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OPENSEQ.org
cq2
Genes: A B A+B
Length: 335 410 699
Sequences: 657 135 112
Seq/Len: 1.96 0.33 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.11
2 0.00 0.01 0.11
5 0.00 0.02 0.12
10 0.00 0.02 0.14
20 0.01 0.03 0.15
100 0.02 0.03 0.15
∞ 0.06 0.06 0.15
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
51_G 154_H 1.98 0.53 0.01
51_G 129_C 1.97 0.53 0.01
51_G 132_C 1.93 0.51 0.01
268_L 220_G 1.83 0.45 0.00
54_G 143_W 1.72 0.39 0.00
51_G 344_A 1.72 0.39 0.00
105_Q 37_S 1.54 0.30 0.00
136_I 159_I 1.53 0.29 0.00
58_S 346_T 1.53 0.29 0.00
99_L 343_D 1.50 0.27 0.00
161_K 158_L 1.46 0.26 0.00
58_S 164_A 1.42 0.24 0.00
133_T 257_T 1.39 0.23 0.00
237_A 129_C 1.35 0.21 0.00
58_S 340_S 1.34 0.21 0.00
105_Q 259_W 1.34 0.21 0.00
51_G 151_C 1.33 0.21 0.00
61_I 82_L 1.32 0.20 0.00
149_T 221_S 1.32 0.20 0.00
142_Q 26_N 1.31 0.20 0.00
237_A 154_H 1.31 0.20 0.00
138_I 248_A 1.31 0.20 0.00
144_L 358_L 1.30 0.20 0.00
276_A 214_N 1.29 0.19 0.00
237_A 132_C 1.27 0.18 0.00
58_S 171_Y 1.27 0.18 0.00
66_A 229_L 1.25 0.18 0.00
57_K 151_C 1.24 0.17 0.00
175_G 151_C 1.24 0.17 0.00
54_G 132_C 1.22 0.17 0.00
177_P 17_S 1.22 0.17 0.00
156_I 153_R 1.22 0.17 0.00
201_F 12_D 1.22 0.17 0.00
112_I 227_G 1.20 0.16 0.00
133_T 232_Y 1.20 0.16 0.00
288_F 151_C 1.20 0.16 0.00
54_G 154_H 1.19 0.16 0.00
210_F 171_Y 1.19 0.16 0.00
238_L 13_E 1.19 0.16 0.00
55_T 261_D 1.18 0.16 0.00
87_P 227_G 1.18 0.16 0.00
124_L 349_S 1.18 0.15 0.00
173_L 364_L 1.18 0.15 0.00
58_S 88_F 1.17 0.15 0.00
244_G 162_C 1.17 0.15 0.00
54_G 129_C 1.17 0.15 0.00
81_L 11_A 1.17 0.15 0.00
136_I 15_L 1.17 0.15 0.00
247_R 252_A 1.16 0.15 0.00
54_G 17_S 1.16 0.15 0.00
187_Q 154_H 1.15 0.15 0.00
173_L 33_I 1.15 0.15 0.00
67_K 135_E 1.15 0.15 0.00
173_L 158_L 1.15 0.15 0.00
268_L 103_G 1.14 0.14 0.00
75_G 18_Y 1.14 0.14 0.00
57_K 154_H 1.14 0.14 0.00
175_G 154_H 1.14 0.14 0.00
43_E 227_G 1.14 0.14 0.00
140_E 151_C 1.14 0.14 0.00
159_R 345_A 1.14 0.14 0.00
57_K 129_C 1.13 0.14 0.00
175_G 129_C 1.13 0.14 0.00
31_F 287_F 1.12 0.14 0.00
191_R 158_L 1.11 0.14 0.00
179_A 14_A 1.11 0.14 0.00
136_I 133_L 1.11 0.14 0.00
56_G 151_C 1.11 0.14 0.00
160_L 231_W 1.11 0.14 0.00
156_I 36_G 1.11 0.14 0.00
31_F 128_C 1.10 0.13 0.00
170_P 26_N 1.10 0.13 0.00
138_I 162_C 1.10 0.13 0.00
149_T 307_G 1.10 0.13 0.00
187_Q 12_D 1.10 0.13 0.00
280_F 291_F 1.10 0.13 0.00
57_K 132_C 1.10 0.13 0.00
175_G 132_C 1.10 0.13 0.00
110_D 294_V 1.09 0.13 0.00
172_V 133_L 1.09 0.13 0.00
105_Q 34_F 1.09 0.13 0.00
82_L 243_V 1.08 0.13 0.00
57_K 13_E 1.08 0.13 0.00
175_G 13_E 1.08 0.13 0.00
61_I 243_V 1.08 0.13 0.00
103_L 85_G 1.07 0.13 0.00
255_E 270_M 1.07 0.13 0.00
279_L 94_A 1.07 0.12 0.00
58_S 335_G 1.07 0.12 0.00
163_I 344_A 1.06 0.12 0.00
54_G 158_L 1.06 0.12 0.00
253_L 242_A 1.06 0.12 0.00
18_Y 334_V 1.06 0.12 0.00
263_A 14_A 1.05 0.12 0.00
19_V 236_Y 1.05 0.12 0.00
120_L 323_V 1.05 0.12 0.00
87_P 207_G 1.05 0.12 0.00
273_I 180_C 1.05 0.12 0.00
81_L 318_F 1.04 0.12 0.00
51_G 135_E 1.04 0.12 0.00
31_F 284_H 1.04 0.12 0.00
266_E 205_A 1.04 0.12 0.00
191_R 143_W 1.04 0.12 0.00
145_I 18_Y 1.03 0.12 0.00
274_A 114_V 1.03 0.12 0.00
144_L 297_D 1.03 0.12 0.00
278_A 262_A 1.03 0.12 0.00
177_P 171_Y 1.03 0.12 0.00
136_I 155_G 1.03 0.12 0.00
139_D 376_V 1.03 0.12 0.00
173_L 157_R 1.03 0.12 0.00
121_T 37_S 1.03 0.12 0.00
106_F 26_N 1.03 0.12 0.00
171_I 229_L 1.02 0.12 0.00
95_T 80_D 1.02 0.11 0.00
272_H 357_R 1.02 0.11 0.00
277_Y 133_L 1.02 0.11 0.00
58_S 125_Q 1.02 0.11 0.00
273_I 354_Q 1.01 0.11 0.00
187_Q 132_C 1.01 0.11 0.00
53_T 26_N 1.01 0.11 0.00
192_L 287_F 1.00 0.11 0.00
297_A 281_P 1.00 0.11 0.00
84_S 138_Y 1.00 0.11 0.00
183_A 153_R 1.00 0.11 0.00
223_F 317_G 1.00 0.11 0.00
244_G 180_C 1.00 0.11 0.00
57_K 21_R 0.99 0.11 0.00
175_G 21_R 0.99 0.11 0.00
187_Q 129_C 0.99 0.11 0.00
126_K 116_I 0.99 0.11 0.00
49_L 351_S 0.99 0.11 0.00
138_I 365_P 0.99 0.11 0.00
210_F 11_A 0.99 0.11 0.00
249_L 12_D 0.99 0.11 0.00
173_L 244_R 0.99 0.11 0.00
84_S 80_D 0.99 0.11 0.00
95_T 286_D 0.99 0.11 0.00
259_Q 118_L 0.99 0.11 0.00
244_G 182_C 0.99 0.11 0.00
140_E 154_H 0.99 0.11 0.00
102_D 26_N 0.99 0.11 0.00
192_L 133_L 0.98 0.11 0.00
214_I 124_H 0.98 0.11 0.00
273_I 162_C 0.98 0.11 0.00
56_G 154_H 0.98 0.11 0.00
140_E 129_C 0.98 0.10 0.00
190_S 357_R 0.98 0.10 0.00
276_A 145_F 0.98 0.10 0.00
91_T 360_H 0.98 0.10 0.00
91_T 155_G 0.98 0.10 0.00
56_G 129_C 0.98 0.10 0.00
43_E 17_S 0.97 0.10 0.00
183_A 12_D 0.97 0.10 0.00
158_N 357_R 0.97 0.10 0.00
260_A 188_T 0.97 0.10 0.00
210_F 162_C 0.97 0.10 0.00
63_H 233_Q 0.97 0.10 0.00
256_S 318_F 0.97 0.10 0.00
132_E 345_A 0.97 0.10 0.00
81_L 27_G 0.97 0.10 0.00
205_D 74_R 0.97 0.10 0.00
129_K 216_L 0.97 0.10 0.00
54_G 94_A 0.97 0.10 0.00
256_S 76_L 0.96 0.10 0.00
217_L 251_K 0.96 0.10 0.00
234_T 319_L 0.96 0.10 0.00
29_E 29_E 0.96 0.10 0.00
151_E 124_H 0.96 0.10 0.00
229_L 30_R 0.95 0.10 0.00
14_F 182_C 0.95 0.10 0.00
142_Q 256_F 0.95 0.10 0.00
57_K 143_W 0.95 0.10 0.00
175_G 143_W 0.95 0.10 0.00
92_L 199_I 0.95 0.10 0.00
124_L 292_G 0.95 0.10 0.00
268_L 24_Q 0.95 0.10 0.00
295_I 282_L 0.95 0.10 0.00
287_P 165_C 0.95 0.10 0.00
161_K 143_W 0.95 0.10 0.00
54_G 151_C 0.94 0.10 0.00
140_E 132_C 0.94 0.10 0.00
82_L 21_R 0.94 0.10 0.00
49_L 363_F 0.94 0.10 0.00
56_G 132_C 0.94 0.10 0.00
172_V 190_S 0.94 0.10 0.00
268_L 323_V 0.94 0.10 0.00
180_T 263_F 0.94 0.10 0.00
221_M 162_C 0.94 0.10 0.00
191_R 151_C 0.94 0.10 0.00
105_Q 35_S 0.94 0.10 0.00
190_S 292_G 0.94 0.10 0.00
179_A 339_L 0.94 0.10 0.00
124_L 358_L 0.93 0.10 0.00
295_I 382_V 0.93 0.10 0.00
128_L 138_Y 0.93 0.10 0.00
140_E 13_E 0.93 0.10 0.00
192_L 319_L 0.93 0.10 0.00
273_I 317_G 0.93 0.10 0.00
56_G 13_E 0.93 0.10 0.00
138_I 203_A 0.93 0.10 0.00
137_I 72_R 0.93 0.10 0.00
178_W 95_L 0.93 0.10 0.00
37_N 37_S 0.93 0.10 0.00
171_I 35_S 0.93 0.10 0.00
53_T 272_D 0.93 0.09 0.00
172_V 241_E 0.93 0.09 0.00
218_A 133_L 0.93 0.09 0.00
176_M 127_P 0.93 0.09 0.00
246_L 128_C 0.92 0.09 0.00
276_A 97_H 0.92 0.09 0.00
82_L 319_L 0.92 0.09 0.00
87_P 132_C 0.92 0.09 0.00
145_I 90_L 0.92 0.09 0.00
268_L 260_P 0.92 0.09 0.00
80_P 40_D 0.92 0.09 0.00
94_S 118_L 0.92 0.09 0.00
185_E 259_W 0.92 0.09 0.00
26_A 220_G 0.92 0.09 0.00
120_L 295_V 0.92 0.09 0.00
120_L 16_E 0.92 0.09 0.00
268_L 259_W 0.92 0.09 0.00
141_F 364_L 0.92 0.09 0.00
87_P 129_C 0.92 0.09 0.00
23_L 298_C 0.92 0.09 0.00
246_L 17_S 0.92 0.09 0.00
93_E 364_L 0.92 0.09 0.00
54_G 340_S 0.92 0.09 0.00
174_V 314_N 0.92 0.09 0.00
157_A 170_N 0.91 0.09 0.00
305_R 400_H 0.91 0.09 0.00
186_P 14_A 0.91 0.09 0.00
244_G 165_C 0.91 0.09 0.00
163_I 157_R 0.91 0.09 0.00
141_F 292_G 0.91 0.09 0.00
42_G 320_T 0.91 0.09 0.00
276_A 39_Q 0.91 0.09 0.00
58_S 100_I 0.91 0.09 0.00
305_R 382_V 0.91 0.09 0.00
142_Q 291_F 0.91 0.09 0.00
109_S 387_H 0.91 0.09 0.00
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138_I 245_D 0.90 0.09 0.00
190_S 295_V 0.90 0.09 0.00
87_P 154_H 0.90 0.09 0.00
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158_N 27_G 0.90 0.09 0.00
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161_K 151_C 0.90 0.09 0.00
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176_M 92_Q 0.90 0.09 0.00
160_L 159_I 0.90 0.09 0.00
294_E 60_L 0.89 0.09 0.00
233_H 330_R 0.89 0.09 0.00
53_T 250_T 0.89 0.09 0.00
172_V 313_K 0.89 0.09 0.00
210_F 72_R 0.89 0.09 0.00
282_P 291_F 0.89 0.09 0.00
98_E 17_S 0.89 0.09 0.00
172_V 339_L 0.89 0.09 0.00
55_T 80_D 0.89 0.09 0.00
99_L 167_E 0.89 0.09 0.00
252_L 315_L 0.88 0.09 0.00
163_I 132_C 0.88 0.09 0.00
270_H 232_Y 0.88 0.09 0.00
121_T 325_R 0.88 0.09 0.00
303_Y 281_P 0.88 0.09 0.00
217_L 130_P 0.88 0.09 0.00
165_E 235_R 0.88 0.09 0.00
129_K 257_T 0.88 0.09 0.00
222_P 12_D 0.88 0.09 0.00
187_Q 151_C 0.88 0.09 0.00
294_E 140_R 0.88 0.09 0.00
174_V 14_A 0.88 0.09 0.00
277_Y 154_H 0.88 0.08 0.00
288_F 132_C 0.88 0.08 0.00
187_Q 203_A 0.87 0.08 0.00
58_S 262_A 0.87 0.08 0.00
305_R 403_S 0.87 0.08 0.00
253_L 32_R 0.87 0.08 0.00
268_L 17_S 0.87 0.08 0.00
307_E 392_R 0.87 0.08 0.00
171_I 127_P 0.87 0.08 0.00
288_F 154_H 0.87 0.08 0.00
162_Y 127_P 0.87 0.08 0.00
138_I 364_L 0.87 0.08 0.00
271_E 85_G 0.87 0.08 0.00
250_K 339_L 0.87 0.08 0.00
49_L 247_R 0.86 0.08 0.00
220_R 19_F 0.86 0.08 0.00
245_S 137_A 0.86 0.08 0.00
288_F 129_C 0.86 0.08 0.00
36_F 205_A 0.86 0.08 0.00
57_K 130_P 0.86 0.08 0.00
175_G 130_P 0.86 0.08 0.00
68_H 94_A 0.86 0.08 0.00
52_D 319_L 0.86 0.08 0.00
135_L 322_L 0.86 0.08 0.00
245_S 5_V 0.86 0.08 0.00
265_A 133_L 0.86 0.08 0.00
156_I 169_L 0.86 0.08 0.00
144_L 147_P 0.86 0.08 0.00
287_P 95_L 0.86 0.08 0.00
188_W 19_F 0.86 0.08 0.00
176_M 17_S 0.86 0.08 0.00
84_S 226_F 0.86 0.08 0.00
79_K 340_S 0.86 0.08 0.00
18_Y 343_D 0.86 0.08 0.00
51_G 227_G 0.86 0.08 0.00
82_L 95_L 0.85 0.08 0.00
57_K 158_L 0.85 0.08 0.00
175_G 158_L 0.85 0.08 0.00
126_K 96_C 0.85 0.08 0.00
86_I 357_R 0.85 0.08 0.00
18_Y 348_L 0.85 0.08 0.00
183_A 179_H 0.85 0.08 0.00
18_Y 78_L 0.85 0.08 0.00
185_E 327_P 0.85 0.08 0.00
156_I 257_T 0.85 0.08 0.00
143_E 177_I 0.85 0.08 0.00
103_L 344_A 0.85 0.08 0.00
233_H 133_L 0.85 0.08 0.00
160_L 297_D 0.85 0.08 0.00
201_F 330_R 0.85 0.08 0.00
138_I 134_R 0.85 0.08 0.00
242_C 48_A 0.85 0.08 0.00
182_I 315_L 0.85 0.08 0.00
210_F 358_L 0.85 0.08 0.00
306_Y 54_P 0.85 0.08 0.00
80_P 26_N 0.85 0.08 0.00
203_L 257_T 0.85 0.08 0.00
240_A 233_Q 0.84 0.08 0.00
277_Y 129_C 0.84 0.08 0.00
176_M 256_F 0.84 0.08 0.00
246_L 340_S 0.84 0.08 0.00
206_D 95_L 0.84 0.08 0.00
117_A 234_Q 0.84 0.08 0.00
121_T 76_L 0.84 0.08 0.00
176_M 186_L 0.84 0.08 0.00
177_P 129_C 0.84 0.08 0.00
274_A 344_A 0.84 0.08 0.00
196_R 322_L 0.84 0.08 0.00
267_T 79_V 0.84 0.08 0.00
42_G 246_D 0.84 0.08 0.00
153_R 201_L 0.84 0.08 0.00
32_D 128_C 0.84 0.08 0.00
249_L 225_R 0.84 0.08 0.00
307_E 376_V 0.84 0.08 0.00
12_R 363_F 0.84 0.08 0.00
248_A 26_N 0.84 0.08 0.00
33_R 115_D 0.84 0.08 0.00
163_I 357_R 0.84 0.08 0.00
58_S 26_N 0.83 0.08 0.00
221_M 182_C 0.83 0.08 0.00
19_V 207_G 0.83 0.08 0.00
45_Q 127_P 0.83 0.08 0.00
183_A 317_G 0.83 0.08 0.00
303_Y 400_H 0.83 0.08 0.00
60_L 267_L 0.83 0.08 0.00
288_F 158_L 0.83 0.08 0.00
237_A 135_E 0.83 0.08 0.00
56_G 21_R 0.83 0.08 0.00
137_I 297_D 0.83 0.08 0.00
127_C 259_W 0.83 0.08 0.00
70_E 5_V 0.83 0.08 0.00
276_A 248_A 0.83 0.08 0.00
215_M 315_L 0.83 0.08 0.00
297_A 382_V 0.83 0.08 0.00
194_I 220_G 0.83 0.08 0.00
270_H 116_I 0.83 0.08 0.00
213_L 86_A 0.83 0.08 0.00
158_N 195_Q 0.83 0.08 0.00
130_R 219_I 0.83 0.08 0.00
300_V 281_P 0.83 0.08 0.00
163_I 154_H 0.83 0.08 0.00
305_R 399_H 0.83 0.08 0.00
249_L 350_T 0.83 0.08 0.00
93_E 127_P 0.83 0.08 0.00
222_P 136_S 0.83 0.08 0.00
264_H 272_D 0.83 0.08 0.00
134_E 18_Y 0.83 0.08 0.00
238_L 137_A 0.83 0.08 0.00
163_I 129_C 0.83 0.08 0.00
135_L 251_K 0.83 0.08 0.00
61_I 330_R 0.82 0.08 0.00
110_D 133_L 0.82 0.08 0.00
65_A 34_F 0.82 0.08 0.00
46_C 109_V 0.82 0.08 0.00
227_A 171_Y 0.82 0.07 0.00
92_L 270_M 0.82 0.07 0.00
71_Q 32_R 0.82 0.07 0.00
19_V 260_P 0.82 0.07 0.00
271_E 219_I 0.82 0.07 0.00
176_M 122_R 0.82 0.07 0.00
210_F 35_S 0.82 0.07 0.00
192_L 312_L 0.82 0.07 0.00
49_L 164_A 0.82 0.07 0.00
213_L 259_W 0.82 0.07 0.00
109_S 403_S 0.82 0.07 0.00
273_I 20_L 0.82 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10992 0.16 cq2 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done
10991 0.15 cq Δgene:(1, 5) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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