51_V 125_L 1.08 0.33 0.02
100_L 365_F 1.08 0.33 0.02
29_N 95_D 1.07 0.33 0.02
9_I 292_I 1.07 0.33 0.01
4_M 63_E 1.07 0.33 0.01
31_I 106_M 1.07 0.32 0.01
59_N 214_I 1.06 0.32 0.01
74_L 356_P 1.06 0.32 0.01
85_I 319_N 1.06 0.32 0.01
80_L 245_K 1.06 0.32 0.01
70_L 248_F 1.06 0.32 0.01
6_L 229_A 1.06 0.32 0.01
57_L 298_V 1.05 0.31 0.01
71_I 143_S 1.05 0.31 0.01
85_I 380_V 1.05 0.31 0.01
96_I 164_D 1.05 0.31 0.01
79_Y 348_K 1.04 0.31 0.01
96_I 341_L 1.04 0.31 0.01
15_T 156_S 1.04 0.31 0.01
6_L 51_Y 1.04 0.30 0.01
127_I 390_T 1.04 0.30 0.01
31_I 232_I 1.04 0.30 0.01
24_R 365_F 1.04 0.30 0.01
35_T 125_L 1.04 0.30 0.01
99_K 205_P 1.03 0.30 0.01
94_G 353_I 1.02 0.29 0.01
37_V 103_K 1.02 0.29 0.01
28_A 296_I 1.01 0.28 0.01
12_I 213_F 1.01 0.28 0.01
38_I 57_D 1.01 0.28 0.01
6_L 365_F 1.01 0.28 0.01
6_L 154_M 1.01 0.28 0.01
10_A 329_L 1.01 0.28 0.01
63_I 135_N 1.00 0.28 0.01
104_G 386_M 1.00 0.28 0.01
94_G 118_A 1.00 0.27 0.01
32_A 259_I 1.00 0.27 0.01
127_I 228_V 0.99 0.27 0.01
38_I 125_L 0.99 0.27 0.01
31_I 58_K 0.99 0.27 0.01
45_F 329_L 0.99 0.27 0.01
106_I 129_I 0.99 0.27 0.01
107_I 349_L 0.99 0.27 0.01
98_S 313_S 0.98 0.27 0.01
64_P 337_V 0.98 0.26 0.01
104_G 376_M 0.98 0.26 0.01
97_A 279_S 0.98 0.26 0.01
101_E 137_F 0.97 0.26 0.01
110_S 132_S 0.97 0.26 0.01
89_K 355_E 0.97 0.26 0.01
106_I 261_A 0.97 0.26 0.01
116_L 151_F 0.97 0.26 0.01
21_K 324_I 0.97 0.26 0.01
67_Y 236_N 0.97 0.26 0.01
55_Q 337_V 0.97 0.26 0.01
67_Y 312_S 0.97 0.26 0.01
54_I 125_L 0.97 0.26 0.01
108_V 191_L 0.97 0.25 0.01
106_I 186_I 0.96 0.25 0.01
27_I 169_C 0.96 0.25 0.01
25_P 366_L 0.96 0.25 0.01
75_I 338_I 0.96 0.25 0.01
83_F 89_G 0.96 0.25 0.01
104_G 309_I 0.96 0.25 0.01
123_V 129_I 0.96 0.25 0.01
38_I 221_F 0.96 0.25 0.01
6_L 100_D 0.95 0.25 0.01
6_L 345_V 0.95 0.25 0.01
106_I 136_S 0.95 0.24 0.01
5_Q 246_R 0.95 0.24 0.01
74_L 355_E 0.95 0.24 0.01
96_I 69_N 0.95 0.24 0.01
59_N 254_I 0.95 0.24 0.01
81_M 365_F 0.94 0.24 0.01
122_M 293_G 0.94 0.24 0.01
19_V 90_E 0.94 0.24 0.01
63_I 143_S 0.94 0.24 0.01
111_M 97_F 0.94 0.24 0.01
38_I 287_T 0.94 0.24 0.01
107_I 398_S 0.94 0.23 0.01
112_S 344_I 0.94 0.23 0.01
62_N 353_I 0.93 0.23 0.01
109_M 387_F 0.93 0.23 0.01
91_C 251_V 0.93 0.23 0.01
44_M 171_D 0.93 0.23 0.01
99_K 187_L 0.93 0.23 0.01
38_I 321_F 0.93 0.23 0.01
69_S 118_A 0.93 0.23 0.01
116_L 320_I 0.93 0.23 0.01
94_G 58_K 0.92 0.23 0.01
81_M 355_E 0.92 0.23 0.01
37_V 259_I 0.92 0.23 0.01
89_K 384_T 0.92 0.23 0.01
13_S 305_D 0.92 0.23 0.01
84_A 146_A 0.92 0.23 0.01
75_I 334_L 0.92 0.22 0.01
110_S 121_L 0.92 0.22 0.01
112_S 305_D 0.92 0.22 0.01
18_L 393_I 0.92 0.22 0.01
123_V 357_V 0.92 0.22 0.01
103_G 153_T 0.91 0.22 0.01
81_M 161_G 0.91 0.22 0.01
71_I 285_V 0.91 0.22 0.01
71_I 394_L 0.91 0.22 0.01
18_L 380_V 0.91 0.22 0.01
78_A 205_P 0.91 0.22 0.01
93_E 298_V 0.91 0.22 0.01
82_E 142_V 0.91 0.22 0.01
43_V 318_K 0.91 0.22 0.01
79_Y 185_P 0.91 0.22 0.01
108_V 303_V 0.91 0.22 0.01
33_I 122_V 0.91 0.22 0.01
9_I 123_L 0.90 0.21 0.01
119_I 149_I 0.90 0.21 0.01
8_G 202_T 0.90 0.21 0.01
39_I 307_V 0.90 0.21 0.01
58_A 314_S 0.90 0.21 0.01
54_I 221_F 0.90 0.21 0.01
20_I 139_S 0.90 0.21 0.01
56_D 327_I 0.90 0.21 0.01
123_V 354_V 0.89 0.21 0.01
1_M 372_L 0.89 0.21 0.01
100_L 310_L 0.89 0.21 0.01
16_L 238_L 0.89 0.21 0.01
122_M 269_L 0.89 0.21 0.01
17_C 304_S 0.89 0.20 0.01
45_F 89_G 0.88 0.20 0.01
113_F 91_K 0.88 0.20 0.01
80_L 106_M 0.88 0.20 0.01
126_I 298_V 0.88 0.20 0.01
99_K 298_V 0.88 0.20 0.01
64_P 126_L 0.88 0.20 0.01
116_L 255_N 0.88 0.20 0.01
33_I 340_I 0.88 0.20 0.01
123_V 348_K 0.88 0.20 0.01
21_K 376_M 0.88 0.20 0.01
13_S 363_S 0.88 0.20 0.01
27_I 229_A 0.88 0.20 0.01
119_I 223_F 0.87 0.20 0.01
35_T 198_I 0.87 0.20 0.01
87_L 213_F 0.87 0.20 0.01
69_S 309_I 0.87 0.20 0.01
96_I 123_L 0.87 0.20 0.01
84_A 254_I 0.87 0.20 0.01
70_L 238_L 0.87 0.20 0.01
63_I 201_T 0.86 0.19 0.01
120_V 220_N 0.86 0.19 0.01
40_L 109_E 0.86 0.19 0.01
125_N 331_G 0.86 0.19 0.01
20_I 141_A 0.86 0.19 0.01
19_V 64_I 0.86 0.19 0.01
51_V 248_F 0.86 0.19 0.01
98_S 206_I 0.86 0.19 0.01
110_S 206_I 0.86 0.19 0.01
51_V 254_I 0.86 0.19 0.01
11_I 222_L 0.85 0.19 0.01
79_Y 137_F 0.85 0.19 0.01
19_V 191_L 0.85 0.19 0.01
99_K 289_K 0.85 0.19 0.01
87_L 338_I 0.85 0.19 0.01
82_E 322_G 0.85 0.19 0.01
120_V 354_V 0.85 0.19 0.01
21_K 84_K 0.85 0.19 0.01
63_I 198_I 0.85 0.19 0.01
19_V 149_I 0.85 0.19 0.01
33_I 334_L 0.85 0.19 0.01
54_I 111_K 0.85 0.18 0.01
43_V 76_D 0.85 0.18 0.01
112_S 225_S 0.85 0.18 0.01
21_K 302_F 0.84 0.18 0.01
88_C 203_L 0.84 0.18 0.01
119_I 326_L 0.84 0.18 0.01
89_K 102_L 0.84 0.18 0.01
33_I 151_F 0.84 0.18 0.01
99_K 288_A 0.84 0.18 0.01
122_M 156_S 0.84 0.18 0.01
123_V 155_V 0.84 0.18 0.01
21_K 96_L 0.84 0.18 0.01
70_L 393_I 0.84 0.18 0.01
118_S 311_L 0.84 0.18 0.01
117_L 278_T 0.84 0.18 0.01
40_L 157_L 0.84 0.18 0.01
16_L 95_D 0.84 0.18 0.01
39_I 326_L 0.84 0.18 0.01
33_I 254_I 0.84 0.18 0.01
122_M 380_V 0.84 0.18 0.01
5_Q 390_T 0.84 0.18 0.01
43_V 321_F 0.83 0.18 0.01
18_L 264_T 0.83 0.18 0.01
119_I 172_A 0.83 0.18 0.01
9_I 53_D 0.83 0.18 0.01
113_F 316_L 0.83 0.18 0.01
78_A 295_F 0.83 0.18 0.01
112_S 278_T 0.83 0.18 0.01
57_L 191_L 0.83 0.18 0.01
21_K 271_S 0.83 0.18 0.01
95_N 334_L 0.83 0.18 0.01
124_V 299_V 0.83 0.18 0.01
54_I 170_Y 0.83 0.18 0.01
48_N 166_L 0.83 0.18 0.01
54_I 220_N 0.83 0.17 0.01
74_L 329_L 0.83 0.17 0.01
106_I 256_Y 0.83 0.17 0.01
22_K 262_M 0.83 0.17 0.01
52_D 152_I 0.83 0.17 0.01
78_A 179_L 0.83 0.17 0.01
32_A 332_I 0.82 0.17 0.01
94_G 107_F 0.82 0.17 0.01
85_I 338_I 0.82 0.17 0.01
63_I 113_S 0.82 0.17 0.01
81_M 248_F 0.82 0.17 0.01
29_N 375_I 0.82 0.17 0.01
112_S 107_F 0.82 0.17 0.01
94_G 321_F 0.82 0.17 0.01
21_K 188_I 0.82 0.17 0.01
68_I 343_V 0.82 0.17 0.01
9_I 57_D 0.82 0.17 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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