May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
010513_2
Genes: A B A+B
Length: 421 519 898
Sequences: 922 2268 732
Seq/Len: 2.19 4.37 0.82
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.68
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.06
2 0.00 0.02 0.11
5 0.00 0.04 0.40
10 0.00 0.05 0.62
20 0.01 0.08 0.78
100 0.03 0.11 0.80
∞ 0.13 0.20 0.88
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
336_T 140_L 1.47 0.69 0.00
259_V 33_V 1.33 0.57 0.00
13_V 67_K 1.29 0.54 0.00
62_V 133_P 1.25 0.51 0.00
259_V 455_Q 1.20 0.46 0.00
13_V 107_R 1.18 0.45 0.00
139_F 303_A 1.12 0.39 0.00
101_L 504_L 1.08 0.36 0.00
121_A 371_A 1.07 0.35 0.00
230_A 111_K 1.05 0.34 0.00
154_G 319_G 1.03 0.32 0.00
13_V 504_L 1.02 0.31 0.00
311_L 117_L 0.99 0.29 0.00
99_L 186_Y 0.99 0.29 0.00
219_C 87_V 0.99 0.29 0.00
62_V 160_K 0.98 0.28 0.00
189_A 26_S 0.97 0.27 0.00
63_E 328_P 0.96 0.27 0.00
200_L 464_E 0.95 0.26 0.00
345_L 365_L 0.94 0.26 0.00
179_L 73_M 0.94 0.26 0.00
81_F 482_H 0.94 0.26 0.00
190_G 71_L 0.94 0.26 0.00
308_D 59_P 0.94 0.25 0.00
62_V 173_R 0.94 0.25 0.00
13_V 71_L 0.93 0.25 0.00
370_T 385_L 0.93 0.25 0.00
62_V 383_P 0.93 0.25 0.00
2_P 456_G 0.92 0.24 0.00
259_V 91_I 0.92 0.24 0.00
172_E 46_Y 0.91 0.24 0.00
49_Y 337_S 0.90 0.23 0.00
338_G 413_S 0.90 0.23 0.00
227_T 109_T 0.90 0.23 0.00
370_T 373_P 0.90 0.23 0.00
178_H 319_G 0.90 0.23 0.00
311_L 319_G 0.90 0.23 0.00
367_C 31_L 0.89 0.22 0.00
81_F 127_F 0.89 0.22 0.00
205_P 328_P 0.89 0.22 0.00
336_T 432_E 0.88 0.22 0.00
229_E 142_E 0.88 0.22 0.00
79_I 139_I 0.88 0.22 0.00
89_W 142_E 0.88 0.22 0.00
195_D 333_T 0.88 0.22 0.00
63_E 50_I 0.88 0.22 0.00
94_L 493_R 0.88 0.21 0.00
311_L 172_L 0.87 0.21 0.00
397_L 88_H 0.87 0.21 0.00
35_V 176_Q 0.87 0.21 0.00
79_I 127_F 0.87 0.21 0.00
170_F 114_I 0.87 0.21 0.00
241_E 436_V 0.87 0.21 0.00
340_L 498_T 0.86 0.21 0.00
364_R 59_P 0.86 0.21 0.00
75_S 461_I 0.86 0.21 0.00
183_E 170_S 0.86 0.20 0.00
54_A 70_T 0.86 0.20 0.00
294_Y 114_I 0.85 0.20 0.00
311_L 59_P 0.85 0.20 0.00
295_Y 248_D 0.85 0.20 0.00
97_L 130_K 0.85 0.20 0.00
200_L 362_K 0.85 0.20 0.00
85_E 506_M 0.85 0.20 0.00
336_T 464_E 0.85 0.20 0.00
241_E 460_A 0.84 0.20 0.00
366_L 482_H 0.84 0.20 0.00
386_M 44_K 0.84 0.20 0.00
62_V 41_G 0.84 0.19 0.00
54_A 430_G 0.84 0.19 0.00
54_A 436_V 0.84 0.19 0.00
60_L 67_K 0.83 0.19 0.00
152_P 467_D 0.83 0.19 0.00
333_I 507_E 0.83 0.19 0.00
261_A 110_L 0.82 0.19 0.00
29_V 465_E 0.82 0.19 0.00
104_E 233_L 0.82 0.18 0.00
257_Y 470_R 0.82 0.18 0.00
217_L 171_D 0.82 0.18 0.00
411_N 476_A 0.81 0.18 0.00
147_E 368_M 0.81 0.18 0.00
312_I 426_D 0.81 0.18 0.00
124_L 328_P 0.81 0.18 0.00
259_V 480_S 0.81 0.18 0.00
160_G 372_V 0.81 0.18 0.00
245_R 172_L 0.81 0.18 0.00
393_F 179_L 0.80 0.18 0.00
326_R 202_G 0.80 0.17 0.00
259_V 191_H 0.80 0.17 0.00
45_T 321_S 0.80 0.17 0.00
212_D 142_E 0.80 0.17 0.00
308_D 207_A 0.80 0.17 0.00
138_W 230_V 0.79 0.17 0.00
259_V 218_S 0.79 0.17 0.00
308_D 413_S 0.79 0.17 0.00
404_R 308_E 0.79 0.17 0.00
200_L 322_T 0.79 0.17 0.00
235_I 126_F 0.79 0.17 0.00
218_H 323_D 0.79 0.17 0.00
310_W 158_Y 0.79 0.17 0.00
345_L 477_L 0.78 0.17 0.00
370_T 260_S 0.78 0.17 0.00
29_V 306_D 0.78 0.17 0.00
312_I 409_W 0.78 0.17 0.00
252_G 498_T 0.78 0.16 0.00
368_K 477_L 0.78 0.16 0.00
223_I 149_E 0.78 0.16 0.00
179_L 33_V 0.78 0.16 0.00
231_D 139_I 0.78 0.16 0.00
257_Y 248_D 0.78 0.16 0.00
210_V 486_V 0.78 0.16 0.00
390_G 170_S 0.78 0.16 0.00
82_A 512_E 0.78 0.16 0.00
384_R 98_S 0.77 0.16 0.00
313_L 145_L 0.77 0.16 0.00
223_I 260_S 0.77 0.16 0.00
81_F 131_S 0.77 0.16 0.00
139_F 326_L 0.77 0.16 0.00
110_T 230_V 0.77 0.16 0.00
179_L 497_R 0.77 0.16 0.00
215_L 59_P 0.77 0.16 0.00
16_L 124_H 0.77 0.16 0.00
12_S 62_A 0.77 0.16 0.00
1_W 140_L 0.77 0.16 0.00
213_D 136_V 0.77 0.16 0.00
30_P 49_D 0.77 0.16 0.00
312_I 352_L 0.77 0.16 0.00
29_V 236_E 0.76 0.16 0.00
37_S 71_L 0.76 0.16 0.00
237_G 144_G 0.76 0.16 0.00
157_A 447_Y 0.76 0.15 0.00
381_F 371_A 0.76 0.15 0.00
227_T 65_L 0.76 0.15 0.00
218_H 199_I 0.76 0.15 0.00
62_V 86_K 0.76 0.15 0.00
15_A 154_L 0.76 0.15 0.00
395_N 249_Y 0.76 0.15 0.00
13_V 39_T 0.76 0.15 0.00
13_V 336_D 0.76 0.15 0.00
61_A 504_L 0.76 0.15 0.00
77_L 83_E 0.75 0.15 0.00
148_D 178_L 0.75 0.15 0.00
64_K 93_D 0.75 0.15 0.00
196_L 507_E 0.75 0.15 0.00
29_V 109_T 0.75 0.15 0.00
213_D 91_I 0.75 0.15 0.00
16_L 357_F 0.75 0.15 0.00
235_I 125_R 0.75 0.15 0.00
63_E 249_Y 0.74 0.15 0.00
111_L 326_L 0.74 0.15 0.00
14_V 309_R 0.74 0.15 0.00
60_L 109_T 0.74 0.15 0.00
181_G 212_K 0.74 0.15 0.00
30_P 335_T 0.74 0.15 0.00
223_I 246_T 0.74 0.15 0.00
31_A 384_L 0.74 0.14 0.00
51_T 417_R 0.74 0.14 0.00
335_G 45_I 0.74 0.14 0.00
135_I 216_V 0.74 0.14 0.00
148_D 130_K 0.74 0.14 0.00
196_L 230_V 0.73 0.14 0.00
256_I 61_A 0.73 0.14 0.00
79_I 496_I 0.73 0.14 0.00
148_D 72_I 0.73 0.14 0.00
200_L 369_L 0.73 0.14 0.00
338_G 498_T 0.73 0.14 0.00
62_V 303_A 0.73 0.14 0.00
99_L 213_T 0.73 0.14 0.00
279_F 500_A 0.73 0.14 0.00
235_I 90_V 0.73 0.14 0.00
139_F 375_S 0.73 0.14 0.00
322_R 230_V 0.73 0.14 0.00
11_L 67_K 0.73 0.14 0.00
154_G 181_E 0.73 0.14 0.00
256_I 506_M 0.73 0.14 0.00
294_Y 363_S 0.73 0.14 0.00
122_L 386_T 0.73 0.14 0.00
108_S 65_L 0.72 0.14 0.00
138_W 140_L 0.72 0.14 0.00
143_G 398_V 0.72 0.14 0.00
115_M 429_P 0.72 0.14 0.00
10_S 172_L 0.72 0.14 0.00
42_P 467_D 0.72 0.14 0.00
297_T 37_S 0.72 0.14 0.00
233_L 90_V 0.72 0.14 0.00
119_L 42_I 0.72 0.14 0.00
390_G 503_K 0.72 0.14 0.00
159_S 416_Y 0.72 0.14 0.00
308_D 462_A 0.72 0.14 0.00
128_G 487_T 0.72 0.14 0.00
201_S 191_H 0.72 0.14 0.00
338_G 354_Q 0.72 0.14 0.00
77_L 436_V 0.71 0.14 0.00
410_Y 467_D 0.71 0.14 0.00
75_S 277_E 0.71 0.14 0.00
223_I 158_Y 0.71 0.14 0.00
395_N 447_Y 0.71 0.14 0.00
344_A 181_E 0.71 0.13 0.00
125_R 382_P 0.71 0.13 0.00
298_R 158_Y 0.71 0.13 0.00
164_L 127_F 0.71 0.13 0.00
388_H 98_S 0.71 0.13 0.00
313_L 464_E 0.71 0.13 0.00
256_I 179_L 0.71 0.13 0.00
374_Y 110_L 0.71 0.13 0.00
45_T 351_L 0.71 0.13 0.00
223_I 512_E 0.71 0.13 0.00
399_S 53_T 0.71 0.13 0.00
38_R 49_D 0.71 0.13 0.00
398_S 187_F 0.71 0.13 0.00
295_Y 61_A 0.71 0.13 0.00
245_R 218_S 0.71 0.13 0.00
84_S 50_I 0.71 0.13 0.00
12_S 319_G 0.71 0.13 0.00
220_V 238_R 0.71 0.13 0.00
331_L 51_I 0.71 0.13 0.00
15_A 65_L 0.71 0.13 0.00
213_D 245_I 0.70 0.13 0.00
234_I 322_T 0.70 0.13 0.00
272_E 37_S 0.70 0.13 0.00
235_I 123_T 0.70 0.13 0.00
167_Y 137_E 0.70 0.13 0.00
408_A 281_Y 0.70 0.13 0.00
21_S 498_T 0.70 0.13 0.00
256_I 515_I 0.70 0.13 0.00
167_Y 180_A 0.70 0.13 0.00
174_F 142_E 0.70 0.13 0.00
244_L 500_A 0.70 0.13 0.00
275_P 507_E 0.70 0.13 0.00
37_S 111_K 0.70 0.13 0.00
14_V 92_T 0.70 0.13 0.00
219_C 132_V 0.70 0.13 0.00
223_I 511_G 0.70 0.13 0.00
413_R 498_T 0.70 0.13 0.00
196_L 443_S 0.70 0.13 0.00
139_F 352_L 0.70 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0793 seconds.