May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cd spoIIIAA-AB
Genes: A B A+B
Length: 322 172 481
Sequences: 642 392 368
Seq/Len: 1.99 2.28 0.77
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.74
2 0.01 0.00 0.74
5 0.01 0.00 0.74
10 0.01 0.00 0.74
20 0.01 0.00 0.74
100 0.01 0.00 0.74
∞ 0.01 0.00 0.74
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
91_D 52_Y 1.59 0.76 0.01
16_I 9_A 1.58 0.75 0.01
128_L 52_Y 1.29 0.52 0.01
242_V 146_T 1.27 0.50 0.01
237_S 44_R 1.22 0.46 0.01
261_G 131_M 1.19 0.44 0.01
286_L 85_S 1.14 0.40 0.00
271_G 166_I 1.13 0.39 0.00
113_I 5_I 1.11 0.37 0.00
208_V 14_S 1.11 0.37 0.00
22_K 56_E 1.10 0.36 0.00
202_A 158_K 1.09 0.36 0.00
16_I 112_E 1.08 0.35 0.00
36_R 124_D 1.08 0.34 0.00
263_I 122_K 1.07 0.34 0.00
154_I 42_I 1.06 0.33 0.00
310_I 169_C 1.06 0.33 0.00
308_E 159_K 1.05 0.33 0.00
154_I 76_I 1.05 0.33 0.00
249_E 92_I 1.05 0.32 0.00
293_K 77_S 1.04 0.32 0.00
87_H 47_L 1.04 0.32 0.00
77_T 8_I 1.04 0.32 0.00
84_Y 88_L 1.04 0.32 0.00
255_L 75_Q 1.04 0.31 0.00
222_T 109_E 1.03 0.31 0.00
219_I 9_A 1.03 0.31 0.00
274_I 58_F 1.03 0.31 0.00
311_Y 61_I 1.02 0.30 0.00
292_F 124_D 1.01 0.29 0.00
224_P 7_I 1.00 0.29 0.00
140_S 85_S 1.00 0.29 0.00
111_K 124_D 1.00 0.29 0.00
146_H 112_E 1.00 0.29 0.00
79_Q 116_L 1.00 0.28 0.00
265_L 35_D 1.00 0.28 0.00
20_V 5_I 1.00 0.28 0.00
13_S 39_V 1.00 0.28 0.00
101_R 26_Y 0.99 0.28 0.00
263_I 127_S 0.99 0.28 0.00
243_T 167_G 0.99 0.28 0.00
90_M 43_L 0.98 0.27 0.00
109_V 171_L 0.98 0.27 0.00
81_I 122_K 0.97 0.27 0.00
258_A 53_T 0.97 0.27 0.00
97_F 112_E 0.97 0.26 0.00
123_K 52_Y 0.97 0.26 0.00
16_I 66_E 0.96 0.26 0.00
115_E 80_L 0.96 0.26 0.00
243_T 127_S 0.95 0.26 0.00
255_L 161_V 0.95 0.26 0.00
236_M 117_I 0.95 0.25 0.00
83_K 169_C 0.95 0.25 0.00
258_A 68_C 0.94 0.25 0.00
240_V 99_L 0.94 0.25 0.00
106_V 62_G 0.94 0.24 0.00
14_T 112_E 0.94 0.24 0.00
98_I 164_I 0.93 0.24 0.00
304_A 116_L 0.93 0.24 0.00
82_C 152_K 0.93 0.24 0.00
43_L 142_Q 0.93 0.24 0.00
264_G 12_I 0.93 0.24 0.00
125_I 169_C 0.92 0.23 0.00
133_S 47_L 0.92 0.23 0.00
147_I 114_K 0.92 0.23 0.00
202_A 167_G 0.91 0.23 0.00
277_I 17_L 0.91 0.23 0.00
80_I 45_M 0.91 0.23 0.00
73_D 169_C 0.91 0.22 0.00
223_C 130_R 0.90 0.22 0.00
47_S 136_I 0.90 0.22 0.00
221_E 49_F 0.90 0.22 0.00
9_I 72_F 0.90 0.22 0.00
97_F 39_V 0.89 0.22 0.00
267_T 170_I 0.89 0.22 0.00
280_R 135_S 0.89 0.21 0.00
261_G 163_F 0.88 0.21 0.00
269_V 88_L 0.88 0.21 0.00
161_S 58_F 0.88 0.21 0.00
159_I 10_F 0.88 0.21 0.00
41_L 120_L 0.88 0.21 0.00
233_L 16_Y 0.88 0.21 0.00
195_V 125_I 0.88 0.21 0.00
237_S 34_N 0.87 0.21 0.00
119_V 76_I 0.87 0.21 0.00
208_V 81_H 0.87 0.20 0.00
31_E 88_L 0.87 0.20 0.00
106_V 59_N 0.87 0.20 0.00
125_I 133_D 0.87 0.20 0.00
271_G 12_I 0.87 0.20 0.00
164_Q 45_M 0.86 0.20 0.00
98_I 9_A 0.86 0.20 0.00
194_L 47_L 0.86 0.20 0.00
39_K 26_Y 0.86 0.20 0.00
237_S 29_R 0.86 0.20 0.00
93_I 45_M 0.86 0.20 0.00
241_I 32_Q 0.86 0.20 0.00
191_K 32_Q 0.86 0.20 0.00
263_I 69_F 0.85 0.20 0.00
83_K 116_L 0.85 0.19 0.00
114_V 60_R 0.85 0.19 0.00
151_K 62_G 0.85 0.19 0.00
153_Q 6_I 0.85 0.19 0.00
47_S 159_K 0.85 0.19 0.00
261_G 64_N 0.85 0.19 0.00
213_V 65_K 0.85 0.19 0.00
203_G 106_G 0.84 0.19 0.00
260_N 127_S 0.84 0.19 0.00
40_P 105_L 0.84 0.19 0.00
83_K 52_Y 0.84 0.19 0.00
100_L 14_S 0.84 0.19 0.00
291_L 72_F 0.84 0.19 0.00
80_I 116_L 0.84 0.19 0.00
202_A 97_D 0.84 0.19 0.00
57_M 155_V 0.83 0.18 0.00
246_I 4_K 0.83 0.18 0.00
203_G 168_I 0.83 0.18 0.00
203_G 92_I 0.83 0.18 0.00
263_I 146_T 0.83 0.18 0.00
36_R 117_I 0.83 0.18 0.00
31_E 154_G 0.83 0.18 0.00
35_L 113_L 0.82 0.18 0.00
69_V 36_L 0.82 0.18 0.00
82_C 127_S 0.82 0.18 0.00
31_E 127_S 0.82 0.18 0.00
16_I 99_L 0.82 0.18 0.00
301_K 90_I 0.82 0.18 0.00
221_E 155_V 0.82 0.17 0.00
268_T 125_I 0.82 0.17 0.00
132_V 96_I 0.82 0.17 0.00
269_V 50_G 0.81 0.17 0.00
230_T 41_E 0.81 0.17 0.00
108_L 93_S 0.81 0.17 0.00
148_I 166_I 0.81 0.17 0.00
141_D 6_I 0.81 0.17 0.00
141_D 144_Y 0.81 0.17 0.00
202_A 16_Y 0.81 0.17 0.00
48_K 107_N 0.81 0.17 0.00
275_E 85_S 0.81 0.17 0.00
292_F 7_I 0.81 0.17 0.00
258_A 46_D 0.81 0.17 0.00
280_R 34_N 0.81 0.17 0.00
118_Q 99_L 0.81 0.17 0.00
144_L 134_L 0.81 0.17 0.00
97_F 81_H 0.81 0.17 0.00
17_R 9_A 0.81 0.17 0.00
243_T 153_K 0.81 0.17 0.00
269_V 96_I 0.81 0.17 0.00
143_I 164_I 0.80 0.17 0.00
90_M 49_F 0.80 0.17 0.00
241_I 68_C 0.80 0.17 0.00
280_R 30_H 0.80 0.17 0.00
233_L 65_K 0.80 0.17 0.00
261_G 152_K 0.80 0.17 0.00
222_T 130_R 0.80 0.17 0.00
178_L 58_F 0.80 0.17 0.00
181_G 160_L 0.80 0.17 0.00
51_F 85_S 0.80 0.17 0.00
69_V 33_L 0.79 0.16 0.00
97_F 82_N 0.79 0.16 0.00
143_I 110_I 0.79 0.16 0.00
10_N 90_I 0.79 0.16 0.00
109_V 125_I 0.79 0.16 0.00
147_I 23_Y 0.79 0.16 0.00
16_I 6_I 0.79 0.16 0.00
219_I 164_I 0.79 0.16 0.00
82_C 46_D 0.79 0.16 0.00
257_T 131_M 0.79 0.16 0.00
106_V 131_M 0.79 0.16 0.00
97_F 89_E 0.79 0.16 0.00
94_K 46_D 0.79 0.16 0.00
263_I 159_K 0.79 0.16 0.00
201_I 16_Y 0.78 0.16 0.00
124_H 3_I 0.78 0.16 0.00
12_L 85_S 0.78 0.16 0.00
93_I 131_M 0.78 0.16 0.00
206_L 149_D 0.78 0.16 0.00
125_I 151_N 0.78 0.16 0.00
43_L 149_D 0.78 0.16 0.00
205_Y 11_L 0.78 0.16 0.00
106_V 53_T 0.78 0.16 0.00
28_L 98_V 0.78 0.16 0.00
97_F 27_T 0.78 0.16 0.00
301_K 151_N 0.78 0.16 0.00
79_Q 153_K 0.78 0.15 0.00
280_R 146_T 0.78 0.15 0.00
175_V 117_I 0.77 0.15 0.00
119_V 71_K 0.77 0.15 0.00
276_D 101_K 0.77 0.15 0.00
78_F 45_M 0.77 0.15 0.00
116_D 18_I 0.77 0.15 0.00
280_R 143_T 0.77 0.15 0.00
162_P 87_T 0.77 0.15 0.00
127_S 127_S 0.77 0.15 0.00
277_I 167_G 0.77 0.15 0.00
233_L 106_G 0.77 0.15 0.00
205_Y 156_L 0.77 0.15 0.00
86_I 67_F 0.77 0.15 0.00
310_I 125_I 0.77 0.15 0.00
236_M 124_D 0.77 0.15 0.00
204_A 31_K 0.77 0.15 0.00
178_L 37_I 0.76 0.15 0.00
220_I 23_Y 0.76 0.15 0.00
120_K 80_L 0.76 0.15 0.00
211_M 162_T 0.76 0.15 0.00
119_V 132_I 0.76 0.15 0.00
101_R 157_Y 0.76 0.15 0.00
97_F 155_V 0.76 0.15 0.00
80_I 3_I 0.76 0.15 0.00
87_H 76_I 0.76 0.15 0.00
114_V 115_N 0.76 0.15 0.00
20_V 125_I 0.76 0.15 0.00
274_I 92_I 0.76 0.15 0.00
89_F 170_I 0.76 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0414 seconds.