May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
RimPRsmA
Genes: A B A+B
Length: 150 273 413
Sequences: 2642 3757 97
Seq/Len: 17.61 13.76 0.23
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.10 0.07 0.00
2 0.10 0.07 0.00
5 0.10 0.07 0.01
10 0.10 0.07 0.01
20 0.10 0.07 0.04
100 0.10 0.07 0.23
∞ 0.10 0.08 2.94
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
64_V 92_A 1.77 0.52 0.00
81_L 56_G 1.77 0.52 0.00
12_I 191_V 1.52 0.36 0.00
38_I 25_V 1.40 0.29 0.00
55_S 160_L 1.40 0.29 0.00
83_R 114_L 1.34 0.26 0.00
55_S 191_V 1.32 0.26 0.00
131_G 120_T 1.30 0.25 0.00
136_F 229_L 1.25 0.23 0.00
136_F 164_A 1.25 0.23 0.00
25_G 117_N 1.24 0.22 0.00
125_I 24_F 1.24 0.22 0.00
12_I 73_A 1.21 0.21 0.00
59_S 114_L 1.20 0.20 0.00
21_F 58_R 1.19 0.20 0.00
91_Y 64_V 1.18 0.20 0.00
117_I 87_I 1.18 0.20 0.00
65_E 112_G 1.17 0.19 0.00
81_L 23_Q 1.17 0.19 0.00
59_S 158_G 1.16 0.18 0.00
115_G 46_P 1.14 0.18 0.00
13_T 24_F 1.14 0.18 0.00
136_F 109_R 1.14 0.18 0.00
64_V 122_L 1.13 0.18 0.00
62_L 255_A 1.12 0.17 0.00
134_E 237_V 1.12 0.17 0.00
115_G 30_V 1.10 0.17 0.00
59_S 108_L 1.10 0.17 0.00
113_W 126_L 1.10 0.16 0.00
113_W 152_P 1.09 0.16 0.00
31_G 226_R 1.09 0.16 0.00
40_I 142_K 1.08 0.16 0.00
29_I 87_I 1.08 0.16 0.00
145_N 228_S 1.07 0.16 0.00
46_I 184_P 1.07 0.15 0.00
98_E 180_A 1.06 0.15 0.00
58_V 170_V 1.06 0.15 0.00
68_I 121_P 1.06 0.15 0.00
125_I 228_S 1.05 0.15 0.00
137_A 64_V 1.05 0.15 0.00
38_I 153_N 1.05 0.15 0.00
43_E 111_F 1.05 0.15 0.00
46_I 86_T 1.04 0.15 0.00
82_D 18_N 1.03 0.14 0.00
16_V 124_F 1.03 0.14 0.00
41_D 19_F 1.03 0.14 0.00
26_I 153_N 1.03 0.14 0.00
129_V 140_L 1.03 0.14 0.00
150_F 11_A 1.02 0.14 0.00
90_H 112_G 1.02 0.14 0.00
58_V 192_V 1.02 0.14 0.00
126_T 8_G 1.02 0.14 0.00
108_Q 36_Q 1.01 0.14 0.00
85_L 176_V 1.01 0.14 0.00
132_K 154_S 1.01 0.14 0.00
132_K 254_V 1.01 0.14 0.00
41_D 214_T 1.01 0.14 0.00
84_P 174_L 1.00 0.14 0.00
139_S 25_V 1.00 0.13 0.00
99_V 252_I 0.99 0.13 0.00
132_K 177_P 0.99 0.13 0.00
87_T 243_I 0.99 0.13 0.00
136_F 225_I 0.99 0.13 0.00
11_M 214_T 0.99 0.13 0.00
37_R 39_Q 0.99 0.13 0.00
55_S 51_L 0.99 0.13 0.00
39_Y 70_D 0.99 0.13 0.00
52_A 86_T 0.99 0.13 0.00
32_R 249_A 0.98 0.13 0.00
28_F 111_F 0.98 0.13 0.00
33_T 241_M 0.98 0.13 0.00
82_D 190_A 0.98 0.13 0.00
59_S 18_N 0.98 0.13 0.00
91_Y 199_T 0.98 0.13 0.00
40_I 259_Q 0.98 0.13 0.00
139_S 28_S 0.98 0.13 0.00
57_Q 163_M 0.98 0.13 0.00
124_M 169_N 0.98 0.13 0.00
40_I 41_M 0.98 0.13 0.00
107_V 174_L 0.97 0.13 0.00
40_I 15_F 0.97 0.13 0.00
110_R 178_P 0.97 0.12 0.00
56_H 117_N 0.97 0.12 0.00
126_T 161_S 0.97 0.12 0.00
63_D 224_T 0.96 0.12 0.00
137_A 213_I 0.96 0.12 0.00
99_V 140_L 0.96 0.12 0.00
62_L 107_P 0.96 0.12 0.00
38_I 146_N 0.96 0.12 0.00
50_D 118_I 0.96 0.12 0.00
36_L 71_L 0.96 0.12 0.00
41_D 221_R 0.96 0.12 0.00
63_D 51_L 0.96 0.12 0.00
85_L 127_F 0.96 0.12 0.00
96_G 177_P 0.96 0.12 0.00
79_P 150_A 0.95 0.12 0.00
37_R 142_K 0.95 0.12 0.00
58_V 92_A 0.95 0.12 0.00
147_V 53_E 0.95 0.12 0.00
21_F 125_H 0.95 0.12 0.00
114_Q 239_T 0.95 0.12 0.00
69_T 158_G 0.95 0.12 0.00
101_L 30_V 0.95 0.12 0.00
125_I 171_I 0.94 0.12 0.00
37_R 70_D 0.94 0.12 0.00
38_I 213_I 0.94 0.12 0.00
87_T 153_N 0.94 0.12 0.00
60_A 194_L 0.94 0.12 0.00
72_Y 150_A 0.94 0.12 0.00
125_I 27_D 0.93 0.12 0.00
148_P 137_H 0.93 0.11 0.00
94_F 170_V 0.93 0.11 0.00
55_S 230_G 0.93 0.11 0.00
28_F 148_L 0.93 0.11 0.00
27_E 70_D 0.93 0.11 0.00
59_S 261_A 0.92 0.11 0.00
37_R 69_R 0.92 0.11 0.00
123_E 161_S 0.92 0.11 0.00
54_V 92_A 0.92 0.11 0.00
51_C 218_F 0.92 0.11 0.00
141_I 100_L 0.92 0.11 0.00
81_L 145_V 0.91 0.11 0.00
36_L 119_S 0.91 0.11 0.00
64_V 196_P 0.91 0.11 0.00
137_A 173_V 0.91 0.11 0.00
113_W 72_A 0.91 0.11 0.00
77_S 218_F 0.91 0.11 0.00
141_I 133_I 0.91 0.11 0.00
43_E 55_V 0.91 0.11 0.00
36_L 111_F 0.91 0.11 0.00
58_V 94_T 0.91 0.11 0.00
90_H 138_F 0.91 0.11 0.00
55_S 186_K 0.91 0.11 0.00
67_P 184_P 0.91 0.11 0.00
144_A 65_I 0.91 0.11 0.00
80_G 43_E 0.91 0.11 0.00
80_G 45_G 0.91 0.11 0.00
80_G 47_G 0.91 0.11 0.00
80_G 68_D 0.91 0.11 0.00
80_G 113_N 0.91 0.11 0.00
80_G 115_P 0.91 0.11 0.00
80_G 116_Y 0.91 0.11 0.00
80_G 181_F 0.91 0.11 0.00
80_G 183_P 0.91 0.11 0.00
80_G 185_P 0.91 0.11 0.00
80_G 189_S 0.91 0.11 0.00
83_R 18_N 0.91 0.11 0.00
54_V 145_V 0.90 0.11 0.00
35_T 195_V 0.90 0.11 0.00
129_V 224_T 0.90 0.11 0.00
19_L 40_A 0.90 0.11 0.00
11_M 246_A 0.90 0.11 0.00
116_V 10_L 0.90 0.11 0.00
95_V 194_L 0.90 0.11 0.00
127_V 192_V 0.90 0.11 0.00
101_L 237_V 0.90 0.11 0.00
13_T 260_M 0.89 0.11 0.00
125_I 96_N 0.89 0.11 0.00
136_F 220_Q 0.89 0.11 0.00
110_R 194_L 0.89 0.10 0.00
143_K 50_A 0.89 0.10 0.00
15_P 119_S 0.89 0.10 0.00
144_A 166_Y 0.89 0.10 0.00
49_D 79_P 0.89 0.10 0.00
71_A 164_A 0.89 0.10 0.00
125_I 36_Q 0.89 0.10 0.00
22_E 251_N 0.89 0.10 0.00
21_F 140_L 0.89 0.10 0.00
137_A 253_S 0.88 0.10 0.00
117_I 170_V 0.88 0.10 0.00
128_T 162_V 0.88 0.10 0.00
41_D 147_R 0.88 0.10 0.00
122_G 127_F 0.88 0.10 0.00
132_K 44_I 0.87 0.10 0.00
103_L 81_L 0.87 0.10 0.00
61_V 241_M 0.87 0.10 0.00
146_L 138_F 0.87 0.10 0.00
72_Y 219_N 0.87 0.10 0.00
137_A 84_K 0.87 0.10 0.00
68_I 127_F 0.87 0.10 0.00
55_S 139_M 0.87 0.10 0.00
86_F 50_A 0.86 0.10 0.00
123_E 191_V 0.86 0.10 0.00
64_V 42_V 0.86 0.10 0.00
14_A 123_M 0.86 0.10 0.00
72_Y 71_L 0.86 0.10 0.00
147_V 11_A 0.86 0.10 0.00
112_K 186_K 0.86 0.10 0.00
26_I 56_G 0.85 0.10 0.00
47_N 237_V 0.85 0.10 0.00
73_N 93_M 0.85 0.10 0.00
49_D 243_I 0.85 0.10 0.00
123_E 100_L 0.85 0.10 0.00
90_H 219_N 0.85 0.10 0.00
127_V 39_Q 0.85 0.10 0.00
95_V 205_K 0.85 0.10 0.00
150_F 142_K 0.85 0.10 0.00
88_A 173_V 0.85 0.10 0.00
81_L 87_I 0.85 0.10 0.00
95_V 149_V 0.85 0.10 0.00
91_Y 230_G 0.85 0.10 0.00
74_L 160_L 0.84 0.10 0.00
8_L 97_F 0.84 0.09 0.00
90_H 33_I 0.84 0.09 0.00
89_E 90_Q 0.84 0.09 0.00
138_L 12_R 0.84 0.09 0.00
91_Y 249_A 0.84 0.09 0.00
46_I 54_P 0.84 0.09 0.00
138_L 253_S 0.84 0.09 0.00
31_G 65_I 0.84 0.09 0.00
144_A 258_C 0.83 0.09 0.00
107_V 173_V 0.83 0.09 0.00
127_V 7_Q 0.83 0.09 0.00
87_T 27_D 0.83 0.09 0.00
48_V 109_R 0.83 0.09 0.00
17_E 164_A 0.83 0.09 0.00
83_R 150_A 0.83 0.09 0.00
73_N 28_S 0.83 0.09 0.00
69_T 148_L 0.83 0.09 0.00
53_D 24_F 0.83 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10951 3.04 RimPRsmA Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.86 Done - Shared
10947 0.23 RimPRsmA Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10943 0.05 RimPRsmA Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
Page generated in 0.1142 seconds.