May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Ybb
Genes: A B A+B
Length: 228 804 1022
Sequences: 87731 5640 1778
Seq/Len: 384.79 7.01 1.74
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.67
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.10 0.04 1.67
2 0.10 0.05 1.72
5 0.14 0.06 1.82
10 0.19 0.07 1.97
20 0.25 0.07 2.19
100 0.35 0.09 3.01
∞ 0.37 0.16 3.73
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
107_E 8_R 2.50 1.00 0.99
87_A 723_L 1.74 0.96 0.91
84_K 283_G 1.61 0.93 0.85
185_I 151_L 1.39 0.83 0.71
83_A 278_K 1.37 0.82 0.70
84_K 720_G 1.34 0.80 0.67
67_V 308_A 1.29 0.76 0.61
29_V 591_V 1.27 0.75 0.60
94_F 279_T 1.21 0.70 0.54
93_V 717_L 1.21 0.69 0.53
164_R 741_L 1.20 0.68 0.52
137_G 590_T 1.18 0.67 0.50
62_G 308_A 1.17 0.66 0.49
50_S 754_L 1.15 0.64 0.47
32_V 591_V 1.14 0.63 0.46
33_V 466_L 1.12 0.61 0.44
114_L 4_R 1.12 0.61 0.43
81_A 756_A 1.11 0.60 0.43
117_G 723_L 1.11 0.60 0.42
180_Q 300_T 1.08 0.57 0.39
93_V 590_T 1.08 0.57 0.39
32_V 334_L 1.06 0.55 0.37
137_G 71_A 1.05 0.54 0.36
156_A 6_F 1.05 0.54 0.36
112_P 282_A 1.05 0.54 0.35
182_G 723_L 1.04 0.53 0.35
114_L 440_R 1.04 0.53 0.35
33_V 151_L 1.04 0.52 0.34
167_V 342_G 1.02 0.51 0.33
181_T 314_E 1.02 0.51 0.33
178_D 731_E 1.02 0.51 0.33
32_V 690_A 1.01 0.49 0.32
157_L 114_T 1.01 0.49 0.31
185_I 686_V 1.01 0.49 0.31
100_I 364_P 1.01 0.49 0.31
38_T 270_R 1.00 0.49 0.31
93_V 190_G 1.00 0.49 0.31
57_A 287_L 1.00 0.48 0.30
136_L 683_V 0.99 0.48 0.30
146_Q 794_K 0.99 0.47 0.29
176_N 136_L 0.98 0.46 0.28
42_V 448_R 0.98 0.46 0.28
104_N 8_R 0.98 0.46 0.28
31_L 441_L 0.98 0.46 0.28
54_A 368_L 0.97 0.45 0.27
23_L 731_E 0.97 0.45 0.27
214_D 368_L 0.96 0.44 0.27
41_L 182_D 0.96 0.44 0.27
29_V 332_A 0.96 0.44 0.26
32_V 511_E 0.96 0.44 0.26
219_L 792_L 0.96 0.44 0.26
167_V 358_L 0.96 0.44 0.26
11_H 289_K 0.96 0.43 0.26
224_L 238_E 0.95 0.43 0.26
136_L 79_G 0.95 0.43 0.26
162_N 206_L 0.95 0.43 0.26
87_A 720_G 0.95 0.43 0.26
111_L 750_A 0.95 0.43 0.25
178_D 261_V 0.95 0.43 0.25
8_E 217_L 0.94 0.42 0.24
39_I 20_L 0.94 0.41 0.24
162_N 325_L 0.93 0.40 0.23
168_L 259_V 0.93 0.40 0.23
50_S 368_L 0.93 0.40 0.23
41_L 780_L 0.92 0.40 0.23
41_L 725_R 0.92 0.40 0.23
109_V 35_I 0.91 0.39 0.22
121_A 346_V 0.91 0.39 0.22
29_V 149_A 0.91 0.39 0.22
168_L 717_L 0.91 0.39 0.22
162_N 328_A 0.91 0.39 0.22
146_Q 292_V 0.91 0.39 0.22
59_L 628_L 0.91 0.38 0.21
185_I 628_L 0.91 0.38 0.21
29_V 249_L 0.90 0.38 0.21
100_I 470_L 0.90 0.38 0.21
12_L 300_T 0.90 0.38 0.21
33_V 150_T 0.90 0.38 0.21
141_D 350_L 0.90 0.38 0.21
203_V 197_Y 0.90 0.37 0.21
33_V 391_V 0.89 0.37 0.20
200_L 351_V 0.89 0.37 0.20
203_V 303_A 0.89 0.36 0.20
200_L 743_A 0.89 0.36 0.20
90_V 417_L 0.89 0.36 0.20
106_L 144_I 0.88 0.36 0.20
156_A 185_G 0.88 0.36 0.20
107_E 4_R 0.88 0.36 0.19
167_V 687_L 0.88 0.36 0.19
35_R 515_V 0.88 0.36 0.19
189_L 152_R 0.88 0.35 0.19
62_G 687_L 0.88 0.35 0.19
80_E 737_F 0.88 0.35 0.19
27_T 791_R 0.88 0.35 0.19
225_Q 345_T 0.87 0.35 0.19
94_F 694_L 0.87 0.34 0.18
203_V 452_S 0.87 0.34 0.18
35_R 503_A 0.87 0.34 0.18
203_V 451_W 0.86 0.34 0.18
56_L 128_L 0.86 0.34 0.18
213_C 696_L 0.86 0.34 0.18
88_K 690_A 0.86 0.34 0.18
39_I 312_L 0.86 0.34 0.18
61_D 609_K 0.86 0.34 0.18
10_H 126_V 0.86 0.34 0.18
217_L 45_Q 0.86 0.34 0.17
9_V 786_G 0.86 0.33 0.17
32_V 778_A 0.86 0.33 0.17
32_V 72_Q 0.85 0.33 0.17
57_A 697_L 0.85 0.33 0.17
30_E 508_F 0.85 0.33 0.17
164_R 311_L 0.85 0.33 0.17
32_V 349_L 0.85 0.33 0.17
41_L 563_A 0.85 0.32 0.17
167_V 341_L 0.85 0.32 0.17
146_Q 278_K 0.84 0.32 0.17
12_L 286_Q 0.84 0.32 0.17
59_L 276_I 0.84 0.32 0.17
88_K 72_Q 0.84 0.32 0.17
90_V 17_I 0.84 0.32 0.17
224_L 156_E 0.84 0.32 0.16
137_G 334_L 0.84 0.32 0.16
164_R 443_V 0.84 0.32 0.16
111_L 714_W 0.84 0.32 0.16
33_V 97_A 0.84 0.32 0.16
29_V 387_S 0.83 0.31 0.16
101_P 310_G 0.83 0.31 0.16
60_D 762_P 0.83 0.31 0.16
30_E 646_G 0.83 0.31 0.16
93_V 437_L 0.83 0.31 0.16
223_Q 756_A 0.83 0.31 0.16
90_V 654_Q 0.83 0.31 0.15
13_K 746_G 0.83 0.31 0.15
167_V 298_V 0.83 0.31 0.15
163_G 723_L 0.83 0.31 0.15
42_V 20_L 0.82 0.30 0.15
92_F 78_V 0.82 0.30 0.15
146_Q 356_Y 0.82 0.30 0.15
209_L 740_G 0.82 0.30 0.15
217_L 788_L 0.82 0.30 0.15
54_A 459_A 0.82 0.30 0.15
81_A 65_Q 0.82 0.30 0.15
132_E 99_V 0.81 0.29 0.14
178_D 295_W 0.81 0.29 0.14
167_V 503_A 0.81 0.29 0.14
195_E 289_K 0.81 0.29 0.14
50_S 697_L 0.81 0.29 0.14
156_A 461_S 0.81 0.29 0.14
51_T 408_L 0.81 0.29 0.14
167_V 465_M 0.81 0.29 0.14
25_I 731_E 0.81 0.29 0.14
180_Q 301_L 0.81 0.29 0.14
41_L 272_D 0.81 0.29 0.14
200_L 740_G 0.81 0.29 0.14
84_K 296_L 0.81 0.29 0.14
35_R 690_A 0.81 0.29 0.14
107_E 444_S 0.80 0.29 0.14
8_E 768_R 0.80 0.29 0.14
90_V 217_L 0.80 0.28 0.14
13_K 331_P 0.80 0.28 0.14
35_R 765_P 0.80 0.28 0.14
63_S 250_L 0.80 0.28 0.14
162_N 604_V 0.80 0.28 0.14
94_F 588_G 0.80 0.28 0.14
41_L 257_A 0.80 0.28 0.14
201_I 55_R 0.80 0.28 0.14
33_V 587_L 0.80 0.28 0.13
50_S 254_L 0.80 0.28 0.13
94_F 738_V 0.80 0.28 0.13
31_L 308_A 0.80 0.28 0.13
27_T 503_A 0.79 0.28 0.13
71_G 143_T 0.79 0.28 0.13
136_L 267_C 0.79 0.28 0.13
51_T 365_L 0.79 0.28 0.13
59_L 133_M 0.79 0.27 0.13
94_F 302_S 0.79 0.27 0.13
219_L 595_G 0.79 0.27 0.13
203_V 99_V 0.79 0.27 0.13
87_A 155_G 0.79 0.27 0.13
30_E 586_A 0.79 0.27 0.13
223_Q 201_G 0.79 0.27 0.13
156_A 715_R 0.79 0.27 0.13
87_A 259_V 0.79 0.27 0.13
61_D 337_W 0.79 0.27 0.13
219_L 55_R 0.79 0.27 0.13
206_D 24_L 0.78 0.27 0.12
23_L 758_V 0.78 0.27 0.12
90_V 448_R 0.78 0.27 0.12
11_H 319_V 0.78 0.27 0.12
224_L 150_T 0.78 0.27 0.12
107_E 699_Q 0.78 0.27 0.12
50_S 790_A 0.78 0.27 0.12
201_I 517_E 0.78 0.27 0.12
224_L 302_S 0.78 0.27 0.12
201_I 669_Q 0.78 0.27 0.12
54_A 365_L 0.78 0.27 0.12
92_F 279_T 0.78 0.27 0.12
71_G 443_V 0.78 0.26 0.12
34_K 71_A 0.78 0.26 0.12
217_L 539_E 0.78 0.26 0.12
111_L 153_I 0.78 0.26 0.12
51_T 743_A 0.77 0.26 0.12
115_L 428_V 0.77 0.26 0.12
34_K 140_T 0.77 0.26 0.12
92_F 267_C 0.77 0.26 0.12
63_S 604_V 0.77 0.26 0.12
102_T 9_E 0.77 0.26 0.12
216_C 744_A 0.77 0.26 0.12
61_D 601_R 0.77 0.26 0.12
167_V 352_G 0.77 0.26 0.12
12_L 149_A 0.77 0.26 0.12
226_E 495_I 0.77 0.26 0.12
44_E 547_L 0.77 0.26 0.12
93_V 11_R 0.77 0.26 0.12
156_A 465_M 0.77 0.25 0.12
35_R 509_L 0.77 0.25 0.11
161_F 765_P 0.76 0.25 0.11
151_E 321_L 0.76 0.25 0.11
111_L 267_C 0.76 0.25 0.11
74_L 668_K 0.76 0.25 0.11
167_V 745_I 0.76 0.25 0.11
115_L 277_L 0.76 0.25 0.11
162_N 572_E 0.76 0.25 0.11
201_I 70_E 0.76 0.25 0.11
110_E 589_D 0.76 0.25 0.11
167_V 741_L 0.76 0.25 0.11
34_K 741_L 0.76 0.25 0.11
135_G 476_D 0.76 0.25 0.11
32_V 588_G 0.76 0.25 0.11
219_L 721_K 0.76 0.25 0.11
191_S 305_T 0.76 0.25 0.11
218_R 308_A 0.76 0.25 0.11
90_V 95_Q 0.76 0.25 0.11
224_L 105_I 0.76 0.24 0.11
112_P 442_A 0.75 0.24 0.11
129_A 450_P 0.75 0.24 0.11
12_L 275_A 0.75 0.24 0.11
107_E 412_V 0.75 0.24 0.11
146_Q 372_V 0.75 0.24 0.11
187_D 224_Y 0.75 0.24 0.11
92_F 740_G 0.75 0.24 0.11
11_H 285_A 0.75 0.24 0.11
191_S 649_T 0.75 0.24 0.11
29_V 720_G 0.75 0.24 0.10
72_Q 301_L 0.75 0.24 0.10
219_L 254_L 0.75 0.24 0.10
217_L 127_L 0.75 0.24 0.10
163_G 272_D 0.75 0.24 0.10
168_L 530_I 0.75 0.24 0.10
219_L 451_W 0.75 0.24 0.10
44_E 273_L 0.74 0.24 0.10
115_L 310_G 0.74 0.24 0.10
57_A 355_P 0.74 0.24 0.10
201_I 602_A 0.74 0.24 0.10
82_R 250_L 0.74 0.24 0.10
169_F 255_A 0.74 0.23 0.10
39_I 199_F 0.74 0.23 0.10
41_L 457_L 0.74 0.23 0.10
114_L 576_E 0.74 0.23 0.10
198_T 716_T 0.74 0.23 0.10
62_G 575_M 0.74 0.23 0.10
85_L 747_A 0.74 0.23 0.10
107_E 698_A 0.74 0.23 0.10
147_L 707_R 0.74 0.23 0.10
57_A 413_V 0.74 0.23 0.10
33_V 130_P 0.74 0.23 0.10
202_M 611_D 0.74 0.23 0.10
162_N 314_E 0.74 0.23 0.10
169_F 15_L 0.74 0.23 0.10
182_G 698_A 0.73 0.23 0.10
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
11058 1.74 Ybb Δgene:(1, 2) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.99 Done - Shared
11057 1.97 YBB Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.75 Done - Shared
Page generated in 0.1058 seconds.