May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
CC2932
Genes: A B A+B
Length: 445 233 653
Sequences: 1609 33175 584
Seq/Len: 3.62 142.38 0.89
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.60
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.76
2 0.00 0.02 0.77
5 0.00 0.04 0.79
10 0.00 0.06 0.82
20 0.00 0.09 0.86
100 0.02 0.19 1.14
∞ 0.12 0.25 1.87
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
259_R 17_D 2.90 1.00 0.99
279_D 17_D 2.71 0.99 0.99
258_T 20_L 1.89 0.92 0.85
259_R 23_L 1.64 0.82 0.69
279_D 224_R 1.60 0.80 0.66
279_D 23_L 1.58 0.79 0.64
259_R 201_V 1.45 0.70 0.52
293_F 208_R 1.38 0.64 0.44
259_R 224_R 1.38 0.64 0.44
238_H 15_D 1.34 0.61 0.40
279_D 201_V 1.27 0.55 0.33
280_L 13_V 1.24 0.52 0.31
141_I 98_R 1.24 0.52 0.31
173_M 56_M 1.23 0.51 0.29
306_D 86_I 1.17 0.46 0.25
28_I 230_L 1.16 0.45 0.23
325_I 174_L 1.14 0.43 0.22
269_P 11_L 1.12 0.42 0.21
294_A 62_M 1.12 0.42 0.21
216_H 41_A 1.12 0.42 0.21
262_L 23_L 1.11 0.41 0.20
334_E 57_V 1.11 0.40 0.20
279_D 164_T 1.10 0.40 0.19
220_E 201_V 1.08 0.38 0.17
43_F 86_I 1.06 0.37 0.17
275_A 220_L 1.06 0.36 0.16
208_G 211_E 1.04 0.35 0.15
346_L 173_R 1.04 0.35 0.15
249_V 11_L 1.04 0.34 0.15
34_I 83_R 1.03 0.34 0.15
344_R 119_L 1.03 0.34 0.14
293_F 57_V 1.03 0.34 0.14
311_V 185_L 1.01 0.33 0.14
184_A 23_L 1.01 0.32 0.13
197_R 56_M 1.00 0.32 0.13
376_V 232_P 1.00 0.31 0.13
264_M 185_L 0.99 0.31 0.12
233_L 66_D 0.99 0.31 0.12
268_E 30_R 0.98 0.30 0.12
286_M 92_R 0.97 0.29 0.11
195_I 86_I 0.96 0.29 0.11
316_A 74_L 0.96 0.28 0.11
312_E 35_V 0.95 0.28 0.10
376_V 203_V 0.95 0.28 0.10
220_E 226_V 0.94 0.27 0.10
286_M 123_I 0.94 0.27 0.10
30_L 183_D 0.94 0.27 0.10
194_A 142_L 0.94 0.27 0.10
242_R 125_A 0.94 0.27 0.10
405_N 43_A 0.93 0.27 0.10
284_E 201_V 0.93 0.26 0.09
109_S 183_D 0.93 0.26 0.09
248_S 145_C 0.93 0.26 0.09
250_S 201_V 0.93 0.26 0.09
258_T 114_F 0.92 0.26 0.09
384_P 178_L 0.92 0.26 0.09
337_L 182_V 0.92 0.25 0.09
219_R 141_S 0.92 0.25 0.09
356_H 161_V 0.91 0.25 0.09
395_F 167_E 0.91 0.25 0.09
321_G 14_V 0.90 0.25 0.08
346_L 175_A 0.90 0.24 0.08
192_V 86_I 0.90 0.24 0.08
374_V 13_V 0.90 0.24 0.08
263_E 19_R 0.90 0.24 0.08
215_P 220_L 0.89 0.24 0.08
343_R 178_L 0.89 0.24 0.08
422_G 177_S 0.89 0.24 0.08
249_V 96_A 0.89 0.24 0.08
429_L 56_M 0.89 0.23 0.08
405_N 18_D 0.89 0.23 0.08
347_A 164_T 0.89 0.23 0.08
248_S 185_L 0.88 0.23 0.07
343_R 76_A 0.88 0.23 0.07
356_H 148_D 0.88 0.23 0.07
440_L 39_S 0.87 0.23 0.07
261_K 93_D 0.87 0.23 0.07
426_D 124_E 0.87 0.23 0.07
143_I 186_E 0.87 0.22 0.07
379_D 203_V 0.87 0.22 0.07
276_M 198_A 0.87 0.22 0.07
35_M 164_T 0.87 0.22 0.07
33_A 13_V 0.86 0.22 0.07
426_D 24_I 0.86 0.22 0.07
416_A 179_H 0.86 0.22 0.07
301_A 9_R 0.86 0.22 0.07
301_A 40_S 0.86 0.22 0.07
243_T 187_L 0.86 0.22 0.07
335_T 159_E 0.86 0.22 0.07
245_L 187_L 0.86 0.22 0.07
224_A 196_G 0.86 0.22 0.07
286_M 202_Q 0.85 0.21 0.07
213_F 162_R 0.85 0.21 0.07
305_V 177_S 0.85 0.21 0.07
77_A 24_I 0.85 0.21 0.07
400_E 132_A 0.85 0.21 0.07
356_H 103_S 0.85 0.21 0.06
236_Q 203_V 0.84 0.21 0.06
235_I 169_T 0.84 0.21 0.06
439_A 119_L 0.84 0.21 0.06
428_V 11_L 0.84 0.20 0.06
364_V 83_R 0.84 0.20 0.06
254_R 201_V 0.84 0.20 0.06
401_S 232_P 0.84 0.20 0.06
35_M 43_A 0.83 0.20 0.06
145_V 170_L 0.83 0.20 0.06
245_L 95_T 0.83 0.20 0.06
408_G 70_F 0.83 0.20 0.06
347_A 17_D 0.83 0.20 0.06
148_D 64_G 0.83 0.20 0.06
210_D 115_E 0.82 0.20 0.06
259_R 113_P 0.82 0.20 0.06
311_V 83_R 0.82 0.20 0.06
246_L 92_R 0.82 0.19 0.06
238_H 62_M 0.82 0.19 0.06
248_S 231_A 0.82 0.19 0.06
258_T 113_P 0.82 0.19 0.06
43_F 167_E 0.82 0.19 0.06
112_A 84_T 0.82 0.19 0.05
346_L 90_T 0.81 0.19 0.05
320_R 57_V 0.81 0.19 0.05
44_F 62_M 0.81 0.19 0.05
28_I 99_I 0.81 0.19 0.05
118_L 179_H 0.81 0.19 0.05
205_F 44_A 0.81 0.19 0.05
122_L 111_G 0.80 0.18 0.05
305_V 124_E 0.80 0.18 0.05
441_I 199_V 0.80 0.18 0.05
221_V 199_V 0.80 0.18 0.05
439_A 172_R 0.80 0.18 0.05
223_Q 86_I 0.79 0.18 0.05
422_G 20_L 0.79 0.18 0.05
297_E 210_I 0.79 0.18 0.05
346_L 199_V 0.79 0.18 0.05
254_R 125_A 0.79 0.18 0.05
95_A 189_R 0.79 0.18 0.05
37_I 88_M 0.79 0.18 0.05
356_H 119_L 0.79 0.18 0.05
21_F 199_V 0.79 0.18 0.05
38_A 60_V 0.79 0.18 0.05
384_P 66_D 0.79 0.18 0.05
180_L 56_M 0.79 0.18 0.05
211_P 60_V 0.79 0.17 0.05
431_R 168_V 0.79 0.17 0.05
264_M 95_T 0.78 0.17 0.05
283_M 14_V 0.78 0.17 0.05
440_L 161_V 0.78 0.17 0.05
261_K 231_A 0.78 0.17 0.04
118_L 111_G 0.78 0.17 0.04
427_L 120_L 0.78 0.17 0.04
60_A 111_G 0.78 0.17 0.04
354_V 56_M 0.78 0.17 0.04
376_V 160_A 0.78 0.17 0.04
284_E 97_D 0.78 0.17 0.04
29_I 161_V 0.78 0.17 0.04
356_H 84_T 0.78 0.17 0.04
280_L 62_M 0.78 0.17 0.04
248_S 209_K 0.78 0.17 0.04
205_F 158_G 0.78 0.17 0.04
178_L 82_G 0.78 0.17 0.04
127_D 123_I 0.77 0.17 0.04
209_E 88_M 0.77 0.17 0.04
123_E 43_A 0.77 0.17 0.04
253_L 12_L 0.77 0.17 0.04
41_W 19_R 0.77 0.17 0.04
345_A 173_R 0.77 0.17 0.04
411_L 125_A 0.77 0.17 0.04
329_I 66_D 0.77 0.17 0.04
414_A 92_R 0.77 0.17 0.04
289_E 20_L 0.77 0.17 0.04
224_A 12_L 0.77 0.17 0.04
394_P 119_L 0.77 0.17 0.04
263_E 174_L 0.77 0.17 0.04
28_I 53_F 0.77 0.17 0.04
373_D 100_E 0.77 0.17 0.04
431_R 210_I 0.76 0.16 0.04
420_A 88_M 0.76 0.16 0.04
37_I 74_L 0.76 0.16 0.04
266_M 220_L 0.76 0.16 0.04
181_T 124_E 0.76 0.16 0.04
189_R 187_L 0.76 0.16 0.04
154_I 32_G 0.76 0.16 0.04
307_L 11_L 0.76 0.16 0.04
74_P 124_E 0.76 0.16 0.04
286_M 166_A 0.76 0.16 0.04
267_A 187_L 0.76 0.16 0.04
232_K 143_G 0.76 0.16 0.04
318_A 230_L 0.76 0.16 0.04
316_A 156_C 0.76 0.16 0.04
377_D 206_L 0.76 0.16 0.04
235_I 125_A 0.76 0.16 0.04
191_Q 43_A 0.76 0.16 0.04
86_A 174_L 0.76 0.16 0.04
427_L 169_T 0.75 0.16 0.04
283_M 208_R 0.75 0.16 0.04
322_G 72_K 0.75 0.16 0.04
353_G 36_T 0.75 0.16 0.04
183_V 14_V 0.75 0.16 0.04
271_E 11_L 0.75 0.16 0.04
344_R 122_R 0.75 0.16 0.04
280_L 92_R 0.75 0.16 0.04
339_P 90_T 0.75 0.16 0.04
60_A 199_V 0.75 0.16 0.04
215_P 35_V 0.75 0.16 0.04
399_D 64_G 0.75 0.16 0.04
141_I 99_I 0.75 0.16 0.04
441_I 86_I 0.75 0.16 0.04
205_F 103_S 0.74 0.15 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.209 seconds.